Doublet Group distance statistics: 48508

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O6	A	0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3	A	0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C4	A	0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N7	A	0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C8	A	0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N2	A	0, 0.023, 0.062, 0.102, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.062 std_dev=0.039
O4'	A	0, 0.030, 0.117, 0.204, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.117 std_dev=0.087
C2'	A	0, 0.021, 0.126, 0.230, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.126 std_dev=0.104
C3'	A	0, 0.097, 0.312, 0.527, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.312 std_dev=0.215
P	B	0, 0.128, 0.373, 0.618, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.373 std_dev=0.245
O5'	B	0, 0.071, 0.317, 0.564, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.317 std_dev=0.247
C4'	A	0, 0.116, 0.364, 0.611, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.364 std_dev=0.247
OP1	B	0, 0.170, 0.452, 0.735, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.452 std_dev=0.282
C4'	B	0, 0.170, 0.453, 0.736, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.453 std_dev=0.283
O2'	A	0, 0.089, 0.405, 0.721, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.405 std_dev=0.316
O4'	B	0, 0.212, 0.529, 0.846, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.529 std_dev=0.317
OP2	B	0, 0.146, 0.465, 0.784, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.465 std_dev=0.319
C5'	B	0, -0.009, 0.312, 0.634, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.312 std_dev=0.321
C3'	B	0, 0.193, 0.549, 0.906, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.549 std_dev=0.357
O3'	A	0, 0.121, 0.502, 0.883, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.502 std_dev=0.381
C1'	B	0, 0.251, 0.648, 1.046, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.648 std_dev=0.397
O5'	A	0, 0.177, 0.575, 0.972, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.575 std_dev=0.398
C6	B	0, 0.263, 0.674, 1.085, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.674 std_dev=0.411
N1	B	0, 0.238, 0.663, 1.089, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.663 std_dev=0.425
O3'	B	0, 0.248, 0.679, 1.111, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.679 std_dev=0.432
C5'	A	0, 0.141, 0.585, 1.029, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.585 std_dev=0.444
C5	B	0, 0.308, 0.760, 1.213, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.760 std_dev=0.452
C2'	B	0, 0.260, 0.755, 1.250, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.755 std_dev=0.495
C2	B	0, 0.321, 0.821, 1.321, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.821 std_dev=0.500
P	A	0, 0.242, 0.746, 1.250, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.746 std_dev=0.504
C4	B	0, 0.255, 0.806, 1.356, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.806 std_dev=0.550
N3	B	0, 0.298, 0.880, 1.461, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.880 std_dev=0.581
O2	B	0, 0.372, 0.960, 1.548, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.960 std_dev=0.588
N4	B	0, 0.274, 0.899, 1.524, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.899 std_dev=0.625
O2'	B	0, 0.299, 0.964, 1.628, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.964 std_dev=0.664
OP2	A	0, 0.179, 0.881, 1.582, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.881 std_dev=0.701
OP1	A	0, 0.367, 1.144, 1.922, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.144 std_dev=0.778

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.03	0.05	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.15	0.03	0.15	0.21	0.14
C2	0.04	0.00	0.09	0.10	0.01	0.05	0.01	0.13	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.21	0.12	0.03	0.35	0.02	0.36	0.50	0.35
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.07	0.01	0.09	0.03	0.10	0.06	0.10	0.09	0.08	0.09	0.04	0.01	0.02	0.01	0.25	0.11	0.26	0.17	0.20
C3'	0.02	0.10	0.01	0.00	0.10	0.00	0.14	0.03	0.15	0.13	0.12	0.10	0.09	0.15	0.08	0.03	0.01	0.01	0.32	0.16	0.34	0.11	0.24
C4	0.02	0.01	0.07	0.10	0.00	0.06	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.11	0.01	0.34	0.02	0.33	0.47	0.33
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.09	0.12	0.06	0.06	0.04	0.13	0.06	0.07	0.05	0.01	0.02	0.11	0.11	0.22	0.04
C5	0.02	0.01	0.09	0.14	0.01	0.10	0.00	0.22	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.12	0.17	0.02	0.39	0.01	0.43	0.58	0.41
C5'	0.04	0.13	0.03	0.03	0.15	0.01	0.22	0.00	0.22	0.23	0.18	0.11	0.11	0.26	0.14	0.08	0.06	0.02	0.01	0.25	0.20	0.36	0.03
C6	0.03	0.01	0.10	0.15	0.01	0.09	0.00	0.22	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.16	0.19	0.02	0.42	0.01	0.47	0.63	0.44
C8	0.01	0.02	0.06	0.13	0.01	0.12	0.01	0.23	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.16	0.05	0.36	0.01	0.36	0.48	0.37
N1	0.03	0.00	0.10	0.12	0.01	0.06	0.01	0.18	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.19	0.16	0.01	0.39	0.02	0.43	0.59	0.41
N2	0.05	0.01	0.09	0.10	0.01	0.06	0.02	0.11	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.24	0.12	0.05	0.33	0.02	0.34	0.48	0.33
N3	0.04	0.00	0.08	0.09	0.01	0.04	0.01	0.11	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.18	0.09	0.03	0.31	0.03	0.30	0.43	0.31
N7	0.02	0.02	0.09	0.15	0.01	0.13	0.01	0.26	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.19	0.04	0.40	0.01	0.46	0.61	0.44
N9	0.00	0.02	0.04	0.08	0.01	0.06	0.02	0.14	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.05	0.08	0.01	0.29	0.02	0.27	0.38	0.28
O2'	0.02	0.21	0.01	0.03	0.12	0.07	0.12	0.08	0.16	0.03	0.19	0.24	0.18	0.07	0.05	0.00	0.04	0.09	0.08	0.16	0.09	0.17	0.10
O3'	0.01	0.12	0.02	0.01	0.11	0.05	0.17	0.06	0.19	0.16	0.16	0.12	0.09	0.19	0.08	0.04	0.00	0.03	0.24	0.21	0.31	0.10	0.19
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.05	0.03	0.04	0.01	0.09	0.03	0.00	0.07	0.03	0.10	0.18	0.06
O5'	0.15	0.35	0.25	0.32	0.34	0.02	0.39	0.01	0.42	0.36	0.39	0.33	0.31	0.40	0.29	0.08	0.24	0.07	0.00	0.44	0.01	0.01	0.01
O6	0.03	0.02	0.11	0.16	0.02	0.11	0.01	0.25	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.16	0.21	0.03	0.44	0.00	0.53	0.69	0.48
OP1	0.15	0.36	0.26	0.34	0.33	0.11	0.43	0.20	0.47	0.36	0.43	0.34	0.30	0.46	0.27	0.09	0.31	0.10	0.01	0.53	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.50	0.17	0.11	0.47	0.22	0.58	0.36	0.63	0.48	0.59	0.48	0.43	0.61	0.38	0.17	0.10	0.18	0.01	0.69	0.01	0.00	0.01
P	0.14	0.35	0.20	0.24	0.33	0.04	0.41	0.03	0.44	0.37	0.41	0.33	0.31	0.44	0.28	0.10	0.19	0.06	0.01	0.48	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.32	0.37	0.35	0.33	0.23	0.34	0.17	0.32	0.17	0.24	0.36	0.24	0.51	0.43	0.36	0.32	0.18	0.17	0.08	0.12
C2	0.20	0.19	0.25	0.27	0.17	0.27	0.15	0.29	0.14	0.14	0.21	0.19	0.24	0.40	0.31	0.22	0.23	0.30	0.24	0.25
C2'	0.27	0.33	0.32	0.30	0.20	0.30	0.14	0.26	0.12	0.19	0.31	0.22	0.47	0.43	0.35	0.26	0.16	0.16	0.02	0.08
C3'	0.31	0.33	0.36	0.30	0.17	0.28	0.16	0.24	0.18	0.23	0.29	0.17	0.49	0.47	0.35	0.24	0.14	0.17	0.03	0.08
C4	0.26	0.29	0.30	0.31	0.22	0.32	0.16	0.33	0.15	0.19	0.30	0.25	0.38	0.43	0.34	0.27	0.22	0.26	0.16	0.20
C4'	0.39	0.41	0.42	0.36	0.23	0.34	0.24	0.28	0.28	0.32	0.37	0.21	0.58	0.51	0.39	0.33	0.15	0.17	0.12	0.12
C5	0.25	0.28	0.31	0.31	0.23	0.32	0.17	0.32	0.15	0.18	0.30	0.27	0.37	0.48	0.35	0.26	0.22	0.28	0.19	0.22
C5'	0.41	0.46	0.43	0.35	0.28	0.32	0.28	0.26	0.31	0.36	0.42	0.26	0.63	0.52	0.38	0.32	0.14	0.16	0.11	0.10
C6	0.24	0.23	0.30	0.30	0.21	0.31	0.17	0.31	0.15	0.16	0.27	0.26	0.31	0.49	0.35	0.25	0.22	0.31	0.23	0.24
C8	0.29	0.35	0.33	0.33	0.26	0.34	0.18	0.34	0.16	0.22	0.36	0.29	0.48	0.47	0.36	0.29	0.22	0.25	0.14	0.18
N1	0.22	0.20	0.27	0.28	0.19	0.28	0.15	0.29	0.14	0.14	0.23	0.22	0.25	0.46	0.33	0.23	0.22	0.32	0.25	0.26
N2	0.18	0.15	0.21	0.23	0.15	0.23	0.15	0.24	0.15	0.13	0.17	0.16	0.17	0.34	0.27	0.19	0.23	0.32	0.28	0.28
N3	0.23	0.24	0.27	0.29	0.18	0.30	0.15	0.33	0.15	0.17	0.25	0.20	0.32	0.39	0.32	0.24	0.22	0.26	0.18	0.21
N7	0.27	0.32	0.32	0.32	0.25	0.33	0.18	0.33	0.15	0.19	0.34	0.30	0.43	0.49	0.36	0.28	0.22	0.27	0.17	0.20
N9	0.29	0.35	0.33	0.33	0.24	0.34	0.17	0.34	0.16	0.23	0.35	0.27	0.47	0.44	0.36	0.30	0.21	0.23	0.12	0.17
O2'	0.36	0.33	0.43	0.41	0.17	0.41	0.10	0.31	0.14	0.21	0.31	0.21	0.48	0.52	0.47	0.35	0.15	0.22	0.12	0.16
O3'	0.36	0.35	0.43	0.34	0.22	0.29	0.23	0.21	0.25	0.28	0.31	0.21	0.49	0.54	0.40	0.24	0.14	0.17	0.11	0.12
O4'	0.34	0.40	0.36	0.34	0.23	0.34	0.19	0.31	0.21	0.27	0.38	0.24	0.56	0.44	0.36	0.32	0.17	0.16	0.11	0.12
O5'	0.33	0.41	0.40	0.35	0.34	0.34	0.22	0.28	0.21	0.24	0.46	0.41	0.58	0.56	0.39	0.29	0.10	0.16	0.14	0.14
O6	0.25	0.23	0.32	0.31	0.22	0.32	0.17	0.31	0.15	0.16	0.27	0.27	0.30	0.53	0.36	0.26	0.23	0.31	0.25	0.25
OP1	0.46	0.55	0.52	0.43	0.48	0.39	0.36	0.30	0.36	0.41	0.60	0.55	0.69	0.67	0.47	0.37	0.15	0.17	0.17	0.16
OP2	0.20	0.39	0.27	0.19	0.30	0.18	0.19	0.19	0.14	0.16	0.45	0.37	0.58	0.45	0.23	0.15	0.14	0.16	0.22	0.19
P	0.33	0.43	0.39	0.32	0.34	0.30	0.21	0.25	0.20	0.26	0.48	0.40	0.60	0.56	0.36	0.27	0.09	0.11	0.13	0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.12	0.13	0.18	0.12
C2	0.01	0.00	0.11	0.12	0.01	0.02	0.01	0.09	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.08	0.13	0.07	0.16	0.17	0.20	0.17
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.02	0.02	0.10	0.03	0.13	0.03	0.08	0.02	0.22	0.01	0.02	0.01	0.11	0.15	0.28	0.15
C3'	0.02	0.12	0.00	0.00	0.11	0.00	0.15	0.03	0.16	0.09	0.12	0.12	0.17	0.02	0.01	0.01	0.07	0.14	0.21	0.12
C4	0.01	0.01	0.02	0.11	0.00	0.06	0.01	0.12	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.06	0.14	0.01	0.19	0.22	0.25	0.22
C4'	0.01	0.02	0.02	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.09	0.04	0.03	0.06	0.03	0.10	0.02	0.00	0.01	0.06	0.07	0.01
C5	0.01	0.01	0.10	0.15	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.19	0.08	0.20	0.24	0.26	0.24
C5'	0.05	0.09	0.03	0.03	0.12	0.01	0.14	0.00	0.14	0.09	0.10	0.13	0.09	0.08	0.02	0.02	0.00	0.05	0.04	0.01
C6	0.01	0.02	0.13	0.16	0.02	0.09	0.00	0.14	0.00	0.00	0.02	0.02	0.02	0.11	0.18	0.10	0.19	0.21	0.23	0.21
N1	0.01	0.01	0.03	0.09	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.09	0.01	0.16	0.17	0.20	0.16
N3	0.01	0.01	0.08	0.12	0.01	0.03	0.01	0.10	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.07	0.14	0.05	0.17	0.19	0.22	0.20
N4	0.01	0.02	0.02	0.12	0.01	0.06	0.01	0.13	0.02	0.01	0.02	0.00	0.04	0.08	0.16	0.02	0.20	0.25	0.29	0.25
O2	0.02	0.01	0.22	0.17	0.03	0.03	0.02	0.09	0.02	0.01	0.03	0.04	0.00	0.19	0.21	0.13	0.16	0.16	0.19	0.16
O2'	0.02	0.08	0.01	0.02	0.06	0.10	0.10	0.08	0.11	0.03	0.07	0.08	0.19	0.00	0.04	0.09	0.04	0.08	0.22	0.07
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.14	0.02	0.19	0.02	0.18	0.09	0.14	0.16	0.21	0.04	0.00	0.02	0.10	0.13	0.19	0.11
O4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.02	0.10	0.01	0.05	0.02	0.13	0.09	0.02	0.00	0.09	0.10	0.10	0.09
O5'	0.12	0.16	0.11	0.07	0.19	0.01	0.20	0.00	0.19	0.16	0.17	0.20	0.16	0.04	0.10	0.09	0.00	0.01	0.03	0.01
OP1	0.13	0.17	0.15	0.14	0.22	0.06	0.24	0.05	0.21	0.17	0.19	0.25	0.16	0.08	0.13	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.20	0.28	0.21	0.25	0.07	0.26	0.04	0.23	0.20	0.22	0.29	0.19	0.22	0.19	0.10	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.12	0.17	0.15	0.12	0.22	0.01	0.24	0.01	0.21	0.16	0.20	0.25	0.16	0.07	0.11	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00