ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.044 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.027, 0.060, 0.093, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.060 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.010, 0.047, 0.084, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C1' A 0, 0.010, 0.049, 0.089, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.049 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.014, 0.102, 0.189, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.102 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.081, 0.197, 0.313, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.197 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.005, 0.186, 0.366, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.186 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.059, 0.275, 0.492, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.275 std_dev=0.216
P B 0, 0.138, 0.362, 0.587, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.362 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.168, 0.395, 0.621, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.395 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.117, 0.362, 0.608, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.362 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.207, 0.493, 0.779, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.493 std_dev=0.286
O3' A 0, 0.145, 0.493, 0.842, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.493 std_dev=0.348
O5' B 0, 0.245, 0.609, 0.972, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.609 std_dev=0.364
OP2 B 0, 0.189, 0.555, 0.922, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.555 std_dev=0.367
C5' A 0, 0.292, 0.677, 1.063, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.677 std_dev=0.385
O5' A 0, 0.176, 0.652, 1.128, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.652 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.352, 0.858, 1.364, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.858 std_dev=0.506
C4' B 0, 0.312, 1.204, 2.095, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.204 std_dev=0.891
C5 B 0, 0.221, 1.113, 2.005, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.113 std_dev=0.892
C6 B 0, 0.220, 1.162, 2.104, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.162 std_dev=0.942
N4 B 0, 0.255, 1.205, 2.154, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.205 std_dev=0.950
C4 B 0, 0.255, 1.214, 2.173, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.214 std_dev=0.959
O4' B 0, 0.282, 1.294, 2.306, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.294 std_dev=1.012
C3' B 0, 0.224, 1.305, 2.386, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.305 std_dev=1.081
N3 B 0, 0.271, 1.381, 2.492, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.381 std_dev=1.110
N1 B 0, 0.221, 1.338, 2.455, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.338 std_dev=1.117
P A 0, 0.030, 1.217, 2.404, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.217 std_dev=1.187
C2 B 0, 0.252, 1.468, 2.684, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.468 std_dev=1.216
C1' B 0, 0.223, 1.479, 2.736, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.479 std_dev=1.257
C2' B 0, 0.147, 1.522, 2.898, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.522 std_dev=1.375
O2 B 0, 0.275, 1.702, 3.129, 3.391 max_d=3.391 avg_d=1.702 std_dev=1.427
OP1 A 0, 0.032, 1.498, 2.965, 4.144 max_d=4.144 avg_d=1.498 std_dev=1.466
O3' B 0, 0.179, 1.678, 3.177, 3.402 max_d=3.402 avg_d=1.678 std_dev=1.499
OP2 A 0, -0.049, 1.599, 3.247, 4.640 max_d=4.640 avg_d=1.599 std_dev=1.648
O2' B 0, -0.047, 1.902, 3.850, 4.295 max_d=4.295 avg_d=1.902 std_dev=1.949

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.03 0.29 0.22 0.13
C2 0.06 0.00 0.18 0.22 0.01 0.12 0.02 0.20 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.26 0.05 0.20 0.03 0.17 0.70 0.29
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.12 0.25 0.19 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.03 0.33 0.28 0.03
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.01 0.10 0.09 0.17 0.29 0.21 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.30 0.07 0.26 0.35 0.10
C4 0.03 0.01 0.08 0.12 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.22 0.02 0.14 0.68 0.31
C4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.10 0.16 0.11 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.42 0.09 0.24
C5 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.01 0.30 0.01 0.27 0.94 0.51
C5' 0.04 0.20 0.01 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.21 0.18 0.21 0.22 0.18 0.21 0.15 0.03 0.03 0.01 0.00 0.22 0.07 0.04 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.11 0.02 0.32 0.01 0.32 1.04 0.57
C8 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.30 0.03 0.27 0.81 0.48
N1 0.04 0.01 0.12 0.17 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.11 0.20 0.03 0.27 0.02 0.20 0.91 0.45
N2 0.09 0.00 0.25 0.29 0.02 0.16 0.02 0.22 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.22 0.35 0.07 0.16 0.05 0.25 0.61 0.22
N3 0.06 0.01 0.19 0.21 0.00 0.11 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.14 0.24 0.05 0.16 0.03 0.21 0.56 0.21
N7 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.01 0.34 0.03 0.41 1.04 0.62
N9 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.21 0.03 0.13 0.55 0.26
O2' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.22 0.14 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.06 0.59 0.04 0.30
O3' 0.02 0.26 0.01 0.01 0.13 0.02 0.07 0.03 0.11 0.09 0.20 0.35 0.24 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.27 0.08 0.42 0.28 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.34 0.10 0.22
O5' 0.11 0.20 0.22 0.30 0.22 0.01 0.30 0.00 0.32 0.30 0.27 0.16 0.16 0.34 0.21 0.07 0.27 0.03 0.00 0.36 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.22 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.36 0.00 0.45 1.20 0.69
OP1 0.29 0.17 0.33 0.26 0.14 0.42 0.27 0.07 0.32 0.27 0.20 0.25 0.21 0.41 0.13 0.59 0.42 0.34 0.02 0.45 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.70 0.28 0.35 0.68 0.09 0.94 0.04 1.04 0.81 0.91 0.61 0.56 1.04 0.55 0.04 0.28 0.10 0.01 1.20 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.03 0.10 0.31 0.24 0.51 0.01 0.57 0.48 0.45 0.22 0.21 0.62 0.26 0.30 0.16 0.22 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.47 0.56 0.58 0.81 0.55 0.77 0.49 0.53 0.36 0.66 0.97 0.45 0.92 0.85 0.28 0.48 0.44 0.25 0.34
C2 0.27 0.45 0.23 0.36 0.68 0.33 0.69 0.51 0.55 0.42 0.57 0.78 0.40 0.16 0.37 0.31 0.25 0.32 0.15 0.21
C2' 0.16 0.51 0.45 0.57 0.79 0.46 0.74 0.38 0.55 0.40 0.69 0.91 0.44 0.79 0.93 0.16 0.65 0.62 0.48 0.53
C3' 0.09 0.55 0.52 0.64 0.86 0.47 0.78 0.38 0.56 0.41 0.76 1.00 0.46 0.92 1.10 0.13 0.72 0.69 0.52 0.58
C4 0.27 0.50 0.30 0.40 0.77 0.39 0.75 0.53 0.58 0.43 0.64 0.90 0.45 0.47 0.53 0.32 0.36 0.39 0.18 0.27
C4' 0.24 0.53 0.70 0.72 0.95 0.58 0.86 0.41 0.57 0.37 0.79 1.15 0.46 1.20 1.14 0.17 0.56 0.51 0.32 0.39
C5 0.29 0.52 0.28 0.39 0.77 0.39 0.75 0.55 0.59 0.45 0.66 0.90 0.48 0.39 0.50 0.36 0.32 0.36 0.16 0.24
C5' 0.24 0.59 0.70 0.73 1.01 0.57 0.90 0.41 0.59 0.40 0.87 1.24 0.52 1.20 1.18 0.18 0.59 0.57 0.33 0.42
C6 0.32 0.51 0.26 0.40 0.73 0.40 0.72 0.57 0.58 0.46 0.63 0.84 0.47 0.22 0.43 0.38 0.26 0.30 0.14 0.20
C8 0.27 0.51 0.41 0.47 0.80 0.44 0.77 0.51 0.56 0.41 0.68 0.96 0.48 0.69 0.70 0.31 0.41 0.41 0.20 0.30
N1 0.31 0.48 0.27 0.41 0.69 0.38 0.69 0.56 0.56 0.45 0.59 0.79 0.43 0.13 0.41 0.35 0.22 0.28 0.13 0.17
N2 0.24 0.40 0.24 0.37 0.60 0.29 0.62 0.47 0.50 0.37 0.50 0.69 0.33 0.05 0.35 0.25 0.21 0.29 0.14 0.18
N3 0.25 0.46 0.25 0.35 0.73 0.35 0.73 0.51 0.56 0.41 0.60 0.85 0.40 0.35 0.43 0.29 0.34 0.39 0.17 0.27
N7 0.28 0.52 0.32 0.41 0.79 0.40 0.77 0.54 0.58 0.44 0.67 0.93 0.49 0.52 0.58 0.35 0.35 0.38 0.17 0.26
N9 0.27 0.50 0.42 0.48 0.79 0.45 0.77 0.51 0.56 0.40 0.66 0.94 0.46 0.70 0.70 0.30 0.42 0.42 0.21 0.31
O2' 0.15 0.51 0.56 0.65 0.81 0.56 0.77 0.39 0.57 0.41 0.70 0.93 0.43 0.95 1.01 0.10 0.58 0.50 0.47 0.47
O3' 0.15 0.62 0.53 0.73 0.87 0.50 0.78 0.44 0.59 0.48 0.81 1.00 0.52 0.92 1.26 0.22 0.80 0.77 0.65 0.66
O4' 0.38 0.43 0.73 0.69 0.82 0.62 0.77 0.47 0.48 0.30 0.65 1.03 0.46 1.19 1.01 0.30 0.50 0.42 0.23 0.32
O5' 0.19 0.34 0.65 0.64 0.78 0.50 0.73 0.44 0.46 0.24 0.60 0.98 0.25 1.11 1.03 0.15 0.46 0.43 0.23 0.30
O6 0.34 0.52 0.28 0.42 0.73 0.42 0.72 0.58 0.59 0.48 0.63 0.83 0.48 0.19 0.44 0.40 0.24 0.28 0.14 0.18
OP1 0.95 0.63 1.44 1.32 0.63 1.02 0.64 0.74 0.64 0.72 0.57 0.74 0.72 1.86 1.67 0.74 1.11 0.89 0.92 0.90
OP2 0.43 0.26 0.85 0.68 0.42 0.46 0.42 0.43 0.25 0.25 0.30 0.58 0.40 1.24 1.00 0.15 0.48 0.46 0.30 0.35
P 0.67 0.34 1.12 0.98 0.42 0.73 0.42 0.49 0.32 0.39 0.30 0.60 0.49 1.55 1.31 0.42 0.78 0.62 0.57 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.17 0.14 0.27 0.02
C2 0.06 0.00 0.12 0.17 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.19 0.04 0.37 0.24 0.19 0.20
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.21 0.01 0.01 0.01 0.26 0.32 0.13 0.16
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.13 0.08 0.18 0.14 0.23 0.01 0.01 0.01 0.35 0.44 0.14 0.26
C4 0.06 0.02 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.20 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.03 0.57 0.39 0.34 0.43
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.11 0.04 0.08 0.09 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.15 0.33 0.04
C5 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.62 0.42 0.32 0.46
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.20 0.00 0.25 0.00 0.21 0.10 0.16 0.23 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.19 0.37 0.01
C6 0.02 0.02 0.09 0.13 0.02 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.13 0.03 0.54 0.33 0.17 0.32
N1 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04 0.03 0.10 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.01 0.37 0.23 0.17 0.17
N3 0.05 0.00 0.10 0.18 0.01 0.08 0.02 0.16 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.03 0.46 0.31 0.27 0.32
N4 0.06 0.02 0.05 0.14 0.00 0.09 0.01 0.23 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.11 0.17 0.03 0.62 0.46 0.44 0.51
O2 0.09 0.00 0.21 0.23 0.01 0.13 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.24 0.27 0.09 0.28 0.20 0.16 0.12
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.11 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.14 0.11 0.24 0.00 0.03 0.05 0.05 0.14 0.26 0.07
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.14 0.01 0.14 0.02 0.13 0.07 0.20 0.17 0.27 0.03 0.00 0.01 0.27 0.51 0.20 0.29
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.09 0.05 0.01 0.00 0.09 0.09 0.45 0.17
O5' 0.17 0.37 0.26 0.35 0.57 0.00 0.62 0.01 0.54 0.37 0.46 0.62 0.28 0.05 0.27 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.24 0.32 0.44 0.39 0.15 0.42 0.19 0.33 0.23 0.31 0.46 0.20 0.14 0.51 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.19 0.13 0.14 0.34 0.33 0.32 0.37 0.17 0.17 0.27 0.44 0.16 0.26 0.20 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.20 0.16 0.26 0.43 0.04 0.46 0.01 0.32 0.17 0.32 0.51 0.12 0.07 0.29 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00