ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48512

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.004, 0.035, 0.066, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.004, 0.042, 0.079, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.026, 0.068, 0.110, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.068 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.024, 0.075, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.075 std_dev=0.050
N9 A 0, 0.022, 0.089, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.089 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.034, 0.345, 0.656, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.345 std_dev=0.311
C2' A 0, 0.041, 0.455, 0.870, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.455 std_dev=0.414
OP1 B 0, 0.085, 0.566, 1.047, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.566 std_dev=0.481
C3' A 0, 0.057, 0.575, 1.093, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.575 std_dev=0.518
C4' A 0, 0.052, 0.600, 1.149, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.600 std_dev=0.548
OP2 B 0, 0.058, 0.642, 1.225, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.642 std_dev=0.583
P B 0, 0.045, 0.669, 1.294, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.669 std_dev=0.625
O5' A 0, 0.079, 0.727, 1.375, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.727 std_dev=0.648
P A 0, 0.046, 0.740, 1.433, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.740 std_dev=0.694
OP2 A 0, 0.168, 0.923, 1.679, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.923 std_dev=0.755
O3' A 0, 0.071, 0.835, 1.599, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.835 std_dev=0.764
C5' A 0, 0.061, 0.840, 1.618, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.840 std_dev=0.778
O2' A 0, 0.090, 1.028, 1.967, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.028 std_dev=0.939
OP1 A 0, 0.162, 1.260, 2.359, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.260 std_dev=1.099
O5' B 0, 0.073, 1.525, 2.978, 3.021 max_d=3.021 avg_d=1.525 std_dev=1.452
C5' B 0, 0.186, 2.275, 4.364, 4.401 max_d=4.401 avg_d=2.275 std_dev=2.089
C4' B 0, 0.105, 2.950, 5.795, 5.863 max_d=5.863 avg_d=2.950 std_dev=2.845
C3' B 0, 0.144, 3.162, 6.180, 6.259 max_d=6.259 avg_d=3.162 std_dev=3.018
C6 B 0, 0.072, 3.138, 6.204, 6.353 max_d=6.353 avg_d=3.138 std_dev=3.066
O4' B 0, 0.071, 3.200, 6.330, 6.426 max_d=6.426 avg_d=3.200 std_dev=3.130
O3' B 0, 0.233, 3.414, 6.595, 6.651 max_d=6.651 avg_d=3.414 std_dev=3.181
C5 B 0, 0.054, 3.240, 6.426, 6.600 max_d=6.600 avg_d=3.240 std_dev=3.186
N1 B 0, 0.062, 3.649, 7.237, 7.394 max_d=7.394 avg_d=3.649 std_dev=3.588
C1' B 0, 0.045, 3.713, 7.381, 7.507 max_d=7.507 avg_d=3.713 std_dev=3.668
C2' B 0, 0.115, 3.795, 7.476, 7.592 max_d=7.592 avg_d=3.795 std_dev=3.680
C4 B 0, 0.023, 3.820, 7.617, 7.824 max_d=7.824 avg_d=3.820 std_dev=3.797
N4 B 0, 0.030, 4.016, 8.002, 8.236 max_d=8.236 avg_d=4.016 std_dev=3.986
C2 B 0, 0.059, 4.245, 8.431, 8.619 max_d=8.619 avg_d=4.245 std_dev=4.186
N3 B 0, 0.024, 4.263, 8.502, 8.710 max_d=8.710 avg_d=4.263 std_dev=4.239
O2' B 0, 0.138, 4.431, 8.725, 8.847 max_d=8.847 avg_d=4.431 std_dev=4.294
O2 B 0, 0.147, 4.834, 9.520, 9.720 max_d=9.720 avg_d=4.834 std_dev=4.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.20 0.17 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.11 0.04 0.01 0.06 0.17 0.08
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03 0.11 0.06 0.13 0.14 0.25 0.21 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.03 0.34 0.47 0.36
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.21 0.00 0.26 0.03 0.26 0.25 0.22 0.13 0.15 0.28 0.19 0.03 0.01 0.02 0.11 0.28 0.19 0.19 0.16
C4 0.00 0.00 0.10 0.21 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.01 0.05 0.08 0.01 0.09 0.16 0.10
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.07 0.17 0.02 0.10 0.05 0.17 0.07 0.28 0.01 0.00 0.02 0.10 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.26 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.09 0.00 0.18 0.01 0.21 0.27 0.20
C5' 0.05 0.06 0.11 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.07 0.16 0.01 0.11 0.07 0.16 0.03 0.17 0.13 0.02 0.01 0.11 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.26 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.33 0.07 0.03 0.18 0.00 0.23 0.31 0.21
C8 0.01 0.01 0.13 0.25 0.02 0.17 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.32 0.15 0.10 0.21 0.01 0.23 0.23 0.21
N1 0.02 0.00 0.14 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.03 0.07 0.11 0.01 0.15 0.25 0.15
N2 0.03 0.00 0.25 0.13 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.18 0.15 0.02 0.01 0.03 0.14 0.05
N3 0.02 0.00 0.21 0.15 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.12 0.11 0.02 0.02 0.03 0.12 0.05
N7 0.01 0.01 0.08 0.28 0.01 0.17 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.18 0.07 0.25 0.01 0.30 0.33 0.27
N9 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.12 0.08
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.19 0.28 0.32 0.17 0.33 0.32 0.24 0.04 0.05 0.38 0.17 0.00 0.02 0.18 0.16 0.39 0.18 0.42 0.20
O3' 0.15 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.07 0.15 0.03 0.18 0.12 0.18 0.02 0.02 0.00 0.07 0.05 0.11 0.04 0.05 0.02
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.10 0.07 0.15 0.11 0.07 0.00 0.18 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.11 0.08
O5' 0.07 0.04 0.32 0.11 0.08 0.02 0.18 0.01 0.18 0.21 0.11 0.02 0.02 0.25 0.06 0.16 0.05 0.04 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.39 0.11 0.01 0.23 0.00 0.30 0.38 0.27
OP1 0.08 0.06 0.34 0.19 0.09 0.06 0.21 0.05 0.23 0.23 0.15 0.03 0.03 0.30 0.07 0.18 0.04 0.06 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.17 0.47 0.19 0.16 0.03 0.27 0.02 0.31 0.23 0.25 0.14 0.12 0.33 0.12 0.42 0.05 0.11 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.36 0.16 0.10 0.02 0.20 0.01 0.21 0.21 0.15 0.05 0.05 0.27 0.08 0.20 0.02 0.08 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.06 2.01 2.00 1.81 1.78 1.92 1.69 1.68 1.79 1.96 1.92 1.70 2.13 2.13 1.64 2.02 0.80 0.21 0.20 0.34
C2 0.67 0.90 0.52 0.47 1.10 0.47 1.14 0.64 1.03 0.88 1.00 1.17 0.80 0.36 0.22 0.66 0.12 0.05 0.19 0.06
C2' 1.69 1.58 1.75 1.61 1.25 1.64 1.16 1.39 1.31 1.53 1.44 1.14 1.75 1.97 1.60 1.63 0.50 0.19 0.58 0.02
C3' 2.33 2.21 2.49 2.34 1.79 2.28 1.67 1.92 1.84 2.12 2.04 1.65 2.43 2.77 2.41 2.20 1.05 0.28 0.26 0.44
C4 1.44 1.54 1.27 1.13 1.53 1.22 1.51 1.20 1.51 1.51 1.55 1.52 1.54 1.24 0.85 1.44 0.33 0.11 0.04 0.14
C4' 2.85 2.75 2.94 2.68 2.31 2.66 2.15 2.17 2.31 2.63 2.58 2.17 3.00 3.25 2.66 2.68 1.33 0.51 0.08 0.66
C5 1.30 1.44 1.09 0.95 1.50 1.03 1.48 1.05 1.44 1.41 1.48 1.52 1.42 1.03 0.65 1.29 0.18 0.09 0.09 0.09
C5' 3.12 3.05 3.22 2.86 2.55 2.80 2.34 2.22 2.51 2.89 2.87 2.41 3.36 3.62 2.84 2.90 1.39 0.57 0.04 0.70
C6 0.85 1.07 0.64 0.55 1.27 0.60 1.28 0.73 1.18 1.05 1.18 1.34 0.98 0.49 0.26 0.84 0.09 0.05 0.19 0.05
C8 1.88 1.93 1.72 1.49 1.80 1.60 1.73 1.43 1.77 1.87 1.89 1.76 2.02 1.80 1.23 1.84 0.52 0.16 0.06 0.23
N1 0.53 0.79 0.36 0.32 1.06 0.32 1.10 0.53 0.96 0.78 0.93 1.16 0.67 0.17 0.09 0.52 0.23 0.04 0.24 0.09
N2 0.23 0.52 0.15 0.16 0.82 0.09 0.88 0.30 0.71 0.50 0.67 0.93 0.39 0.08 0.14 0.18 0.35 0.05 0.31 0.14
N3 1.17 1.30 1.03 0.93 1.36 0.99 1.36 1.06 1.33 1.28 1.34 1.37 1.27 0.94 0.67 1.18 0.24 0.09 0.05 0.11
N7 1.59 1.70 1.39 1.19 1.68 1.29 1.63 1.22 1.62 1.65 1.71 1.68 1.73 1.39 0.90 1.56 0.32 0.12 0.05 0.15
N9 1.86 1.88 1.72 1.53 1.74 1.64 1.68 1.48 1.73 1.83 1.83 1.69 1.96 1.79 1.28 1.84 0.58 0.17 0.09 0.24
O2' 1.25 1.15 1.28 1.18 0.88 1.25 0.82 1.08 0.95 1.12 1.03 0.78 1.29 1.46 1.16 1.23 0.33 0.34 0.68 0.11
O3' 2.58 2.44 2.82 2.72 2.00 2.60 1.88 2.26 2.07 2.36 2.26 1.85 2.67 3.08 2.89 2.43 1.48 0.65 0.05 0.83
O4' 2.69 2.63 2.63 2.35 2.30 2.44 2.16 2.02 2.28 2.54 2.51 2.19 2.81 2.85 2.16 2.59 1.16 0.46 0.04 0.59
O5' 2.84 2.79 2.88 2.54 2.35 2.52 2.17 2.03 2.31 2.64 2.63 2.23 3.06 3.23 2.48 2.64 1.16 0.45 0.08 0.56
O6 0.69 0.94 0.47 0.40 1.20 0.44 1.22 0.62 1.08 0.92 1.08 1.30 0.82 0.29 0.11 0.68 0.18 0.04 0.23 0.07
OP1 3.09 3.08 3.21 2.81 2.56 2.70 2.33 2.14 2.48 2.88 2.90 2.42 3.42 3.64 2.80 2.82 1.30 0.56 0.06 0.66
OP2 2.53 2.55 2.52 2.17 2.18 2.16 2.01 1.76 2.11 2.39 2.43 2.09 2.80 2.82 2.05 2.35 0.87 0.31 0.15 0.39
P 2.87 2.87 2.90 2.50 2.42 2.46 2.21 1.96 2.34 2.69 2.72 2.31 3.17 3.27 2.42 2.64 1.10 0.43 0.11 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.46 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.03 0.43 0.19 0.81 0.38
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.03 0.08 0.07 0.10 0.01 0.02 0.01 0.31 0.05 0.34 0.23
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.05 0.05 0.11 0.11 0.11 0.00 0.00 0.00 0.38 0.05 0.23 0.26
C4 0.03 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.02 0.56 0.33 1.07 0.53
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06 0.09 0.03 0.03 0.00 0.00 0.27 0.12 0.02
C5 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.10 0.03 0.55 0.25 1.08 0.51
C5' 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.39 0.12 0.02
C6 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.46 0.09 0.90 0.39
N1 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.37 0.07 0.74 0.30
N3 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.02 0.51 0.29 0.96 0.47
N4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.15 0.03 0.60 0.43 1.16 0.59
O2 0.08 0.01 0.10 0.11 0.00 0.09 0.03 0.08 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.14 0.08 0.39 0.17 0.72 0.34
O2' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.04 0.15 0.06 0.18 0.12
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.14 0.03 0.10 0.10 0.06 0.06 0.14 0.15 0.14 0.02 0.00 0.01 0.30 0.07 0.09 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.01 0.00 0.08 0.32 0.34 0.07
O5' 0.17 0.43 0.31 0.38 0.56 0.00 0.55 0.01 0.46 0.37 0.51 0.60 0.39 0.15 0.30 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.19 0.05 0.05 0.33 0.27 0.25 0.39 0.09 0.07 0.29 0.43 0.17 0.06 0.07 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.81 0.34 0.23 1.07 0.12 1.08 0.12 0.90 0.74 0.96 1.16 0.72 0.18 0.09 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.38 0.23 0.26 0.53 0.02 0.51 0.02 0.39 0.30 0.47 0.59 0.34 0.12 0.22 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00