ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48513

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.031, 0.117, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.117 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.013, 0.103, 0.192, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.103 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.018, 0.120, 0.222, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.120 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.025, 0.155, 0.284, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.155 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.036, 0.171, 0.306, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.171 std_dev=0.135
OP1 B 0, 0.058, 0.262, 0.466, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.262 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.044, 0.251, 0.457, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.251 std_dev=0.207
P B 0, 0.093, 0.317, 0.541, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.317 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.096, 0.327, 0.558, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.327 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.066, 0.303, 0.539, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.303 std_dev=0.236
O5' A 0, 0.080, 0.356, 0.632, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.356 std_dev=0.276
O5' B 0, 0.131, 0.451, 0.771, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.451 std_dev=0.320
C5' B 0, 0.127, 0.482, 0.837, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.482 std_dev=0.355
P A 0, 0.133, 0.539, 0.945, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.539 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.173, 0.609, 1.046, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.609 std_dev=0.437
OP2 A 0, 0.169, 0.619, 1.068, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.619 std_dev=0.450
OP1 A 0, 0.157, 0.634, 1.111, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.634 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.198, 0.679, 1.159, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.679 std_dev=0.480
C3' B 0, 0.192, 0.683, 1.175, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.683 std_dev=0.492
O3' B 0, 0.145, 0.653, 1.161, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.653 std_dev=0.508
C1' B 0, 0.232, 0.794, 1.356, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.794 std_dev=0.562
N1 B 0, 0.240, 0.822, 1.404, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.822 std_dev=0.582
C2' B 0, 0.240, 0.824, 1.407, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.824 std_dev=0.584
C6 B 0, 0.243, 0.834, 1.424, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.834 std_dev=0.591
C2 B 0, 0.252, 0.860, 1.468, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.860 std_dev=0.608
O2 B 0, 0.255, 0.876, 1.497, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.876 std_dev=0.621
C5 B 0, 0.257, 0.877, 1.498, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.877 std_dev=0.621
N3 B 0, 0.263, 0.900, 1.536, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.900 std_dev=0.636
C4 B 0, 0.266, 0.908, 1.549, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.908 std_dev=0.642
O2' B 0, 0.260, 0.902, 1.545, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.902 std_dev=0.642
N4 B 0, 0.282, 0.964, 1.645, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.964 std_dev=0.682

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.04 0.01 0.04 0.09 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.08 0.00 0.09 0.13 0.11
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.08 0.00 0.10 0.14 0.11
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.11
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.12 0.09
N2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.00 0.03 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.13 0.16 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.10 0.06 0.03 0.04 0.11 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.00 0.12 0.17 0.14
OP1 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.10 0.11 0.07 0.03 0.03 0.13 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.02 0.02 0.09 0.02 0.13 0.02 0.14 0.12 0.12 0.08 0.08 0.16 0.08 0.02 0.05 0.03 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.09 0.05 0.05 0.13 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.17 0.13 0.17 0.12 0.12 0.12 0.16 0.13 0.16 0.14 0.17 0.12 0.15 0.04 0.10
C2 0.04 0.04 0.04 0.05 0.08 0.07 0.05 0.10 0.03 0.03 0.08 0.12 0.04 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.06 0.09
C2' 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.18 0.13 0.18 0.12 0.13 0.13 0.16 0.13 0.17 0.14 0.18 0.10 0.11 0.05 0.07
C3' 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.17 0.13 0.16 0.12 0.13 0.13 0.16 0.14 0.18 0.13 0.18 0.08 0.07 0.06 0.06
C4 0.08 0.05 0.07 0.10 0.09 0.13 0.06 0.15 0.04 0.05 0.08 0.13 0.05 0.09 0.12 0.11 0.11 0.16 0.06 0.11
C4' 0.18 0.16 0.15 0.14 0.17 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.18 0.17 0.19 0.13 0.19 0.10 0.09 0.07 0.09
C5 0.06 0.03 0.06 0.09 0.09 0.12 0.05 0.15 0.01 0.02 0.08 0.14 0.03 0.08 0.12 0.10 0.11 0.16 0.07 0.11
C5' 0.18 0.16 0.15 0.14 0.16 0.18 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.20 0.13 0.20 0.09 0.09 0.06 0.08
C6 0.05 0.06 0.05 0.07 0.11 0.10 0.07 0.13 0.04 0.03 0.10 0.16 0.05 0.06 0.10 0.08 0.10 0.15 0.08 0.10
C8 0.11 0.08 0.11 0.13 0.10 0.16 0.08 0.18 0.07 0.08 0.09 0.15 0.08 0.14 0.15 0.15 0.13 0.17 0.06 0.11
N1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.11 0.08 0.08 0.11 0.06 0.05 0.10 0.15 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.13 0.07 0.10
N2 0.07 0.07 0.07 0.04 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.07 0.01 0.09 0.06 0.09 0.05 0.07
N3 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.10 0.06 0.12 0.03 0.04 0.07 0.12 0.05 0.07 0.09 0.09 0.10 0.14 0.06 0.10
N7 0.08 0.04 0.08 0.11 0.09 0.14 0.06 0.17 0.03 0.04 0.08 0.15 0.04 0.11 0.14 0.12 0.12 0.17 0.07 0.11
N9 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.16 0.09 0.17 0.08 0.09 0.10 0.14 0.09 0.13 0.14 0.15 0.12 0.17 0.05 0.11
O2' 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.18 0.16 0.17 0.15 0.16 0.16 0.18 0.17 0.19 0.13 0.19 0.10 0.08 0.08 0.08
O3' 0.15 0.14 0.13 0.12 0.15 0.16 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.17 0.14 0.18 0.11 0.17 0.06 0.08 0.11 0.09
O4' 0.16 0.13 0.14 0.14 0.14 0.17 0.14 0.17 0.13 0.14 0.13 0.16 0.14 0.18 0.13 0.18 0.11 0.12 0.04 0.09
O5' 0.15 0.12 0.13 0.13 0.11 0.17 0.11 0.17 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.18 0.13 0.18 0.09 0.10 0.02 0.07
O6 0.06 0.08 0.06 0.08 0.13 0.10 0.09 0.13 0.06 0.05 0.12 0.18 0.07 0.07 0.11 0.08 0.11 0.15 0.08 0.10
OP1 0.19 0.16 0.16 0.15 0.14 0.20 0.14 0.18 0.15 0.16 0.15 0.15 0.17 0.21 0.14 0.21 0.10 0.10 0.04 0.08
OP2 0.13 0.08 0.12 0.13 0.04 0.17 0.04 0.17 0.07 0.09 0.05 0.07 0.10 0.17 0.15 0.16 0.10 0.11 0.05 0.07
P 0.15 0.12 0.13 0.13 0.10 0.18 0.10 0.17 0.11 0.12 0.10 0.11 0.13 0.18 0.14 0.18 0.09 0.10 0.02 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.05 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.10 0.08 0.06 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.09 0.07 0.04 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.10 0.08 0.07 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.07 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.05 0.05
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.08 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03
O5' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.02 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.03 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00