ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48514

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.099, 0.339, 0.579, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.339 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.104, 0.353, 0.603, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.353 std_dev=0.250
C4' A 0, 0.122, 0.417, 0.711, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.417 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.176, 0.601, 1.027, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.601 std_dev=0.425
O2' A 0, 0.177, 0.603, 1.029, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.603 std_dev=0.426
P B 0, 0.178, 0.606, 1.035, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.606 std_dev=0.429
O5' A 0, 0.191, 0.652, 1.114, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.652 std_dev=0.461
C3' A 0, 0.192, 0.654, 1.116, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.654 std_dev=0.462
C5' A 0, 0.295, 1.009, 1.722, 1.519 max_d=1.519 avg_d=1.009 std_dev=0.713
OP2 B 0, 0.304, 1.039, 1.774, 1.561 max_d=1.561 avg_d=1.039 std_dev=0.735
O3' A 0, 0.312, 1.066, 1.820, 1.605 max_d=1.605 avg_d=1.066 std_dev=0.754
C5' B 0, 0.372, 1.270, 2.169, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.270 std_dev=0.898
OP1 A 0, 0.384, 1.310, 2.236, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.310 std_dev=0.926
OP1 B 0, 0.413, 1.411, 2.409, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.411 std_dev=0.998
P A 0, 0.457, 1.561, 2.665, 2.353 max_d=2.353 avg_d=1.561 std_dev=1.104
C4' B 0, 0.580, 1.980, 3.380, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.980 std_dev=1.400
O4' B 0, 0.741, 2.528, 4.316, 3.796 max_d=3.796 avg_d=2.528 std_dev=1.788
O3' B 0, 0.852, 2.907, 4.963, 4.366 max_d=4.366 avg_d=2.907 std_dev=2.056
C3' B 0, 0.886, 3.025, 5.163, 4.541 max_d=4.541 avg_d=3.025 std_dev=2.139
C6 B 0, 0.987, 3.371, 5.754, 5.060 max_d=5.060 avg_d=3.371 std_dev=2.384
C5 B 0, 0.999, 3.411, 5.823, 5.119 max_d=5.119 avg_d=3.411 std_dev=2.412
OP2 A 0, 1.017, 3.473, 5.928, 5.220 max_d=5.220 avg_d=3.473 std_dev=2.455
C1' B 0, 1.035, 3.535, 6.035, 5.307 max_d=5.307 avg_d=3.535 std_dev=2.500
N1 B 0, 1.052, 3.593, 6.134, 5.392 max_d=5.392 avg_d=3.593 std_dev=2.541
C4 B 0, 1.093, 3.733, 6.373, 5.601 max_d=5.601 avg_d=3.733 std_dev=2.640
N4 B 0, 1.116, 3.811, 6.506, 5.717 max_d=5.717 avg_d=3.811 std_dev=2.695
C2' B 0, 1.186, 4.050, 6.914, 6.080 max_d=6.080 avg_d=4.050 std_dev=2.864
C2 B 0, 1.290, 4.403, 7.516, 6.605 max_d=6.605 avg_d=4.403 std_dev=3.113
N3 B 0, 1.307, 4.462, 7.617, 6.693 max_d=6.693 avg_d=4.462 std_dev=3.155
O2' B 0, 1.391, 4.749, 8.106, 7.130 max_d=7.130 avg_d=4.749 std_dev=3.358
O2 B 0, 1.555, 5.310, 9.065, 7.966 max_d=7.966 avg_d=5.310 std_dev=3.755

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.26 0.05 0.15 0.01 0.01 0.32 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.11 0.09 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.20 0.02 0.26 0.08 0.17
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.05 0.13 0.09 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.02 0.36 0.12 0.13
C4 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.16 0.03 0.17 0.00 0.04 0.38 0.25
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.36 0.09
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.02 0.21 0.00 0.07 0.62 0.35
C5' 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.22 0.23 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.14 0.03 0.21 0.00 0.06 0.67 0.37
C8 0.00 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.22 0.00 0.10 0.62 0.36
N1 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.21 0.04 0.18 0.00 0.03 0.51 0.30
N2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.31 0.06 0.13 0.01 0.02 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.25 0.05 0.14 0.00 0.01 0.23 0.17
N7 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.24 0.00 0.11 0.78 0.42
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.17 0.00 0.06 0.33 0.22
O2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.13 0.04 0.11 0.04 0.15 0.01 0.19 0.24 0.19 0.05 0.05 0.00 0.03 0.03 0.21 0.14 0.30 0.04 0.16
O3' 0.13 0.26 0.02 0.00 0.16 0.01 0.11 0.05 0.14 0.00 0.21 0.31 0.25 0.03 0.10 0.03 0.00 0.09 0.15 0.12 0.33 0.34 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.02 0.11 0.19 0.07
O5' 0.09 0.15 0.20 0.23 0.17 0.01 0.21 0.00 0.21 0.22 0.18 0.13 0.14 0.24 0.17 0.21 0.15 0.05 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.12 0.02 0.23 0.00 0.07 0.81 0.43
OP1 0.03 0.01 0.26 0.36 0.04 0.07 0.07 0.22 0.06 0.10 0.03 0.02 0.01 0.11 0.06 0.30 0.33 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.32 0.08 0.12 0.38 0.36 0.62 0.23 0.67 0.62 0.51 0.22 0.23 0.78 0.33 0.04 0.34 0.19 0.00 0.81 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.22 0.17 0.13 0.25 0.09 0.35 0.01 0.37 0.36 0.30 0.17 0.17 0.42 0.22 0.16 0.03 0.07 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.43 0.04 0.13 0.17 0.14 0.75 0.19 0.72 0.13 0.38 0.17 0.93 0.14 0.18 0.09 0.24 0.26 0.05 0.10
C2 0.84 0.46 0.77 0.59 0.73 0.55 1.06 0.29 1.13 0.83 0.46 0.67 0.14 0.97 0.55 0.75 0.17 0.10 0.11 0.08
C2' 0.13 0.77 0.14 0.08 0.16 0.10 0.47 0.28 0.46 0.15 0.75 0.17 1.27 0.07 0.17 0.07 0.36 0.41 0.22 0.29
C3' 0.25 0.96 0.28 0.02 0.39 0.05 0.28 0.28 0.29 0.31 1.00 0.42 1.45 0.22 0.11 0.15 0.40 0.54 0.26 0.37
C4 0.63 0.26 0.57 0.51 0.68 0.44 1.11 0.33 1.13 0.69 0.29 0.63 0.14 0.68 0.49 0.54 0.23 0.05 0.13 0.02
C4' 0.06 0.66 0.13 0.05 0.04 0.09 0.60 0.21 0.55 0.05 0.65 0.04 1.16 0.06 0.13 0.03 0.30 0.37 0.09 0.19
C5 0.86 0.64 0.81 0.70 0.96 0.55 1.28 0.40 1.28 0.96 0.66 0.90 0.31 0.89 0.64 0.69 0.22 0.06 0.17 0.01
C5' 0.10 0.44 0.06 0.26 0.14 0.24 0.76 0.37 0.68 0.11 0.44 0.15 0.91 0.08 0.34 0.11 0.39 0.37 0.19 0.25
C6 1.11 0.95 1.05 0.84 1.10 0.66 1.30 0.42 1.35 1.17 0.93 1.02 0.71 1.18 0.76 0.88 0.18 0.17 0.19 0.05
C8 0.49 0.19 0.47 0.49 0.69 0.37 1.13 0.35 1.05 0.58 0.24 0.68 0.20 0.50 0.48 0.38 0.24 0.08 0.15 0.06
N1 1.09 0.81 1.02 0.79 0.96 0.66 1.19 0.37 1.27 1.08 0.78 0.88 0.58 1.21 0.71 0.90 0.16 0.21 0.17 0.09
N2 0.78 0.40 0.73 0.52 0.65 0.51 0.95 0.20 1.03 0.75 0.39 0.60 0.10 0.99 0.49 0.70 0.11 0.15 0.06 0.14
N3 0.60 0.17 0.52 0.43 0.57 0.41 0.99 0.26 1.04 0.62 0.20 0.53 0.23 0.68 0.42 0.54 0.22 0.07 0.08 0.02
N7 0.75 0.58 0.72 0.67 0.99 0.49 1.30 0.41 1.22 0.87 0.64 0.95 0.26 0.76 0.62 0.57 0.23 0.02 0.18 0.02
N9 0.39 0.02 0.34 0.37 0.50 0.31 1.01 0.30 0.98 0.46 0.02 0.48 0.46 0.42 0.38 0.33 0.25 0.14 0.11 0.06
O2' 0.24 0.92 0.27 0.04 0.30 0.04 0.31 0.26 0.33 0.28 0.87 0.30 1.48 0.15 0.09 0.16 0.43 0.55 0.29 0.40
O3' 0.41 1.20 0.52 0.24 0.65 0.06 0.04 0.18 0.09 0.51 1.25 0.69 1.71 0.42 0.09 0.26 0.45 0.75 0.29 0.48
O4' 0.13 0.38 0.05 0.13 0.24 0.14 0.82 0.18 0.76 0.17 0.34 0.25 0.89 0.13 0.18 0.10 0.23 0.23 0.01 0.06
O5' 0.17 0.68 0.21 0.01 0.15 0.04 0.41 0.11 0.33 0.17 0.69 0.14 1.08 0.20 0.05 0.16 0.13 0.16 0.01 0.03
O6 1.25 1.23 1.22 0.95 1.27 0.72 1.35 0.45 1.37 1.32 1.20 1.19 1.09 1.34 0.86 0.93 0.16 0.24 0.22 0.06
OP1 0.29 0.80 0.36 0.15 0.40 0.12 0.12 0.04 0.10 0.33 0.86 0.44 1.15 0.37 0.09 0.23 0.13 0.24 0.02 0.05
OP2 0.47 1.02 0.44 0.13 0.68 0.15 0.13 0.11 0.12 0.54 1.11 0.74 1.34 0.47 0.05 0.36 0.15 0.23 0.10 0.14
P 0.26 0.77 0.28 0.04 0.33 0.07 0.21 0.12 0.17 0.29 0.81 0.34 1.13 0.29 0.03 0.22 0.14 0.18 0.02 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.16 0.27 0.14
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.20 0.19 0.11 0.01 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.01 0.00 0.05 0.16 0.29 0.16
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.24 0.00 0.33 0.00 0.32 0.16 0.12 0.26 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.16 0.09
C4 0.02 0.00 0.03 0.24 0.00 0.15 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.22 0.04 0.24 0.25 0.32 0.23
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.34 0.09 0.03 0.16 0.33 0.12 0.03 0.00 0.02 0.10 0.24 0.13
C5 0.01 0.00 0.00 0.33 0.00 0.32 0.00 0.58 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.25 0.22 0.56 0.56 0.60 0.56
C5' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.28 0.00 0.58 0.00 0.58 0.16 0.04 0.30 0.53 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.34 0.00 0.58 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.21 0.27 0.57 0.57 0.62 0.58
N1 0.02 0.00 0.02 0.16 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.15 0.21 0.30 0.19
N3 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.13 0.08 0.05 0.05 0.09
N4 0.02 0.00 0.04 0.26 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.25 0.04 0.26 0.26 0.32 0.24
O2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.00 0.33 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.01 0.40 0.55 0.43 0.31 0.51
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.14 0.12 0.28 0.10 0.29 0.08 0.02 0.15 0.29 0.00 0.04 0.11 0.18 0.36 0.53 0.36
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.22 0.03 0.25 0.05 0.21 0.11 0.15 0.25 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.24 0.15
O4' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.04 0.00 0.22 0.01 0.27 0.03 0.13 0.04 0.40 0.11 0.01 0.00 0.06 0.18 0.26 0.14
O5' 0.05 0.19 0.05 0.02 0.24 0.02 0.56 0.00 0.57 0.15 0.08 0.26 0.55 0.18 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.16 0.11 0.16 0.06 0.25 0.10 0.56 0.00 0.57 0.21 0.05 0.26 0.43 0.36 0.07 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.01 0.29 0.16 0.32 0.24 0.60 0.02 0.62 0.30 0.05 0.32 0.31 0.53 0.24 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.16 0.16 0.09 0.23 0.13 0.56 0.00 0.58 0.19 0.09 0.24 0.51 0.36 0.15 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00