Doublet Group distance statistics: 48516

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N3	A	0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N1	A	0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C5	A	0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.029
N2	A	0, 0.010, 0.043, 0.076, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C4	A	0, 0.001, 0.034, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N9	A	0, 0.004, 0.040, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.040 std_dev=0.037
O6	A	0, 0.010, 0.057, 0.105, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.057 std_dev=0.047
N7	A	0, -0.001, 0.064, 0.129, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.064 std_dev=0.065
C8	A	0, 0.007, 0.078, 0.150, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.078 std_dev=0.071
N4	B	0, 0.022, 0.346, 0.671, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.346 std_dev=0.324
P	B	0, 0.157, 0.561, 0.965, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.561 std_dev=0.404
OP1	B	0, 0.172, 0.594, 1.016, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.594 std_dev=0.422
O4'	A	0, 0.221, 0.761, 1.301, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.761 std_dev=0.540
C5	B	0, 0.227, 0.815, 1.403, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.815 std_dev=0.588
C2'	A	0, 0.242, 0.838, 1.433, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.838 std_dev=0.595
C4	B	0, 0.324, 1.105, 1.887, 1.678 max_d=1.678 avg_d=1.105 std_dev=0.782
O2'	A	0, 0.366, 1.248, 2.131, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.248 std_dev=0.883
C4'	A	0, 0.362, 1.255, 2.148, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.255 std_dev=0.893
C3'	A	0, 0.365, 1.266, 2.168, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.266 std_dev=0.901
OP2	B	0, 0.384, 1.311, 2.239, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.311 std_dev=0.927
O5'	A	0, 0.432, 1.481, 2.530, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.481 std_dev=1.049
C5'	A	0, 0.481, 1.660, 2.838, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.660 std_dev=1.179
O5'	B	0, 0.464, 1.662, 2.859, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.662 std_dev=1.197
O3'	A	0, 0.496, 1.709, 2.923, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.709 std_dev=1.214
P	A	0, 0.555, 1.904, 3.252, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.904 std_dev=1.348
C6	B	0, 0.567, 1.945, 3.323, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.945 std_dev=1.378
OP1	A	0, 0.567, 1.946, 3.325, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.946 std_dev=1.379
N3	B	0, 0.771, 2.632, 4.493, 3.976 max_d=3.976 avg_d=2.632 std_dev=1.861
C5'	B	0, 0.833, 2.903, 4.972, 4.680 max_d=4.680 avg_d=2.903 std_dev=2.070
N1	B	0, 1.022, 3.492, 5.961, 5.319 max_d=5.319 avg_d=3.492 std_dev=2.470
OP2	A	0, 1.023, 3.503, 5.982, 5.390 max_d=5.390 avg_d=3.503 std_dev=2.479
C2	B	0, 1.135, 3.877, 6.619, 5.847 max_d=5.847 avg_d=3.877 std_dev=2.742
C4'	B	0, 1.239, 4.259, 7.280, 6.671 max_d=6.671 avg_d=4.259 std_dev=3.021
O4'	B	0, 1.265, 4.338, 7.410, 6.725 max_d=6.725 avg_d=4.338 std_dev=3.073
C3'	B	0, 1.374, 4.693, 8.011, 7.094 max_d=7.094 avg_d=4.693 std_dev=3.319
C1'	B	0, 1.407, 4.810, 8.214, 7.349 max_d=7.349 avg_d=4.810 std_dev=3.403
O2	B	0, 1.568, 5.355, 9.141, 8.075 max_d=8.075 avg_d=5.355 std_dev=3.786
C2'	B	0, 1.612, 5.506, 9.400, 8.326 max_d=8.326 avg_d=5.506 std_dev=3.894
O3'	B	0, 1.709, 5.835, 9.962, 8.810 max_d=8.810 avg_d=5.835 std_dev=4.126
O2'	B	0, 2.074, 7.087, 12.101, 10.807 max_d=10.807 avg_d=7.087 std_dev=5.014

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.00	0.17	0.00	0.09	0.01	0.19	0.04	0.10
C2	0.03	0.00	0.22	0.13	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.14	0.12	0.15	0.11	0.00	0.29	0.14	0.12
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.12	0.01	0.07	0.12	0.12	0.11	0.18	0.26	0.21	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01	0.25	0.09	0.33	0.14	0.28
C3'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.14	0.00	0.19	0.01	0.20	0.17	0.17	0.11	0.10	0.20	0.12	0.03	0.00	0.01	0.05	0.22	0.10	0.10	0.04
C4	0.01	0.01	0.12	0.14	0.00	0.01	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.08	0.08	0.11	0.01	0.30	0.17	0.12
C4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.01	0.12	0.03	0.09	0.06	0.10	0.04	0.17	0.01	0.00	0.01	0.04	0.16	0.13	0.02
C5	0.01	0.01	0.07	0.19	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.15	0.02	0.05	0.14	0.02	0.36	0.30	0.16
C5'	0.04	0.10	0.12	0.01	0.05	0.01	0.04	0.00	0.03	0.12	0.07	0.12	0.09	0.10	0.04	0.06	0.11	0.02	0.01	0.01	0.24	0.25	0.02
C6	0.01	0.00	0.12	0.20	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.12	0.03	0.08	0.13	0.00	0.37	0.31	0.15
C8	0.01	0.01	0.11	0.17	0.00	0.12	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.25	0.05	0.08	0.17	0.03	0.36	0.30	0.17
N1	0.02	0.00	0.18	0.17	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.10	0.06	0.13	0.11	0.01	0.34	0.23	0.13
N2	0.04	0.00	0.26	0.11	0.01	0.09	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.21	0.16	0.17	0.11	0.02	0.27	0.10	0.12
N3	0.03	0.00	0.21	0.10	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.12	0.15	0.14	0.10	0.01	0.27	0.10	0.11
N7	0.01	0.01	0.06	0.20	0.00	0.10	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.24	0.07	0.03	0.19	0.03	0.40	0.39	0.20
N9	0.00	0.02	0.02	0.12	0.01	0.04	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.12	0.06	0.01	0.10	0.01	0.28	0.14	0.11
O2'	0.00	0.14	0.00	0.03	0.07	0.17	0.15	0.06	0.12	0.25	0.10	0.21	0.12	0.24	0.12	0.00	0.03	0.11	0.19	0.15	0.27	0.13	0.24
O3'	0.17	0.12	0.01	0.00	0.08	0.01	0.02	0.11	0.03	0.05	0.06	0.16	0.15	0.07	0.06	0.03	0.00	0.12	0.13	0.07	0.41	0.21	0.17
O4'	0.00	0.15	0.01	0.01	0.08	0.00	0.05	0.02	0.08	0.08	0.13	0.17	0.14	0.03	0.01	0.11	0.12	0.00	0.05	0.08	0.03	0.10	0.05
O5'	0.09	0.11	0.25	0.05	0.11	0.01	0.14	0.01	0.13	0.17	0.11	0.11	0.10	0.19	0.10	0.19	0.13	0.05	0.00	0.13	0.01	0.02	0.01
O6	0.01	0.00	0.09	0.22	0.01	0.04	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.15	0.07	0.08	0.13	0.00	0.39	0.38	0.16
OP1	0.19	0.29	0.33	0.10	0.30	0.16	0.36	0.24	0.37	0.36	0.34	0.27	0.27	0.40	0.28	0.27	0.41	0.03	0.01	0.39	0.00	0.01	0.00
OP2	0.04	0.14	0.14	0.10	0.17	0.13	0.30	0.25	0.31	0.30	0.23	0.10	0.10	0.39	0.14	0.13	0.21	0.10	0.02	0.38	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.12	0.28	0.04	0.12	0.02	0.16	0.02	0.15	0.17	0.13	0.12	0.11	0.20	0.11	0.24	0.17	0.05	0.01	0.16	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.05	0.30	0.44	0.07	0.22	0.13	0.21	0.15	0.09	0.04	0.05	0.04	0.34	0.80	0.25	0.16	0.18	0.22	0.03
C2	0.60	0.41	0.44	0.32	0.16	0.59	0.16	0.55	0.32	0.44	0.28	0.10	0.51	0.54	0.20	0.70	0.21	0.18	0.44	0.15
C2'	0.40	0.36	0.05	0.23	0.35	0.29	0.41	0.35	0.44	0.41	0.34	0.31	0.34	0.11	0.64	0.58	0.20	0.04	0.03	0.23
C3'	0.14	0.16	0.60	0.77	0.14	0.42	0.12	0.39	0.09	0.12	0.17	0.16	0.20	0.64	1.21	0.21	0.28	0.28	0.33	0.10
C4	0.35	0.25	0.10	0.03	0.12	0.30	0.15	0.30	0.23	0.28	0.17	0.07	0.29	0.16	0.27	0.48	0.02	0.17	0.34	0.08
C4'	0.46	0.42	0.94	1.08	0.26	0.71	0.19	0.57	0.24	0.37	0.36	0.22	0.50	1.04	1.53	0.32	0.53	0.49	0.42	0.30
C5	0.42	0.30	0.21	0.10	0.13	0.37	0.15	0.34	0.25	0.32	0.20	0.08	0.36	0.28	0.11	0.52	0.07	0.19	0.35	0.12
C5'	0.60	0.53	1.09	1.21	0.31	0.82	0.23	0.64	0.32	0.48	0.44	0.25	0.63	1.22	1.68	0.43	0.64	0.57	0.44	0.37
C6	0.56	0.40	0.43	0.32	0.16	0.54	0.16	0.48	0.29	0.42	0.27	0.12	0.49	0.54	0.21	0.64	0.17	0.21	0.40	0.17
C8	0.21	0.15	0.10	0.22	0.10	0.16	0.14	0.16	0.19	0.19	0.11	0.06	0.17	0.11	0.49	0.35	0.08	0.18	0.27	0.06
N1	0.65	0.46	0.54	0.44	0.18	0.66	0.16	0.58	0.32	0.48	0.31	0.13	0.57	0.67	0.36	0.73	0.24	0.21	0.43	0.19
N2	0.74	0.51	0.62	0.51	0.19	0.76	0.18	0.70	0.37	0.54	0.34	0.13	0.62	0.73	0.42	0.84	0.32	0.16	0.49	0.17
N3	0.42	0.29	0.18	0.05	0.13	0.39	0.15	0.39	0.26	0.33	0.20	0.07	0.35	0.25	0.18	0.55	0.08	0.14	0.38	0.08
N7	0.32	0.23	0.09	0.07	0.12	0.26	0.14	0.25	0.22	0.26	0.16	0.07	0.27	0.13	0.26	0.43	0.03	0.18	0.31	0.10
N9	0.21	0.15	0.11	0.24	0.09	0.18	0.14	0.19	0.19	0.18	0.10	0.05	0.15	0.13	0.54	0.35	0.08	0.17	0.28	0.04
O2'	0.64	0.61	0.20	0.04	0.58	0.45	0.64	0.51	0.67	0.64	0.58	0.53	0.60	0.19	0.42	0.79	0.39	0.19	0.17	0.42
O3'	0.42	0.46	0.92	1.11	0.42	0.71	0.36	0.69	0.34	0.41	0.47	0.44	0.49	0.94	1.56	0.30	0.56	0.56	0.64	0.39
O4'	0.38	0.33	0.78	0.91	0.20	0.60	0.13	0.46	0.19	0.30	0.29	0.16	0.40	0.87	1.30	0.25	0.49	0.47	0.40	0.29
O5'	0.38	0.35	0.84	0.96	0.21	0.58	0.14	0.42	0.19	0.30	0.30	0.18	0.43	0.94	1.40	0.21	0.51	0.49	0.41	0.31
O6	0.61	0.43	0.52	0.42	0.17	0.60	0.16	0.52	0.30	0.44	0.29	0.14	0.55	0.65	0.35	0.67	0.21	0.23	0.40	0.20
OP1	0.35	0.27	0.83	0.97	0.12	0.60	0.07	0.46	0.14	0.25	0.21	0.07	0.35	0.94	1.42	0.21	0.55	0.60	0.44	0.37
OP2	0.57	0.53	1.05	1.15	0.36	0.74	0.28	0.55	0.34	0.48	0.48	0.32	0.63	1.18	1.61	0.38	0.66	0.61	0.52	0.44
P	0.44	0.40	0.91	1.03	0.24	0.63	0.16	0.46	0.23	0.35	0.35	0.20	0.49	1.03	1.47	0.26	0.55	0.52	0.42	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.08	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.01	0.17	0.17	0.05	0.16
C2	0.02	0.00	0.01	0.10	0.01	0.07	0.01	0.27	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.07	0.02	0.28	0.24	0.11	0.25
C2'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.06	0.04	0.01	0.00	0.03	0.03	0.00	0.04	0.01	0.28	0.20	0.02	0.21
C3'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.12	0.00	0.09	0.05	0.05	0.07	0.13	0.12	0.09	0.01	0.01	0.02	0.36	0.24	0.07	0.24
C4	0.03	0.01	0.02	0.12	0.00	0.13	0.01	0.40	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.12	0.02	0.31	0.28	0.19	0.30
C4'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.13	0.00	0.14	0.01	0.11	0.07	0.11	0.14	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.05	0.30	0.03
C5	0.02	0.01	0.04	0.09	0.01	0.14	0.00	0.40	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.10	0.02	0.31	0.29	0.20	0.30
C5'	0.08	0.27	0.06	0.05	0.40	0.01	0.40	0.00	0.32	0.25	0.35	0.43	0.19	0.02	0.03	0.01	0.01	0.18	0.48	0.02
C6	0.02	0.02	0.04	0.05	0.00	0.11	0.00	0.32	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.05	0.03	0.29	0.27	0.14	0.28
N1	0.01	0.01	0.01	0.07	0.02	0.07	0.01	0.25	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.04	0.01	0.26	0.23	0.09	0.24
N3	0.02	0.00	0.00	0.13	0.00	0.11	0.02	0.35	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.11	0.02	0.30	0.25	0.15	0.28
N4	0.03	0.01	0.03	0.12	0.01	0.14	0.01	0.43	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.14	0.03	0.32	0.29	0.22	0.31
O2	0.03	0.01	0.03	0.09	0.01	0.02	0.02	0.19	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.11	0.05	0.04	0.27	0.22	0.09	0.24
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.06	0.02	0.04	0.02	0.03	0.04	0.07	0.07	0.11	0.00	0.05	0.06	0.09	0.04	0.12	0.06
O3'	0.03	0.07	0.04	0.01	0.12	0.01	0.10	0.03	0.05	0.04	0.11	0.14	0.05	0.05	0.00	0.01	0.31	0.18	0.18	0.18
O4'	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.04	0.06	0.01	0.00	0.08	0.12	0.14	0.09
O5'	0.17	0.28	0.28	0.36	0.31	0.02	0.31	0.01	0.29	0.26	0.30	0.32	0.27	0.09	0.31	0.08	0.00	0.01	0.03	0.00
OP1	0.17	0.24	0.20	0.24	0.28	0.05	0.29	0.18	0.27	0.23	0.25	0.29	0.22	0.04	0.18	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.05	0.11	0.02	0.07	0.19	0.30	0.20	0.48	0.14	0.09	0.15	0.22	0.09	0.12	0.18	0.14	0.03	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.25	0.21	0.24	0.30	0.03	0.30	0.02	0.28	0.24	0.28	0.31	0.24	0.06	0.18	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00