ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48520

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 20, 23, 22, 12, 7, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.016, 0.039, 0.061, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.039 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.050 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.027, 0.064, 0.102, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.064 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.029, 0.072, 0.115, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.072 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.079, 0.183, 0.286, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.183 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.029, 0.133, 0.237, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.133 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.141, 0.295, 0.448, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.295 std_dev=0.154
P B 0, 0.189, 0.351, 0.513, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.351 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.097, 0.260, 0.424, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.260 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.049, 0.223, 0.397, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.223 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.165, 0.362, 0.558, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.362 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.279, 0.503, 0.728, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.503 std_dev=0.225
O5' A 0, 0.138, 0.406, 0.674, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.406 std_dev=0.268
O3' A 0, 0.155, 0.424, 0.692, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.424 std_dev=0.269
P A 0, 0.194, 0.486, 0.777, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.486 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.098, 0.393, 0.688, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.393 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.229, 0.646, 1.064, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.646 std_dev=0.417
OP1 A 0, -0.053, 0.629, 1.311, 3.308 max_d=3.308 avg_d=0.629 std_dev=0.682
OP2 A 0, 0.003, 0.713, 1.423, 3.308 max_d=3.308 avg_d=0.713 std_dev=0.710
C5' B 0, 0.160, 1.072, 1.984, 3.999 max_d=3.999 avg_d=1.072 std_dev=0.912
C8 B 0, 0.461, 1.616, 2.771, 4.538 max_d=4.538 avg_d=1.616 std_dev=1.155
C4' B 0, 0.183, 1.379, 2.575, 5.221 max_d=5.221 avg_d=1.379 std_dev=1.196
N7 B 0, 0.467, 1.711, 2.956, 5.846 max_d=5.846 avg_d=1.711 std_dev=1.245
O4' B 0, 0.254, 1.577, 2.900, 5.554 max_d=5.554 avg_d=1.577 std_dev=1.323
C3' B 0, 0.125, 1.600, 3.075, 5.105 max_d=5.105 avg_d=1.600 std_dev=1.475
N9 B 0, 0.358, 1.877, 3.396, 5.785 max_d=5.785 avg_d=1.877 std_dev=1.519
O3' B 0, 0.639, 2.215, 3.791, 6.645 max_d=6.645 avg_d=2.215 std_dev=1.576
C1' B 0, 0.417, 2.026, 3.635, 6.406 max_d=6.406 avg_d=2.026 std_dev=1.609
C5 B 0, 0.318, 1.979, 3.640, 7.070 max_d=7.070 avg_d=1.979 std_dev=1.661
C2' B 0, 0.638, 2.335, 4.032, 6.432 max_d=6.432 avg_d=2.335 std_dev=1.697
C4 B 0, 0.228, 2.098, 3.967, 7.290 max_d=7.290 avg_d=2.098 std_dev=1.870
O6 B 0, 0.381, 2.289, 4.197, 9.597 max_d=9.597 avg_d=2.289 std_dev=1.908
C6 B 0, 0.269, 2.231, 4.192, 8.676 max_d=8.676 avg_d=2.231 std_dev=1.962
O2' B 0, 1.045, 3.124, 5.203, 8.704 max_d=8.704 avg_d=3.124 std_dev=2.079
N3 B 0, 0.084, 2.452, 4.821, 9.173 max_d=9.173 avg_d=2.452 std_dev=2.368
N1 B 0, 0.080, 2.518, 4.957, 9.896 max_d=9.896 avg_d=2.518 std_dev=2.438
C2 B 0, -0.017, 2.623, 5.263, 10.303 max_d=10.303 avg_d=2.623 std_dev=2.640
N2 B 0, -0.177, 2.995, 6.166, 12.323 max_d=12.323 avg_d=2.995 std_dev=3.172

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.02 0.28 0.21 0.14
C2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.03 0.20 0.01 0.50 0.24 0.20
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.08 0.07 0.11 0.16 0.12 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.08 0.25 0.12 0.12
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.14 0.09 0.15 0.10 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.25 0.14 0.14
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.20 0.01 0.49 0.22 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.04 0.07 0.04 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.15 0.21 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.24 0.01 0.60 0.27 0.24
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.17 0.20 0.13 0.08 0.08 0.22 0.12 0.04 0.04 0.02 0.01 0.20 0.22 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.24 0.00 0.64 0.30 0.25
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.03 0.25 0.01 0.56 0.22 0.23
N1 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.03 0.22 0.01 0.58 0.27 0.23
N2 0.04 0.01 0.16 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.04 0.19 0.01 0.46 0.23 0.19
N3 0.03 0.00 0.12 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.03 0.18 0.01 0.44 0.21 0.18
N7 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.27 0.01 0.66 0.28 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.19 0.01 0.44 0.20 0.18
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.04 0.11 0.04 0.15 0.22 0.16 0.04 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.10 0.22 0.13 0.08
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.11 0.16 0.13 0.22 0.14 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.13 0.13 0.38 0.26 0.21
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.13 0.03 0.20 0.32 0.17
O5' 0.13 0.20 0.10 0.10 0.20 0.01 0.24 0.01 0.24 0.25 0.22 0.19 0.18 0.27 0.19 0.06 0.13 0.13 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.26 0.00 0.69 0.34 0.27
OP1 0.28 0.50 0.25 0.25 0.49 0.15 0.60 0.22 0.64 0.56 0.58 0.46 0.44 0.66 0.44 0.22 0.38 0.20 0.02 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.24 0.12 0.14 0.22 0.21 0.27 0.27 0.30 0.22 0.27 0.23 0.21 0.28 0.20 0.13 0.26 0.32 0.02 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.20 0.12 0.14 0.20 0.04 0.24 0.01 0.25 0.23 0.23 0.19 0.18 0.26 0.18 0.08 0.21 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.62 0.91 0.98 1.00 0.80 0.61 0.88 0.60 0.96 0.76 0.96 0.96 0.84 0.88 0.70 0.84 1.33 0.47 0.19 1.04 0.15 0.28 0.13
C2 0.30 0.43 0.38 0.50 0.44 0.37 0.60 0.58 0.67 0.55 0.57 0.39 0.37 0.69 0.39 0.45 0.73 0.37 0.28 0.80 0.14 0.20 0.16
C2' 0.61 0.88 0.94 0.91 0.74 0.57 0.80 0.45 0.90 0.64 0.91 0.95 0.81 0.78 0.63 0.88 1.28 0.51 0.28 0.99 0.19 0.26 0.17
C3' 0.65 0.95 0.99 0.94 0.77 0.61 0.80 0.44 0.91 0.61 0.96 1.05 0.88 0.75 0.64 0.97 1.34 0.56 0.31 0.99 0.20 0.28 0.21
C4 0.28 0.49 0.55 0.69 0.48 0.41 0.65 0.60 0.73 0.59 0.63 0.46 0.42 0.74 0.42 0.43 0.99 0.30 0.17 0.86 0.14 0.26 0.14
C4' 0.78 1.13 1.15 1.09 0.93 0.68 0.94 0.53 1.05 0.74 1.12 1.25 1.05 0.86 0.79 1.11 1.46 0.59 0.26 1.09 0.12 0.25 0.12
C5 0.27 0.40 0.43 0.60 0.40 0.40 0.58 0.60 0.66 0.53 0.54 0.36 0.33 0.68 0.35 0.48 0.91 0.34 0.22 0.81 0.14 0.24 0.14
C5' 0.79 1.17 1.17 1.12 0.94 0.70 0.94 0.55 1.05 0.73 1.15 1.30 1.08 0.85 0.80 1.15 1.50 0.59 0.26 1.09 0.12 0.26 0.12
C6 0.41 0.44 0.39 0.50 0.41 0.42 0.55 0.60 0.63 0.49 0.53 0.44 0.40 0.63 0.37 0.66 0.78 0.46 0.31 0.77 0.14 0.21 0.15
C8 0.37 0.60 0.68 0.80 0.55 0.48 0.69 0.61 0.77 0.61 0.70 0.61 0.53 0.76 0.47 0.57 1.15 0.34 0.16 0.90 0.14 0.28 0.13
N1 0.45 0.49 0.41 0.48 0.46 0.44 0.58 0.60 0.65 0.51 0.57 0.50 0.46 0.64 0.41 0.70 0.71 0.49 0.35 0.77 0.15 0.19 0.16
N2 0.38 0.51 0.40 0.45 0.49 0.39 0.63 0.57 0.69 0.57 0.61 0.48 0.45 0.69 0.44 0.53 0.62 0.43 0.34 0.80 0.15 0.18 0.17
N3 0.26 0.49 0.53 0.64 0.49 0.38 0.66 0.58 0.73 0.61 0.63 0.44 0.41 0.75 0.43 0.35 0.91 0.28 0.17 0.85 0.14 0.24 0.14
N7 0.28 0.44 0.50 0.67 0.42 0.42 0.60 0.61 0.68 0.54 0.57 0.42 0.37 0.69 0.37 0.50 1.01 0.33 0.19 0.83 0.14 0.26 0.14
N9 0.42 0.67 0.74 0.84 0.61 0.50 0.74 0.61 0.82 0.65 0.76 0.67 0.59 0.79 0.53 0.59 1.16 0.35 0.15 0.93 0.14 0.28 0.13
O2' 0.77 1.08 1.10 1.01 0.91 0.68 0.92 0.46 1.02 0.73 1.07 1.16 1.01 0.85 0.78 1.09 1.37 0.64 0.33 1.07 0.22 0.23 0.19
O3' 0.76 1.06 1.06 0.97 0.84 0.70 0.83 0.46 0.96 0.60 1.04 1.18 0.99 0.73 0.70 1.12 1.38 0.70 0.41 1.01 0.30 0.34 0.32
O4' 0.74 1.07 1.12 1.12 0.92 0.70 0.96 0.65 1.05 0.81 1.08 1.15 0.99 0.92 0.80 1.01 1.46 0.55 0.22 1.10 0.16 0.28 0.14
O5' 0.61 0.97 0.99 0.98 0.77 0.57 0.81 0.51 0.92 0.63 0.98 1.09 0.88 0.76 0.63 0.94 1.38 0.48 0.19 1.00 0.17 0.30 0.19
O6 0.54 0.54 0.46 0.50 0.47 0.47 0.56 0.61 0.64 0.48 0.58 0.58 0.52 0.61 0.43 0.85 0.76 0.55 0.36 0.77 0.15 0.20 0.16
OP1 0.75 1.14 1.12 1.12 0.91 0.75 0.93 0.69 1.06 0.75 1.14 1.28 1.04 0.88 0.77 1.10 1.54 0.63 0.34 1.13 0.34 0.38 0.33
OP2 0.49 0.78 0.79 0.88 0.61 0.54 0.71 0.55 0.82 0.57 0.82 0.87 0.69 0.72 0.50 0.77 1.33 0.46 0.25 0.95 0.24 0.34 0.26
P 0.61 0.98 0.97 0.99 0.77 0.59 0.82 0.54 0.94 0.63 0.99 1.11 0.89 0.78 0.64 0.94 1.41 0.49 0.20 1.02 0.19 0.30 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.33 0.00 0.38 0.02 0.36 0.35 0.31
C2 0.03 0.00 0.39 0.33 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.19 0.32 0.23 0.59 0.01 0.59 0.62 0.59
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.20 0.01 0.10 0.23 0.18 0.19 0.30 0.46 0.38 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.65 0.14 0.69 0.66 0.64
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.30 0.01 0.39 0.01 0.42 0.36 0.39 0.32 0.28 0.41 0.25 0.02 0.01 0.02 0.36 0.45 0.51 0.10 0.29
C4 0.01 0.01 0.20 0.30 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.13 0.63 0.01 0.60 0.60 0.59
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.09 0.21 0.06 0.12 0.08 0.19 0.09 0.32 0.03 0.00 0.01 0.13 0.19 0.33 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.39 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.12 0.06 0.75 0.01 0.73 0.78 0.73
C5' 0.09 0.14 0.23 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.11 0.16 0.11 0.17 0.14 0.17 0.08 0.09 0.22 0.01 0.01 0.13 0.31 0.43 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.42 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.10 0.76 0.01 0.76 0.84 0.77
C8 0.01 0.01 0.19 0.36 0.00 0.21 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.22 0.14 0.76 0.02 0.69 0.68 0.67
N1 0.03 0.00 0.30 0.39 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.18 0.69 0.01 0.69 0.75 0.70
N2 0.04 0.00 0.46 0.32 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.43 0.28 0.54 0.02 0.54 0.58 0.55
N3 0.03 0.00 0.38 0.28 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.34 0.23 0.54 0.01 0.52 0.53 0.52
N7 0.01 0.01 0.10 0.41 0.01 0.19 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.25 0.07 0.82 0.02 0.79 0.86 0.79
N9 0.00 0.02 0.02 0.25 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.01 0.60 0.01 0.54 0.51 0.52
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.14 0.32 0.28 0.09 0.25 0.41 0.16 0.30 0.19 0.42 0.21 0.00 0.05 0.23 0.36 0.31 0.39 0.68 0.43
O3' 0.33 0.32 0.03 0.01 0.15 0.03 0.12 0.22 0.16 0.22 0.21 0.43 0.34 0.25 0.08 0.05 0.00 0.25 0.25 0.21 0.56 0.37 0.32
O4' 0.00 0.23 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.01 0.10 0.14 0.18 0.28 0.23 0.07 0.01 0.23 0.25 0.00 0.11 0.07 0.16 0.29 0.10
O5' 0.38 0.59 0.65 0.36 0.63 0.01 0.75 0.01 0.76 0.76 0.69 0.54 0.54 0.82 0.60 0.36 0.25 0.11 0.00 0.82 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.14 0.45 0.01 0.13 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.31 0.21 0.07 0.82 0.00 0.84 0.95 0.85
OP1 0.36 0.59 0.69 0.51 0.60 0.19 0.73 0.31 0.76 0.69 0.69 0.54 0.52 0.79 0.54 0.39 0.56 0.16 0.02 0.84 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.62 0.66 0.10 0.60 0.33 0.78 0.43 0.84 0.68 0.75 0.58 0.53 0.86 0.51 0.68 0.37 0.29 0.02 0.95 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.59 0.64 0.29 0.59 0.06 0.73 0.01 0.77 0.67 0.70 0.55 0.52 0.79 0.52 0.43 0.32 0.10 0.00 0.85 0.01 0.01 0.00