ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48521

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 12, 2, 5, 0, 1, 1, 3, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.019, 0.041, 0.062, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.027, 0.057, 0.087, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.057 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.024, 0.056, 0.089, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.056 std_dev=0.033
OP1 B 0, 0.184, 0.408, 0.632, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.408 std_dev=0.224
P B 0, 0.103, 0.417, 0.730, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.417 std_dev=0.314
OP2 B 0, 0.095, 0.623, 1.151, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.623 std_dev=0.528
O4' A 0, -0.124, 0.425, 0.975, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.425 std_dev=0.550
C2' A 0, -0.167, 0.411, 0.988, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.411 std_dev=0.578
O2' A 0, -0.122, 0.504, 1.131, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.504 std_dev=0.626
O5' B 0, -0.066, 0.696, 1.458, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.696 std_dev=0.762
C4' A 0, -0.221, 0.611, 1.443, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.611 std_dev=0.832
C3' A 0, -0.253, 0.670, 1.592, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.670 std_dev=0.923
C5' B 0, -0.211, 1.013, 2.238, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.013 std_dev=1.225
O3' A 0, -0.329, 0.963, 2.254, 3.520 max_d=3.520 avg_d=0.963 std_dev=1.292
O5' A 0, -0.333, 1.075, 2.483, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.075 std_dev=1.408
C5' A 0, -0.384, 1.043, 2.471, 4.035 max_d=4.035 avg_d=1.043 std_dev=1.428
OP2 A 0, -0.281, 1.282, 2.846, 4.311 max_d=4.311 avg_d=1.282 std_dev=1.563
C4' B 0, -0.367, 1.211, 2.790, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.211 std_dev=1.578
O3' B 0, -0.296, 1.291, 2.877, 4.523 max_d=4.523 avg_d=1.291 std_dev=1.586
C3' B 0, -0.318, 1.293, 2.904, 4.554 max_d=4.554 avg_d=1.293 std_dev=1.611
C8 B 0, -0.324, 1.338, 3.001, 4.694 max_d=4.694 avg_d=1.338 std_dev=1.663
C2' B 0, -0.333, 1.338, 3.010, 4.768 max_d=4.768 avg_d=1.338 std_dev=1.672
O4' B 0, -0.430, 1.319, 3.069, 4.642 max_d=4.642 avg_d=1.319 std_dev=1.750
P A 0, -0.424, 1.375, 3.174, 4.721 max_d=4.721 avg_d=1.375 std_dev=1.799
N9 B 0, -0.415, 1.449, 3.313, 4.766 max_d=4.766 avg_d=1.449 std_dev=1.864
C1' B 0, -0.463, 1.459, 3.382, 5.160 max_d=5.160 avg_d=1.459 std_dev=1.923
N7 B 0, -0.468, 1.653, 3.774, 5.797 max_d=5.797 avg_d=1.653 std_dev=2.121
O2' B 0, -0.501, 1.728, 3.957, 6.159 max_d=6.159 avg_d=1.728 std_dev=2.229
C4 B 0, -0.575, 1.774, 4.124, 6.019 max_d=6.019 avg_d=1.774 std_dev=2.349
OP1 A 0, -0.594, 1.772, 4.138, 6.037 max_d=6.037 avg_d=1.772 std_dev=2.366
C5 B 0, -0.601, 1.877, 4.356, 6.393 max_d=6.393 avg_d=1.877 std_dev=2.478
N3 B 0, -0.724, 2.058, 4.841, 7.120 max_d=7.120 avg_d=2.058 std_dev=2.782
C6 B 0, -0.785, 2.283, 5.351, 7.777 max_d=7.777 avg_d=2.283 std_dev=3.068
C2 B 0, -0.853, 2.367, 5.587, 8.206 max_d=8.206 avg_d=2.367 std_dev=3.220
N1 B 0, -0.880, 2.467, 5.813, 8.475 max_d=8.475 avg_d=2.467 std_dev=3.346
O6 B 0, -0.887, 2.548, 5.984, 8.675 max_d=8.675 avg_d=2.548 std_dev=3.435
N2 B 0, -1.008, 2.700, 6.409, 9.455 max_d=9.455 avg_d=2.700 std_dev=3.709

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.17 0.12
C2 0.03 0.00 0.40 0.39 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.52 0.20 0.17 0.01 0.14 0.20 0.18
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.21 0.01 0.10 0.04 0.18 0.18 0.31 0.48 0.40 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.13 0.26 0.16
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.23 0.00 0.18 0.02 0.24 0.20 0.34 0.46 0.36 0.14 0.09 0.02 0.01 0.01 0.13 0.22 0.16 0.21 0.13
C4 0.01 0.01 0.21 0.23 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.26 0.10 0.16 0.01 0.13 0.20 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.11 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.18 0.04 0.21 0.01 0.18 0.24 0.18
C5' 0.03 0.09 0.04 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.13 0.11 0.10 0.08 0.14 0.07 0.07 0.07 0.02 0.01 0.15 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.24 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.29 0.08 0.23 0.00 0.19 0.25 0.20
C8 0.01 0.01 0.18 0.20 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.20 0.13 0.19 0.02 0.19 0.23 0.19
N1 0.02 0.00 0.31 0.34 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.44 0.15 0.21 0.01 0.16 0.23 0.20
N2 0.03 0.01 0.48 0.46 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.64 0.24 0.16 0.01 0.14 0.20 0.20
N3 0.03 0.00 0.40 0.36 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.46 0.19 0.15 0.01 0.12 0.19 0.16
N7 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.08 0.22 0.02 0.22 0.26 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.14 0.02 0.12 0.19 0.14
O2' 0.01 0.34 0.00 0.02 0.17 0.11 0.13 0.07 0.17 0.18 0.26 0.43 0.32 0.16 0.08 0.00 0.04 0.07 0.09 0.16 0.09 0.23 0.11
O3' 0.07 0.52 0.01 0.01 0.26 0.01 0.18 0.07 0.29 0.20 0.44 0.64 0.46 0.13 0.05 0.04 0.00 0.04 0.18 0.25 0.27 0.28 0.19
O4' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.02 0.08 0.13 0.15 0.24 0.19 0.08 0.01 0.07 0.04 0.00 0.09 0.05 0.11 0.18 0.15
O5' 0.07 0.17 0.13 0.13 0.16 0.02 0.21 0.01 0.23 0.19 0.21 0.16 0.15 0.22 0.14 0.09 0.18 0.09 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.25 0.05 0.25 0.00 0.23 0.27 0.22
OP1 0.08 0.14 0.13 0.16 0.13 0.07 0.18 0.07 0.19 0.19 0.16 0.14 0.12 0.22 0.12 0.09 0.27 0.11 0.02 0.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.26 0.21 0.20 0.06 0.24 0.02 0.25 0.23 0.23 0.20 0.19 0.26 0.19 0.23 0.28 0.18 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.16 0.13 0.16 0.05 0.18 0.01 0.20 0.19 0.20 0.20 0.16 0.21 0.14 0.11 0.19 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.86 1.57 0.27 0.24 1.23 0.47 1.14 0.26 1.28 0.76 1.49 1.74 1.46 0.87 0.97 0.41 0.32 0.98 0.68 1.22 0.27 0.39 0.36
C2 0.16 0.50 0.20 0.35 0.29 0.19 0.22 0.45 0.28 0.20 0.42 0.64 0.45 0.19 0.18 0.56 0.57 0.17 0.32 0.25 0.24 0.20 0.22
C2' 0.88 1.56 0.33 0.27 1.12 0.49 0.90 0.27 1.05 0.49 1.36 1.84 1.48 0.54 0.84 0.33 0.29 0.94 0.28 0.92 0.74 0.27 0.24
C3' 1.29 2.24 0.60 0.47 1.68 0.73 1.48 0.32 1.68 0.95 2.04 2.57 2.09 1.06 1.32 0.39 0.35 1.31 0.45 1.56 0.71 0.15 0.14
C4 0.41 1.05 0.19 0.29 0.74 0.21 0.67 0.40 0.80 0.35 0.98 1.21 0.94 0.44 0.51 0.59 0.49 0.48 0.50 0.76 0.27 0.27 0.28
C4' 1.56 2.65 0.69 0.50 2.15 0.87 2.04 0.40 2.27 1.48 2.55 2.90 2.47 1.66 1.76 0.22 0.21 1.61 0.85 2.20 0.28 0.50 0.45
C5 0.32 1.04 0.20 0.32 0.69 0.19 0.64 0.45 0.80 0.29 0.99 1.22 0.90 0.40 0.44 0.68 0.50 0.36 0.44 0.77 0.26 0.24 0.26
C5' 1.75 3.18 0.80 0.55 2.56 0.92 2.52 0.44 2.83 1.83 3.14 3.46 2.90 2.10 2.07 0.28 0.24 1.75 0.97 2.81 0.23 0.67 0.58
C6 0.17 0.77 0.24 0.37 0.45 0.21 0.40 0.50 0.53 0.16 0.71 0.94 0.65 0.21 0.25 0.71 0.55 0.18 0.35 0.50 0.24 0.21 0.22
C8 0.60 1.52 0.19 0.26 1.10 0.27 1.05 0.36 1.25 0.60 1.47 1.73 1.34 0.77 0.78 0.62 0.40 0.66 0.56 1.23 0.27 0.32 0.31
N1 0.13 0.52 0.24 0.38 0.27 0.23 0.21 0.50 0.30 0.20 0.45 0.67 0.44 0.17 0.15 0.65 0.58 0.12 0.29 0.26 0.23 0.20 0.21
N2 0.16 0.23 0.21 0.37 0.16 0.21 0.23 0.43 0.22 0.36 0.18 0.33 0.21 0.37 0.19 0.49 0.59 0.14 0.21 0.28 0.22 0.20 0.19
N3 0.33 0.77 0.19 0.29 0.53 0.19 0.45 0.39 0.53 0.24 0.69 0.91 0.71 0.28 0.37 0.52 0.52 0.39 0.46 0.48 0.27 0.24 0.27
N7 0.43 1.32 0.19 0.30 0.91 0.20 0.87 0.42 1.07 0.44 1.28 1.53 1.14 0.60 0.61 0.70 0.46 0.48 0.49 1.05 0.26 0.27 0.28
N9 0.62 1.39 0.20 0.25 1.03 0.30 0.96 0.33 1.12 0.57 1.32 1.57 1.25 0.70 0.76 0.55 0.41 0.71 0.59 1.08 0.27 0.32 0.32
O2' 0.88 1.35 0.34 0.28 0.97 0.56 0.71 0.20 0.81 0.37 1.12 1.61 1.32 0.38 0.75 0.29 0.26 0.95 0.23 0.66 0.75 0.35 0.31
O3' 1.50 2.43 0.83 0.69 1.80 0.93 1.53 0.49 1.73 1.01 2.16 2.83 2.29 1.07 1.44 0.69 0.57 1.46 0.43 1.56 0.94 0.46 0.42
O4' 1.28 2.23 0.50 0.35 1.86 0.70 1.84 0.37 2.02 1.37 2.20 2.37 2.06 1.56 1.54 0.21 0.20 1.41 1.00 2.00 0.22 0.77 0.69
O5' 1.49 2.94 0.63 0.44 2.30 0.74 2.29 0.31 2.61 1.59 2.92 3.24 2.64 1.87 1.81 0.20 0.25 1.50 0.86 2.61 0.31 0.55 0.49
O6 0.13 0.74 0.27 0.39 0.41 0.24 0.36 0.54 0.51 0.15 0.69 0.92 0.60 0.18 0.20 0.77 0.56 0.13 0.31 0.49 0.24 0.21 0.21
OP1 1.78 3.66 0.81 0.54 2.85 0.85 2.93 0.39 3.38 2.06 3.72 4.01 3.21 2.46 2.24 0.27 0.26 1.73 1.00 3.45 0.24 0.75 0.64
OP2 1.24 2.82 0.45 0.36 2.15 0.56 2.22 0.31 2.60 1.48 2.88 3.12 2.45 1.82 1.63 0.33 0.32 1.24 0.81 2.66 0.30 0.57 0.50
P 1.48 3.13 0.58 0.39 2.45 0.68 2.53 0.31 2.92 1.77 3.20 3.42 2.75 2.13 1.91 0.17 0.21 1.48 0.94 2.98 0.22 0.72 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.12 0.03 0.10 0.23 0.11
C2 0.03 0.00 0.23 0.16 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.37 0.14 0.22 0.02 0.23 0.31 0.25
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.13 0.02 0.07 0.27 0.12 0.11 0.19 0.27 0.23 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.11 0.10 0.10 0.43 0.16
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.23 0.00 0.35 0.06 0.35 0.38 0.26 0.11 0.12 0.42 0.23 0.02 0.01 0.03 0.32 0.40 0.25 0.12 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.23 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.19 0.06 0.30 0.01 0.30 0.30 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.12 0.24 0.05 0.13 0.07 0.23 0.10 0.31 0.02 0.01 0.02 0.16 0.05 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.11 0.03 0.48 0.01 0.49 0.50 0.48
C5' 0.09 0.07 0.27 0.06 0.05 0.01 0.13 0.00 0.13 0.20 0.06 0.12 0.09 0.22 0.06 0.08 0.18 0.02 0.02 0.18 0.08 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.13 0.04 0.48 0.01 0.52 0.58 0.51
C8 0.01 0.01 0.11 0.38 0.00 0.24 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.20 0.14 0.56 0.02 0.51 0.40 0.50
N1 0.03 0.01 0.19 0.26 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.09 0.35 0.01 0.39 0.47 0.39
N2 0.04 0.01 0.27 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.51 0.19 0.14 0.03 0.15 0.26 0.19
N3 0.03 0.00 0.23 0.12 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.40 0.14 0.17 0.01 0.17 0.23 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.42 0.00 0.23 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.44 0.23 0.11 0.62 0.02 0.62 0.60 0.61
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.10 0.03 0.32 0.02 0.28 0.23 0.28
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.24 0.31 0.38 0.08 0.39 0.37 0.29 0.14 0.13 0.44 0.23 0.00 0.06 0.21 0.21 0.46 0.18 0.41 0.11
O3' 0.32 0.37 0.03 0.01 0.19 0.02 0.11 0.18 0.13 0.20 0.23 0.51 0.40 0.23 0.10 0.06 0.00 0.20 0.43 0.17 0.60 0.33 0.48
O4' 0.00 0.14 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.14 0.09 0.19 0.14 0.11 0.03 0.21 0.20 0.00 0.08 0.04 0.09 0.23 0.09
O5' 0.12 0.22 0.11 0.32 0.30 0.02 0.48 0.02 0.48 0.56 0.35 0.14 0.17 0.62 0.32 0.21 0.43 0.08 0.00 0.57 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.40 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.46 0.17 0.04 0.57 0.00 0.64 0.72 0.62
OP1 0.10 0.23 0.10 0.25 0.30 0.05 0.49 0.08 0.52 0.51 0.39 0.15 0.17 0.62 0.28 0.18 0.60 0.09 0.02 0.64 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.31 0.43 0.12 0.30 0.23 0.50 0.35 0.58 0.40 0.47 0.26 0.23 0.60 0.23 0.41 0.33 0.23 0.02 0.72 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.16 0.24 0.30 0.02 0.48 0.02 0.51 0.50 0.39 0.19 0.19 0.61 0.28 0.11 0.48 0.09 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00