ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48522

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 10, 4, 5, 1, 1, 4, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.032 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.025, 0.046, 0.067, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.018, 0.040, 0.061, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.040 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.025, 0.049, 0.072, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.049 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.023, 0.047, 0.072, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.031, 0.057, 0.083, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.057 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.007, 0.036, 0.066, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.036 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.037, 0.083, 0.130, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.083 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.059, 0.208, 0.356, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.208 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.091, 0.266, 0.442, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.266 std_dev=0.175
C4' A 0, 0.150, 0.377, 0.604, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.377 std_dev=0.227
C3' A 0, 0.203, 0.444, 0.686, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.444 std_dev=0.241
O2' A 0, 0.181, 0.430, 0.679, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.430 std_dev=0.249
P B 0, 0.438, 0.773, 1.108, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.773 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.252, 0.590, 0.928, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.590 std_dev=0.338
OP1 B 0, 0.335, 0.696, 1.057, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.696 std_dev=0.361
O5' A 0, 0.257, 0.618, 0.980, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.618 std_dev=0.361
O3' A 0, 0.368, 0.732, 1.096, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.732 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.225, 0.598, 0.972, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.598 std_dev=0.373
P A 0, 0.362, 0.737, 1.112, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.737 std_dev=0.375
OP2 A 0, 0.369, 1.061, 1.753, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.061 std_dev=0.692
O5' B 0, 0.597, 1.289, 1.981, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.289 std_dev=0.692
C5' B 0, 1.436, 2.358, 3.280, 4.277 max_d=4.277 avg_d=2.358 std_dev=0.922
OP1 A 0, 0.260, 1.247, 2.234, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.247 std_dev=0.987
C4' B 0, 1.773, 3.197, 4.621, 6.513 max_d=6.513 avg_d=3.197 std_dev=1.424
C8 B 0, 1.847, 3.544, 5.241, 7.661 max_d=7.661 avg_d=3.544 std_dev=1.697
O4' B 0, 1.853, 3.551, 5.249, 7.563 max_d=7.563 avg_d=3.551 std_dev=1.698
C3' B 0, 2.208, 3.956, 5.704, 8.032 max_d=8.032 avg_d=3.956 std_dev=1.748
N7 B 0, 1.781, 3.567, 5.354, 7.964 max_d=7.964 avg_d=3.567 std_dev=1.787
O3' B 0, 2.353, 4.327, 6.300, 8.723 max_d=8.723 avg_d=4.327 std_dev=1.974
C1' B 0, 2.274, 4.418, 6.562, 9.498 max_d=9.498 avg_d=4.418 std_dev=2.144
N9 B 0, 2.026, 4.200, 6.374, 9.397 max_d=9.397 avg_d=4.200 std_dev=2.174
C2' B 0, 2.599, 4.831, 7.064, 10.047 max_d=10.047 avg_d=4.831 std_dev=2.233
C5 B 0, 1.876, 4.261, 6.646, 10.104 max_d=10.104 avg_d=4.261 std_dev=2.385
O2' B 0, 3.155, 5.641, 8.127, 11.150 max_d=11.150 avg_d=5.641 std_dev=2.486
O6 B 0, 1.734, 4.333, 6.932, 10.788 max_d=10.788 avg_d=4.333 std_dev=2.599
C4 B 0, 2.095, 4.728, 7.360, 11.087 max_d=11.087 avg_d=4.728 std_dev=2.633
C6 B 0, 1.831, 4.604, 7.377, 11.411 max_d=11.411 avg_d=4.604 std_dev=2.773
N3 B 0, 2.416, 5.593, 8.770, 13.277 max_d=13.277 avg_d=5.593 std_dev=3.177
N1 B 0, 2.046, 5.435, 8.824, 13.693 max_d=13.693 avg_d=5.435 std_dev=3.389
C2 B 0, 2.363, 5.918, 9.473, 14.551 max_d=14.551 avg_d=5.918 std_dev=3.555
N2 B 0, 2.689, 6.818, 10.946, 16.856 max_d=16.856 avg_d=6.818 std_dev=4.128

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.03 0.35 0.34 0.18
C2 0.06 0.00 0.16 0.14 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.20 0.05 0.18 0.02 0.75 0.32 0.30
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.09 0.07 0.14 0.20 0.15 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.09 0.27 0.20 0.15
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.13 0.12 0.18 0.13 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.11 0.10 0.27 0.18 0.16
C4 0.03 0.02 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.20 0.02 0.73 0.32 0.30
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.05 0.10 0.07 0.11 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.08 0.17 0.34 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.25 0.01 0.92 0.39 0.37
C5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.11 0.01 0.17 0.00 0.17 0.21 0.12 0.08 0.07 0.23 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.20 0.30 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.12 0.04 0.26 0.01 0.98 0.44 0.39
C8 0.03 0.02 0.07 0.13 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.05 0.27 0.02 0.82 0.34 0.35
N1 0.05 0.01 0.14 0.12 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.19 0.17 0.04 0.22 0.02 0.89 0.38 0.35
N2 0.08 0.01 0.20 0.18 0.02 0.10 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.27 0.26 0.06 0.17 0.03 0.70 0.31 0.28
N3 0.06 0.01 0.15 0.13 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.19 0.18 0.05 0.16 0.02 0.65 0.30 0.27
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.05 0.30 0.02 1.00 0.43 0.41
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.19 0.02 0.63 0.30 0.27
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.11 0.06 0.09 0.07 0.13 0.05 0.19 0.27 0.19 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.12 0.25 0.27 0.14
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.10 0.03 0.10 0.05 0.12 0.14 0.17 0.26 0.18 0.13 0.06 0.05 0.00 0.02 0.15 0.12 0.46 0.25 0.22
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.09 0.05 0.24 0.50 0.20
O5' 0.10 0.18 0.09 0.11 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.27 0.22 0.17 0.16 0.30 0.19 0.09 0.15 0.09 0.00 0.29 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.10 0.02 0.08 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.12 0.12 0.05 0.29 0.00 1.07 0.51 0.43
OP1 0.35 0.75 0.27 0.27 0.73 0.17 0.92 0.30 0.98 0.82 0.89 0.70 0.65 1.00 0.63 0.25 0.46 0.24 0.03 1.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.32 0.20 0.18 0.32 0.34 0.39 0.35 0.44 0.34 0.38 0.31 0.30 0.43 0.30 0.27 0.25 0.50 0.02 0.51 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.30 0.15 0.16 0.30 0.07 0.37 0.02 0.39 0.35 0.35 0.28 0.27 0.41 0.27 0.14 0.22 0.20 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.65 1.03 1.00 1.11 0.83 0.72 0.83 0.64 0.94 0.64 1.03 1.13 0.95 0.73 0.69 0.95 1.54 0.51 0.37 0.96 0.26 0.28 0.19
C2 0.46 0.49 0.46 0.62 0.49 0.52 0.57 0.68 0.60 0.57 0.55 0.48 0.47 0.63 0.49 0.49 0.88 0.53 0.29 0.67 0.20 0.24 0.20
C2' 0.62 1.07 1.00 1.09 0.85 0.67 0.87 0.60 1.00 0.64 1.08 1.16 0.96 0.77 0.69 0.91 1.49 0.46 0.41 1.03 0.38 0.32 0.23
C3' 0.70 1.23 1.09 1.16 0.96 0.71 0.97 0.61 1.12 0.69 1.23 1.35 1.10 0.82 0.77 1.02 1.58 0.51 0.43 1.15 0.38 0.34 0.25
C4 0.41 0.58 0.63 0.81 0.51 0.56 0.58 0.65 0.64 0.53 0.62 0.60 0.52 0.61 0.46 0.59 1.19 0.42 0.23 0.71 0.21 0.27 0.17
C4' 0.86 1.42 1.25 1.29 1.11 0.83 1.08 0.66 1.23 0.77 1.39 1.57 1.29 0.89 0.90 1.22 1.73 0.63 0.46 1.24 0.29 0.29 0.20
C5 0.44 0.52 0.56 0.76 0.48 0.57 0.56 0.70 0.60 0.54 0.57 0.53 0.48 0.60 0.46 0.59 1.13 0.50 0.24 0.68 0.20 0.26 0.17
C5' 0.89 1.51 1.30 1.32 1.16 0.85 1.12 0.66 1.29 0.78 1.47 1.69 1.37 0.91 0.94 1.29 1.78 0.65 0.45 1.29 0.27 0.29 0.19
C6 0.56 0.56 0.52 0.68 0.55 0.61 0.60 0.75 0.63 0.60 0.59 0.57 0.55 0.64 0.54 0.66 0.98 0.63 0.32 0.69 0.20 0.25 0.21
C8 0.50 0.75 0.79 0.96 0.62 0.64 0.66 0.68 0.74 0.55 0.77 0.82 0.68 0.64 0.53 0.78 1.39 0.46 0.27 0.79 0.23 0.29 0.17
N1 0.60 0.60 0.52 0.64 0.59 0.61 0.63 0.75 0.65 0.63 0.62 0.61 0.59 0.67 0.58 0.66 0.88 0.67 0.36 0.71 0.21 0.25 0.23
N2 0.54 0.56 0.49 0.56 0.56 0.54 0.62 0.68 0.64 0.62 0.60 0.55 0.54 0.67 0.55 0.53 0.74 0.60 0.37 0.69 0.23 0.25 0.25
N3 0.37 0.52 0.56 0.74 0.48 0.50 0.57 0.62 0.62 0.53 0.58 0.53 0.47 0.61 0.44 0.49 1.07 0.40 0.22 0.69 0.21 0.26 0.17
N7 0.45 0.59 0.65 0.85 0.52 0.61 0.58 0.70 0.64 0.53 0.63 0.63 0.54 0.61 0.47 0.67 1.26 0.48 0.24 0.71 0.21 0.27 0.17
N9 0.50 0.78 0.81 0.97 0.65 0.63 0.68 0.65 0.76 0.56 0.80 0.85 0.71 0.65 0.55 0.76 1.38 0.44 0.28 0.81 0.24 0.29 0.17
O2' 0.79 1.28 1.15 1.20 1.03 0.78 1.02 0.64 1.16 0.75 1.27 1.38 1.16 0.87 0.85 1.08 1.57 0.60 0.52 1.17 0.43 0.34 0.30
O3' 0.82 1.43 1.21 1.23 1.12 0.77 1.12 0.64 1.30 0.79 1.43 1.57 1.28 0.94 0.90 1.15 1.62 0.60 0.53 1.33 0.47 0.44 0.35
O4' 0.78 1.23 1.14 1.21 0.97 0.80 0.94 0.66 1.07 0.70 1.20 1.36 1.13 0.79 0.81 1.13 1.67 0.60 0.42 1.06 0.26 0.29 0.21
O5' 0.69 1.23 1.09 1.16 0.93 0.71 0.92 0.61 1.08 0.64 1.22 1.39 1.10 0.77 0.73 1.07 1.62 0.50 0.34 1.10 0.27 0.28 0.19
O6 0.68 0.66 0.58 0.69 0.64 0.67 0.66 0.80 0.69 0.65 0.67 0.69 0.66 0.69 0.63 0.79 0.96 0.73 0.37 0.74 0.20 0.25 0.23
OP1 0.91 1.53 1.27 1.34 1.18 0.94 1.16 0.88 1.34 0.88 1.51 1.71 1.37 0.99 0.97 1.24 1.81 0.77 0.53 1.35 0.53 0.43 0.46
OP2 0.57 1.04 0.92 1.07 0.78 0.69 0.81 0.70 0.96 0.63 1.05 1.18 0.91 0.74 0.63 0.88 1.55 0.50 0.33 1.01 0.37 0.34 0.30
P 0.70 1.28 1.09 1.17 0.96 0.73 0.95 0.66 1.12 0.68 1.26 1.45 1.13 0.81 0.76 1.07 1.65 0.53 0.34 1.15 0.31 0.30 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.32 0.03 0.30 0.34 0.26
C2 0.05 0.00 0.36 0.31 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.32 0.17 0.52 0.01 0.51 0.51 0.46
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.18 0.17 0.16 0.28 0.43 0.35 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.51 0.14 0.57 0.55 0.50
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.26 0.01 0.31 0.03 0.34 0.26 0.33 0.32 0.27 0.31 0.19 0.02 0.01 0.02 0.35 0.36 0.52 0.17 0.29
C4 0.02 0.01 0.19 0.26 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.09 0.54 0.02 0.50 0.48 0.45
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.20 0.08 0.12 0.09 0.19 0.09 0.24 0.03 0.01 0.01 0.14 0.20 0.30 0.07
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.13 0.05 0.66 0.02 0.60 0.59 0.57
C5' 0.07 0.13 0.18 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.20 0.25 0.15 0.15 0.12 0.27 0.12 0.07 0.17 0.01 0.01 0.24 0.31 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.34 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.18 0.08 0.67 0.00 0.64 0.65 0.61
C8 0.02 0.02 0.16 0.26 0.01 0.20 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.13 0.13 0.66 0.04 0.57 0.51 0.53
N1 0.04 0.01 0.28 0.33 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.25 0.13 0.61 0.01 0.59 0.60 0.55
N2 0.07 0.01 0.43 0.32 0.02 0.12 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.32 0.40 0.21 0.48 0.03 0.49 0.50 0.43
N3 0.05 0.01 0.35 0.27 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.20 0.32 0.17 0.47 0.02 0.46 0.45 0.40
N7 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.19 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.15 0.08 0.72 0.04 0.65 0.62 0.63
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.17 0.10 0.02 0.51 0.03 0.45 0.42 0.40
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.12 0.24 0.24 0.07 0.21 0.37 0.15 0.32 0.20 0.37 0.17 0.00 0.04 0.17 0.29 0.26 0.35 0.58 0.35
O3' 0.28 0.32 0.03 0.01 0.18 0.03 0.13 0.17 0.18 0.13 0.25 0.40 0.32 0.15 0.10 0.04 0.00 0.19 0.27 0.20 0.61 0.29 0.33
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.13 0.13 0.21 0.17 0.08 0.02 0.17 0.19 0.00 0.16 0.07 0.16 0.35 0.18
O5' 0.32 0.52 0.51 0.35 0.54 0.01 0.66 0.01 0.67 0.66 0.61 0.48 0.47 0.72 0.51 0.29 0.27 0.16 0.00 0.72 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.36 0.02 0.14 0.02 0.24 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.26 0.20 0.07 0.72 0.00 0.70 0.72 0.67
OP1 0.30 0.51 0.57 0.52 0.50 0.20 0.60 0.31 0.64 0.57 0.59 0.49 0.46 0.65 0.45 0.35 0.61 0.16 0.02 0.70 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.51 0.55 0.17 0.48 0.30 0.59 0.41 0.65 0.51 0.60 0.50 0.45 0.62 0.42 0.58 0.29 0.35 0.02 0.72 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.46 0.50 0.29 0.45 0.07 0.57 0.02 0.61 0.53 0.55 0.43 0.40 0.63 0.40 0.35 0.33 0.18 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00