ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48523

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 6, 4, 4, 5, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O4' A 0, -0.017, 0.089, 0.195, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.089 std_dev=0.106
C2' A 0, -0.014, 0.109, 0.232, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.109 std_dev=0.123
C4' A 0, -0.013, 0.138, 0.288, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.138 std_dev=0.151
O2' A 0, -0.006, 0.154, 0.315, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.154 std_dev=0.161
C3' A 0, -0.013, 0.170, 0.353, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.170 std_dev=0.183
P B 0, 0.173, 0.366, 0.558, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.366 std_dev=0.192
O5' B 0, 0.183, 0.401, 0.620, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.401 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.132, 0.386, 0.640, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.386 std_dev=0.254
O3' A 0, -0.003, 0.261, 0.524, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.261 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.203, 0.469, 0.736, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.469 std_dev=0.266
C5' B 0, 0.115, 0.392, 0.670, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.392 std_dev=0.278
C5' A 0, -0.019, 0.261, 0.541, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.261 std_dev=0.280
C4' B 0, 0.075, 0.470, 0.865, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.470 std_dev=0.395
C3' B 0, 0.163, 0.596, 1.029, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.596 std_dev=0.433
O4' B 0, 0.040, 0.490, 0.939, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.490 std_dev=0.450
C8 B 0, 0.204, 0.670, 1.136, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.670 std_dev=0.466
O3' B 0, 0.158, 0.674, 1.189, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.674 std_dev=0.516
N9 B 0, 0.148, 0.679, 1.209, 3.208 max_d=3.208 avg_d=0.679 std_dev=0.531
O5' A 0, -0.029, 0.512, 1.053, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.512 std_dev=0.541
N7 B 0, 0.237, 0.780, 1.323, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.780 std_dev=0.543
C1' B 0, 0.059, 0.614, 1.169, 3.316 max_d=3.316 avg_d=0.614 std_dev=0.555
C2' B 0, 0.091, 0.672, 1.254, 3.225 max_d=3.225 avg_d=0.672 std_dev=0.581
C5 B 0, 0.224, 0.851, 1.478, 3.721 max_d=3.721 avg_d=0.851 std_dev=0.627
C4 B 0, 0.169, 0.805, 1.441, 3.845 max_d=3.845 avg_d=0.805 std_dev=0.636
C6 B 0, 0.239, 0.980, 1.722, 4.348 max_d=4.348 avg_d=0.980 std_dev=0.741
O2' B 0, -0.022, 0.735, 1.493, 4.092 max_d=4.092 avg_d=0.735 std_dev=0.757
N3 B 0, 0.127, 0.891, 1.655, 4.581 max_d=4.581 avg_d=0.891 std_dev=0.764
O6 B 0, 0.257, 1.054, 1.850, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.054 std_dev=0.796
N1 B 0, 0.211, 1.044, 1.878, 4.924 max_d=4.924 avg_d=1.044 std_dev=0.834
C2 B 0, 0.158, 1.008, 1.859, 5.052 max_d=5.052 avg_d=1.008 std_dev=0.850
N2 B 0, 0.134, 1.123, 2.112, 5.810 max_d=5.810 avg_d=1.123 std_dev=0.989
P A 0, -0.187, 0.994, 2.174, 3.657 max_d=3.657 avg_d=0.994 std_dev=1.180
OP1 A 0, -0.202, 1.171, 2.544, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.171 std_dev=1.373
OP2 A 0, -0.236, 1.416, 3.068, 4.976 max_d=4.976 avg_d=1.416 std_dev=1.652

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.29 0.36 0.05
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.28 0.01 0.17 0.80 0.31
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.11 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.03 0.33 0.44 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.06 0.12 0.09 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.33 0.04 0.28 0.49 0.22
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.29 0.01 0.17 0.77 0.33
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.40 0.20 0.15
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.37 0.01 0.33 0.97 0.52
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.17 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.39 0.00 0.37 1.05 0.56
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.36 0.01 0.32 0.84 0.48
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.35 0.01 0.25 0.96 0.45
N2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.03 0.25 0.01 0.19 0.74 0.24
N3 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.02 0.24 0.01 0.18 0.68 0.22
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.41 0.01 0.45 1.04 0.62
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.26 0.01 0.14 0.65 0.26
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.11 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.04 0.53 0.23 0.18
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.12 0.08 0.16 0.10 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.33 0.06 0.37 0.44 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.02 0.36 0.28 0.20
O5' 0.11 0.28 0.23 0.33 0.29 0.01 0.37 0.01 0.39 0.36 0.35 0.25 0.24 0.41 0.26 0.10 0.33 0.13 0.00 0.42 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.42 0.00 0.49 1.17 0.67
OP1 0.29 0.17 0.33 0.28 0.17 0.40 0.33 0.17 0.37 0.32 0.25 0.19 0.18 0.45 0.14 0.53 0.37 0.36 0.01 0.49 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.80 0.44 0.49 0.77 0.20 0.97 0.20 1.05 0.84 0.96 0.74 0.68 1.04 0.65 0.23 0.44 0.28 0.01 1.17 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.31 0.10 0.22 0.33 0.15 0.52 0.01 0.56 0.48 0.45 0.24 0.22 0.62 0.26 0.18 0.21 0.20 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.24 0.31 0.25 0.20 0.22 0.24 0.21 0.26 0.22 0.24 0.27 0.24 0.27 0.18 0.45 0.33 0.15 0.24 0.30 0.23 0.19 0.18
C2 0.17 0.17 0.16 0.13 0.19 0.14 0.24 0.18 0.25 0.25 0.21 0.16 0.16 0.29 0.19 0.23 0.13 0.17 0.21 0.30 0.24 0.20 0.19
C2' 0.21 0.30 0.27 0.26 0.27 0.24 0.30 0.31 0.33 0.27 0.32 0.32 0.28 0.32 0.23 0.40 0.36 0.17 0.23 0.36 0.32 0.20 0.23
C3' 0.25 0.38 0.33 0.32 0.32 0.31 0.34 0.36 0.38 0.28 0.39 0.42 0.36 0.33 0.27 0.46 0.43 0.21 0.25 0.41 0.37 0.21 0.25
C4 0.18 0.18 0.19 0.12 0.17 0.11 0.21 0.16 0.22 0.22 0.19 0.20 0.18 0.26 0.17 0.31 0.17 0.14 0.23 0.27 0.24 0.18 0.19
C4' 0.27 0.37 0.40 0.35 0.29 0.31 0.32 0.30 0.36 0.25 0.36 0.42 0.35 0.32 0.24 0.56 0.46 0.20 0.23 0.41 0.28 0.20 0.20
C5 0.19 0.19 0.20 0.12 0.18 0.11 0.22 0.16 0.23 0.23 0.20 0.22 0.19 0.26 0.18 0.31 0.16 0.15 0.23 0.27 0.24 0.19 0.19
C5' 0.29 0.41 0.41 0.36 0.31 0.32 0.33 0.32 0.39 0.25 0.40 0.47 0.38 0.33 0.25 0.57 0.48 0.20 0.23 0.43 0.31 0.20 0.21
C6 0.19 0.18 0.19 0.13 0.19 0.14 0.23 0.17 0.23 0.24 0.19 0.19 0.18 0.28 0.19 0.29 0.15 0.17 0.22 0.28 0.24 0.21 0.19
C8 0.21 0.26 0.26 0.18 0.21 0.14 0.23 0.17 0.25 0.22 0.24 0.30 0.25 0.26 0.19 0.40 0.25 0.13 0.23 0.29 0.24 0.19 0.19
N1 0.19 0.17 0.18 0.14 0.19 0.16 0.24 0.19 0.25 0.25 0.21 0.17 0.17 0.29 0.19 0.26 0.15 0.18 0.21 0.30 0.24 0.22 0.19
N2 0.18 0.20 0.17 0.17 0.22 0.17 0.28 0.20 0.29 0.28 0.24 0.18 0.18 0.32 0.21 0.21 0.17 0.18 0.20 0.34 0.24 0.22 0.20
N3 0.16 0.16 0.16 0.10 0.17 0.11 0.22 0.16 0.23 0.23 0.19 0.16 0.15 0.27 0.17 0.25 0.13 0.14 0.22 0.27 0.24 0.18 0.19
N7 0.20 0.23 0.23 0.14 0.20 0.11 0.22 0.16 0.24 0.22 0.22 0.27 0.23 0.26 0.19 0.36 0.20 0.14 0.23 0.27 0.24 0.19 0.19
N9 0.20 0.22 0.25 0.18 0.19 0.15 0.22 0.17 0.24 0.22 0.22 0.26 0.22 0.26 0.18 0.38 0.25 0.13 0.23 0.28 0.24 0.18 0.19
O2' 0.21 0.29 0.33 0.32 0.26 0.32 0.32 0.34 0.34 0.27 0.32 0.29 0.27 0.33 0.23 0.47 0.43 0.20 0.25 0.38 0.31 0.22 0.24
O3' 0.32 0.49 0.38 0.40 0.41 0.39 0.43 0.43 0.47 0.34 0.49 0.52 0.45 0.39 0.35 0.49 0.52 0.30 0.30 0.49 0.43 0.26 0.31
O4' 0.28 0.30 0.38 0.31 0.24 0.27 0.26 0.23 0.29 0.23 0.28 0.35 0.30 0.29 0.21 0.54 0.39 0.19 0.24 0.34 0.23 0.22 0.19
O5' 0.27 0.45 0.36 0.26 0.33 0.18 0.31 0.16 0.35 0.24 0.41 0.53 0.42 0.28 0.26 0.51 0.37 0.17 0.25 0.36 0.26 0.23 0.22
O6 0.20 0.19 0.20 0.15 0.19 0.15 0.23 0.18 0.24 0.24 0.20 0.20 0.19 0.28 0.19 0.30 0.17 0.18 0.21 0.29 0.24 0.22 0.20
OP1 1.01 1.38 0.96 0.84 1.18 0.80 1.12 0.74 1.20 0.93 1.32 1.49 1.32 0.98 1.04 0.98 0.78 0.88 0.67 1.17 0.61 0.62 0.62
OP2 0.34 0.79 0.34 0.26 0.53 0.21 0.48 0.23 0.59 0.29 0.74 0.95 0.70 0.35 0.38 0.44 0.38 0.22 0.35 0.58 0.41 0.32 0.34
P 0.60 0.98 0.57 0.43 0.77 0.39 0.72 0.32 0.80 0.52 0.92 1.10 0.91 0.58 0.63 0.63 0.42 0.47 0.30 0.78 0.25 0.26 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.22 0.01 0.23 0.32 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.14 0.10 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.07 0.12 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.04 0.18 0.06 0.11
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.24 0.01 0.23 0.29 0.23
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.14 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.31 0.01 0.31 0.37 0.31
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.15 0.11 0.07 0.07 0.17 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.17 0.08 0.16 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.32 0.00 0.34 0.41 0.34
C8 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.31 0.01 0.28 0.29 0.28
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.28 0.01 0.30 0.38 0.30
N2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.04 0.19 0.01 0.20 0.31 0.21
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.03 0.19 0.01 0.19 0.28 0.19
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.35 0.01 0.35 0.39 0.35
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.22 0.01 0.20 0.23 0.19
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.10 0.11 0.03
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.09 0.09 0.15 0.11 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.13 0.05 0.21 0.09 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.06 0.20 0.08
O5' 0.09 0.22 0.11 0.15 0.24 0.01 0.31 0.01 0.32 0.31 0.28 0.19 0.19 0.35 0.22 0.03 0.13 0.07 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.35 0.00 0.40 0.46 0.39
OP1 0.09 0.23 0.14 0.18 0.23 0.07 0.31 0.08 0.34 0.28 0.30 0.20 0.19 0.35 0.20 0.10 0.21 0.06 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.32 0.10 0.06 0.29 0.14 0.37 0.16 0.41 0.29 0.38 0.31 0.28 0.39 0.23 0.11 0.09 0.20 0.01 0.46 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.24 0.08 0.11 0.23 0.02 0.31 0.01 0.34 0.28 0.30 0.21 0.19 0.35 0.19 0.03 0.12 0.08 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00