ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48524

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 7, 2, 5, 8, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.013 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.001, 0.026, 0.050, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N2 A 0, -0.004, 0.024, 0.052, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.024 std_dev=0.028
P B 0, 0.214, 0.389, 0.564, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.389 std_dev=0.175
OP2 B 0, 0.283, 0.490, 0.696, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.490 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.138, 0.397, 0.655, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.397 std_dev=0.258
OP1 B 0, 0.242, 0.516, 0.789, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.516 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.118, 0.463, 0.808, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.463 std_dev=0.345
O4' A 0, -0.140, 0.231, 0.603, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.231 std_dev=0.372
C2' A 0, -0.120, 0.254, 0.629, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.254 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.066, 0.572, 1.077, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.572 std_dev=0.506
C5' B 0, 0.047, 0.580, 1.113, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.580 std_dev=0.533
O2' A 0, -0.166, 0.370, 0.906, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.370 std_dev=0.536
OP2 A 0, 0.151, 0.707, 1.263, 2.612 max_d=2.612 avg_d=0.707 std_dev=0.556
O5' A 0, -0.081, 0.481, 1.043, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.481 std_dev=0.562
P A 0, 0.052, 0.687, 1.321, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.687 std_dev=0.635
C4' A 0, -0.241, 0.396, 1.034, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.396 std_dev=0.638
C3' A 0, -0.239, 0.452, 1.142, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.452 std_dev=0.690
C5' A 0, -0.229, 0.524, 1.277, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.524 std_dev=0.753
C3' B 0, -0.069, 0.714, 1.497, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.714 std_dev=0.783
O3' B 0, -0.026, 0.817, 1.660, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.817 std_dev=0.843
OP1 A 0, 0.003, 0.898, 1.792, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.898 std_dev=0.895
C1' B 0, -0.189, 0.807, 1.804, 3.362 max_d=3.362 avg_d=0.807 std_dev=0.996
O3' A 0, -0.370, 0.715, 1.799, 3.356 max_d=3.356 avg_d=0.715 std_dev=1.084
C2' B 0, -0.241, 0.877, 1.995, 3.700 max_d=3.700 avg_d=0.877 std_dev=1.118
N9 B 0, -0.265, 0.949, 2.162, 3.989 max_d=3.989 avg_d=0.949 std_dev=1.214
C4 B 0, -0.347, 1.039, 2.426, 4.447 max_d=4.447 avg_d=1.039 std_dev=1.386
C8 B 0, -0.312, 1.091, 2.493, 4.679 max_d=4.679 avg_d=1.091 std_dev=1.403
O2' B 0, -0.394, 1.052, 2.499, 4.954 max_d=4.954 avg_d=1.052 std_dev=1.446
N3 B 0, -0.438, 1.052, 2.542, 6.227 max_d=6.227 avg_d=1.052 std_dev=1.490
C5 B 0, -0.396, 1.182, 2.759, 4.885 max_d=4.885 avg_d=1.182 std_dev=1.577
N7 B 0, -0.380, 1.221, 2.823, 5.162 max_d=5.162 avg_d=1.221 std_dev=1.601
C2 B 0, -0.571, 1.201, 2.974, 7.965 max_d=7.965 avg_d=1.201 std_dev=1.772
C6 B 0, -0.486, 1.323, 3.132, 6.051 max_d=6.051 avg_d=1.323 std_dev=1.809
N1 B 0, -0.570, 1.315, 3.199, 7.745 max_d=7.745 avg_d=1.315 std_dev=1.885
O6 B 0, -0.533, 1.475, 3.483, 6.343 max_d=6.343 avg_d=1.475 std_dev=2.008
N2 B 0, -0.754, 1.287, 3.327, 10.253 max_d=10.253 avg_d=1.287 std_dev=2.041

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.17 0.02 0.16 0.24 0.18
C2 0.03 0.00 0.28 0.25 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.23 0.18 0.12 0.01 0.13 0.33 0.22
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.17 0.14 0.11 0.23 0.32 0.27 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.36 0.12 0.37 0.46 0.39
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.25 0.01 0.33 0.01 0.35 0.30 0.31 0.24 0.21 0.35 0.21 0.02 0.01 0.02 0.14 0.38 0.14 0.18 0.13
C4 0.02 0.00 0.15 0.25 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.09 0.11 0.01 0.13 0.32 0.21
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.17 0.07 0.14 0.09 0.16 0.08 0.26 0.03 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.33 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.14 0.05 0.12 0.01 0.19 0.38 0.25
C5' 0.07 0.14 0.17 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.08 0.11 0.11 0.17 0.14 0.11 0.05 0.09 0.17 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.17 0.09 0.13 0.00 0.21 0.41 0.27
C8 0.01 0.01 0.11 0.30 0.00 0.17 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.19 0.10 0.12 0.01 0.18 0.33 0.23
N1 0.03 0.00 0.23 0.31 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.14 0.11 0.01 0.16 0.38 0.24
N2 0.04 0.00 0.32 0.24 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.32 0.21 0.13 0.02 0.13 0.32 0.22
N3 0.03 0.00 0.27 0.21 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.25 0.17 0.13 0.01 0.13 0.30 0.20
N7 0.01 0.01 0.05 0.35 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.24 0.05 0.16 0.01 0.25 0.40 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.21 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.06 0.01 0.10 0.01 0.12 0.29 0.19
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.26 0.20 0.09 0.18 0.28 0.11 0.18 0.12 0.28 0.15 0.00 0.05 0.19 0.24 0.21 0.30 0.47 0.30
O3' 0.25 0.23 0.03 0.01 0.12 0.03 0.14 0.17 0.17 0.19 0.17 0.32 0.25 0.24 0.06 0.05 0.00 0.19 0.26 0.22 0.39 0.30 0.29
O4' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.10 0.14 0.21 0.17 0.05 0.01 0.19 0.19 0.00 0.08 0.07 0.10 0.13 0.10
O5' 0.17 0.12 0.36 0.14 0.11 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.16 0.10 0.24 0.26 0.08 0.00 0.15 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.22 0.07 0.15 0.00 0.27 0.45 0.30
OP1 0.16 0.13 0.37 0.14 0.13 0.09 0.19 0.06 0.21 0.18 0.16 0.13 0.13 0.25 0.12 0.30 0.39 0.10 0.02 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.33 0.46 0.18 0.32 0.04 0.38 0.04 0.41 0.33 0.38 0.32 0.30 0.40 0.29 0.47 0.30 0.13 0.01 0.45 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.22 0.39 0.13 0.21 0.03 0.25 0.01 0.27 0.23 0.24 0.22 0.20 0.27 0.19 0.30 0.29 0.10 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.51 0.43 0.45 0.46 0.43 0.30 0.43 0.59 0.41 0.49 0.40 0.47 0.45 0.48 0.46 0.89 0.70 0.28 0.29 0.41 0.43 0.19 0.17
C2 0.20 0.44 0.42 0.68 0.17 0.22 0.18 0.41 0.21 0.36 0.32 0.63 0.38 0.35 0.16 0.32 0.75 0.26 0.33 0.25 0.34 0.15 0.15
C2' 0.56 0.47 0.56 0.24 0.48 0.16 0.48 0.33 0.46 0.56 0.45 0.51 0.49 0.54 0.52 1.05 0.43 0.39 0.51 0.46 0.33 0.45 0.38
C3' 0.32 0.43 0.49 0.33 0.26 0.36 0.19 0.63 0.22 0.22 0.34 0.56 0.40 0.18 0.23 1.06 0.47 0.21 0.23 0.19 0.42 0.21 0.25
C4 0.33 0.32 0.34 0.63 0.23 0.28 0.24 0.52 0.21 0.37 0.23 0.44 0.32 0.36 0.27 0.52 0.80 0.26 0.33 0.24 0.40 0.15 0.16
C4' 0.60 0.64 0.68 0.30 0.55 0.30 0.50 0.69 0.50 0.49 0.57 0.71 0.63 0.47 0.54 1.30 0.44 0.21 0.24 0.47 0.50 0.21 0.28
C5 0.30 0.34 0.36 0.67 0.22 0.28 0.22 0.49 0.20 0.34 0.24 0.47 0.33 0.34 0.25 0.49 0.84 0.25 0.34 0.23 0.38 0.15 0.16
C5' 0.60 0.75 0.70 0.30 0.62 0.31 0.57 0.70 0.61 0.52 0.69 0.85 0.72 0.52 0.57 1.31 0.45 0.21 0.24 0.58 0.52 0.21 0.29
C6 0.24 0.38 0.41 0.71 0.17 0.25 0.16 0.43 0.17 0.33 0.26 0.55 0.34 0.33 0.18 0.39 0.84 0.24 0.35 0.21 0.32 0.15 0.15
C8 0.41 0.42 0.39 0.58 0.37 0.31 0.36 0.55 0.35 0.40 0.37 0.49 0.43 0.41 0.37 0.74 0.83 0.24 0.32 0.37 0.42 0.16 0.17
N1 0.20 0.44 0.45 0.71 0.17 0.22 0.17 0.39 0.20 0.34 0.33 0.64 0.38 0.34 0.15 0.34 0.79 0.25 0.34 0.24 0.30 0.15 0.15
N2 0.16 0.56 0.50 0.68 0.24 0.19 0.24 0.34 0.31 0.38 0.45 0.78 0.47 0.38 0.15 0.32 0.68 0.26 0.31 0.34 0.29 0.16 0.15
N3 0.27 0.34 0.34 0.63 0.18 0.25 0.20 0.49 0.18 0.37 0.24 0.49 0.32 0.36 0.22 0.40 0.75 0.28 0.33 0.22 0.40 0.15 0.16
N7 0.35 0.37 0.37 0.64 0.30 0.30 0.29 0.51 0.28 0.36 0.30 0.47 0.38 0.36 0.31 0.61 0.86 0.24 0.34 0.29 0.39 0.15 0.16
N9 0.41 0.37 0.37 0.57 0.34 0.31 0.34 0.56 0.32 0.42 0.32 0.44 0.39 0.41 0.37 0.71 0.79 0.26 0.32 0.34 0.42 0.17 0.17
O2' 0.70 0.64 0.64 0.27 0.66 0.24 0.67 0.28 0.66 0.71 0.64 0.63 0.65 0.71 0.69 1.07 0.53 0.57 0.53 0.66 0.35 0.51 0.39
O3' 0.34 0.53 0.42 0.49 0.41 0.72 0.42 1.00 0.45 0.41 0.50 0.62 0.48 0.42 0.37 0.97 0.51 0.64 0.53 0.47 0.75 0.55 0.63
O4' 0.61 0.60 0.57 0.40 0.57 0.35 0.55 0.75 0.54 0.56 0.56 0.64 0.61 0.55 0.57 1.10 0.60 0.26 0.27 0.53 0.58 0.21 0.31
O5' 0.44 0.57 0.52 0.40 0.45 0.37 0.41 0.70 0.44 0.39 0.51 0.66 0.54 0.39 0.41 1.07 0.61 0.16 0.24 0.43 0.49 0.19 0.25
O6 0.23 0.40 0.43 0.73 0.17 0.25 0.15 0.41 0.16 0.32 0.27 0.58 0.35 0.32 0.16 0.39 0.85 0.23 0.35 0.21 0.30 0.15 0.15
OP1 0.49 0.65 0.58 0.32 0.52 0.39 0.50 0.72 0.53 0.49 0.61 0.76 0.60 0.49 0.48 1.16 0.49 0.30 0.22 0.53 0.48 0.21 0.27
OP2 0.36 0.50 0.39 0.54 0.39 0.42 0.38 0.69 0.41 0.33 0.47 0.58 0.46 0.35 0.35 0.84 0.78 0.15 0.30 0.41 0.51 0.22 0.26
P 0.45 0.63 0.50 0.40 0.50 0.37 0.48 0.72 0.52 0.43 0.59 0.72 0.58 0.45 0.45 1.04 0.62 0.18 0.24 0.52 0.51 0.18 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.23 0.01 0.43 0.13 0.19
C2 0.03 0.00 0.40 0.34 0.01 0.21 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.27 0.33 0.76 0.01 0.91 0.88 0.82
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.20 0.02 0.08 0.11 0.16 0.23 0.30 0.50 0.40 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.46 0.11 0.84 0.45 0.57
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.22 0.00 0.22 0.01 0.26 0.23 0.31 0.40 0.32 0.23 0.14 0.02 0.00 0.02 0.35 0.26 0.74 0.16 0.43
C4 0.02 0.01 0.20 0.22 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.17 0.54 0.01 0.58 0.42 0.47
C4' 0.01 0.21 0.02 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.20 0.14 0.28 0.21 0.16 0.05 0.20 0.02 0.00 0.02 0.05 0.27 0.25 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.07 0.56 0.01 0.55 0.35 0.44
C5' 0.04 0.38 0.11 0.01 0.16 0.01 0.10 0.00 0.14 0.28 0.28 0.50 0.36 0.23 0.08 0.09 0.15 0.01 0.01 0.12 0.14 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.26 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.15 0.14 0.63 0.00 0.63 0.51 0.55
C8 0.01 0.01 0.23 0.23 0.01 0.20 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.20 0.20 0.54 0.03 0.56 0.33 0.43
N1 0.02 0.00 0.30 0.31 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.26 0.71 0.00 0.80 0.74 0.72
N2 0.04 0.01 0.50 0.40 0.01 0.28 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.35 0.39 0.88 0.01 1.14 1.11 1.02
N3 0.03 0.00 0.40 0.32 0.00 0.21 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.24 0.33 0.68 0.01 0.80 0.74 0.71
N7 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.16 0.00 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.18 0.11 0.58 0.03 0.56 0.36 0.46
N9 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.41 0.02 0.47 0.14 0.29
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.10 0.20 0.12 0.09 0.09 0.39 0.22 0.53 0.37 0.33 0.13 0.00 0.04 0.14 0.19 0.12 0.70 0.42 0.40
O3' 0.18 0.27 0.02 0.00 0.11 0.02 0.11 0.15 0.15 0.20 0.22 0.35 0.24 0.18 0.07 0.04 0.00 0.12 0.21 0.16 0.59 0.13 0.30
O4' 0.00 0.33 0.01 0.02 0.17 0.00 0.07 0.01 0.14 0.20 0.26 0.39 0.33 0.11 0.01 0.14 0.12 0.00 0.06 0.10 0.14 0.37 0.13
O5' 0.23 0.76 0.46 0.35 0.54 0.02 0.56 0.01 0.63 0.54 0.71 0.88 0.68 0.58 0.41 0.19 0.21 0.06 0.00 0.64 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.11 0.26 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.16 0.10 0.64 0.00 0.61 0.50 0.55
OP1 0.43 0.91 0.84 0.74 0.58 0.27 0.55 0.14 0.63 0.56 0.80 1.14 0.80 0.56 0.47 0.70 0.59 0.14 0.01 0.61 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.88 0.45 0.16 0.42 0.25 0.35 0.34 0.51 0.33 0.74 1.11 0.74 0.36 0.14 0.42 0.13 0.37 0.02 0.50 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.82 0.57 0.43 0.47 0.04 0.44 0.01 0.55 0.43 0.72 1.02 0.71 0.46 0.29 0.40 0.30 0.13 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00