ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48525

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 11, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.016, 0.041, 0.065, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.008, 0.052, 0.096, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.052 std_dev=0.044
C4' A 0, 0.017, 0.075, 0.132, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.075 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.007, 0.071, 0.135, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.071 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.019, 0.084, 0.149, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.084 std_dev=0.065
C5' A 0, 0.025, 0.109, 0.193, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.109 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.051, 0.135, 0.219, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.135 std_dev=0.084
OP1 B 0, 0.122, 0.221, 0.320, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.221 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.035, 0.138, 0.242, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.138 std_dev=0.104
C5' B 0, 0.084, 0.206, 0.327, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.206 std_dev=0.121
C8 B 0, 0.099, 0.223, 0.347, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.223 std_dev=0.124
P A 0, 0.064, 0.194, 0.325, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.194 std_dev=0.130
O4' B 0, 0.047, 0.177, 0.308, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.177 std_dev=0.131
P B 0, 0.078, 0.214, 0.349, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.214 std_dev=0.135
N7 B 0, 0.129, 0.266, 0.402, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.266 std_dev=0.136
N9 B 0, 0.088, 0.231, 0.375, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.231 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.091, 0.236, 0.381, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.236 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.054, 0.199, 0.344, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.199 std_dev=0.145
C1' B 0, 0.072, 0.218, 0.365, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.218 std_dev=0.146
OP2 A 0, 0.144, 0.300, 0.457, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.300 std_dev=0.157
OP2 B 0, 0.100, 0.260, 0.420, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.260 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.131, 0.295, 0.458, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.295 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.111, 0.282, 0.454, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.282 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.108, 0.282, 0.455, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.282 std_dev=0.174
C2' B 0, 0.084, 0.258, 0.431, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.258 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.065, 0.239, 0.413, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.239 std_dev=0.174
O2' B 0, 0.102, 0.289, 0.477, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.289 std_dev=0.188
C6 B 0, 0.154, 0.349, 0.544, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.349 std_dev=0.195
O3' B 0, 0.076, 0.281, 0.487, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.281 std_dev=0.205
O6 B 0, 0.173, 0.379, 0.584, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.379 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.121, 0.330, 0.540, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.330 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.153, 0.382, 0.610, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.382 std_dev=0.229
C2 B 0, 0.139, 0.376, 0.614, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.376 std_dev=0.237
N2 B 0, 0.152, 0.433, 0.714, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.433 std_dev=0.281

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.06 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.09 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.11 0.07
N2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03
O5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.06 0.05 0.09 0.03 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.05 0.06 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08
C2 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.12 0.07
C2' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.04 0.08 0.09 0.09 0.06
C3' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04 0.04 0.09 0.08 0.08 0.06
C4 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.05 0.09 0.07 0.10 0.06
C4' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.10 0.09 0.07 0.06
C5 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.07 0.03 0.04 0.05 0.09 0.06 0.11 0.06
C5' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06
C6 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.12 0.06
C8 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07
N1 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.12 0.07
N2 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.07
N3 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.11 0.06
N7 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.09 0.07 0.11 0.06
N9 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.09 0.09 0.10 0.07
O2' 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08 0.06
O3' 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.08 0.05
O4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08
O5' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.09 0.09 0.08 0.06
O6 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06 0.12 0.07
OP1 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08
OP2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08
P 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.06 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.04
N2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.06
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04
O5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.07 0.07
OP1 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.02 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00