ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48526

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 11, 7, 4, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.023, 0.090, 0.157, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.090 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.020, 0.101, 0.182, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.101 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.027, 0.153, 0.279, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.153 std_dev=0.126
P B 0, 0.164, 0.293, 0.421, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.293 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.062, 0.195, 0.327, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.195 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.052, 0.200, 0.348, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.200 std_dev=0.148
OP2 B 0, 0.162, 0.356, 0.549, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.356 std_dev=0.193
O3' A 0, 0.085, 0.288, 0.492, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.288 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.048, 0.334, 0.620, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.334 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.085, 0.404, 0.723, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.404 std_dev=0.319
O5' B 0, 0.007, 0.502, 0.997, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.502 std_dev=0.495
OP1 A 0, 0.097, 0.619, 1.141, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.619 std_dev=0.522
O5' A 0, -0.170, 0.638, 1.447, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.638 std_dev=0.808
P A 0, -0.245, 0.787, 1.820, 3.463 max_d=3.463 avg_d=0.787 std_dev=1.033
C8 B 0, -0.208, 0.849, 1.906, 3.730 max_d=3.730 avg_d=0.849 std_dev=1.057
C5' B 0, -0.247, 0.811, 1.868, 3.324 max_d=3.324 avg_d=0.811 std_dev=1.057
N7 B 0, -0.250, 0.859, 1.968, 4.089 max_d=4.089 avg_d=0.859 std_dev=1.109
C4' B 0, -0.305, 0.952, 2.209, 3.903 max_d=3.903 avg_d=0.952 std_dev=1.257
O4' B 0, -0.342, 0.948, 2.238, 3.875 max_d=3.875 avg_d=0.948 std_dev=1.290
C3' B 0, -0.272, 1.085, 2.442, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.085 std_dev=1.357
N9 B 0, -0.356, 1.016, 2.389, 4.815 max_d=4.815 avg_d=1.016 std_dev=1.372
C5 B 0, -0.428, 1.021, 2.470, 5.540 max_d=5.540 avg_d=1.021 std_dev=1.449
C1' B 0, -0.378, 1.092, 2.561, 4.746 max_d=4.746 avg_d=1.092 std_dev=1.470
O3' B 0, -0.294, 1.253, 2.801, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.253 std_dev=1.547
C2' B 0, -0.358, 1.203, 2.765, 5.150 max_d=5.150 avg_d=1.203 std_dev=1.561
O6 B 0, -0.523, 1.076, 2.674, 6.343 max_d=6.343 avg_d=1.076 std_dev=1.598
C4 B 0, -0.500, 1.126, 2.752, 6.026 max_d=6.026 avg_d=1.126 std_dev=1.626
C6 B 0, -0.551, 1.112, 2.776, 6.567 max_d=6.567 avg_d=1.112 std_dev=1.663
OP2 A 0, -0.605, 1.136, 2.878, 5.883 max_d=5.883 avg_d=1.136 std_dev=1.742
O2' B 0, -0.429, 1.374, 3.176, 5.692 max_d=5.692 avg_d=1.374 std_dev=1.802
N3 B 0, -0.687, 1.316, 3.319, 7.413 max_d=7.413 avg_d=1.316 std_dev=2.003
N1 B 0, -0.728, 1.294, 3.315, 8.008 max_d=8.008 avg_d=1.294 std_dev=2.022
C2 B 0, -0.794, 1.389, 3.572, 8.381 max_d=8.381 avg_d=1.389 std_dev=2.183
N2 B 0, -0.985, 1.580, 4.145, 9.847 max_d=9.847 avg_d=1.580 std_dev=2.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.01 0.12 0.53 0.26
C2 0.02 0.00 0.09 0.15 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.02 0.21 0.01 0.24 0.78 0.31
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.11 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.04 0.14 0.30 0.15
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.12 0.08 0.14 0.16 0.14 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.24 0.12 0.18 0.22 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.26 0.01 0.24 0.86 0.36
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.10 0.17 0.15 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.34 0.01 0.32 1.10 0.47
C5' 0.03 0.15 0.01 0.01 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.20 0.19 0.14 0.13 0.23 0.13 0.03 0.03 0.01 0.01 0.23 0.21 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.33 0.00 0.35 1.13 0.48
C8 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.42 0.01 0.28 1.11 0.51
N1 0.02 0.00 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.02 0.26 0.01 0.31 0.96 0.40
N2 0.03 0.00 0.11 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.03 0.17 0.01 0.22 0.67 0.26
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.19 0.01 0.20 0.69 0.28
N7 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.41 0.01 0.35 1.26 0.56
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.30 0.01 0.20 0.83 0.37
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.03 0.11 0.15 0.11 0.04 0.03 0.00 0.03 0.06 0.12 0.08 0.15 0.23 0.13
O3' 0.01 0.17 0.02 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.14 0.09 0.16 0.20 0.15 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.44 0.14 0.20 0.44 0.38
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.33 0.02 0.16 0.50 0.29
O5' 0.24 0.21 0.13 0.24 0.26 0.02 0.34 0.01 0.33 0.42 0.26 0.17 0.19 0.41 0.30 0.12 0.44 0.33 0.00 0.36 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.36 0.00 0.40 1.26 0.53
OP1 0.12 0.24 0.14 0.18 0.24 0.17 0.32 0.21 0.35 0.28 0.31 0.22 0.20 0.35 0.20 0.15 0.20 0.16 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.78 0.30 0.22 0.86 0.15 1.10 0.22 1.13 1.11 0.96 0.67 0.69 1.26 0.83 0.23 0.44 0.50 0.02 1.26 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.31 0.15 0.20 0.36 0.02 0.47 0.01 0.48 0.51 0.40 0.26 0.28 0.56 0.37 0.13 0.38 0.29 0.00 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.16 1.04 1.23 1.23 1.00 1.24 0.85 1.15 0.83 0.84 0.93 1.09 1.08 0.75 1.01 1.32 1.30 1.17 0.37 0.73 0.17 0.11 0.09
C2 0.53 0.54 0.56 0.64 0.56 0.59 0.58 0.70 0.59 0.59 0.57 0.52 0.53 0.60 0.56 0.48 0.66 0.55 0.18 0.60 0.25 0.11 0.11
C2' 1.01 0.87 1.15 1.19 0.83 1.18 0.69 1.09 0.67 0.67 0.77 0.92 0.91 0.59 0.84 1.24 1.32 1.02 0.33 0.58 0.17 0.16 0.15
C3' 1.05 0.95 1.22 1.24 0.87 1.19 0.72 1.06 0.70 0.68 0.83 1.02 0.99 0.59 0.87 1.36 1.41 1.02 0.33 0.60 0.18 0.17 0.16
C4 0.85 0.79 0.88 0.93 0.79 0.93 0.74 0.96 0.72 0.74 0.76 0.80 0.81 0.70 0.80 0.88 0.97 0.88 0.26 0.69 0.22 0.10 0.10
C4' 1.28 1.18 1.42 1.38 1.09 1.34 0.90 1.16 0.88 0.84 1.03 1.28 1.24 0.74 1.08 1.59 1.52 1.23 0.38 0.76 0.16 0.11 0.09
C5 0.82 0.78 0.83 0.87 0.78 0.87 0.74 0.90 0.74 0.74 0.76 0.79 0.79 0.71 0.78 0.82 0.91 0.84 0.23 0.71 0.24 0.10 0.11
C5' 1.31 1.27 1.45 1.39 1.14 1.33 0.95 1.15 0.94 0.87 1.11 1.38 1.31 0.78 1.11 1.64 1.54 1.24 0.37 0.81 0.16 0.11 0.10
C6 0.66 0.67 0.67 0.72 0.67 0.70 0.68 0.77 0.68 0.67 0.68 0.66 0.66 0.67 0.67 0.62 0.75 0.68 0.19 0.69 0.26 0.11 0.11
C8 1.05 0.99 1.09 1.09 0.95 1.10 0.85 1.06 0.84 0.83 0.92 1.04 1.02 0.77 0.95 1.15 1.15 1.06 0.31 0.77 0.21 0.09 0.10
N1 0.53 0.56 0.54 0.61 0.57 0.57 0.60 0.66 0.62 0.60 0.59 0.54 0.54 0.62 0.57 0.46 0.63 0.54 0.17 0.64 0.26 0.12 0.11
N2 0.34 0.41 0.38 0.47 0.42 0.37 0.48 0.50 0.50 0.48 0.46 0.38 0.38 0.52 0.41 0.26 0.49 0.34 0.17 0.54 0.25 0.12 0.11
N3 0.72 0.67 0.76 0.83 0.68 0.81 0.66 0.89 0.65 0.67 0.65 0.66 0.68 0.64 0.69 0.72 0.85 0.75 0.24 0.63 0.22 0.10 0.10
N7 0.94 0.90 0.96 0.98 0.88 0.99 0.81 0.98 0.80 0.80 0.85 0.93 0.92 0.76 0.88 0.99 1.03 0.96 0.26 0.76 0.23 0.10 0.10
N9 1.03 0.94 1.08 1.09 0.92 1.11 0.82 1.07 0.80 0.81 0.87 0.98 0.98 0.75 0.93 1.12 1.15 1.05 0.32 0.73 0.20 0.10 0.10
O2' 1.12 0.91 1.30 1.36 0.88 1.36 0.71 1.21 0.68 0.70 0.79 0.97 0.97 0.59 0.91 1.39 1.49 1.14 0.40 0.58 0.22 0.14 0.13
O3' 0.99 0.91 1.23 1.26 0.82 1.15 0.66 1.00 0.65 0.60 0.78 1.00 0.95 0.52 0.80 1.39 1.49 0.93 0.34 0.55 0.21 0.22 0.21
O4' 1.29 1.19 1.37 1.32 1.11 1.32 0.94 1.17 0.92 0.90 1.06 1.27 1.24 0.80 1.11 1.50 1.41 1.27 0.39 0.80 0.17 0.11 0.09
O5' 1.17 1.20 1.24 1.18 1.08 1.15 0.93 1.04 0.94 0.84 1.08 1.31 1.22 0.78 1.04 1.38 1.27 1.11 0.34 0.84 0.16 0.08 0.09
O6 0.63 0.66 0.63 0.69 0.66 0.66 0.68 0.72 0.69 0.66 0.68 0.65 0.65 0.68 0.65 0.57 0.71 0.65 0.18 0.71 0.27 0.12 0.11
OP1 1.35 1.46 1.49 1.38 1.26 1.29 1.06 1.09 1.09 0.92 1.29 1.62 1.47 0.86 1.18 1.70 1.53 1.23 0.36 0.97 0.19 0.14 0.14
OP2 0.82 0.90 0.86 0.87 0.75 0.90 0.63 0.95 0.66 0.55 0.80 1.02 0.89 0.50 0.70 0.98 1.01 0.81 0.21 0.58 0.43 0.27 0.24
P 1.15 1.21 1.21 1.15 1.07 1.12 0.92 1.03 0.94 0.82 1.09 1.33 1.22 0.77 1.02 1.35 1.25 1.09 0.30 0.84 0.22 0.12 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.20 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.40 0.01 0.35 0.21 0.27
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.04 0.31 0.13 0.16
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.13 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.08 0.40 0.11 0.22
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.41 0.01 0.33 0.17 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.30 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.50 0.01 0.40 0.26 0.35
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.08 0.18 0.37 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.53 0.00 0.44 0.32 0.39
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.48 0.01 0.33 0.17 0.29
N1 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.48 0.01 0.41 0.28 0.34
N2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.02 0.37 0.01 0.34 0.19 0.25
N3 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02 0.35 0.01 0.31 0.16 0.21
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.54 0.01 0.41 0.28 0.38
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.36 0.01 0.28 0.14 0.20
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.04 0.19 0.19 0.06
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.10 0.07 0.12 0.17 0.12 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.24 0.10 0.44 0.11 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.35 0.13
O5' 0.16 0.40 0.25 0.32 0.41 0.01 0.50 0.01 0.53 0.48 0.48 0.37 0.35 0.54 0.36 0.07 0.24 0.06 0.00 0.58 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.58 0.00 0.48 0.39 0.44
OP1 0.16 0.35 0.31 0.40 0.33 0.14 0.40 0.18 0.44 0.33 0.41 0.34 0.31 0.41 0.28 0.19 0.44 0.05 0.02 0.48 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.21 0.13 0.11 0.17 0.30 0.26 0.37 0.32 0.17 0.28 0.19 0.16 0.28 0.14 0.19 0.11 0.35 0.01 0.39 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.27 0.16 0.22 0.25 0.04 0.35 0.01 0.39 0.29 0.34 0.25 0.21 0.38 0.20 0.06 0.22 0.13 0.00 0.44 0.01 0.01 0.00