ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48527

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 11, 4, 4, 3, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.003, 0.033, 0.063, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.033 std_dev=0.030
O4' A 0, -0.024, 0.069, 0.162, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.069 std_dev=0.093
C2' A 0, -0.014, 0.093, 0.200, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.093 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.009, 0.137, 0.265, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.137 std_dev=0.128
C4' A 0, -0.014, 0.119, 0.253, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.119 std_dev=0.133
C3' A 0, -0.010, 0.143, 0.296, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.143 std_dev=0.153
P B 0, 0.140, 0.319, 0.498, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.319 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.025, 0.222, 0.419, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.222 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.129, 0.326, 0.523, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.326 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.008, 0.226, 0.445, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.226 std_dev=0.218
C5' A 0, -0.025, 0.201, 0.427, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.201 std_dev=0.226
OP2 B 0, 0.139, 0.381, 0.622, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.381 std_dev=0.241
P A 0, 0.007, 0.261, 0.515, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.261 std_dev=0.254
OP1 B 0, 0.094, 0.350, 0.606, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.350 std_dev=0.256
OP2 A 0, -0.011, 0.260, 0.531, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.260 std_dev=0.271
OP1 A 0, 0.027, 0.317, 0.607, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.317 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.023, 0.354, 0.685, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.354 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.059, 0.405, 0.751, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.405 std_dev=0.346
C8 B 0, 0.130, 0.487, 0.844, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.487 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.093, 0.456, 0.818, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.456 std_dev=0.363
O4' B 0, 0.058, 0.440, 0.821, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.440 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.011, 0.394, 0.777, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.394 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.100, 0.484, 0.868, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.484 std_dev=0.384
N9 B 0, 0.114, 0.503, 0.892, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.503 std_dev=0.389
N7 B 0, 0.128, 0.519, 0.909, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.519 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.098, 0.551, 1.004, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.551 std_dev=0.453
O2' B 0, 0.028, 0.508, 0.988, 2.703 max_d=2.703 avg_d=0.508 std_dev=0.480
C4 B 0, 0.076, 0.558, 1.040, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.558 std_dev=0.482
C6 B 0, 0.052, 0.598, 1.144, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.598 std_dev=0.546
O6 B 0, 0.064, 0.610, 1.156, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.610 std_dev=0.546
O3' B 0, -0.131, 0.453, 1.036, 3.399 max_d=3.399 avg_d=0.453 std_dev=0.583
N3 B 0, -0.002, 0.623, 1.248, 3.501 max_d=3.501 avg_d=0.623 std_dev=0.625
N1 B 0, -0.035, 0.649, 1.333, 3.768 max_d=3.768 avg_d=0.649 std_dev=0.684
C2 B 0, -0.066, 0.665, 1.395, 4.140 max_d=4.140 avg_d=0.665 std_dev=0.731
N2 B 0, -0.163, 0.747, 1.657, 5.273 max_d=5.273 avg_d=0.747 std_dev=0.910

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.01 0.12 0.11 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.13 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.13 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09
N1 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.12 0.12 0.12
N2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02 0.10 0.01 0.12 0.11 0.11
N3 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.05 0.12 0.17 0.13 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.07
O5' 0.04 0.10 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.11 0.00 0.12 0.14 0.13
OP1 0.05 0.12 0.05 0.06 0.10 0.04 0.11 0.06 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.08 0.05 0.11 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.11 0.04 0.06 0.09 0.02 0.11 0.02 0.13 0.08 0.12 0.11 0.09 0.11 0.07 0.03 0.09 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.03 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.11 0.09 0.11 0.08 0.03 0.09 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.08 0.17 0.11 0.20 0.11 0.20 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.12 0.10 0.15 0.40 0.15 0.09 0.12 0.12 0.19 0.08
C2 0.11 0.13 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.15 0.12 0.10 0.10 0.12 0.21 0.11 0.10 0.09 0.11 0.15 0.11
C2' 0.18 0.23 0.13 0.29 0.19 0.31 0.17 0.31 0.18 0.15 0.21 0.25 0.22 0.15 0.17 0.22 0.54 0.24 0.18 0.17 0.26 0.12 0.13
C3' 0.20 0.27 0.16 0.31 0.22 0.33 0.21 0.32 0.23 0.17 0.26 0.30 0.26 0.18 0.20 0.23 0.57 0.25 0.20 0.22 0.27 0.11 0.16
C4 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.29 0.11 0.09 0.10 0.11 0.16 0.09
C4' 0.15 0.23 0.11 0.24 0.18 0.26 0.17 0.25 0.19 0.14 0.22 0.26 0.21 0.15 0.15 0.20 0.50 0.20 0.12 0.18 0.16 0.14 0.08
C5 0.09 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.14 0.11 0.10 0.09 0.12 0.26 0.10 0.09 0.10 0.11 0.15 0.10
C5' 0.15 0.24 0.11 0.23 0.18 0.25 0.18 0.24 0.20 0.14 0.23 0.27 0.22 0.16 0.16 0.20 0.49 0.19 0.12 0.20 0.15 0.13 0.09
C6 0.11 0.17 0.15 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.15 0.20 0.15 0.10 0.11 0.12 0.21 0.11 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11
C8 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.15 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.34 0.11 0.08 0.11 0.11 0.16 0.09
N1 0.12 0.17 0.16 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.15 0.20 0.16 0.10 0.11 0.12 0.19 0.12 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11
N2 0.12 0.13 0.16 0.12 0.11 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.16 0.13 0.10 0.11 0.13 0.18 0.12 0.11 0.09 0.12 0.15 0.12
N3 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.27 0.11 0.09 0.09 0.11 0.17 0.09
N7 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.09 0.12 0.29 0.10 0.09 0.11 0.11 0.15 0.09
N9 0.09 0.10 0.08 0.14 0.09 0.16 0.10 0.16 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.14 0.35 0.12 0.08 0.11 0.11 0.17 0.08
O2' 0.18 0.24 0.14 0.30 0.19 0.33 0.17 0.32 0.18 0.15 0.21 0.27 0.23 0.16 0.17 0.22 0.57 0.24 0.17 0.17 0.25 0.17 0.12
O3' 0.27 0.37 0.22 0.40 0.30 0.40 0.28 0.39 0.31 0.22 0.35 0.41 0.35 0.23 0.26 0.28 0.67 0.32 0.27 0.29 0.35 0.14 0.23
O4' 0.10 0.15 0.08 0.16 0.12 0.19 0.12 0.18 0.13 0.11 0.14 0.17 0.14 0.12 0.10 0.15 0.39 0.14 0.08 0.13 0.09 0.20 0.08
O5' 0.16 0.21 0.11 0.24 0.17 0.26 0.17 0.26 0.18 0.14 0.20 0.23 0.20 0.15 0.15 0.20 0.50 0.20 0.15 0.18 0.19 0.11 0.12
O6 0.13 0.21 0.16 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11 0.15 0.11 0.19 0.25 0.19 0.11 0.13 0.12 0.18 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11
OP1 0.19 0.26 0.15 0.29 0.21 0.29 0.20 0.29 0.22 0.17 0.25 0.29 0.24 0.18 0.19 0.22 0.55 0.23 0.18 0.22 0.23 0.13 0.15
OP2 0.14 0.17 0.09 0.22 0.15 0.23 0.15 0.22 0.16 0.14 0.16 0.18 0.16 0.15 0.14 0.18 0.45 0.18 0.14 0.16 0.18 0.11 0.12
P 0.16 0.21 0.11 0.24 0.17 0.26 0.17 0.25 0.18 0.14 0.20 0.23 0.19 0.15 0.15 0.20 0.49 0.20 0.15 0.18 0.19 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.17 0.17 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.06 0.01 0.08 0.12 0.06
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.14 0.21 0.17 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.07 0.10 0.16 0.13
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.19 0.12 0.19 0.17 0.14 0.16 0.11 0.02 0.00 0.02 0.04 0.20 0.05 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.07 0.01 0.08 0.11 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.03 0.04 0.02 0.09 0.04 0.12 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.02 0.12 0.01 0.14 0.17 0.12
C5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.10 0.03 0.05 0.03 0.10 0.04 0.08 0.08 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.19 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.12 0.00 0.15 0.19 0.13
C8 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.09 0.06 0.13 0.01 0.14 0.15 0.13
N1 0.01 0.00 0.14 0.19 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.06 0.09 0.01 0.11 0.16 0.09
N2 0.02 0.00 0.21 0.17 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.10 0.05 0.01 0.07 0.11 0.05
N3 0.01 0.00 0.17 0.14 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.08 0.05 0.01 0.06 0.09 0.05
N7 0.00 0.00 0.06 0.16 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.03 0.15 0.01 0.17 0.20 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.12 0.10 0.08 0.09 0.16 0.05 0.14 0.09 0.16 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.11 0.06 0.14 0.07
O3' 0.09 0.08 0.02 0.00 0.05 0.02 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.09 0.05 0.13 0.03 0.08 0.00 0.04 0.09 0.15 0.16 0.15 0.13
O4' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.10 0.08 0.03 0.01 0.09 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.06 0.12 0.04 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.05 0.15 0.07 0.06 0.09 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.15 0.00 0.18 0.23 0.16
OP1 0.04 0.08 0.10 0.05 0.08 0.03 0.14 0.03 0.15 0.14 0.11 0.07 0.06 0.17 0.07 0.06 0.16 0.04 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.16 0.06 0.11 0.02 0.17 0.01 0.19 0.15 0.16 0.11 0.09 0.20 0.09 0.14 0.15 0.05 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.13 0.04 0.07 0.01 0.12 0.01 0.13 0.13 0.09 0.05 0.05 0.16 0.06 0.07 0.13 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00