ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48528

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 5, 5, 3, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.017, 0.027, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.022, 0.040, 0.057, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.040 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.030, 0.051, 0.073, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.034, 0.055, 0.077, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.055 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.035, 0.059, 0.083, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.059 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.019, 0.057, 0.095, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.057 std_dev=0.038
P B 0, 0.476, 0.808, 1.140, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.808 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.401, 0.741, 1.081, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.741 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.387, 0.743, 1.099, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.743 std_dev=0.356
C2' A 0, 0.422, 0.854, 1.286, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.854 std_dev=0.432
OP1 B 0, 0.758, 1.287, 1.817, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.287 std_dev=0.529
C4' A 0, 0.720, 1.266, 1.812, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.266 std_dev=0.546
C3' A 0, 0.789, 1.363, 1.938, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.363 std_dev=0.574
O2' A 0, 0.815, 1.460, 2.104, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.460 std_dev=0.644
C5' A 0, 0.836, 1.628, 2.420, 2.892 max_d=2.892 avg_d=1.628 std_dev=0.792
O3' A 0, 1.203, 2.066, 2.929, 2.753 max_d=2.753 avg_d=2.066 std_dev=0.863
O5' A 0, 1.055, 1.981, 2.906, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.981 std_dev=0.925
P A 0, 1.317, 2.264, 3.210, 3.386 max_d=3.386 avg_d=2.264 std_dev=0.947
OP1 A 0, 1.139, 2.258, 3.376, 3.997 max_d=3.997 avg_d=2.258 std_dev=1.119
O5' B 0, 1.787, 3.043, 4.300, 4.059 max_d=4.059 avg_d=3.043 std_dev=1.257
C5' B 0, 2.410, 4.131, 5.852, 5.293 max_d=5.293 avg_d=4.131 std_dev=1.721
OP2 A 0, 1.592, 3.324, 5.055, 5.920 max_d=5.920 avg_d=3.324 std_dev=1.731
C4' B 0, 3.121, 5.454, 7.787, 7.206 max_d=7.206 avg_d=5.454 std_dev=2.333
O4' B 0, 3.251, 5.752, 8.254, 7.832 max_d=7.832 avg_d=5.752 std_dev=2.502
C3' B 0, 3.741, 6.754, 9.768, 9.453 max_d=9.453 avg_d=6.754 std_dev=3.013
C1' B 0, 4.031, 7.130, 10.229, 9.665 max_d=9.665 avg_d=7.130 std_dev=3.099
C8 B 0, 3.281, 6.656, 10.031, 10.859 max_d=10.859 avg_d=6.656 std_dev=3.375
C2' B 0, 4.206, 7.588, 10.970, 10.292 max_d=10.292 avg_d=7.588 std_dev=3.382
N9 B 0, 4.075, 7.588, 11.101, 11.320 max_d=11.320 avg_d=7.588 std_dev=3.513
O3' B 0, 4.245, 7.783, 11.321, 11.290 max_d=11.290 avg_d=7.783 std_dev=3.538
O2' B 0, 4.443, 8.222, 12.000, 12.231 max_d=12.231 avg_d=8.222 std_dev=3.778
N7 B 0, 3.496, 7.696, 11.896, 12.752 max_d=12.752 avg_d=7.696 std_dev=4.200
C4 B 0, 4.896, 9.302, 13.708, 13.740 max_d=13.740 avg_d=9.302 std_dev=4.406
C5 B 0, 4.539, 9.318, 14.096, 14.620 max_d=14.620 avg_d=9.318 std_dev=4.779
N3 B 0, 5.828, 10.784, 15.741, 15.002 max_d=15.002 avg_d=10.784 std_dev=4.957
C6 B 0, 5.249, 11.027, 16.805, 17.210 max_d=17.210 avg_d=11.027 std_dev=5.778
C2 B 0, 6.521, 12.311, 18.101, 17.430 max_d=17.430 avg_d=12.311 std_dev=5.790
N1 B 0, 6.282, 12.440, 18.599, 18.505 max_d=18.505 avg_d=12.440 std_dev=6.158
O6 B 0, 5.046, 11.460, 17.874, 18.379 max_d=18.379 avg_d=11.460 std_dev=6.414
N2 B 0, 7.506, 13.965, 20.424, 19.037 max_d=19.037 avg_d=13.965 std_dev=6.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.27 0.00 0.25 0.05 0.38 0.71 0.27
C2 0.06 0.00 0.29 0.28 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.28 0.32 0.16 0.43 0.02 0.39 1.08 0.47
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.14 0.02 0.07 0.19 0.13 0.16 0.22 0.36 0.28 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.39 0.11 0.70 0.62 0.44
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.25 0.01 0.30 0.03 0.33 0.24 0.32 0.28 0.24 0.30 0.19 0.02 0.01 0.02 0.33 0.36 0.46 0.23 0.36
C4 0.03 0.02 0.14 0.25 0.00 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.20 0.09 0.44 0.03 0.41 1.07 0.45
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.07 0.07 0.05 0.16 0.08 0.26 0.04 0.01 0.02 0.14 0.20 0.31 0.10
C5 0.03 0.01 0.07 0.30 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.19 0.05 0.53 0.02 0.43 1.24 0.55
C5' 0.08 0.11 0.19 0.03 0.13 0.01 0.19 0.00 0.19 0.23 0.15 0.10 0.10 0.24 0.13 0.12 0.17 0.02 0.01 0.22 0.36 0.33 0.02
C6 0.04 0.01 0.13 0.33 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.28 0.23 0.07 0.56 0.01 0.43 1.30 0.60
C8 0.02 0.02 0.16 0.24 0.01 0.16 0.02 0.23 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.13 0.10 0.51 0.04 0.45 1.17 0.49
N1 0.05 0.01 0.22 0.32 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.27 0.27 0.13 0.50 0.02 0.41 1.22 0.55
N2 0.07 0.01 0.36 0.28 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.38 0.19 0.39 0.03 0.38 1.03 0.44
N3 0.06 0.01 0.28 0.24 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.25 0.32 0.16 0.38 0.02 0.38 0.99 0.42
N7 0.02 0.02 0.09 0.30 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.06 0.57 0.04 0.46 1.31 0.58
N9 0.01 0.03 0.02 0.19 0.01 0.08 0.02 0.13 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.18 0.13 0.01 0.40 0.04 0.41 0.98 0.39
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.21 0.26 0.27 0.12 0.28 0.30 0.27 0.32 0.25 0.32 0.18 0.00 0.06 0.19 0.38 0.31 0.77 0.64 0.44
O3' 0.27 0.32 0.05 0.01 0.20 0.04 0.19 0.17 0.23 0.13 0.27 0.38 0.32 0.18 0.13 0.06 0.00 0.20 0.33 0.25 0.61 0.33 0.45
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.13 0.19 0.16 0.06 0.01 0.19 0.20 0.00 0.30 0.06 0.15 0.60 0.34
O5' 0.25 0.43 0.39 0.33 0.44 0.02 0.53 0.01 0.56 0.51 0.50 0.39 0.38 0.57 0.40 0.38 0.33 0.30 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.11 0.36 0.03 0.14 0.02 0.22 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.31 0.25 0.06 0.61 0.00 0.44 1.40 0.67
OP1 0.38 0.39 0.70 0.46 0.41 0.20 0.43 0.36 0.43 0.45 0.41 0.38 0.38 0.46 0.41 0.77 0.61 0.15 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.71 1.08 0.62 0.23 1.07 0.31 1.24 0.33 1.30 1.17 1.22 1.03 0.99 1.31 0.98 0.64 0.33 0.60 0.02 1.40 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.47 0.44 0.36 0.45 0.10 0.55 0.02 0.60 0.49 0.55 0.44 0.42 0.58 0.39 0.44 0.45 0.34 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.08 2.14 2.31 1.97 2.06 1.84 1.98 1.63 1.95 1.97 2.03 2.24 2.17 1.97 2.03 2.53 1.78 2.03 1.24 1.90 0.46 0.44 0.32
C2 1.26 1.87 1.26 1.17 1.76 1.16 2.10 1.19 2.30 1.73 2.14 1.82 1.68 2.14 1.54 1.35 1.39 1.18 0.90 2.53 0.39 0.48 0.19
C2' 1.64 1.79 1.87 1.41 1.69 1.37 1.67 1.25 1.68 1.63 1.72 1.88 1.79 1.70 1.63 2.22 1.19 1.62 0.83 1.70 0.86 0.47 0.25
C3' 2.30 2.65 2.47 1.93 2.48 1.91 2.47 1.69 2.54 2.29 2.60 2.75 2.60 2.42 2.34 2.88 1.71 2.19 1.22 2.55 0.50 0.33 0.39
C4 1.72 1.94 1.84 1.71 1.83 1.60 1.88 1.48 1.95 1.71 1.95 1.98 1.89 1.84 1.73 1.99 1.70 1.71 1.12 2.01 0.43 0.50 0.24
C4' 2.77 3.20 3.00 2.48 3.00 2.28 3.04 1.87 3.11 2.80 3.16 3.32 3.15 3.01 2.83 3.42 2.33 2.54 1.45 3.15 0.26 0.48 0.51
C5 1.73 2.23 1.81 1.74 2.02 1.59 2.17 1.46 2.36 1.84 2.34 2.28 2.09 2.10 1.82 1.99 1.82 1.70 1.07 2.51 0.42 0.50 0.22
C5' 2.94 3.52 3.19 2.70 3.23 2.40 3.31 1.92 3.46 2.96 3.49 3.69 3.42 3.28 2.99 3.70 2.67 2.65 1.50 3.59 0.22 0.51 0.53
C6 1.52 2.40 1.52 1.51 2.11 1.40 2.45 1.34 2.78 1.89 2.69 2.41 2.12 2.35 1.78 1.69 1.71 1.47 0.95 3.07 0.40 0.48 0.19
C8 2.07 2.31 2.25 2.06 2.15 1.86 2.15 1.61 2.21 2.03 2.26 2.44 2.28 2.16 2.04 2.50 2.03 2.02 1.20 2.27 0.44 0.49 0.27
N1 1.32 2.27 1.27 1.24 2.04 1.19 2.47 1.21 2.80 1.89 2.63 2.23 1.97 2.44 1.69 1.40 1.52 1.23 0.87 3.13 0.38 0.46 0.18
N2 0.98 1.82 0.93 0.78 1.72 0.84 2.18 0.95 2.41 1.79 2.19 1.72 1.56 2.30 1.44 1.01 1.21 0.81 0.74 2.71 0.35 0.43 0.19
N3 1.47 1.65 1.57 1.42 1.60 1.39 1.70 1.36 1.77 1.55 1.72 1.65 1.60 1.70 1.52 1.65 1.45 1.46 1.05 1.86 0.43 0.50 0.23
N7 1.93 2.37 2.06 1.96 2.13 1.76 2.22 1.55 2.37 1.96 2.40 2.48 2.26 2.17 1.96 2.29 2.00 1.90 1.14 2.49 0.43 0.50 0.24
N9 1.97 2.07 2.16 1.95 1.97 1.79 1.92 1.59 1.93 1.87 1.98 2.16 2.08 1.92 1.92 2.36 1.85 1.95 1.21 1.92 0.45 0.48 0.28
O2' 1.28 1.45 1.49 1.00 1.35 1.05 1.33 1.07 1.35 1.27 1.41 1.53 1.43 1.30 1.29 1.77 0.73 1.31 0.75 1.34 1.04 0.40 0.39
O3' 2.61 3.01 2.61 2.05 2.84 2.23 2.81 2.09 2.88 2.58 2.98 3.08 2.94 2.67 2.69 2.92 1.74 2.55 1.58 2.84 0.66 0.62 0.89
O4' 2.69 2.90 2.94 2.57 2.76 2.32 2.72 1.92 2.72 2.63 2.79 3.02 2.90 2.73 2.67 3.22 2.42 2.53 1.53 2.69 0.25 0.57 0.55
O5' 2.77 3.29 3.01 2.60 3.08 2.29 3.27 1.87 3.41 2.98 3.33 3.41 3.19 3.36 2.88 3.46 2.53 2.51 1.38 3.63 0.34 0.42 0.40
O6 1.51 2.65 1.47 1.50 2.25 1.37 2.66 1.31 3.11 1.96 3.02 2.68 2.28 2.52 1.83 1.66 1.76 1.43 0.91 3.49 0.39 0.48 0.19
OP1 2.82 3.51 2.98 2.55 3.23 2.29 3.46 1.89 3.72 3.04 3.64 3.64 3.35 3.47 2.97 3.39 2.45 2.58 1.47 4.05 0.30 0.65 0.57
OP2 2.81 3.22 3.01 2.65 2.93 2.41 2.96 2.06 3.03 2.83 3.07 3.50 3.18 3.07 2.79 3.54 2.69 2.62 1.51 3.17 0.63 0.45 0.62
P 2.84 3.40 3.08 2.66 3.15 2.35 3.32 1.95 3.48 3.03 3.42 3.57 3.29 3.39 2.94 3.54 2.60 2.57 1.44 3.72 0.34 0.33 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.54 0.03 0.63 0.58 0.35
C2 0.07 0.00 0.34 0.33 0.01 0.10 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.60 0.13 0.71 0.02 0.61 1.16 0.56
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.23 0.16 0.17 0.26 0.41 0.34 0.11 0.04 0.00 0.05 0.02 0.63 0.13 0.84 0.70 0.61
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.25 0.01 0.33 0.03 0.34 0.40 0.32 0.38 0.30 0.41 0.22 0.03 0.01 0.02 0.22 0.38 0.76 0.25 0.34
C4 0.03 0.01 0.18 0.25 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.33 0.07 0.76 0.02 0.70 1.25 0.70
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.19 0.10 0.13 0.09 0.19 0.10 0.28 0.02 0.01 0.02 0.16 0.63 0.23 0.28
C5 0.02 0.02 0.10 0.33 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.18 0.04 0.87 0.01 0.93 1.67 1.00
C5' 0.07 0.09 0.23 0.03 0.08 0.01 0.15 0.00 0.16 0.18 0.11 0.11 0.08 0.21 0.08 0.08 0.23 0.02 0.01 0.20 0.18 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.34 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.41 0.27 0.07 0.88 0.00 0.92 1.76 1.01
C8 0.03 0.02 0.17 0.40 0.01 0.19 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.32 0.18 0.09 0.88 0.03 1.09 1.63 1.09
N1 0.05 0.00 0.26 0.32 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.45 0.11 0.81 0.02 0.72 1.49 0.79
N2 0.09 0.01 0.41 0.38 0.02 0.13 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.54 0.76 0.17 0.65 0.02 0.62 0.99 0.40
N3 0.07 0.01 0.34 0.30 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.44 0.59 0.13 0.67 0.02 0.61 0.98 0.47
N7 0.02 0.02 0.11 0.41 0.01 0.19 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.06 0.92 0.03 1.21 1.92 1.23
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.01 0.74 0.02 0.72 1.14 0.70
O2' 0.02 0.47 0.00 0.03 0.34 0.28 0.37 0.08 0.41 0.32 0.45 0.54 0.44 0.36 0.22 0.00 0.07 0.20 0.31 0.42 1.04 0.64 0.51
O3' 0.36 0.60 0.05 0.01 0.33 0.02 0.18 0.23 0.27 0.18 0.45 0.76 0.59 0.17 0.16 0.07 0.00 0.24 0.43 0.22 0.89 0.74 0.62
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.17 0.13 0.06 0.01 0.20 0.24 0.00 0.38 0.06 0.67 0.30 0.19
O5' 0.54 0.71 0.63 0.22 0.76 0.02 0.87 0.01 0.88 0.88 0.81 0.65 0.67 0.92 0.74 0.31 0.43 0.38 0.00 0.92 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.38 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.42 0.22 0.06 0.92 0.00 1.08 1.99 1.17
OP1 0.63 0.61 0.84 0.76 0.70 0.63 0.93 0.18 0.92 1.09 0.72 0.62 0.61 1.21 0.72 1.04 0.89 0.67 0.02 1.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 1.16 0.70 0.25 1.25 0.23 1.67 0.36 1.76 1.63 1.49 0.99 0.98 1.92 1.14 0.64 0.74 0.30 0.02 1.99 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.56 0.61 0.34 0.70 0.28 1.00 0.02 1.01 1.09 0.79 0.40 0.47 1.23 0.70 0.51 0.62 0.19 0.01 1.17 0.01 0.01 0.00