ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48530

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 5, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.030, 0.054, 0.077, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.054 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.046, 0.093, 0.139, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.093 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.025, 0.073, 0.120, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.073 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.051, 0.183, 0.316, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.183 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.069, 0.207, 0.345, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.207 std_dev=0.138
C4' A 0, 0.045, 0.230, 0.416, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.230 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.107, 0.323, 0.538, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.323 std_dev=0.215
P B 0, 0.121, 0.350, 0.578, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.350 std_dev=0.228
OP2 B 0, 0.064, 0.428, 0.792, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.428 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.067, 0.449, 0.830, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.449 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.043, 0.541, 1.039, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.541 std_dev=0.498
OP1 B 0, -0.008, 0.691, 1.391, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.691 std_dev=0.700
P A 0, 0.018, 0.807, 1.595, 2.282 max_d=2.282 avg_d=0.807 std_dev=0.788
OP2 A 0, -0.011, 0.995, 2.001, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.995 std_dev=1.006
O5' B 0, -0.100, 0.917, 1.933, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.917 std_dev=1.016
C5' B 0, -0.393, 1.422, 3.238, 4.407 max_d=4.407 avg_d=1.422 std_dev=1.816
OP1 A 0, -0.332, 1.690, 3.712, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.690 std_dev=2.022
O4' B 0, -0.581, 1.746, 4.073, 5.755 max_d=5.755 avg_d=1.746 std_dev=2.327
C4' B 0, -0.625, 1.837, 4.299, 5.909 max_d=5.909 avg_d=1.837 std_dev=2.462
C1' B 0, -0.930, 2.514, 5.957, 8.088 max_d=8.088 avg_d=2.514 std_dev=3.444
C3' B 0, -0.964, 2.640, 6.243, 8.499 max_d=8.499 avg_d=2.640 std_dev=3.603
N9 B 0, -1.058, 2.941, 6.939, 9.369 max_d=9.369 avg_d=2.941 std_dev=3.998
C8 B 0, -1.034, 3.017, 7.069, 9.604 max_d=9.604 avg_d=3.017 std_dev=4.052
C2' B 0, -1.179, 3.088, 7.356, 9.933 max_d=9.933 avg_d=3.088 std_dev=4.267
O3' B 0, -1.169, 3.111, 7.391, 9.982 max_d=9.982 avg_d=3.111 std_dev=4.280
C4 B 0, -1.286, 3.554, 8.395, 11.139 max_d=11.139 avg_d=3.554 std_dev=4.841
N7 B 0, -1.252, 3.651, 8.554, 11.487 max_d=11.487 avg_d=3.651 std_dev=4.903
O2' B 0, -1.426, 3.587, 8.601, 11.523 max_d=11.523 avg_d=3.587 std_dev=5.014
N3 B 0, -1.377, 3.752, 8.882, 12.638 max_d=12.638 avg_d=3.752 std_dev=5.130
C5 B 0, -1.422, 4.007, 9.436, 12.545 max_d=12.545 avg_d=4.007 std_dev=5.429
C2 B 0, -1.630, 4.467, 10.564, 14.961 max_d=14.961 avg_d=4.467 std_dev=6.097
C6 B 0, -1.713, 4.803, 11.319, 14.903 max_d=14.903 avg_d=4.803 std_dev=6.516
N2 B 0, -1.726, 4.801, 11.328, 16.952 max_d=16.952 avg_d=4.801 std_dev=6.527
N1 B 0, -1.804, 4.976, 11.755, 15.873 max_d=15.873 avg_d=4.976 std_dev=6.780
O6 B 0, -1.885, 5.366, 12.617, 16.646 max_d=16.646 avg_d=5.366 std_dev=7.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.03 0.49 0.16 0.21
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.29 0.02 1.10 0.14 0.42
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.05 0.24 0.16 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.01 0.01 0.02 0.17 0.11 0.19 0.27 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.31 0.02 1.08 0.15 0.43
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.05 0.03 0.03 0.12 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.10 0.22 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.38 0.01 1.40 0.17 0.55
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.15 0.01 0.22 0.00 0.22 0.24 0.17 0.10 0.10 0.27 0.15 0.05 0.03 0.02 0.01 0.26 0.35 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.10 0.03 0.39 0.01 1.50 0.17 0.58
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.03 0.39 0.03 1.25 0.18 0.52
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.34 0.02 1.33 0.15 0.51
N2 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.09 0.03 0.26 0.02 1.01 0.13 0.39
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.25 0.02 0.93 0.14 0.36
N7 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.43 0.02 1.54 0.19 0.61
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.28 0.03 0.93 0.15 0.38
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.02 0.10 0.13 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.08 0.18 0.13 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.05 0.04 0.00 0.01 0.23 0.11 0.50 0.38 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.14 0.04 0.34 0.28 0.18
O5' 0.15 0.29 0.09 0.17 0.31 0.01 0.38 0.01 0.39 0.39 0.34 0.26 0.25 0.43 0.28 0.06 0.23 0.14 0.00 0.42 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.26 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.11 0.04 0.42 0.00 1.68 0.18 0.65
OP1 0.49 1.10 0.24 0.19 1.08 0.22 1.40 0.35 1.50 1.25 1.33 1.01 0.93 1.54 0.93 0.18 0.50 0.34 0.02 1.68 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.14 0.16 0.27 0.15 0.19 0.17 0.30 0.17 0.18 0.15 0.13 0.14 0.19 0.15 0.13 0.38 0.28 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.42 0.07 0.10 0.43 0.03 0.55 0.01 0.58 0.52 0.51 0.39 0.36 0.61 0.38 0.04 0.23 0.18 0.00 0.65 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 3.09 0.17 0.46 1.92 0.55 2.09 0.81 2.70 1.03 3.14 3.57 2.44 1.57 1.09 0.68 0.54 0.16 0.21 2.80 0.52 0.27 0.21
C2 1.64 3.64 1.32 0.64 3.01 0.52 3.12 0.14 3.53 1.98 3.77 3.74 3.25 2.50 2.27 0.93 0.33 1.26 0.64 3.51 0.19 0.18 0.23
C2' 0.34 2.10 0.95 1.17 1.08 1.12 1.26 1.19 1.80 0.50 2.18 2.54 1.52 0.86 0.37 1.59 1.33 0.45 0.11 1.93 0.56 0.27 0.18
C3' 0.57 2.02 1.28 1.46 0.94 1.32 1.21 1.29 1.83 0.49 2.19 2.50 1.35 0.86 0.25 2.02 1.69 0.62 0.17 2.04 0.57 0.28 0.19
C4 1.27 4.04 0.79 0.21 2.98 0.11 3.20 0.42 3.86 1.84 4.25 4.27 3.38 2.50 2.04 0.35 0.21 0.86 0.45 3.94 0.31 0.22 0.22
C4' 0.39 2.31 1.02 1.15 1.13 1.12 1.42 1.16 2.06 0.61 2.46 2.88 1.60 1.06 0.38 1.70 1.23 0.51 0.12 2.28 0.55 0.24 0.15
C5 1.53 4.58 1.05 0.35 3.43 0.19 3.82 0.33 4.65 2.27 5.00 4.77 3.77 3.07 2.41 0.63 0.20 1.03 0.50 4.85 0.22 0.20 0.22
C5' 0.34 2.53 1.01 1.15 1.30 1.10 1.66 1.13 2.40 0.71 2.79 3.10 1.72 1.28 0.49 1.72 1.29 0.46 0.10 2.70 0.58 0.26 0.19
C6 1.81 4.67 1.42 0.61 3.67 0.42 4.12 0.17 4.93 2.57 5.14 4.78 3.93 3.40 2.69 1.04 0.26 1.27 0.58 5.17 0.17 0.18 0.22
C8 1.05 4.32 0.49 0.15 2.96 0.26 3.33 0.60 4.21 1.85 4.67 4.76 3.41 2.65 1.93 0.17 0.41 0.62 0.35 4.46 0.35 0.23 0.21
N1 1.86 4.23 1.55 0.76 3.47 0.58 3.78 0.18 4.34 2.46 4.52 4.31 3.68 3.15 2.62 1.18 0.37 1.37 0.65 4.44 0.18 0.17 0.22
N2 1.66 3.04 1.49 0.86 2.58 0.78 2.56 0.36 2.81 1.74 3.04 3.15 2.81 2.06 2.06 1.12 0.53 1.37 0.76 2.73 0.18 0.17 0.22
N3 1.29 3.48 0.87 0.31 2.69 0.20 2.76 0.31 3.23 1.60 3.56 3.65 3.05 2.11 1.90 0.45 0.17 0.94 0.52 3.21 0.32 0.22 0.23
N7 1.38 4.71 0.85 0.20 3.38 0.12 3.83 0.45 4.79 2.22 5.21 5.03 3.76 3.09 2.31 0.41 0.29 0.87 0.43 5.10 0.26 0.21 0.22
N9 0.92 3.87 0.39 0.18 2.65 0.28 2.89 0.63 3.60 1.57 4.05 4.27 3.12 2.24 1.70 0.20 0.38 0.54 0.33 3.73 0.41 0.24 0.22
O2' 0.86 1.26 1.39 1.43 0.33 1.38 0.46 1.33 0.88 0.69 1.24 1.72 0.80 0.49 0.40 2.01 1.41 0.90 0.26 0.97 0.59 0.24 0.14
O3' 1.21 1.17 2.01 2.04 0.21 1.75 0.47 1.55 1.00 0.71 1.31 1.63 0.60 0.49 0.57 2.85 2.32 1.09 0.39 1.22 0.58 0.25 0.15
O4' 0.31 3.14 0.27 0.52 1.87 0.62 2.11 0.83 2.78 1.04 3.24 3.74 2.40 1.62 1.02 0.83 0.56 0.10 0.18 2.95 0.54 0.28 0.21
O5' 0.18 3.24 0.59 0.88 1.94 0.85 2.37 0.96 3.20 1.16 3.60 3.80 2.34 1.89 1.03 1.27 1.13 0.11 0.18 3.55 0.57 0.35 0.29
O6 1.94 4.91 1.59 0.71 3.86 0.49 4.40 0.17 5.33 2.81 5.50 5.05 4.10 3.72 2.86 1.23 0.30 1.35 0.60 5.73 0.20 0.17 0.21
OP1 0.39 3.44 0.54 0.82 2.26 0.72 2.89 0.67 3.83 1.63 4.07 3.80 2.46 2.48 1.37 1.28 1.21 0.29 0.45 4.36 0.92 0.67 0.67
OP2 0.48 3.81 0.32 0.74 2.39 0.75 2.87 0.98 3.82 1.51 4.26 4.42 2.81 2.33 1.41 0.91 1.04 0.17 0.16 4.26 0.27 0.20 0.15
P 0.29 3.46 0.51 0.82 2.15 0.79 2.67 0.87 3.58 1.39 3.94 3.97 2.49 2.19 1.22 1.20 1.13 0.13 0.21 4.03 0.60 0.38 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.25 0.01 0.12 0.04 0.10 0.23 0.10
C2 0.07 0.00 0.49 0.42 0.01 0.13 0.01 0.34 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.24 0.33 0.25 0.03 0.85 0.36 0.35
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.26 0.03 0.16 0.14 0.26 0.23 0.40 0.57 0.46 0.14 0.04 0.00 0.02 0.02 0.18 0.22 0.25 0.15 0.13
C3' 0.04 0.42 0.01 0.00 0.38 0.01 0.47 0.03 0.52 0.39 0.49 0.39 0.35 0.48 0.30 0.02 0.01 0.03 0.39 0.56 0.61 0.19 0.35
C4 0.04 0.01 0.26 0.38 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.21 0.18 0.19 0.02 0.32 0.67 0.14
C4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.09 0.30 0.05 0.21 0.15 0.27 0.11 0.33 0.03 0.01 0.02 0.14 0.17 0.27 0.03
C5 0.02 0.01 0.16 0.47 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.35 0.09 0.45 0.03 0.16 1.17 0.46
C5' 0.06 0.34 0.14 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.41 0.20 0.47 0.33 0.37 0.10 0.20 0.20 0.02 0.01 0.15 0.38 0.39 0.02
C6 0.04 0.02 0.26 0.52 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.18 0.42 0.15 0.36 0.01 0.27 1.15 0.34
C8 0.01 0.01 0.23 0.39 0.01 0.30 0.03 0.41 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.24 0.20 0.88 0.06 0.63 1.44 0.93
N1 0.05 0.01 0.40 0.49 0.02 0.05 0.01 0.20 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.36 0.26 0.15 0.02 0.63 0.72 0.13
N2 0.08 0.01 0.57 0.39 0.01 0.21 0.02 0.47 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.50 0.19 0.40 0.45 0.04 1.16 0.25 0.63
N3 0.06 0.01 0.46 0.35 0.00 0.15 0.01 0.33 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.35 0.15 0.33 0.24 0.02 0.74 0.27 0.33
N7 0.01 0.01 0.14 0.48 0.02 0.27 0.01 0.37 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.39 0.37 0.11 0.85 0.06 0.56 1.66 0.94
N9 0.01 0.01 0.04 0.30 0.01 0.11 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 0.13 0.02 0.38 0.03 0.14 0.75 0.35
O2' 0.01 0.36 0.00 0.02 0.16 0.33 0.21 0.20 0.18 0.43 0.24 0.50 0.35 0.39 0.19 0.00 0.08 0.22 0.33 0.22 0.48 0.19 0.29
O3' 0.25 0.24 0.02 0.01 0.21 0.03 0.35 0.20 0.42 0.24 0.36 0.19 0.15 0.37 0.13 0.08 0.00 0.17 0.46 0.50 0.90 0.25 0.50
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.18 0.01 0.09 0.02 0.15 0.20 0.26 0.40 0.33 0.11 0.02 0.22 0.17 0.00 0.10 0.11 0.21 0.10 0.10
O5' 0.12 0.25 0.18 0.39 0.19 0.02 0.45 0.01 0.36 0.88 0.15 0.45 0.24 0.85 0.38 0.33 0.46 0.10 0.00 0.49 0.02 0.02 0.00
O6 0.04 0.03 0.22 0.56 0.02 0.14 0.03 0.15 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.22 0.50 0.11 0.49 0.00 0.19 1.45 0.53
OP1 0.10 0.85 0.25 0.61 0.32 0.17 0.16 0.38 0.27 0.63 0.63 1.16 0.74 0.56 0.14 0.48 0.90 0.21 0.02 0.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.36 0.15 0.19 0.67 0.27 1.17 0.39 1.15 1.44 0.72 0.25 0.27 1.66 0.75 0.19 0.25 0.10 0.02 1.45 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.35 0.13 0.35 0.14 0.03 0.46 0.02 0.34 0.93 0.13 0.63 0.33 0.94 0.35 0.29 0.50 0.10 0.00 0.53 0.01 0.01 0.00