ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48531

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 0, 3, 2, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.036 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.016, 0.049, 0.082, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.049 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.010, 0.049, 0.088, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.049 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.007, 0.057, 0.106, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.057 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.002, 0.175, 0.349, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.175 std_dev=0.173
C2' A 0, -0.013, 0.180, 0.372, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.180 std_dev=0.192
P B 0, 0.181, 0.410, 0.639, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.410 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.224, 0.469, 0.714, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.469 std_dev=0.245
O2' A 0, -0.021, 0.235, 0.492, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.235 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.028, 0.299, 0.569, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.299 std_dev=0.271
C3' A 0, 0.010, 0.308, 0.606, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.308 std_dev=0.298
O5' B 0, 0.208, 0.581, 0.955, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.581 std_dev=0.374
OP1 B 0, 0.198, 0.587, 0.976, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.587 std_dev=0.389
O5' A 0, 0.133, 0.594, 1.055, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.594 std_dev=0.461
O3' A 0, -0.010, 0.452, 0.914, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.452 std_dev=0.462
C5' A 0, 0.070, 0.535, 1.000, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.535 std_dev=0.465
P A 0, 0.138, 0.698, 1.257, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.698 std_dev=0.560
OP2 A 0, 0.170, 0.781, 1.392, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.781 std_dev=0.611
OP1 A 0, 0.159, 0.778, 1.396, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.778 std_dev=0.619
C5' B 0, 0.018, 0.967, 1.915, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.967 std_dev=0.948
C4' B 0, 0.077, 1.125, 2.173, 3.928 max_d=3.928 avg_d=1.125 std_dev=1.048
C3' B 0, 0.174, 1.268, 2.363, 4.223 max_d=4.223 avg_d=1.268 std_dev=1.095
O4' B 0, 0.008, 1.171, 2.335, 4.275 max_d=4.275 avg_d=1.171 std_dev=1.164
C8 B 0, 0.089, 1.255, 2.422, 4.168 max_d=4.168 avg_d=1.255 std_dev=1.166
O3' B 0, 0.211, 1.387, 2.563, 4.780 max_d=4.780 avg_d=1.387 std_dev=1.176
N7 B 0, 0.074, 1.334, 2.593, 4.405 max_d=4.405 avg_d=1.334 std_dev=1.259
C2' B 0, 0.140, 1.462, 2.784, 5.075 max_d=5.075 avg_d=1.462 std_dev=1.322
N9 B 0, 0.033, 1.359, 2.685, 4.803 max_d=4.803 avg_d=1.359 std_dev=1.326
C1' B 0, 0.048, 1.374, 2.701, 4.980 max_d=4.980 avg_d=1.374 std_dev=1.327
C5 B 0, 0.016, 1.486, 2.956, 5.120 max_d=5.120 avg_d=1.486 std_dev=1.470
O2' B 0, 0.162, 1.665, 3.168, 5.912 max_d=5.912 avg_d=1.665 std_dev=1.503
C4 B 0, -0.020, 1.500, 3.020, 5.405 max_d=5.405 avg_d=1.500 std_dev=1.520
C6 B 0, -0.002, 1.650, 3.301, 5.847 max_d=5.847 avg_d=1.650 std_dev=1.651
O6 B 0, 0.031, 1.698, 3.366, 6.013 max_d=6.013 avg_d=1.698 std_dev=1.668
N3 B 0, -0.073, 1.658, 3.388, 6.210 max_d=6.210 avg_d=1.658 std_dev=1.730
N1 B 0, -0.059, 1.791, 3.642, 6.535 max_d=6.535 avg_d=1.791 std_dev=1.851
C2 B 0, -0.090, 1.796, 3.682, 6.646 max_d=6.646 avg_d=1.796 std_dev=1.886
N2 B 0, -0.145, 1.970, 4.084, 7.483 max_d=7.483 avg_d=1.970 std_dev=2.114

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.33 0.13
C2 0.03 0.00 0.14 0.22 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.28 0.05 0.28 0.01 0.19 0.25 0.17
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.09 0.10 0.18 0.15 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.06 0.31 0.21 0.17
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.15 0.01 0.13 0.04 0.16 0.09 0.20 0.25 0.21 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.33 0.15 0.43 0.19 0.27
C4 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.02 0.29 0.02 0.19 0.27 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.09 0.10 0.08 0.06 0.04 0.07 0.02 0.01 0.03 0.08 0.14 0.30 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.03 0.36 0.01 0.23 0.27 0.23
C5' 0.04 0.14 0.03 0.04 0.13 0.01 0.15 0.00 0.17 0.12 0.16 0.15 0.13 0.15 0.10 0.07 0.05 0.02 0.02 0.18 0.14 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.22 0.03 0.38 0.00 0.25 0.28 0.25
C8 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.06 0.36 0.03 0.23 0.29 0.21
N1 0.02 0.00 0.10 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.26 0.03 0.34 0.01 0.22 0.26 0.21
N2 0.04 0.01 0.18 0.25 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.33 0.07 0.26 0.03 0.18 0.25 0.15
N3 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.25 0.05 0.24 0.02 0.17 0.27 0.15
N7 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.14 0.06 0.40 0.03 0.26 0.29 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.26 0.03 0.18 0.29 0.15
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07 0.03 0.00 0.07 0.08 0.08 0.09 0.22 0.26 0.10
O3' 0.02 0.28 0.02 0.01 0.17 0.02 0.17 0.05 0.22 0.11 0.26 0.33 0.25 0.14 0.08 0.07 0.00 0.02 0.34 0.21 0.58 0.29 0.37
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.12 0.05 0.15 0.43 0.21
O5' 0.13 0.28 0.23 0.33 0.29 0.03 0.36 0.02 0.38 0.36 0.34 0.26 0.24 0.40 0.26 0.08 0.34 0.12 0.00 0.41 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.09 0.21 0.05 0.41 0.00 0.28 0.30 0.29
OP1 0.14 0.19 0.31 0.43 0.19 0.14 0.23 0.14 0.25 0.23 0.22 0.18 0.17 0.26 0.18 0.22 0.58 0.15 0.02 0.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.25 0.21 0.19 0.27 0.30 0.27 0.33 0.28 0.29 0.26 0.25 0.27 0.29 0.29 0.26 0.29 0.43 0.02 0.30 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.17 0.17 0.27 0.17 0.07 0.23 0.02 0.25 0.21 0.21 0.15 0.15 0.26 0.15 0.10 0.37 0.21 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.58 0.55 0.74 0.82 0.55 0.70 0.53 0.73 0.53 0.54 0.53 0.56 0.56 0.53 0.55 0.78 0.96 0.56 0.32 0.52 0.30 0.30 0.22
C2 0.65 0.69 0.70 0.76 0.68 0.71 0.69 0.82 0.70 0.68 0.70 0.69 0.68 0.69 0.67 0.72 0.76 0.66 0.23 0.71 0.25 0.21 0.15
C2' 0.49 0.48 0.67 0.78 0.48 0.63 0.48 0.69 0.48 0.48 0.48 0.49 0.49 0.49 0.48 0.68 0.93 0.47 0.36 0.49 0.43 0.42 0.32
C3' 0.49 0.49 0.66 0.77 0.48 0.62 0.49 0.68 0.49 0.49 0.48 0.50 0.49 0.49 0.48 0.67 0.92 0.47 0.36 0.50 0.42 0.48 0.35
C4 0.66 0.66 0.74 0.80 0.65 0.75 0.63 0.82 0.63 0.63 0.65 0.67 0.66 0.62 0.64 0.79 0.86 0.66 0.26 0.63 0.23 0.24 0.16
C4' 0.53 0.49 0.71 0.80 0.48 0.66 0.47 0.67 0.47 0.47 0.47 0.50 0.50 0.47 0.49 0.76 0.97 0.49 0.31 0.47 0.33 0.38 0.25
C5 0.72 0.73 0.78 0.81 0.71 0.78 0.69 0.85 0.70 0.68 0.71 0.75 0.73 0.67 0.70 0.84 0.84 0.72 0.24 0.69 0.23 0.22 0.15
C5' 0.52 0.48 0.70 0.78 0.47 0.65 0.46 0.67 0.45 0.46 0.46 0.50 0.49 0.46 0.48 0.76 0.95 0.50 0.28 0.46 0.30 0.40 0.24
C6 0.76 0.80 0.78 0.79 0.77 0.78 0.76 0.86 0.77 0.73 0.79 0.81 0.79 0.73 0.75 0.84 0.79 0.76 0.22 0.77 0.25 0.21 0.15
C8 0.69 0.67 0.78 0.84 0.65 0.78 0.62 0.83 0.61 0.61 0.64 0.69 0.68 0.60 0.65 0.85 0.92 0.68 0.27 0.60 0.23 0.24 0.17
N1 0.73 0.78 0.74 0.77 0.76 0.75 0.76 0.84 0.77 0.73 0.78 0.78 0.77 0.74 0.74 0.78 0.74 0.74 0.21 0.78 0.27 0.20 0.15
N2 0.62 0.67 0.65 0.71 0.68 0.66 0.71 0.79 0.72 0.69 0.70 0.66 0.66 0.71 0.66 0.64 0.70 0.62 0.22 0.73 0.28 0.21 0.15
N3 0.62 0.63 0.71 0.78 0.63 0.71 0.63 0.80 0.63 0.62 0.63 0.63 0.63 0.62 0.62 0.72 0.83 0.61 0.26 0.63 0.23 0.23 0.16
N7 0.73 0.73 0.80 0.83 0.71 0.80 0.68 0.86 0.68 0.66 0.70 0.75 0.74 0.65 0.70 0.87 0.88 0.73 0.25 0.66 0.23 0.23 0.16
N9 0.64 0.62 0.75 0.82 0.61 0.74 0.59 0.80 0.58 0.59 0.60 0.63 0.63 0.58 0.61 0.80 0.92 0.63 0.28 0.58 0.25 0.25 0.18
O2' 0.46 0.46 0.68 0.80 0.46 0.61 0.47 0.64 0.48 0.46 0.47 0.46 0.45 0.49 0.45 0.69 0.99 0.41 0.39 0.50 0.47 0.39 0.31
O3' 0.50 0.53 0.66 0.78 0.52 0.62 0.54 0.68 0.56 0.53 0.54 0.53 0.52 0.56 0.51 0.65 0.95 0.47 0.45 0.58 0.52 0.60 0.45
O4' 0.61 0.56 0.77 0.83 0.55 0.72 0.53 0.72 0.52 0.53 0.53 0.58 0.57 0.52 0.56 0.83 0.98 0.57 0.32 0.51 0.29 0.33 0.22
O5' 0.60 0.57 0.72 0.78 0.56 0.69 0.56 0.72 0.56 0.55 0.56 0.58 0.58 0.56 0.57 0.77 0.90 0.58 0.34 0.56 0.32 0.28 0.25
O6 0.80 0.86 0.80 0.80 0.82 0.80 0.81 0.86 0.82 0.76 0.85 0.89 0.85 0.77 0.80 0.89 0.77 0.80 0.21 0.82 0.26 0.20 0.14
OP1 0.58 0.55 0.72 0.79 0.54 0.69 0.54 0.72 0.54 0.53 0.54 0.56 0.56 0.54 0.54 0.79 0.94 0.57 0.35 0.56 0.37 0.32 0.28
OP2 0.71 0.66 0.80 0.83 0.64 0.78 0.59 0.81 0.58 0.59 0.62 0.70 0.69 0.56 0.64 0.92 0.94 0.70 0.33 0.56 0.28 0.30 0.24
P 0.62 0.59 0.74 0.80 0.57 0.72 0.54 0.74 0.54 0.54 0.55 0.61 0.60 0.53 0.57 0.83 0.92 0.61 0.29 0.53 0.27 0.24 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.04 0.18 0.12 0.10
C2 0.05 0.00 0.18 0.20 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.26 0.04 0.33 0.02 0.31 0.30 0.29
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.14 0.22 0.19 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.07 0.27 0.18 0.20
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.12 0.16 0.24 0.19 0.10 0.04 0.03 0.01 0.02 0.33 0.10 0.37 0.21 0.29
C4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.35 0.03 0.31 0.27 0.29
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.07 0.11 0.09 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.20 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.03 0.45 0.02 0.40 0.40 0.40
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.11 0.08 0.09 0.07 0.12 0.05 0.10 0.03 0.02 0.01 0.10 0.20 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.14 0.03 0.46 0.01 0.43 0.45 0.43
C8 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.45 0.03 0.38 0.31 0.37
N1 0.04 0.01 0.14 0.16 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.21 0.03 0.41 0.01 0.37 0.39 0.37
N2 0.06 0.01 0.22 0.24 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.22 0.32 0.06 0.30 0.02 0.29 0.27 0.26
N3 0.04 0.01 0.19 0.19 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.24 0.04 0.29 0.02 0.27 0.23 0.24
N7 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.50 0.04 0.45 0.44 0.45
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.33 0.03 0.29 0.20 0.25
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.08 0.10 0.05 0.10 0.08 0.06 0.13 0.22 0.17 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.12 0.07 0.20 0.13 0.11
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.03 0.14 0.14 0.21 0.32 0.24 0.12 0.05 0.06 0.00 0.02 0.32 0.14 0.43 0.27 0.33
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.14 0.04 0.17 0.22 0.12
O5' 0.16 0.33 0.23 0.33 0.35 0.01 0.45 0.01 0.46 0.45 0.41 0.30 0.29 0.50 0.33 0.12 0.32 0.14 0.00 0.51 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.07 0.10 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.14 0.04 0.51 0.00 0.49 0.54 0.49
OP1 0.18 0.31 0.27 0.37 0.31 0.14 0.40 0.20 0.43 0.38 0.37 0.29 0.27 0.45 0.29 0.20 0.43 0.17 0.01 0.49 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.30 0.18 0.21 0.27 0.20 0.40 0.32 0.45 0.31 0.39 0.27 0.23 0.44 0.20 0.13 0.27 0.22 0.02 0.54 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.29 0.20 0.29 0.29 0.02 0.40 0.02 0.43 0.37 0.37 0.26 0.24 0.45 0.25 0.11 0.33 0.12 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00