ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48532

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 4, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.026, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.021, 0.034, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.024, 0.039, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.042, 0.063, 0.084, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.063 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.040, 0.062, 0.085, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.062 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.042, 0.065, 0.087, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.065 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.046, 0.079, 0.112, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.079 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.037, 0.071, 0.105, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.071 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.050, 0.090, 0.130, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.090 std_dev=0.040
O6 A 0, 0.039, 0.080, 0.121, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.080 std_dev=0.041
N2 A 0, 0.103, 0.177, 0.250, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.177 std_dev=0.074
OP1 B 0, 0.482, 0.785, 1.089, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.785 std_dev=0.304
P B 0, 0.467, 0.781, 1.094, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.781 std_dev=0.313
OP2 B 0, 0.403, 0.778, 1.153, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.778 std_dev=0.375
C2' A 0, 0.300, 0.920, 1.541, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.920 std_dev=0.620
O4' A 0, 0.425, 1.081, 1.737, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.081 std_dev=0.656
O2' A 0, 0.264, 1.179, 2.093, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.179 std_dev=0.915
C4' A 0, 0.621, 1.554, 2.486, 3.587 max_d=3.587 avg_d=1.554 std_dev=0.932
C3' A 0, 0.697, 1.723, 2.750, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.723 std_dev=1.027
O5' B 0, 1.680, 2.741, 3.802, 3.950 max_d=3.950 avg_d=2.741 std_dev=1.061
O3' A 0, 1.093, 2.555, 4.017, 5.325 max_d=5.325 avg_d=2.555 std_dev=1.462
C5' B 0, 2.090, 3.677, 5.264, 5.562 max_d=5.562 avg_d=3.677 std_dev=1.587
OP2 A 0, 1.121, 2.755, 4.388, 5.766 max_d=5.766 avg_d=2.755 std_dev=1.633
C5' A 0, 1.143, 2.776, 4.410, 6.007 max_d=6.007 avg_d=2.776 std_dev=1.634
O5' A 0, 1.138, 2.794, 4.450, 5.983 max_d=5.983 avg_d=2.794 std_dev=1.656
C3' B 0, 4.335, 6.608, 8.880, 8.925 max_d=8.925 avg_d=6.608 std_dev=2.273
P A 0, 0.591, 2.882, 5.173, 6.940 max_d=6.940 avg_d=2.882 std_dev=2.291
C4' B 0, 3.022, 5.353, 7.683, 8.206 max_d=8.206 avg_d=5.353 std_dev=2.331
O3' B 0, 5.238, 7.663, 10.088, 9.128 max_d=9.128 avg_d=7.663 std_dev=2.425
N7 B 0, 3.551, 6.287, 9.023, 10.852 max_d=10.852 avg_d=6.287 std_dev=2.736
C8 B 0, 2.882, 5.640, 8.398, 10.422 max_d=10.422 avg_d=5.640 std_dev=2.758
OP1 A 0, 1.681, 4.585, 7.488, 9.563 max_d=9.563 avg_d=4.585 std_dev=2.903
C2' B 0, 4.705, 7.809, 10.912, 11.674 max_d=11.674 avg_d=7.809 std_dev=3.104
O4' B 0, 2.157, 5.318, 8.480, 9.762 max_d=9.762 avg_d=5.318 std_dev=3.161
C5 B 0, 3.496, 6.797, 10.097, 12.027 max_d=12.027 avg_d=6.797 std_dev=3.300
N9 B 0, 2.660, 6.073, 9.485, 10.961 max_d=10.961 avg_d=6.073 std_dev=3.413
O6 B 0, 4.656, 8.196, 11.736, 16.175 max_d=16.175 avg_d=8.196 std_dev=3.540
C1' B 0, 2.946, 6.489, 10.032, 11.467 max_d=11.467 avg_d=6.489 std_dev=3.543
O2' B 0, 5.624, 9.183, 12.742, 13.547 max_d=13.547 avg_d=9.183 std_dev=3.559
C6 B 0, 4.027, 7.645, 11.262, 14.618 max_d=14.618 avg_d=7.645 std_dev=3.617
C4 B 0, 2.879, 6.725, 10.571, 11.862 max_d=11.862 avg_d=6.725 std_dev=3.846
N1 B 0, 3.567, 8.056, 12.546, 15.431 max_d=15.431 avg_d=8.056 std_dev=4.490
N3 B 0, 3.022, 7.620, 12.219, 14.246 max_d=14.246 avg_d=7.620 std_dev=4.599
C2 B 0, 3.086, 8.075, 13.064, 15.196 max_d=15.196 avg_d=8.075 std_dev=4.989
N2 B 0, 3.280, 9.062, 14.845, 17.612 max_d=17.612 avg_d=9.062 std_dev=5.783

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.21 0.03 0.20 0.43 0.21
C2 0.06 0.00 0.36 0.26 0.01 0.24 0.01 0.56 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.53 0.35 0.64 0.02 0.90 1.21 0.95
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.20 0.01 0.11 0.20 0.17 0.18 0.28 0.43 0.36 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.40 0.14 0.44 0.57 0.43
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.26 0.01 0.37 0.03 0.37 0.47 0.30 0.27 0.23 0.48 0.26 0.03 0.02 0.02 0.21 0.42 0.24 0.29 0.21
C4 0.03 0.01 0.20 0.26 0.00 0.20 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.23 0.18 0.49 0.01 0.65 0.89 0.65
C4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.20 0.00 0.24 0.01 0.26 0.23 0.26 0.26 0.21 0.26 0.16 0.29 0.05 0.01 0.02 0.28 0.20 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.37 0.00 0.24 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.16 0.09 0.53 0.02 0.77 0.93 0.70
C5' 0.09 0.56 0.20 0.03 0.42 0.01 0.47 0.00 0.55 0.34 0.59 0.60 0.47 0.42 0.27 0.09 0.22 0.02 0.02 0.57 0.23 0.16 0.03
C6 0.03 0.01 0.17 0.37 0.01 0.26 0.01 0.55 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.19 0.16 0.63 0.00 0.97 1.15 0.90
C8 0.01 0.02 0.18 0.47 0.01 0.23 0.01 0.34 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.40 0.19 0.23 0.04 0.33 0.35 0.22
N1 0.05 0.01 0.28 0.30 0.01 0.26 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.35 0.28 0.68 0.02 1.01 1.27 1.00
N2 0.08 0.01 0.43 0.27 0.02 0.26 0.01 0.60 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.51 0.71 0.43 0.67 0.03 0.95 1.29 1.02
N3 0.06 0.01 0.36 0.23 0.01 0.21 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.41 0.53 0.34 0.54 0.01 0.72 1.03 0.78
N7 0.01 0.01 0.10 0.48 0.01 0.26 0.00 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.39 0.09 0.38 0.05 0.60 0.57 0.43
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.16 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.21 0.08 0.02 0.29 0.03 0.37 0.55 0.34
O2' 0.03 0.46 0.01 0.03 0.32 0.29 0.35 0.09 0.40 0.29 0.44 0.51 0.41 0.33 0.21 0.00 0.22 0.27 0.25 0.41 0.33 0.56 0.30
O3' 0.34 0.53 0.10 0.02 0.23 0.05 0.16 0.22 0.19 0.40 0.35 0.71 0.53 0.39 0.08 0.22 0.00 0.24 0.41 0.23 0.63 0.46 0.47
O4' 0.01 0.35 0.02 0.02 0.18 0.01 0.09 0.02 0.16 0.19 0.28 0.43 0.34 0.09 0.02 0.27 0.24 0.00 0.16 0.11 0.18 0.38 0.19
O5' 0.21 0.64 0.40 0.21 0.49 0.02 0.53 0.02 0.63 0.23 0.68 0.67 0.54 0.38 0.29 0.25 0.41 0.16 0.00 0.63 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.42 0.01 0.28 0.02 0.57 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.41 0.23 0.11 0.63 0.00 1.05 1.16 0.91
OP1 0.20 0.90 0.44 0.24 0.65 0.20 0.77 0.23 0.97 0.33 1.01 0.95 0.72 0.60 0.37 0.33 0.63 0.18 0.03 1.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 1.21 0.57 0.29 0.89 0.23 0.93 0.16 1.15 0.35 1.27 1.29 1.03 0.57 0.55 0.56 0.46 0.38 0.02 1.16 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.95 0.43 0.21 0.65 0.06 0.70 0.03 0.90 0.22 1.00 1.02 0.78 0.43 0.34 0.30 0.47 0.19 0.01 0.91 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.53 2.95 2.82 2.81 2.54 2.58 2.35 2.25 2.49 2.04 2.80 3.22 2.85 2.01 2.37 3.02 3.08 2.34 1.13 2.39 0.32 0.41 0.23
C2 1.19 2.26 1.41 1.54 1.58 1.15 1.38 0.99 1.62 0.95 2.03 2.68 2.07 1.03 1.20 1.36 1.97 1.03 0.58 1.51 0.15 0.11 0.20
C2' 3.20 3.61 3.48 3.33 3.22 3.04 3.01 2.53 3.17 2.66 3.46 3.85 3.52 2.65 3.03 3.76 3.59 2.91 1.45 3.07 0.91 0.41 0.61
C3' 3.56 3.98 3.75 3.54 3.57 3.33 3.36 2.80 3.52 2.99 3.83 4.22 3.88 2.98 3.38 4.04 3.70 3.29 1.70 3.42 0.76 0.12 0.62
C4 1.75 2.59 2.13 2.23 1.96 1.86 1.76 1.65 1.99 1.33 2.39 2.98 2.40 1.36 1.66 2.23 2.68 1.55 0.83 1.89 0.21 0.23 0.22
C4' 2.77 3.15 2.96 2.88 2.78 2.71 2.60 2.38 2.75 2.30 3.02 3.38 3.05 2.28 2.61 3.21 3.07 2.60 1.28 2.67 0.26 0.58 0.28
C5 1.68 2.74 2.06 2.14 1.97 1.72 1.75 1.45 2.05 1.21 2.52 3.21 2.49 1.28 1.59 2.19 2.67 1.43 0.74 1.94 0.17 0.18 0.21
C5' 2.40 2.74 2.68 2.63 2.35 2.40 2.16 2.09 2.31 1.90 2.61 3.01 2.64 1.85 2.20 3.00 2.91 2.22 1.04 2.24 0.36 0.92 0.38
C6 1.46 2.78 1.74 1.80 1.92 1.38 1.71 1.08 2.03 1.10 2.54 3.30 2.49 1.23 1.46 1.83 2.38 1.22 0.61 1.92 0.17 0.12 0.20
C8 2.21 2.94 2.62 2.62 2.31 2.26 2.08 1.91 2.32 1.63 2.75 3.35 2.75 1.63 2.03 2.86 3.08 1.95 0.95 2.21 0.24 0.29 0.22
N1 1.32 2.58 1.48 1.54 1.79 1.14 1.58 0.86 1.86 1.05 2.32 3.06 2.35 1.17 1.35 1.49 2.06 1.12 0.56 1.74 0.18 0.11 0.19
N2 1.00 1.98 1.04 1.12 1.35 0.81 1.16 0.59 1.35 0.87 1.73 2.39 1.82 0.92 1.02 0.89 1.46 0.94 0.51 1.25 0.22 0.12 0.18
N3 1.48 2.33 1.80 1.96 1.74 1.59 1.56 1.48 1.77 1.18 2.14 2.69 2.15 1.22 1.44 1.79 2.33 1.30 0.76 1.69 0.19 0.20 0.21
N7 1.93 2.91 2.35 2.38 2.15 1.98 1.92 1.65 2.22 1.38 2.70 3.38 2.66 1.42 1.80 2.57 2.92 1.67 0.83 2.11 0.19 0.23 0.21
N9 2.18 2.81 2.55 2.59 2.27 2.27 2.05 1.97 2.25 1.67 2.63 3.16 2.65 1.66 2.03 2.73 2.99 1.96 0.98 2.15 0.27 0.31 0.22
O2' 3.49 3.78 3.84 3.66 3.48 3.25 3.31 2.66 3.42 3.03 3.65 3.95 3.72 3.01 3.34 4.11 3.93 3.12 1.58 3.33 1.08 0.49 0.71
O3' 4.57 4.95 4.64 4.38 4.60 4.25 4.41 3.66 4.56 4.04 4.82 5.14 4.88 4.04 4.41 4.84 4.37 4.33 2.59 4.46 1.41 0.90 1.43
O4' 2.17 2.55 2.43 2.45 2.17 2.27 2.00 2.06 2.15 1.75 2.42 2.80 2.44 1.71 2.02 2.64 2.68 2.04 0.98 2.07 0.24 0.89 0.43
O5' 2.22 2.60 2.62 2.60 2.15 2.31 1.94 1.98 2.13 1.67 2.46 2.91 2.47 1.61 1.99 2.97 2.98 2.01 0.96 2.05 0.41 0.93 0.45
O6 1.49 2.99 1.72 1.74 2.03 1.30 1.83 0.95 2.20 1.17 2.75 3.58 2.64 1.35 1.52 1.85 2.36 1.21 0.57 2.10 0.19 0.12 0.19
OP1 2.13 2.44 2.58 2.53 1.98 2.20 1.75 1.84 1.94 1.52 2.29 2.78 2.32 1.42 1.85 3.02 2.96 1.90 0.87 1.87 0.58 1.10 0.54
OP2 1.51 1.95 2.08 2.11 1.35 1.73 1.14 1.43 1.42 0.89 1.82 2.36 1.75 0.79 1.19 2.53 2.65 1.28 0.64 1.39 0.97 1.39 0.90
P 1.76 2.08 2.25 2.27 1.59 1.94 1.37 1.65 1.58 1.17 1.94 2.43 1.93 1.05 1.47 2.67 2.73 1.55 0.70 1.52 0.72 1.24 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.16 0.00 0.41 0.06 0.24 0.33 0.15
C2 0.05 0.00 0.39 0.53 0.01 0.41 0.01 0.62 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.52 0.34 1.31 0.01 1.28 1.55 1.39
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.20 0.02 0.10 0.07 0.17 0.22 0.30 0.47 0.38 0.13 0.04 0.01 0.03 0.02 0.26 0.14 0.46 0.42 0.16
C3' 0.02 0.53 0.00 0.00 0.27 0.01 0.27 0.02 0.30 0.44 0.42 0.68 0.51 0.39 0.20 0.02 0.01 0.02 0.24 0.32 0.66 0.31 0.27
C4 0.02 0.01 0.20 0.27 0.00 0.16 0.00 0.23 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.19 0.18 0.92 0.03 0.61 0.98 0.85
C4' 0.01 0.41 0.02 0.01 0.16 0.00 0.12 0.01 0.15 0.35 0.28 0.54 0.39 0.28 0.10 0.19 0.04 0.01 0.02 0.16 0.24 0.67 0.23
C5 0.03 0.01 0.10 0.27 0.00 0.12 0.00 0.22 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.21 0.09 0.94 0.04 0.66 1.35 1.00
C5' 0.03 0.62 0.07 0.02 0.23 0.01 0.22 0.00 0.26 0.54 0.45 0.84 0.56 0.47 0.17 0.12 0.11 0.02 0.01 0.28 0.21 0.28 0.01
C6 0.04 0.01 0.17 0.30 0.02 0.15 0.02 0.26 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.20 0.24 0.16 1.07 0.01 0.84 1.62 1.20
C8 0.02 0.03 0.22 0.44 0.01 0.35 0.03 0.54 0.05 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.32 0.43 0.19 0.87 0.09 0.79 1.14 0.91
N1 0.04 0.00 0.30 0.42 0.02 0.28 0.01 0.45 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.26 0.38 0.27 1.22 0.02 1.11 1.66 1.35
N2 0.06 0.01 0.47 0.68 0.02 0.54 0.01 0.84 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.44 0.72 0.41 1.51 0.03 1.70 1.82 1.69
N3 0.05 0.01 0.38 0.51 0.01 0.39 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.31 0.47 0.33 1.17 0.01 1.05 1.17 1.14
N7 0.02 0.01 0.13 0.39 0.02 0.28 0.01 0.47 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.39 0.10 0.93 0.09 0.83 1.49 1.07
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.69 0.06 0.38 0.62 0.56
O2' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.16 0.19 0.19 0.12 0.20 0.32 0.26 0.44 0.31 0.29 0.13 0.00 0.08 0.16 0.23 0.23 0.49 1.08 0.45
O3' 0.16 0.52 0.03 0.01 0.19 0.04 0.21 0.11 0.24 0.43 0.38 0.72 0.47 0.39 0.13 0.08 0.00 0.10 0.27 0.28 0.81 0.66 0.35
O4' 0.00 0.34 0.02 0.02 0.18 0.01 0.09 0.02 0.16 0.19 0.27 0.41 0.33 0.10 0.01 0.16 0.10 0.00 0.34 0.14 0.30 0.43 0.09
O5' 0.41 1.31 0.26 0.24 0.92 0.02 0.94 0.01 1.07 0.87 1.22 1.51 1.17 0.93 0.69 0.23 0.27 0.34 0.00 1.09 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.01 0.14 0.32 0.03 0.16 0.04 0.28 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.09 0.06 0.23 0.28 0.14 1.09 0.00 0.92 1.87 1.32
OP1 0.24 1.28 0.46 0.66 0.61 0.24 0.66 0.21 0.84 0.79 1.11 1.70 1.05 0.83 0.38 0.49 0.81 0.30 0.02 0.92 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 1.55 0.42 0.31 0.98 0.67 1.35 0.28 1.62 1.14 1.66 1.82 1.17 1.49 0.62 1.08 0.66 0.43 0.02 1.87 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.39 0.16 0.27 0.85 0.23 1.00 0.01 1.20 0.91 1.35 1.69 1.14 1.07 0.56 0.45 0.35 0.09 0.01 1.32 0.01 0.01 0.00