ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48533

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.019, 0.035, 0.050, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.004, 0.030, 0.057, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.025, 0.057, 0.089, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.057 std_dev=0.032
P B 0, 0.386, 0.602, 0.817, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.602 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.270, 0.514, 0.758, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.514 std_dev=0.244
OP2 B 0, 0.306, 0.738, 1.170, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.738 std_dev=0.432
O5' B 0, 0.591, 1.085, 1.579, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.085 std_dev=0.494
O4' A 0, 0.253, 0.790, 1.327, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.790 std_dev=0.537
O2' A 0, 0.283, 0.866, 1.448, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.866 std_dev=0.582
C2' A 0, 0.222, 0.808, 1.394, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.808 std_dev=0.586
C4' A 0, 0.318, 1.185, 2.052, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.185 std_dev=0.867
C5' B 0, 1.766, 2.685, 3.604, 3.741 max_d=3.741 avg_d=2.685 std_dev=0.919
C3' A 0, 0.351, 1.294, 2.237, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.294 std_dev=0.943
C3' B 0, 2.361, 3.632, 4.903, 5.190 max_d=5.190 avg_d=3.632 std_dev=1.271
O3' A 0, 0.551, 1.848, 3.146, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.848 std_dev=1.297
C4' B 0, 2.471, 3.781, 5.090, 5.083 max_d=5.083 avg_d=3.781 std_dev=1.310
C5' A 0, 0.599, 2.055, 3.512, 3.799 max_d=3.799 avg_d=2.055 std_dev=1.456
O3' B 0, 3.597, 5.230, 6.864, 7.054 max_d=7.054 avg_d=5.230 std_dev=1.634
O4' B 0, 2.553, 4.384, 6.215, 5.808 max_d=5.808 avg_d=4.384 std_dev=1.831
C2' B 0, 2.665, 4.537, 6.408, 6.793 max_d=6.793 avg_d=4.537 std_dev=1.872
C8 B 0, 3.298, 5.194, 7.091, 6.890 max_d=6.890 avg_d=5.194 std_dev=1.897
N9 B 0, 3.003, 5.148, 7.293, 6.678 max_d=6.678 avg_d=5.148 std_dev=2.145
N7 B 0, 4.398, 6.586, 8.773, 8.414 max_d=8.414 avg_d=6.586 std_dev=2.188
C1' B 0, 2.705, 4.994, 7.282, 6.895 max_d=6.895 avg_d=4.994 std_dev=2.288
C5 B 0, 4.642, 6.941, 9.239, 8.460 max_d=8.460 avg_d=6.941 std_dev=2.298
O2' B 0, 4.037, 6.423, 8.808, 8.852 max_d=8.852 avg_d=6.423 std_dev=2.385
C4 B 0, 3.813, 6.233, 8.654, 8.253 max_d=8.253 avg_d=6.233 std_dev=2.420
O5' A 0, 0.482, 2.976, 5.471, 5.878 max_d=5.878 avg_d=2.976 std_dev=2.494
C6 B 0, 5.651, 8.263, 10.875, 9.916 max_d=9.916 avg_d=8.263 std_dev=2.612
N1 B 0, 5.564, 8.423, 11.282, 11.011 max_d=11.011 avg_d=8.423 std_dev=2.859
O6 B 0, 6.601, 9.497, 12.392, 11.389 max_d=11.389 avg_d=9.497 std_dev=2.896
N3 B 0, 3.904, 6.962, 10.020, 9.953 max_d=9.953 avg_d=6.962 std_dev=3.058
C2 B 0, 4.745, 7.897, 11.049, 11.114 max_d=11.114 avg_d=7.897 std_dev=3.152
P A 0, 0.316, 4.108, 7.900, 8.430 max_d=8.430 avg_d=4.108 std_dev=3.792
N2 B 0, 4.972, 8.803, 12.634, 12.914 max_d=12.914 avg_d=8.803 std_dev=3.831
OP2 A 0, 0.401, 4.514, 8.627, 9.163 max_d=9.163 avg_d=4.514 std_dev=4.113
OP1 A 0, 0.483, 5.099, 9.716, 10.456 max_d=10.456 avg_d=5.099 std_dev=4.616

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.17 0.04 0.18 0.26 0.14
C2 0.05 0.00 0.47 0.31 0.02 0.19 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.47 0.47 0.41 0.47 0.03 0.94 0.44 0.64
C2' 0.01 0.47 0.00 0.00 0.25 0.02 0.13 0.02 0.22 0.22 0.37 0.58 0.46 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.17 0.41 0.27 0.24
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.20 0.01 0.17 0.03 0.22 0.10 0.29 0.36 0.28 0.10 0.09 0.02 0.01 0.01 0.38 0.21 0.66 0.22 0.35
C4 0.02 0.02 0.25 0.20 0.00 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.21 0.26 0.22 0.31 0.03 0.35 0.59 0.27
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.19 0.14 0.23 0.18 0.15 0.05 0.06 0.02 0.01 0.04 0.08 0.24 0.24 0.06
C5 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.22 0.11 0.53 0.02 0.37 0.98 0.46
C5' 0.04 0.40 0.02 0.03 0.21 0.01 0.18 0.00 0.23 0.35 0.33 0.50 0.36 0.29 0.13 0.06 0.04 0.03 0.01 0.22 0.38 0.41 0.02
C6 0.04 0.01 0.22 0.22 0.02 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.19 0.31 0.19 0.43 0.01 0.41 0.93 0.39
C8 0.03 0.02 0.22 0.10 0.01 0.19 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.20 0.13 0.25 0.99 0.03 0.87 1.28 0.96
N1 0.05 0.01 0.37 0.29 0.02 0.14 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.35 0.42 0.32 0.36 0.02 0.70 0.62 0.45
N2 0.06 0.01 0.58 0.36 0.03 0.23 0.02 0.50 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.61 0.56 0.48 0.67 0.03 1.30 0.50 0.92
N3 0.04 0.01 0.46 0.28 0.01 0.18 0.01 0.36 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.44 0.40 0.40 0.43 0.03 0.80 0.38 0.56
N7 0.03 0.02 0.10 0.10 0.02 0.15 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.13 0.11 0.14 0.94 0.03 0.82 1.44 0.94
N9 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.03 0.45 0.04 0.31 0.67 0.36
O2' 0.02 0.47 0.00 0.02 0.21 0.06 0.11 0.06 0.19 0.20 0.35 0.61 0.44 0.13 0.04 0.00 0.04 0.05 0.08 0.15 0.26 0.15 0.08
O3' 0.03 0.47 0.02 0.01 0.26 0.02 0.22 0.04 0.31 0.13 0.42 0.56 0.40 0.11 0.09 0.04 0.00 0.02 0.34 0.29 0.86 0.22 0.37
O4' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.22 0.01 0.11 0.03 0.19 0.25 0.32 0.48 0.40 0.14 0.03 0.05 0.02 0.00 0.13 0.14 0.23 0.11 0.17
O5' 0.17 0.47 0.27 0.38 0.31 0.04 0.53 0.01 0.43 0.99 0.36 0.67 0.43 0.94 0.45 0.08 0.34 0.13 0.00 0.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.17 0.21 0.03 0.08 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.15 0.29 0.14 0.55 0.00 0.44 1.16 0.51
OP1 0.18 0.94 0.41 0.66 0.35 0.24 0.37 0.38 0.41 0.87 0.70 1.30 0.80 0.82 0.31 0.26 0.86 0.23 0.02 0.44 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.44 0.27 0.22 0.59 0.24 0.98 0.41 0.93 1.28 0.62 0.50 0.38 1.44 0.67 0.15 0.22 0.11 0.02 1.16 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.64 0.24 0.35 0.27 0.06 0.46 0.02 0.39 0.96 0.45 0.92 0.56 0.94 0.36 0.08 0.37 0.17 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.72 1.00 0.94 0.93 0.79 0.78 0.71 0.62 0.79 0.51 0.93 1.13 0.94 0.54 0.67 1.10 1.20 0.59 0.27 0.76 0.19 0.54 0.16
C2 0.58 0.74 0.49 0.41 0.72 0.50 0.80 0.45 0.86 0.73 0.82 0.73 0.68 0.82 0.67 0.55 0.46 0.61 0.25 0.94 0.11 0.32 0.25
C2' 1.17 1.44 1.35 1.33 1.25 1.24 1.19 1.15 1.27 1.01 1.39 1.54 1.37 1.05 1.14 1.48 1.52 1.06 0.83 1.25 0.85 0.35 0.64
C3' 0.99 1.40 1.18 1.14 1.16 1.00 1.12 0.88 1.24 0.88 1.37 1.53 1.30 0.96 1.00 1.29 1.34 0.86 0.62 1.24 0.59 0.26 0.45
C4 0.57 0.74 0.66 0.65 0.66 0.61 0.68 0.53 0.74 0.58 0.76 0.79 0.69 0.64 0.59 0.78 0.83 0.55 0.21 0.78 0.14 0.43 0.21
C4' 0.79 1.30 1.05 1.00 0.98 0.70 0.89 0.46 1.02 0.56 1.22 1.47 1.20 0.63 0.79 1.13 1.28 0.57 0.40 0.98 0.10 0.55 0.23
C5 0.59 0.75 0.62 0.59 0.67 0.59 0.71 0.50 0.77 0.62 0.78 0.78 0.69 0.68 0.61 0.75 0.75 0.59 0.21 0.82 0.11 0.40 0.22
C5' 0.80 1.36 1.08 1.05 1.01 0.66 0.90 0.41 1.06 0.56 1.27 1.55 1.25 0.63 0.80 1.13 1.34 0.56 0.56 1.01 0.37 0.69 0.45
C6 0.63 0.81 0.55 0.47 0.75 0.54 0.82 0.46 0.88 0.72 0.87 0.81 0.74 0.80 0.69 0.65 0.55 0.66 0.25 0.95 0.10 0.35 0.24
C8 0.63 0.85 0.81 0.80 0.69 0.70 0.66 0.57 0.73 0.51 0.81 0.95 0.79 0.56 0.60 0.98 1.05 0.57 0.21 0.73 0.15 0.48 0.19
N1 0.66 0.84 0.52 0.41 0.80 0.52 0.88 0.44 0.94 0.78 0.91 0.84 0.77 0.87 0.74 0.59 0.41 0.69 0.28 1.02 0.11 0.31 0.25
N2 0.63 0.80 0.47 0.33 0.79 0.47 0.90 0.42 0.95 0.83 0.90 0.77 0.73 0.93 0.74 0.48 0.26 0.66 0.31 1.04 0.12 0.28 0.28
N3 0.54 0.70 0.58 0.56 0.65 0.56 0.70 0.50 0.76 0.62 0.75 0.72 0.64 0.69 0.59 0.67 0.70 0.54 0.21 0.81 0.13 0.39 0.22
N7 0.60 0.78 0.71 0.68 0.66 0.64 0.67 0.53 0.74 0.56 0.78 0.84 0.72 0.61 0.59 0.86 0.89 0.57 0.20 0.77 0.12 0.44 0.21
N9 0.63 0.85 0.81 0.80 0.70 0.70 0.66 0.58 0.74 0.52 0.82 0.94 0.79 0.57 0.61 0.96 1.04 0.56 0.23 0.74 0.17 0.48 0.18
O2' 1.33 1.61 1.56 1.54 1.39 1.41 1.28 1.29 1.35 1.07 1.52 1.74 1.55 1.08 1.26 1.71 1.75 1.18 0.96 1.29 0.98 0.36 0.71
O3' 1.21 1.68 1.39 1.33 1.42 1.19 1.39 1.09 1.52 1.12 1.66 1.82 1.56 1.22 1.24 1.48 1.49 1.06 0.86 1.53 0.86 0.51 0.73
O4' 0.61 1.03 0.86 0.84 0.76 0.54 0.67 0.31 0.77 0.40 0.95 1.19 0.95 0.45 0.60 0.95 1.13 0.43 0.44 0.73 0.40 0.87 0.52
O5' 0.93 1.24 1.24 1.28 0.99 0.86 0.86 0.73 0.94 0.69 1.13 1.41 1.19 0.67 0.88 1.24 1.61 0.77 0.97 0.86 0.82 1.08 0.87
O6 0.68 0.88 0.56 0.45 0.82 0.55 0.88 0.46 0.95 0.76 0.94 0.90 0.81 0.85 0.75 0.66 0.49 0.71 0.27 1.02 0.10 0.33 0.24
OP1 1.93 2.10 2.27 2.30 1.84 1.90 1.60 1.72 1.63 1.49 1.89 2.31 2.10 1.37 1.77 2.36 2.70 1.75 1.83 1.45 1.57 1.59 1.57
OP2 0.76 1.01 1.16 1.21 0.76 0.73 0.62 0.60 0.69 0.49 0.88 1.18 0.97 0.45 0.67 1.19 1.61 0.58 0.82 0.61 0.68 0.92 0.72
P 1.27 1.51 1.61 1.65 1.26 1.23 1.08 1.10 1.13 0.95 1.36 1.70 1.48 0.88 1.17 1.64 2.02 1.10 1.29 1.01 1.12 1.27 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.13 0.11 0.04 0.01 0.02 0.15 0.01 0.17 0.03 0.19 0.21 0.15
C2 0.10 0.00 0.26 0.26 0.02 0.10 0.02 0.14 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.18 0.07 0.36 0.02 0.43 0.59 0.44
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.11 0.02 0.05 0.09 0.06 0.20 0.17 0.35 0.27 0.16 0.02 0.01 0.03 0.01 0.23 0.06 0.29 0.38 0.28
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.18 0.01 0.19 0.01 0.21 0.21 0.23 0.32 0.24 0.21 0.15 0.01 0.01 0.03 0.09 0.22 0.16 0.12 0.09
C4 0.04 0.02 0.11 0.18 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.18 0.10 0.03 0.38 0.02 0.42 0.53 0.42
C4' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.08 0.15 0.11 0.16 0.07 0.19 0.02 0.01 0.01 0.14 0.13 0.10 0.03
C5 0.03 0.02 0.05 0.19 0.01 0.10 0.00 0.28 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.04 0.50 0.02 0.58 0.71 0.58
C5' 0.05 0.14 0.09 0.01 0.17 0.01 0.28 0.00 0.29 0.30 0.21 0.12 0.11 0.35 0.17 0.10 0.12 0.01 0.01 0.36 0.15 0.06 0.01
C6 0.03 0.02 0.06 0.21 0.01 0.10 0.01 0.29 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.25 0.15 0.05 0.53 0.01 0.65 0.80 0.65
C8 0.05 0.03 0.20 0.21 0.01 0.15 0.02 0.30 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.28 0.23 0.06 0.49 0.06 0.51 0.54 0.50
N1 0.07 0.01 0.17 0.23 0.02 0.08 0.02 0.21 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.26 0.15 0.06 0.46 0.02 0.56 0.73 0.56
N2 0.13 0.01 0.35 0.32 0.03 0.15 0.02 0.12 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.39 0.26 0.09 0.33 0.04 0.39 0.56 0.40
N3 0.11 0.01 0.27 0.24 0.01 0.11 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.29 0.17 0.07 0.30 0.02 0.33 0.47 0.34
N7 0.04 0.02 0.16 0.21 0.01 0.16 0.01 0.35 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.30 0.23 0.05 0.57 0.05 0.64 0.75 0.65
N9 0.01 0.03 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.17 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.13 0.11 0.01 0.33 0.04 0.35 0.40 0.34
O2' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.18 0.19 0.24 0.10 0.25 0.28 0.26 0.39 0.29 0.30 0.13 0.00 0.06 0.14 0.13 0.29 0.22 0.40 0.20
O3' 0.15 0.18 0.03 0.01 0.10 0.02 0.15 0.12 0.15 0.23 0.15 0.26 0.17 0.23 0.11 0.06 0.00 0.09 0.21 0.19 0.20 0.20 0.18
O4' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.01 0.14 0.09 0.00 0.10 0.07 0.15 0.10 0.08
O5' 0.17 0.36 0.23 0.09 0.38 0.01 0.50 0.01 0.53 0.49 0.46 0.33 0.30 0.57 0.33 0.13 0.21 0.10 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.22 0.02 0.14 0.02 0.36 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.29 0.19 0.07 0.61 0.00 0.76 0.93 0.76
OP1 0.19 0.43 0.29 0.16 0.42 0.13 0.58 0.15 0.65 0.51 0.56 0.39 0.33 0.64 0.35 0.22 0.20 0.15 0.02 0.76 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.59 0.38 0.12 0.53 0.10 0.71 0.06 0.80 0.54 0.73 0.56 0.47 0.75 0.40 0.40 0.20 0.10 0.02 0.93 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.44 0.28 0.09 0.42 0.03 0.58 0.01 0.65 0.50 0.56 0.40 0.34 0.65 0.34 0.20 0.18 0.08 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00