ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48534

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.043 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.013, 0.039, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.008, 0.042, 0.076, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.042 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.025, 0.178, 0.331, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.178 std_dev=0.153
C2' A 0, -0.007, 0.161, 0.328, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.161 std_dev=0.167
P B 0, 0.224, 0.414, 0.604, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.414 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.033, 0.239, 0.444, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.239 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.051, 0.269, 0.488, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.269 std_dev=0.219
C3' A 0, -0.011, 0.264, 0.538, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.264 std_dev=0.274
OP2 B 0, 0.228, 0.540, 0.851, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.540 std_dev=0.312
O3' A 0, -0.004, 0.405, 0.813, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.405 std_dev=0.408
C5' A 0, 0.044, 0.454, 0.864, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.454 std_dev=0.410
O5' A 0, 0.051, 0.479, 0.906, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.479 std_dev=0.427
O5' B 0, 0.372, 0.834, 1.295, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.834 std_dev=0.461
OP1 B 0, 0.358, 0.871, 1.383, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.871 std_dev=0.512
C8 B 0, 0.562, 1.247, 1.931, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.247 std_dev=0.685
C3' B 0, 0.807, 1.575, 2.343, 2.455 max_d=2.455 avg_d=1.575 std_dev=0.768
N9 B 0, 0.734, 1.513, 2.293, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.513 std_dev=0.780
O4' B 0, 0.769, 1.561, 2.353, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.561 std_dev=0.792
C5' B 0, 0.500, 1.295, 2.090, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.295 std_dev=0.795
C4' B 0, 0.742, 1.547, 2.353, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.547 std_dev=0.805
N7 B 0, 0.554, 1.376, 2.198, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.376 std_dev=0.822
C1' B 0, 0.886, 1.743, 2.601, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.743 std_dev=0.857
P A 0, -0.062, 0.847, 1.755, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.847 std_dev=0.909
C2' B 0, 0.967, 1.901, 2.835, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.901 std_dev=0.934
C4 B 0, 0.776, 1.746, 2.717, 3.378 max_d=3.378 avg_d=1.746 std_dev=0.970
C5 B 0, 0.684, 1.674, 2.664, 3.444 max_d=3.444 avg_d=1.674 std_dev=0.990
O3' B 0, 1.034, 2.057, 3.080, 2.988 max_d=2.988 avg_d=2.057 std_dev=1.023
N3 B 0, 0.921, 2.102, 3.283, 4.097 max_d=4.097 avg_d=2.102 std_dev=1.181
OP2 A 0, 0.063, 1.295, 2.527, 4.059 max_d=4.059 avg_d=1.295 std_dev=1.232
C6 B 0, 0.802, 2.038, 3.273, 4.331 max_d=4.331 avg_d=2.038 std_dev=1.236
C2 B 0, 1.004, 2.351, 3.697, 4.761 max_d=4.761 avg_d=2.351 std_dev=1.346
O6 B 0, 0.843, 2.204, 3.565, 4.695 max_d=4.695 avg_d=2.204 std_dev=1.361
N1 B 0, 0.963, 2.337, 3.712, 4.880 max_d=4.880 avg_d=2.337 std_dev=1.374
OP1 A 0, -0.263, 1.118, 2.499, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.118 std_dev=1.381
O2' B 0, 1.083, 2.623, 4.162, 5.185 max_d=5.185 avg_d=2.623 std_dev=1.539
N2 B 0, 1.176, 2.743, 4.310, 5.525 max_d=5.525 avg_d=2.743 std_dev=1.567

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.03 0.25 0.15 0.08
C2 0.06 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.13 0.05 0.25 0.04 0.58 0.54 0.26
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.11 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.06 0.18 0.27 0.04
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.13 0.06 0.01 0.01 0.02 0.29 0.13 0.09 0.35 0.17
C4 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.24 0.02 0.53 0.53 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.10 0.36 0.20 0.15
C5 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04 0.31 0.02 0.78 0.71 0.43
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.13 0.10 0.11 0.09 0.07 0.12 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.16 0.31 0.32 0.02
C6 0.03 0.03 0.06 0.11 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.13 0.04 0.34 0.01 0.88 0.79 0.49
C8 0.03 0.02 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.16 0.06 0.29 0.04 0.64 0.61 0.39
N1 0.05 0.02 0.06 0.11 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.11 0.12 0.04 0.30 0.02 0.76 0.69 0.39
N2 0.09 0.01 0.11 0.14 0.01 0.07 0.04 0.09 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.18 0.17 0.09 0.23 0.06 0.53 0.50 0.22
N3 0.06 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.11 0.07 0.20 0.03 0.45 0.45 0.18
N7 0.03 0.03 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.12 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.16 0.06 0.34 0.05 0.88 0.79 0.51
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.20 0.03 0.40 0.42 0.19
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.11 0.18 0.11 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.07 0.44 0.11 0.20
O3' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.13 0.16 0.12 0.17 0.11 0.16 0.07 0.03 0.00 0.02 0.31 0.16 0.26 0.33 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.09 0.07 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.06 0.30 0.15 0.20
O5' 0.07 0.25 0.18 0.29 0.24 0.01 0.31 0.01 0.34 0.29 0.30 0.23 0.20 0.34 0.20 0.08 0.31 0.11 0.00 0.39 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.06 0.13 0.02 0.10 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.16 0.06 0.39 0.00 1.05 0.90 0.59
OP1 0.25 0.58 0.18 0.09 0.53 0.36 0.78 0.31 0.88 0.64 0.76 0.53 0.45 0.88 0.40 0.44 0.26 0.30 0.01 1.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.54 0.27 0.35 0.53 0.20 0.71 0.32 0.79 0.61 0.69 0.50 0.45 0.79 0.42 0.11 0.33 0.15 0.02 0.90 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.26 0.04 0.17 0.26 0.15 0.43 0.02 0.49 0.39 0.39 0.22 0.18 0.51 0.19 0.20 0.16 0.20 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.68 0.85 0.68 0.73 0.72 0.75 0.72 0.80 0.82 0.58 0.87 0.90 0.78 0.63 0.64 0.89 0.79 0.66 0.31 0.86 0.32 0.10 0.18
C2 0.52 0.59 0.40 0.51 0.54 0.50 0.53 0.61 0.56 0.48 0.59 0.61 0.56 0.49 0.51 0.50 0.65 0.56 0.30 0.57 0.23 0.16 0.16
C2' 0.77 0.89 0.77 0.81 0.79 0.83 0.78 0.88 0.85 0.66 0.90 0.93 0.84 0.69 0.73 1.06 0.91 0.70 0.47 0.87 0.51 0.25 0.35
C3' 0.87 1.04 0.92 0.92 0.89 0.91 0.89 0.93 0.99 0.73 1.06 1.10 0.97 0.77 0.81 1.30 1.06 0.75 0.52 1.02 0.59 0.27 0.39
C4 0.57 0.71 0.50 0.58 0.61 0.58 0.60 0.71 0.67 0.50 0.72 0.76 0.66 0.52 0.55 0.65 0.65 0.57 0.25 0.70 0.28 0.12 0.17
C4' 0.82 1.05 0.88 0.88 0.87 0.89 0.89 0.87 1.03 0.69 1.09 1.12 0.95 0.78 0.75 1.23 1.01 0.73 0.40 1.10 0.42 0.13 0.24
C5 0.58 0.73 0.48 0.56 0.61 0.55 0.60 0.68 0.67 0.49 0.73 0.78 0.67 0.51 0.55 0.67 0.64 0.57 0.25 0.70 0.25 0.14 0.15
C5' 0.82 1.11 0.92 0.91 0.89 0.91 0.93 0.89 1.09 0.69 1.16 1.20 0.99 0.80 0.76 1.30 1.07 0.72 0.41 1.18 0.45 0.13 0.25
C6 0.56 0.65 0.43 0.52 0.57 0.51 0.54 0.62 0.60 0.47 0.65 0.70 0.62 0.48 0.52 0.62 0.65 0.57 0.30 0.62 0.22 0.16 0.15
C8 0.65 0.86 0.61 0.66 0.71 0.66 0.69 0.76 0.80 0.53 0.87 0.94 0.79 0.58 0.62 0.83 0.71 0.62 0.27 0.83 0.29 0.10 0.17
N1 0.53 0.59 0.40 0.51 0.53 0.51 0.51 0.59 0.55 0.46 0.59 0.63 0.57 0.46 0.51 0.55 0.67 0.57 0.33 0.57 0.22 0.18 0.17
N2 0.51 0.54 0.39 0.52 0.52 0.52 0.51 0.57 0.52 0.49 0.54 0.55 0.53 0.48 0.51 0.45 0.70 0.58 0.39 0.52 0.22 0.19 0.20
N3 0.52 0.63 0.45 0.55 0.57 0.53 0.56 0.67 0.61 0.49 0.65 0.66 0.60 0.51 0.52 0.54 0.62 0.54 0.24 0.64 0.29 0.12 0.16
N7 0.62 0.82 0.55 0.60 0.67 0.60 0.66 0.72 0.75 0.51 0.82 0.89 0.75 0.55 0.59 0.76 0.66 0.60 0.25 0.78 0.26 0.13 0.16
N9 0.63 0.80 0.60 0.66 0.67 0.67 0.67 0.77 0.75 0.53 0.82 0.86 0.74 0.57 0.60 0.79 0.72 0.61 0.28 0.79 0.31 0.10 0.18
O2' 0.80 0.89 0.81 0.84 0.82 0.87 0.84 0.86 0.90 0.74 0.92 0.91 0.84 0.77 0.77 1.05 0.91 0.75 0.44 0.92 0.44 0.24 0.30
O3' 0.97 1.16 1.07 1.02 1.01 0.99 0.99 0.97 1.10 0.83 1.18 1.23 1.09 0.87 0.91 1.53 1.20 0.78 0.61 1.12 0.70 0.37 0.48
O4' 0.75 0.95 0.77 0.79 0.79 0.81 0.80 0.82 0.93 0.61 0.98 1.02 0.87 0.70 0.68 1.03 0.88 0.70 0.32 0.99 0.29 0.13 0.16
O5' 0.84 1.12 0.85 0.78 0.91 0.77 0.90 0.75 1.04 0.68 1.13 1.22 1.02 0.76 0.78 1.24 0.86 0.70 0.34 1.09 0.34 0.12 0.20
O6 0.57 0.65 0.42 0.51 0.56 0.51 0.53 0.60 0.59 0.46 0.64 0.71 0.62 0.46 0.52 0.65 0.67 0.58 0.33 0.61 0.23 0.18 0.17
OP1 1.54 1.94 1.60 1.42 1.62 1.33 1.51 1.15 1.66 1.23 1.87 2.12 1.84 1.26 1.45 1.97 1.47 1.31 0.83 1.64 0.74 0.53 0.63
OP2 0.98 1.23 0.98 0.83 0.99 0.79 0.88 0.76 0.98 0.70 1.15 1.39 1.17 0.70 0.88 1.40 0.89 0.78 0.29 0.95 0.23 0.13 0.13
P 1.19 1.47 1.22 1.08 1.23 1.04 1.14 0.94 1.27 0.93 1.42 1.61 1.39 0.96 1.10 1.59 1.13 1.01 0.55 1.27 0.42 0.26 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.33 0.01 0.30 0.04 0.29 0.27 0.22
C2 0.07 0.00 0.33 0.25 0.01 0.08 0.02 0.20 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.23 0.35 0.20 0.39 0.03 0.29 0.21 0.24
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.21 0.16 0.14 0.27 0.40 0.32 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.55 0.11 0.62 0.52 0.53
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.24 0.01 0.32 0.04 0.34 0.28 0.31 0.25 0.21 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.34 0.37 0.41 0.06 0.24
C4 0.03 0.01 0.18 0.24 0.00 0.09 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.24 0.11 0.37 0.03 0.27 0.21 0.22
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.09 0.00 0.17 0.02 0.16 0.25 0.10 0.10 0.08 0.25 0.11 0.23 0.02 0.01 0.04 0.22 0.13 0.33 0.05
C5 0.02 0.02 0.10 0.32 0.01 0.17 0.00 0.35 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.18 0.04 0.37 0.04 0.23 0.19 0.21
C5' 0.09 0.20 0.21 0.04 0.23 0.02 0.35 0.00 0.36 0.37 0.28 0.17 0.16 0.42 0.22 0.05 0.19 0.02 0.02 0.44 0.23 0.45 0.04
C6 0.03 0.02 0.16 0.34 0.02 0.16 0.02 0.36 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.19 0.22 0.09 0.37 0.02 0.22 0.19 0.20
C8 0.02 0.03 0.14 0.28 0.02 0.25 0.03 0.37 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.39 0.12 0.14 0.37 0.09 0.24 0.21 0.22
N1 0.05 0.01 0.27 0.31 0.02 0.10 0.01 0.28 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.15 0.27 0.15 0.38 0.03 0.25 0.20 0.22
N2 0.08 0.01 0.40 0.25 0.01 0.10 0.03 0.17 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.35 0.41 0.23 0.38 0.05 0.30 0.21 0.25
N3 0.07 0.01 0.32 0.21 0.00 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.23 0.37 0.20 0.38 0.02 0.31 0.22 0.25
N7 0.03 0.03 0.07 0.34 0.02 0.25 0.01 0.42 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.38 0.17 0.09 0.37 0.08 0.23 0.21 0.22
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.16 0.02 0.36 0.05 0.27 0.22 0.22
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.12 0.23 0.23 0.05 0.19 0.39 0.15 0.35 0.23 0.38 0.18 0.00 0.03 0.19 0.34 0.26 0.48 0.64 0.44
O3' 0.33 0.35 0.04 0.01 0.24 0.02 0.18 0.19 0.22 0.12 0.27 0.41 0.37 0.17 0.16 0.03 0.00 0.22 0.32 0.23 0.44 0.29 0.32
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.09 0.14 0.15 0.23 0.20 0.09 0.02 0.19 0.22 0.00 0.10 0.09 0.14 0.34 0.15
O5' 0.30 0.39 0.55 0.34 0.37 0.04 0.37 0.02 0.37 0.37 0.38 0.38 0.38 0.37 0.36 0.34 0.32 0.10 0.00 0.36 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.11 0.37 0.03 0.22 0.04 0.44 0.02 0.09 0.03 0.05 0.02 0.08 0.05 0.26 0.23 0.09 0.36 0.00 0.17 0.16 0.17
OP1 0.29 0.29 0.62 0.41 0.27 0.13 0.23 0.23 0.22 0.24 0.25 0.30 0.31 0.23 0.27 0.48 0.44 0.14 0.02 0.17 0.00 0.04 0.03
OP2 0.27 0.21 0.52 0.06 0.21 0.33 0.19 0.45 0.19 0.21 0.20 0.21 0.22 0.21 0.22 0.64 0.29 0.34 0.02 0.16 0.04 0.00 0.01
P 0.22 0.24 0.53 0.24 0.22 0.05 0.21 0.04 0.20 0.22 0.22 0.25 0.25 0.22 0.22 0.44 0.32 0.15 0.01 0.17 0.03 0.01 0.00