ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48539

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.006, 0.045, 0.083, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.045 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.009, 0.055, 0.101, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.055 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.007, 0.062, 0.116, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.062 std_dev=0.055
O5' B 0, 0.042, 0.108, 0.175, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.108 std_dev=0.066
C2' B 0, 0.052, 0.124, 0.196, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.124 std_dev=0.072
C1' B 0, 0.049, 0.123, 0.197, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.123 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.017, 0.090, 0.164, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.074
C3' B 0, 0.050, 0.125, 0.199, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.125 std_dev=0.075
O4' B 0, 0.045, 0.124, 0.203, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.124 std_dev=0.079
O2' B 0, 0.059, 0.141, 0.223, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.141 std_dev=0.082
N9 B 0, 0.051, 0.134, 0.217, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.134 std_dev=0.083
O3' B 0, 0.054, 0.137, 0.221, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.137 std_dev=0.083
C4' B 0, 0.050, 0.137, 0.224, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.137 std_dev=0.087
C8 B 0, 0.050, 0.141, 0.233, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.141 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.009, 0.112, 0.215, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.112 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.010, 0.113, 0.217, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.113 std_dev=0.104
C5' B 0, 0.045, 0.149, 0.254, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.149 std_dev=0.105
C4 B 0, 0.052, 0.163, 0.273, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.163 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.049, 0.177, 0.306, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.177 std_dev=0.128
C5 B 0, 0.052, 0.184, 0.316, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.184 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.057, 0.191, 0.324, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.191 std_dev=0.133
P B 0, 0.060, 0.200, 0.341, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.200 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.036, 0.176, 0.317, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.176 std_dev=0.141
OP2 A 0, 0.033, 0.174, 0.315, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.174 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.018, 0.173, 0.328, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.173 std_dev=0.155
P A 0, 0.031, 0.188, 0.346, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.188 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.010, 0.168, 0.326, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.061, 0.219, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.219 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.054, 0.220, 0.386, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.220 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.057, 0.225, 0.394, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.225 std_dev=0.168
N2 B 0, 0.072, 0.253, 0.434, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.253 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.060, 0.257, 0.454, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.257 std_dev=0.197
O6 B 0, 0.056, 0.259, 0.462, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.259 std_dev=0.203
O5' A 0, 0.026, 0.238, 0.450, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.238 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.060, 0.280, 0.501, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.280 std_dev=0.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02 0.01 0.06 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.04
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.07 0.06
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.10 0.08 0.08
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.09 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.11 0.09 0.09
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05
N2 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.11 0.10 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.08 0.07
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.02 0.02
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01
O5' 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.09 0.13 0.06 0.04 0.03 0.14 0.10 0.01 0.03 0.04 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08
OP1 0.06 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.10 0.04 0.09 0.11 0.07 0.03 0.07 0.11 0.10 0.06 0.09 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.07 0.09 0.06 0.03 0.05 0.10 0.08 0.04 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.09 0.05 0.02 0.03 0.10 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.09 0.13 0.10 0.02 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04
C2 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.03 0.09 0.03 0.02 0.05 0.09 0.08 0.02 0.05 0.09 0.07 0.08 0.04 0.02 0.08 0.02 0.05
C2' 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.07 0.10 0.08 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04
C3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01
C4 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.04 0.10 0.04 0.03 0.07 0.12 0.10 0.01 0.06 0.10 0.08 0.08 0.06 0.03 0.09 0.06 0.07
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01
C5 0.07 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.11 0.09 0.02 0.05 0.10 0.09 0.08 0.04 0.04 0.10 0.04 0.06
C5' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02
C6 0.06 0.06 0.07 0.08 0.03 0.09 0.02 0.09 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.04 0.03 0.09 0.09 0.07 0.02 0.06 0.11 0.02 0.05
C8 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.13 0.10 0.01 0.06 0.10 0.09 0.08 0.06 0.04 0.09 0.07 0.07
N1 0.06 0.05 0.07 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04 0.03 0.08 0.07 0.06 0.02 0.05 0.10 0.02 0.04
N2 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.03 0.10 0.03 0.02 0.05 0.09 0.08 0.01 0.07 0.10 0.07 0.09 0.05 0.01 0.07 0.02 0.04
N3 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.10 0.05 0.03 0.07 0.11 0.10 0.02 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06
N7 0.08 0.10 0.09 0.10 0.06 0.10 0.03 0.10 0.03 0.02 0.06 0.12 0.10 0.02 0.06 0.10 0.09 0.08 0.05 0.04 0.11 0.06 0.07
N9 0.08 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.05 0.09 0.05 0.03 0.08 0.13 0.10 0.02 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07
O2' 0.08 0.12 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.11 0.14 0.11 0.04 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.01 0.06 0.05
O3' 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
O4' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.10 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02
O5' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02
O6 0.06 0.05 0.08 0.09 0.02 0.09 0.03 0.10 0.04 0.02 0.03 0.07 0.06 0.05 0.03 0.10 0.10 0.07 0.03 0.07 0.12 0.02 0.05
OP1 0.06 0.10 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.09 0.11 0.09 0.05 0.06 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.15 0.07
OP2 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04
P 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.09 0.06 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.10 0.03
C2 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.09 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.09 0.02
C3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.10 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.09 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.02
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.04
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.02
N2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.09 0.02
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.10 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.10 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.10 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.07 0.08 0.02
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.08 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.03
O5' 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.08 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02
OP1 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.04 0.08 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00