ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.014, 0.050, 0.086, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.050 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.017, 0.058, 0.099, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.058 std_dev=0.041
C2' A 0, -0.005, 0.065, 0.135, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.065 std_dev=0.070
OP1 B 0, 0.027, 0.166, 0.305, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.166 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.001, 0.142, 0.283, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.142 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.013, 0.159, 0.306, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.159 std_dev=0.146
O2' A 0, -0.026, 0.123, 0.271, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.123 std_dev=0.148
P B 0, 0.032, 0.189, 0.347, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.189 std_dev=0.157
O5' B 0, 0.055, 0.241, 0.427, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.241 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.083, 0.283, 0.484, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.283 std_dev=0.200
O3' A 0, -0.023, 0.185, 0.392, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.185 std_dev=0.208
C5' A 0, -0.003, 0.230, 0.463, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.230 std_dev=0.233
O5' A 0, 0.063, 0.310, 0.557, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.310 std_dev=0.247
OP2 B 0, 0.099, 0.395, 0.691, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.395 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.093, 0.401, 0.708, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.401 std_dev=0.307
O3' B 0, 0.134, 0.459, 0.784, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.459 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.102, 0.449, 0.797, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.449 std_dev=0.348
P A 0, 0.005, 0.353, 0.701, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.353 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.060, 0.428, 0.796, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.428 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.129, 0.506, 0.883, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.506 std_dev=0.377
OP1 A 0, 0.077, 0.477, 0.877, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.477 std_dev=0.400
C8 B 0, 0.151, 0.609, 1.067, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.609 std_dev=0.458
C1' B 0, 0.083, 0.545, 1.008, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.545 std_dev=0.462
C2' B 0, 0.078, 0.541, 1.005, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.541 std_dev=0.463
N9 B 0, 0.084, 0.569, 1.054, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.569 std_dev=0.485
O2' B 0, 0.121, 0.639, 1.157, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.639 std_dev=0.518
N7 B 0, 0.162, 0.681, 1.200, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.681 std_dev=0.519
C5 B 0, 0.105, 0.688, 1.271, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.688 std_dev=0.583
C4 B 0, 0.036, 0.626, 1.217, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.626 std_dev=0.590
C6 B 0, 0.118, 0.771, 1.424, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.771 std_dev=0.653
O6 B 0, 0.184, 0.860, 1.535, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.860 std_dev=0.675
N3 B 0, -0.056, 0.640, 1.337, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.640 std_dev=0.697
N1 B 0, 0.048, 0.767, 1.486, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.767 std_dev=0.719
C2 B 0, -0.045, 0.703, 1.451, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.703 std_dev=0.748
N2 B 0, -0.084, 0.752, 1.587, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.752 std_dev=0.836

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.14 0.00 0.20 0.24 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.13 0.11 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.15 0.12 0.09
C4 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.01 0.18 0.20 0.14
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.01 0.23 0.26 0.20
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.06 0.06 0.16 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.19 0.00 0.25 0.30 0.23
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.18 0.16 0.15
N1 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.17 0.01 0.24 0.28 0.20
N2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03 0.12 0.01 0.19 0.23 0.15
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.17 0.19 0.13
N7 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.21 0.02 0.24 0.25 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.14 0.14 0.10
O2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.13 0.11 0.06
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.18 0.15 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05
O5' 0.05 0.14 0.04 0.04 0.14 0.01 0.18 0.00 0.19 0.17 0.17 0.12 0.12 0.21 0.12 0.04 0.03 0.04 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.21 0.00 0.28 0.33 0.26
OP1 0.08 0.20 0.13 0.15 0.18 0.06 0.23 0.03 0.25 0.18 0.24 0.19 0.17 0.24 0.14 0.13 0.18 0.03 0.01 0.28 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.24 0.11 0.12 0.20 0.03 0.26 0.01 0.30 0.16 0.28 0.23 0.19 0.25 0.14 0.11 0.15 0.04 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.16 0.07 0.09 0.14 0.01 0.20 0.01 0.23 0.15 0.20 0.15 0.13 0.22 0.10 0.06 0.11 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.18 0.08 0.15 0.20 0.08 0.32 0.12 0.37 0.29 0.29 0.13 0.13 0.39 0.17 0.06 0.18 0.04 0.11 0.46 0.03 0.12 0.07
C2 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.19 0.10 0.20 0.21 0.14 0.09 0.09 0.26 0.11 0.17 0.12 0.09 0.06 0.27 0.04 0.05 0.03
C2' 0.03 0.15 0.05 0.11 0.16 0.07 0.28 0.10 0.34 0.24 0.26 0.10 0.09 0.34 0.12 0.11 0.14 0.03 0.07 0.43 0.11 0.08 0.02
C3' 0.03 0.13 0.05 0.11 0.14 0.07 0.27 0.11 0.32 0.23 0.24 0.08 0.08 0.33 0.11 0.11 0.14 0.04 0.07 0.42 0.09 0.07 0.02
C4 0.06 0.09 0.07 0.11 0.13 0.08 0.23 0.10 0.26 0.24 0.18 0.06 0.07 0.31 0.12 0.14 0.14 0.06 0.08 0.34 0.04 0.10 0.07
C4' 0.03 0.17 0.07 0.13 0.18 0.08 0.30 0.11 0.36 0.26 0.28 0.12 0.11 0.36 0.14 0.08 0.17 0.03 0.09 0.46 0.08 0.05 0.02
C5 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.20 0.10 0.22 0.22 0.15 0.10 0.09 0.28 0.11 0.19 0.13 0.09 0.07 0.30 0.06 0.10 0.06
C5' 0.04 0.17 0.08 0.16 0.18 0.09 0.31 0.13 0.36 0.26 0.28 0.12 0.12 0.36 0.15 0.06 0.20 0.04 0.11 0.46 0.03 0.07 0.05
C6 0.13 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.18 0.10 0.19 0.21 0.13 0.15 0.13 0.25 0.12 0.23 0.12 0.12 0.06 0.25 0.07 0.07 0.05
C8 0.05 0.10 0.06 0.12 0.13 0.08 0.25 0.10 0.29 0.25 0.20 0.05 0.06 0.33 0.12 0.14 0.15 0.05 0.09 0.38 0.04 0.14 0.09
N1 0.13 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.17 0.11 0.18 0.20 0.13 0.15 0.13 0.24 0.12 0.22 0.12 0.12 0.06 0.24 0.06 0.05 0.03
N2 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.18 0.11 0.19 0.21 0.13 0.09 0.09 0.24 0.11 0.16 0.11 0.09 0.07 0.24 0.03 0.04 0.02
N3 0.05 0.09 0.06 0.11 0.13 0.07 0.23 0.10 0.25 0.23 0.18 0.05 0.06 0.30 0.11 0.12 0.13 0.05 0.07 0.32 0.02 0.08 0.05
N7 0.09 0.09 0.09 0.12 0.11 0.10 0.22 0.10 0.24 0.23 0.16 0.09 0.08 0.30 0.11 0.19 0.14 0.08 0.08 0.32 0.06 0.12 0.08
N9 0.04 0.12 0.06 0.12 0.15 0.08 0.27 0.11 0.31 0.26 0.22 0.06 0.08 0.34 0.13 0.11 0.15 0.04 0.09 0.39 0.03 0.13 0.08
O2' 0.04 0.16 0.04 0.08 0.15 0.07 0.28 0.09 0.34 0.21 0.27 0.11 0.09 0.32 0.09 0.12 0.12 0.06 0.06 0.44 0.22 0.13 0.10
O3' 0.06 0.12 0.06 0.09 0.12 0.07 0.24 0.10 0.30 0.19 0.22 0.08 0.06 0.29 0.08 0.14 0.12 0.06 0.07 0.40 0.15 0.14 0.08
O4' 0.06 0.21 0.10 0.17 0.22 0.09 0.35 0.13 0.40 0.31 0.32 0.16 0.15 0.41 0.19 0.05 0.20 0.05 0.13 0.50 0.01 0.14 0.10
O5' 0.07 0.19 0.11 0.20 0.21 0.13 0.33 0.18 0.38 0.31 0.29 0.13 0.13 0.40 0.19 0.03 0.24 0.08 0.16 0.47 0.06 0.12 0.12
O6 0.15 0.16 0.17 0.13 0.13 0.13 0.16 0.10 0.17 0.19 0.13 0.20 0.17 0.23 0.13 0.27 0.12 0.13 0.06 0.22 0.09 0.07 0.04
OP1 0.15 0.29 0.18 0.25 0.30 0.20 0.42 0.24 0.48 0.38 0.40 0.23 0.23 0.48 0.27 0.07 0.28 0.17 0.21 0.58 0.06 0.11 0.13
OP2 0.18 0.27 0.19 0.28 0.30 0.23 0.42 0.27 0.46 0.40 0.37 0.21 0.22 0.49 0.28 0.08 0.30 0.20 0.24 0.55 0.15 0.19 0.19
P 0.10 0.22 0.13 0.21 0.24 0.15 0.36 0.19 0.41 0.33 0.32 0.16 0.16 0.42 0.21 0.03 0.24 0.12 0.17 0.50 0.05 0.12 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.10 0.01 0.12 0.08 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.15 0.06 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.19 0.11 0.11
C4 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.11 0.00 0.12 0.05 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.16 0.00 0.16 0.11 0.14
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.15 0.07 0.01 0.03 0.15 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.07 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.16 0.00 0.18 0.15 0.17
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.16 0.01 0.15 0.06 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.14 0.01 0.15 0.12 0.13
N2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.08 0.01 0.11 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.08 0.00 0.10 0.04 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.19 0.01 0.18 0.12 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.04 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.00
O3' 0.00 0.12 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.11 0.15 0.10 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.10 0.09 0.28 0.20 0.18
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.18 0.11
O5' 0.02 0.10 0.06 0.08 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.16 0.14 0.08 0.08 0.19 0.10 0.01 0.10 0.05 0.00 0.19 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.19 0.00 0.20 0.19 0.21
OP1 0.06 0.12 0.15 0.19 0.12 0.09 0.16 0.07 0.18 0.15 0.15 0.11 0.10 0.18 0.11 0.11 0.28 0.02 0.02 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.08 0.06 0.11 0.05 0.04 0.11 0.02 0.15 0.06 0.12 0.06 0.04 0.12 0.04 0.01 0.20 0.18 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.06 0.11 0.08 0.01 0.14 0.00 0.17 0.13 0.13 0.06 0.05 0.18 0.05 0.00 0.18 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00