ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48541

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.000, 0.109, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.109 std_dev=0.109
O5' B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
P B 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O4' B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C5' B 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4' B 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP1 B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
OP2 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.000, 0.199, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O3' B 0, 0.000, 0.200, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N9 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N7 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
O3' A 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C5' A 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O6 B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.000, 0.286, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.286 std_dev=0.286
N1 B 0, 0.000, 0.308, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.308 std_dev=0.308
N2 B 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
O5' A 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
P A 0, 0.000, 0.524, 1.048, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.524
OP2 A 0, 0.000, 1.077, 2.154, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.077 std_dev=1.077
OP1 A 0, 0.000, 1.307, 2.613, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.307 std_dev=1.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.30 0.30 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.20 0.25 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.40 0.24 0.00
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.11 0.01
C4 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.09 0.01 0.15 0.23 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.33 0.19 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.19 0.10
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.09 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.18 0.10
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.14 0.03 0.04 0.21 0.14
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.10 0.00 0.10 0.22 0.08
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.09 0.03 0.25 0.28 0.05
N3 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.00 0.24 0.26 0.05
N7 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.14 0.03 0.10 0.18 0.15
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.24 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.54 0.33 0.02
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.43 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.23 0.29 0.04
O5' 0.06 0.08 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.01 0.10 0.14 0.10 0.09 0.07 0.14 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.10 0.00 0.05 0.14 0.11
OP1 0.30 0.20 0.40 0.35 0.15 0.33 0.02 0.13 0.01 0.04 0.10 0.25 0.24 0.10 0.14 0.54 0.43 0.23 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01
OP2 0.30 0.25 0.24 0.11 0.23 0.19 0.19 0.01 0.18 0.21 0.22 0.28 0.26 0.18 0.24 0.33 0.03 0.29 0.02 0.14 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.00 0.10 0.02 0.10 0.14 0.08 0.05 0.05 0.15 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.02 0.06 0.14 0.09 0.02 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07
C2 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.09 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.01 0.05
C2' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01
C4 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.11 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.10 0.02 0.06
C4' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.11 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04
C5 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.12 0.07 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.10 0.01 0.05
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.12 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.09 0.04 0.05
C6 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.01 0.04
C8 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.09 0.05 0.02 0.06 0.15 0.09 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.06
N1 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.11 0.02 0.04
N2 0.05 0.07 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.14 0.01 0.07
N3 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.10 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.11 0.01 0.06
N7 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.03 0.00 0.05 0.14 0.08 0.00 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.10 0.02 0.06
N9 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.09 0.04 0.01 0.05 0.13 0.08 0.01 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.10 0.05 0.07
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.08 0.03 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.08 0.12 0.06 0.03 0.04 0.13 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.01 0.03 0.04
O4' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.04 0.09 0.17 0.12 0.04 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09
O5' 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.14 0.08 0.05 0.09 0.15 0.11 0.05 0.08 0.05 0.05 0.10 0.10 0.09 0.15 0.10 0.12
O6 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.02 0.04
OP1 0.59 0.58 0.60 0.58 0.59 0.52 0.59 0.45 0.59 0.59 0.58 0.54 0.58 0.60 0.59 0.65 0.64 0.54 0.47 0.57 0.35 0.41 0.40
OP2 0.51 0.58 0.46 0.47 0.54 0.53 0.52 0.54 0.54 0.47 0.56 0.63 0.57 0.48 0.51 0.41 0.47 0.54 0.46 0.55 0.52 0.40 0.46
P 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.10 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
C4 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.04 0.00 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.05
C8 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04
N2 0.05 0.01 0.06 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.10 0.04 0.06 0.01 0.01 0.08 0.04
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
N7 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02
O5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.04
OP1 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.01 0.03 0.09 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.03 0.06 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00