ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48542

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O5' B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
P B 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O4' B 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
OP1 B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C5' B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
OP2 B 0, 0.000, 0.609, 1.219, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C1' B 0, 0.000, 0.719, 1.439, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.719 std_dev=0.719
C3' B 0, 0.000, 0.891, 1.781, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.891 std_dev=0.891
O4' A 0, 0.000, 0.918, 1.836, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.918 std_dev=0.918
C2' B 0, 0.000, 0.941, 1.883, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.941 std_dev=0.941
C2' A 0, 0.000, 0.979, 1.957, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.979 std_dev=0.979
N9 B 0, 0.000, 1.084, 2.168, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.084 std_dev=1.084
O2' B 0, 0.000, 1.222, 2.444, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.222 std_dev=1.222
OP2 A 0, 0.000, 1.238, 2.477, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.238 std_dev=1.238
O3' B 0, 0.000, 1.243, 2.486, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.243 std_dev=1.243
C4 B 0, 0.000, 1.272, 2.545, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.272 std_dev=1.272
O2' A 0, 0.000, 1.332, 2.663, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.332 std_dev=1.332
C3' A 0, 0.000, 1.347, 2.694, 2.694 max_d=2.694 avg_d=1.347 std_dev=1.347
C4' A 0, 0.000, 1.384, 2.768, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.384 std_dev=1.384
O3' A 0, 0.000, 1.585, 3.169, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.585 std_dev=1.585
C5 B 0, 0.000, 1.618, 3.237, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.618 std_dev=1.618
P A 0, 0.000, 1.752, 3.505, 3.505 max_d=3.505 avg_d=1.752 std_dev=1.752
C6 B 0, 0.000, 1.786, 3.571, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.786 std_dev=1.786
O5' A 0, 0.000, 1.804, 3.607, 3.607 max_d=3.607 avg_d=1.804 std_dev=1.804
N3 B 0, 0.000, 2.014, 4.027, 4.027 max_d=4.027 avg_d=2.014 std_dev=2.014
C5' A 0, 0.000, 2.054, 4.108, 4.108 max_d=4.108 avg_d=2.054 std_dev=2.054
C8 B 0, 0.000, 2.075, 4.149, 4.149 max_d=4.149 avg_d=2.075 std_dev=2.075
N1 B 0, 0.000, 2.095, 4.189, 4.189 max_d=4.189 avg_d=2.095 std_dev=2.095
O6 B 0, 0.000, 2.185, 4.370, 4.370 max_d=4.370 avg_d=2.185 std_dev=2.185
OP1 A 0, 0.000, 2.313, 4.626, 4.626 max_d=4.626 avg_d=2.313 std_dev=2.313
N7 B 0, 0.000, 2.366, 4.732, 4.732 max_d=4.732 avg_d=2.366 std_dev=2.366
C2 B 0, 0.000, 2.472, 4.944, 4.944 max_d=4.944 avg_d=2.472 std_dev=2.472
N2 B 0, 0.000, 3.579, 7.158, 7.158 max_d=7.158 avg_d=3.579 std_dev=3.579

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.00 0.15 0.00 0.29 0.34 0.20
C2 0.00 0.00 0.43 0.41 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.19 0.24 0.14 0.01 0.13 0.19 0.16
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.17 0.17 0.24 0.33 0.52 0.43 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.12 0.65 0.79 0.57
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.31 0.00 0.31 0.01 0.37 0.11 0.42 0.43 0.36 0.21 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.36 0.31 0.21
C4 0.00 0.01 0.21 0.31 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.13 0.13 0.00 0.16 0.22 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.25 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.11 0.03
C5 0.00 0.01 0.09 0.31 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.15 0.07 0.10 0.00 0.12 0.17 0.14
C5' 0.08 0.11 0.17 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.12 0.10 0.03 0.06 0.08 0.17 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.17 0.37 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.22 0.12 0.10 0.00 0.08 0.12 0.13
C8 0.01 0.01 0.24 0.11 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.39 0.00 0.13 0.10 0.00 0.19 0.27 0.17
N1 0.00 0.00 0.33 0.42 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.23 0.19 0.12 0.01 0.09 0.14 0.14
N2 0.00 0.00 0.52 0.43 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.20 0.29 0.14 0.02 0.14 0.19 0.16
N3 0.00 0.00 0.43 0.36 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.11 0.24 0.14 0.00 0.17 0.22 0.17
N7 0.01 0.01 0.13 0.21 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.36 0.10 0.06 0.08 0.00 0.13 0.18 0.14
N9 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.03 0.01 0.13 0.00 0.21 0.28 0.18
O2' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.25 0.18 0.08 0.11 0.39 0.07 0.36 0.23 0.36 0.16 0.00 0.04 0.17 0.22 0.18 0.56 0.86 0.49
O3' 0.23 0.19 0.02 0.00 0.09 0.02 0.15 0.17 0.22 0.00 0.23 0.20 0.11 0.10 0.03 0.04 0.00 0.19 0.15 0.25 0.07 0.14 0.01
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.13 0.19 0.29 0.24 0.06 0.01 0.17 0.19 0.00 0.01 0.09 0.04 0.01 0.06
O5' 0.15 0.14 0.35 0.01 0.13 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.12 0.14 0.14 0.08 0.13 0.22 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.12 0.37 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.18 0.25 0.09 0.08 0.00 0.04 0.06 0.11
OP1 0.29 0.13 0.65 0.36 0.16 0.14 0.12 0.04 0.08 0.19 0.09 0.14 0.17 0.13 0.21 0.56 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.19 0.79 0.31 0.22 0.11 0.17 0.03 0.12 0.27 0.14 0.19 0.22 0.18 0.28 0.86 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01
P 0.20 0.16 0.57 0.21 0.16 0.03 0.14 0.01 0.13 0.17 0.14 0.16 0.17 0.14 0.18 0.49 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.29 0.13 0.45 0.09 0.23 0.35 0.19 0.25 0.69 0.06 0.54 0.27 0.68 0.29 0.18 0.67 0.19 0.01 0.39 0.16 0.13 0.06
C2 0.03 0.95 0.40 0.45 0.21 0.15 0.21 0.07 0.00 0.83 0.55 1.44 0.85 0.82 0.17 0.23 0.36 0.13 0.02 0.25 0.16 0.11 0.09
C2' 0.41 0.10 0.30 0.04 0.36 0.28 0.52 0.42 0.44 0.74 0.24 0.07 0.12 0.73 0.49 0.60 0.23 0.53 0.50 0.53 0.45 0.58 0.57
C3' 0.09 0.35 0.06 0.31 0.19 0.18 0.12 0.06 0.18 0.03 0.29 0.43 0.32 0.01 0.10 0.35 0.52 0.04 0.01 0.14 0.08 0.05 0.07
C4 0.05 0.64 0.29 0.50 0.05 0.21 0.32 0.16 0.16 0.82 0.30 1.04 0.58 0.82 0.25 0.04 0.56 0.16 0.02 0.37 0.19 0.14 0.08
C4' 0.02 0.40 0.04 0.37 0.18 0.34 0.09 0.41 0.17 0.13 0.32 0.51 0.35 0.08 0.05 0.44 0.53 0.11 0.33 0.13 0.39 0.31 0.34
C5 0.06 0.65 0.29 0.50 0.03 0.21 0.36 0.15 0.20 0.86 0.29 1.07 0.58 0.88 0.27 0.04 0.57 0.17 0.02 0.43 0.19 0.17 0.09
C5' 0.01 0.38 0.01 0.34 0.17 0.34 0.12 0.46 0.20 0.09 0.33 0.48 0.32 0.03 0.05 0.55 0.48 0.13 0.40 0.17 0.52 0.43 0.46
C6 0.03 0.80 0.35 0.49 0.10 0.19 0.33 0.13 0.14 0.89 0.41 1.29 0.71 0.91 0.25 0.13 0.50 0.15 0.02 0.40 0.19 0.16 0.09
C8 0.13 0.36 0.18 0.49 0.10 0.24 0.42 0.20 0.30 0.79 0.07 0.68 0.33 0.82 0.32 0.12 0.69 0.19 0.02 0.49 0.20 0.17 0.07
N1 0.01 0.93 0.39 0.47 0.18 0.16 0.26 0.08 0.05 0.87 0.53 1.46 0.83 0.88 0.20 0.21 0.40 0.14 0.02 0.31 0.17 0.13 0.09
N2 0.08 1.11 0.45 0.40 0.31 0.10 0.13 0.01 0.10 0.79 0.70 1.65 0.99 0.77 0.12 0.33 0.21 0.10 0.02 0.15 0.12 0.06 0.08
N3 0.01 0.80 0.35 0.48 0.15 0.18 0.23 0.12 0.05 0.80 0.44 1.23 0.73 0.78 0.19 0.14 0.45 0.14 0.03 0.27 0.18 0.11 0.07
N7 0.10 0.48 0.23 0.50 0.06 0.23 0.42 0.18 0.28 0.84 0.16 0.86 0.43 0.88 0.31 0.05 0.65 0.18 0.01 0.50 0.20 0.18 0.08
N9 0.10 0.44 0.21 0.49 0.04 0.24 0.36 0.19 0.23 0.77 0.15 0.76 0.40 0.78 0.28 0.08 0.66 0.18 0.02 0.42 0.19 0.15 0.07
O2' 0.87 0.65 0.69 0.36 0.86 0.74 0.99 0.81 0.93 1.14 0.78 0.50 0.65 1.14 0.96 0.90 0.05 1.05 0.86 1.00 0.65 0.89 0.86
O3' 0.52 0.66 0.37 0.60 0.62 0.50 0.61 0.35 0.64 0.55 0.66 0.65 0.63 0.57 0.58 0.09 0.75 0.48 0.38 0.64 0.19 0.34 0.28
O4' 0.03 0.50 0.22 0.57 0.14 0.49 0.07 0.59 0.04 0.39 0.31 0.72 0.46 0.37 0.05 0.20 0.73 0.10 0.44 0.07 0.61 0.36 0.45
O5' 0.01 0.42 0.09 0.44 0.15 0.38 0.03 0.46 0.12 0.22 0.31 0.59 0.37 0.19 0.00 0.41 0.60 0.10 0.37 0.05 0.51 0.35 0.40
O6 0.03 0.82 0.36 0.50 0.10 0.20 0.34 0.13 0.15 0.91 0.42 1.33 0.72 0.94 0.25 0.15 0.51 0.15 0.02 0.42 0.19 0.16 0.09
OP1 0.18 0.37 0.17 0.55 0.27 0.50 0.24 0.54 0.28 0.15 0.35 0.42 0.34 0.16 0.22 0.35 0.77 0.28 0.46 0.26 0.53 0.43 0.46
OP2 0.18 0.45 0.33 0.72 0.21 0.55 0.03 0.54 0.09 0.15 0.30 0.62 0.43 0.18 0.10 0.09 0.96 0.21 0.40 0.01 0.51 0.27 0.34
P 0.03 0.32 0.11 0.50 0.10 0.41 0.01 0.47 0.05 0.19 0.21 0.45 0.28 0.19 0.00 0.37 0.72 0.11 0.36 0.02 0.50 0.30 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.00 0.09 0.00 0.10 0.12 0.10
C2 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.40 0.00 0.80 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.41 1.04 0.00 1.27 1.56 1.36
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.32 0.01 0.35 0.41 0.36
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.19 0.02 0.17 0.29 0.05 0.15 0.09 0.30 0.14 0.00 0.00 0.01 0.03 0.22 0.08 0.03 0.05
C4 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.20 0.35 0.00 0.39 0.48 0.43
C4' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.13 0.00 0.05 0.01 0.04 0.36 0.24 0.54 0.40 0.30 0.07 0.19 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06
C5' 0.05 0.80 0.16 0.02 0.27 0.01 0.04 0.00 0.13 0.58 0.51 1.09 0.77 0.49 0.08 0.03 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C6 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.03 0.13 0.14 0.00 0.19 0.25 0.22
C8 0.01 0.00 0.01 0.29 0.00 0.36 0.01 0.58 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.38 0.10 0.28 0.76 0.01 0.79 0.87 0.85
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.24 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.03 0.30 0.65 0.01 0.82 1.02 0.88
N2 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.54 0.00 1.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.50 1.43 0.01 1.85 2.26 1.94
N3 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.40 0.00 0.77 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.42 1.02 0.00 1.14 1.36 1.23
N7 0.00 0.00 0.01 0.30 0.00 0.30 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.40 0.03 0.18 0.67 0.01 0.75 0.86 0.79
N9 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.12 0.00 0.10 0.01 0.09 0.07 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.13 0.19 0.28 0.03 0.25 0.38 0.12 0.16 0.07 0.40 0.19 0.00 0.03 0.14 0.25 0.31 0.30 0.48 0.32
O3' 0.27 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.13 0.03 0.10 0.03 0.02 0.05 0.03 0.12 0.03 0.00 0.16 0.11 0.06 0.21 0.16 0.15
O4' 0.00 0.41 0.03 0.01 0.20 0.00 0.05 0.01 0.13 0.28 0.30 0.50 0.42 0.18 0.00 0.14 0.16 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.03
O5' 0.09 1.04 0.32 0.03 0.35 0.02 0.07 0.01 0.14 0.76 0.65 1.43 1.02 0.67 0.10 0.25 0.11 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.06 0.07 0.07 0.00 0.07 0.06 0.05
OP1 0.10 1.27 0.35 0.08 0.39 0.02 0.07 0.01 0.19 0.79 0.82 1.85 1.14 0.75 0.09 0.30 0.21 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 1.56 0.41 0.03 0.48 0.03 0.06 0.02 0.25 0.87 1.02 2.26 1.36 0.86 0.07 0.48 0.16 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.10 1.36 0.36 0.05 0.43 0.03 0.06 0.02 0.22 0.85 0.88 1.94 1.23 0.79 0.09 0.32 0.15 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00