ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48543

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
N7 B 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O4' A 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O6 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
P A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.000, 0.213, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C8 B 0, 0.000, 0.271, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O3' A 0, 0.000, 0.297, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
OP1 A 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C5' A 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.000, 0.362, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C4 B 0, 0.000, 0.443, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.443 std_dev=0.443
C5' B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
P B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
N9 B 0, 0.000, 0.509, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C2 B 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
O4' B 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
N3 B 0, 0.000, 0.618, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.618 std_dev=0.618
N2 B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C4' B 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666
O5' B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C1' B 0, 0.000, 0.742, 1.483, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.742 std_dev=0.742
OP1 B 0, 0.000, 0.808, 1.616, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.808 std_dev=0.808
C3' B 0, 0.000, 0.856, 1.712, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.856 std_dev=0.856
C2' B 0, 0.000, 0.975, 1.949, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.975 std_dev=0.975
O3' B 0, 0.000, 1.055, 2.111, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.055 std_dev=1.055
O2' B 0, 0.000, 1.227, 2.453, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.227 std_dev=1.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.10 0.00 0.11 0.14 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.09 0.11 0.08
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.11 0.14 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.14 0.16 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.00 0.15 0.18 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.13 0.16 0.13
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.00 0.13 0.16 0.13
N2 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.10 0.01 0.10 0.14 0.12
N3 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.13 0.11
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.15 0.18 0.14
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.13 0.11
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.09 0.05 0.04
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.11 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.12 0.07 0.16 0.19 0.15
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.13 0.12
O5' 0.08 0.10 0.02 0.08 0.10 0.01 0.10 0.00 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.03 0.12 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.12 0.00 0.17 0.19 0.15
OP1 0.05 0.11 0.05 0.09 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.13 0.13 0.10 0.09 0.15 0.09 0.09 0.16 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.04 0.11 0.14 0.01 0.16 0.01 0.18 0.16 0.16 0.14 0.13 0.18 0.13 0.05 0.19 0.13 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.02 0.08 0.12 0.00 0.13 0.00 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.04 0.15 0.12 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.15 0.03 0.06 0.05 0.06 0.12 0.00
C2 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.31 0.19 0.15
C2' 0.18 0.13 0.12 0.03 0.14 0.08 0.10 0.02 0.07 0.12 0.09 0.14 0.15 0.09 0.16 0.21 0.00 0.17 0.12 0.03 0.07 0.21 0.13
C3' 0.25 0.19 0.17 0.07 0.19 0.12 0.14 0.00 0.11 0.17 0.14 0.21 0.22 0.12 0.21 0.28 0.03 0.23 0.13 0.06 0.04 0.20 0.12
C4 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.04 0.14 0.16 0.09
C4' 0.13 0.10 0.04 0.07 0.10 0.00 0.07 0.11 0.05 0.08 0.07 0.11 0.12 0.06 0.12 0.14 0.12 0.12 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00
C5 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.20 0.18 0.11
C5' 0.16 0.13 0.06 0.05 0.13 0.02 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.15 0.15 0.07 0.14 0.17 0.11 0.15 0.01 0.03 0.12 0.11 0.00
C6 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.05 0.02 0.01 0.03 0.29 0.19 0.15
C8 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.11 0.06 0.04 0.03 0.04 0.07 0.15 0.06
N1 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.00 0.02 0.03 0.34 0.19 0.17
N2 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.41 0.21 0.21
N3 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.04 0.18 0.17 0.10
N7 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.15 0.17 0.10
N9 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.03 0.04 0.05 0.05 0.14 0.04
O2' 0.16 0.11 0.07 0.01 0.12 0.04 0.09 0.05 0.06 0.11 0.08 0.12 0.14 0.08 0.14 0.16 0.04 0.15 0.11 0.03 0.00 0.19 0.10
O3' 0.33 0.26 0.25 0.13 0.26 0.18 0.19 0.05 0.16 0.22 0.20 0.28 0.29 0.17 0.28 0.37 0.09 0.31 0.20 0.10 0.05 0.21 0.15
O4' 0.02 0.00 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.02 0.11 0.05 0.16 0.07 0.06
O5' 0.19 0.13 0.12 0.03 0.13 0.08 0.08 0.02 0.06 0.11 0.08 0.14 0.15 0.07 0.15 0.24 0.00 0.18 0.06 0.01 0.03 0.18 0.09
O6 0.03 0.02 0.07 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.09 0.02 0.02 0.04 0.32 0.19 0.17
OP1 0.21 0.13 0.15 0.04 0.13 0.10 0.06 0.02 0.02 0.09 0.06 0.15 0.16 0.04 0.16 0.28 0.01 0.19 0.06 0.04 0.01 0.13 0.06
OP2 0.20 0.12 0.18 0.10 0.13 0.14 0.07 0.04 0.04 0.11 0.07 0.14 0.15 0.07 0.16 0.30 0.10 0.19 0.11 0.01 0.14 0.23 0.15
P 0.20 0.13 0.14 0.05 0.14 0.10 0.08 0.00 0.05 0.11 0.08 0.15 0.16 0.07 0.16 0.26 0.02 0.18 0.07 0.00 0.05 0.19 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.01 0.18 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.23 0.02 0.17 0.08 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.23 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.05 0.26 0.10
C4 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.25 0.00 0.18 0.07 0.10
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.17 0.13 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.28 0.01 0.16 0.05 0.11
C5' 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.03 0.06 0.06 0.00 0.00 0.04 0.21 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.27 0.00 0.15 0.05 0.10
C8 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.29 0.02 0.17 0.04 0.12
N1 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.25 0.02 0.16 0.07 0.10
N2 0.00 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.18 0.09 0.08
N3 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.22 0.02 0.18 0.09 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.30 0.02 0.16 0.02 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.24 0.01 0.18 0.08 0.10
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.14 0.19 0.01
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.08 0.02 0.08 0.06 0.10 0.01 0.13 0.15 0.10 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.19 0.10 0.00 0.28 0.16
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.19 0.01 0.24 0.04 0.12
O5' 0.16 0.23 0.01 0.08 0.25 0.01 0.28 0.00 0.27 0.29 0.25 0.21 0.22 0.30 0.24 0.00 0.19 0.19 0.00 0.27 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.27 0.00 0.13 0.04 0.09
OP1 0.18 0.17 0.09 0.05 0.18 0.17 0.16 0.21 0.15 0.17 0.16 0.18 0.18 0.16 0.18 0.14 0.00 0.24 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.08 0.23 0.26 0.07 0.13 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.09 0.09 0.02 0.08 0.19 0.28 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.05 0.10 0.10 0.00 0.11 0.02 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.01 0.16 0.12 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00