ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
O6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 B 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4 B 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C6 B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C5 B 0, 0.000, 0.078, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C2 B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
N3 B 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
P B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N9 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O5' B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O2' B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O6 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O3' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
N7 B 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
N2 B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C8 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.000, 0.164, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C4' B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.000, 0.213, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.213 std_dev=0.213
O4' B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
P A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
OP2 A 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP1 A 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.08 0.00 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.11 0.12 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.10 0.00 0.13 0.14 0.12
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.09 0.00 0.12 0.14 0.11
N2 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.07 0.00 0.09 0.11 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.09 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.11 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.11 0.00 0.14 0.16 0.13
OP1 0.01 0.10 0.01 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.13 0.08 0.12 0.09 0.08 0.11 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.14 0.08 0.14 0.11 0.09 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.12 0.08 0.11 0.08 0.07 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.08 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.00 0.07 0.06 0.05
C2 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04
C2' 0.07 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.00 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06
C3' 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06
C4 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.03 0.05
C4' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.09 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05
C5 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05
C5' 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04 0.07 0.04 0.01 0.06 0.06 0.05
C6 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04
C8 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05
N1 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04
N2 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.00 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.12 0.02 0.04
N3 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05
N9 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.04 0.05
O2' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.10 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03
O3' 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.05 0.04 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05
O4' 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05
O5' 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.00 0.05 0.02 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.04 0.10 0.08 0.08
O6 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03
OP1 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.04 0.04 0.08 0.08 0.04 0.11 0.09 0.09
OP2 0.09 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.11 0.05 0.01 0.05 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10
P 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.04 0.11 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.12 0.08 0.07
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.14 0.08 0.08
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.15 0.07 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.20 0.09 0.12
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.18 0.07 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.25 0.13 0.16
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.05
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.25 0.12 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.17 0.10 0.10
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.08 0.08
O3' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.05
O5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.02 0.09 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.20 0.08 0.12
OP1 0.12 0.08 0.14 0.07 0.15 0.04 0.20 0.02 0.18 0.25 0.12 0.03 0.08 0.25 0.17 0.15 0.04 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.02 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.00 0.07 0.13 0.04 0.01 0.03 0.12 0.10 0.08 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.02 0.12 0.01 0.10 0.16 0.05 0.03 0.02 0.16 0.10 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00