ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48545

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C8 A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N7 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O6 A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O6 B 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
N1 B 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C6 B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C2 B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
N2 B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C5 B 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C3' A 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C5' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C4' A 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
N9 B 0, 0.000, 0.314, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.314 std_dev=0.314
OP1 B 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C8 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
P B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C4' B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O3' A 0, 0.000, 0.345, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C1' B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C3' B 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C2' B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
OP2 B 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O2' B 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C5' A 0, 0.000, 0.538, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.538 std_dev=0.538
O5' A 0, 0.000, 0.548, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.548 std_dev=0.548
O3' B 0, 0.000, 0.599, 1.198, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.599 std_dev=0.599
P A 0, 0.000, 0.664, 1.327, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.664 std_dev=0.664
OP1 A 0, 0.000, 0.715, 1.429, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.715 std_dev=0.715
OP2 A 0, 0.000, 1.004, 2.007, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.004 std_dev=1.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.24 0.02
C2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.26 0.01 0.13 0.19 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.20 0.02 0.32 0.04 0.12
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.13 0.00 0.13 0.09 0.13 0.13 0.13 0.12 0.09 0.00 0.00 0.02 0.26 0.12 0.42 0.06 0.22
C4 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.26 0.00 0.11 0.22 0.02
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.13 0.09 0.07 0.07 0.14 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.22 0.22 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.31 0.00 0.08 0.20 0.06
C5' 0.04 0.18 0.01 0.00 0.20 0.00 0.26 0.00 0.26 0.26 0.22 0.16 0.16 0.29 0.18 0.02 0.04 0.00 0.00 0.28 0.28 0.28 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.32 0.00 0.08 0.16 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.30 0.00 0.08 0.25 0.04
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.09 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.01 0.30 0.00 0.11 0.17 0.06
N2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.24 0.02 0.14 0.19 0.02
N3 0.02 0.00 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.23 0.01 0.13 0.21 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.06 0.21 0.07
N9 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.12 0.24 0.01
O2' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.23 0.13 0.00
O3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.13 0.02 0.14 0.04 0.14 0.11 0.15 0.14 0.13 0.14 0.09 0.00 0.00 0.01 0.18 0.14 0.49 0.16 0.25
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.32 0.10
O5' 0.16 0.26 0.20 0.26 0.26 0.00 0.31 0.00 0.32 0.30 0.30 0.24 0.23 0.32 0.24 0.04 0.18 0.05 0.00 0.34 0.02 0.03 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.01 0.34 0.00 0.07 0.13 0.10
OP1 0.17 0.13 0.32 0.42 0.11 0.22 0.08 0.28 0.08 0.08 0.11 0.14 0.13 0.06 0.12 0.23 0.49 0.11 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.19 0.04 0.06 0.22 0.22 0.20 0.28 0.16 0.25 0.17 0.19 0.21 0.21 0.24 0.13 0.16 0.32 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.12 0.22 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.25 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.19 0.02 0.09 0.14 0.05 0.20 0.31 0.23
C2 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.12 0.09 0.05 0.10 0.06 0.15 0.24 0.19
C2' 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.14 0.01 0.04 0.09 0.01 0.12 0.27 0.17
C3' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.09 0.02 0.03 0.04 0.07 0.07 0.23 0.11
C4 0.06 0.08 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.03 0.06 0.16 0.04 0.06 0.13 0.06 0.19 0.28 0.21
C4' 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.02 0.05 0.20 0.08 0.06 0.13 0.02 0.18 0.30 0.20
C5 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.01 0.03 0.12 0.09 0.03 0.10 0.06 0.17 0.26 0.20
C5' 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.03 0.04 0.08 0.05 0.10 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.23 0.12
C6 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.00 0.00 0.06 0.15 0.01 0.07 0.06 0.15 0.23 0.17
C8 0.06 0.08 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.03 0.05 0.16 0.04 0.06 0.13 0.06 0.19 0.29 0.22
N1 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.06 0.15 0.00 0.07 0.06 0.13 0.22 0.16
N2 0.06 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05 0.12 0.08 0.06 0.10 0.06 0.12 0.21 0.17
N3 0.08 0.08 0.07 0.03 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.05 0.07 0.17 0.03 0.08 0.13 0.07 0.19 0.28 0.22
N7 0.04 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07 0.01 0.04 0.13 0.08 0.03 0.11 0.06 0.18 0.27 0.20
N9 0.07 0.07 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.04 0.06 0.17 0.02 0.07 0.14 0.06 0.20 0.30 0.22
O2' 0.16 0.12 0.18 0.16 0.13 0.16 0.11 0.17 0.10 0.15 0.11 0.13 0.14 0.12 0.15 0.28 0.16 0.17 0.21 0.10 0.22 0.37 0.27
O3' 0.04 0.06 0.00 0.00 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.02 0.04 0.03 0.10 0.05 0.21 0.09
O4' 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.06 0.11 0.06 0.08 0.07 0.10 0.10 0.06 0.09 0.22 0.05 0.11 0.16 0.06 0.21 0.31 0.23
O5' 0.29 0.29 0.27 0.22 0.29 0.26 0.28 0.29 0.28 0.29 0.28 0.29 0.29 0.28 0.29 0.36 0.15 0.30 0.35 0.28 0.37 0.52 0.44
O6 0.04 0.04 0.06 0.10 0.00 0.09 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.05 0.05 0.06 0.13 0.22 0.16
OP1 0.17 0.19 0.16 0.14 0.20 0.15 0.22 0.22 0.23 0.22 0.21 0.18 0.19 0.23 0.20 0.22 0.08 0.18 0.32 0.25 0.40 0.58 0.44
OP2 0.20 0.16 0.25 0.28 0.15 0.25 0.12 0.17 0.10 0.12 0.13 0.18 0.17 0.10 0.16 0.20 0.38 0.18 0.05 0.06 0.03 0.24 0.10
P 0.04 0.06 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.16 0.11 0.22 0.39 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.09 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.25 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.09 0.02
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.21 0.11
C4' 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.25 0.15
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.10 0.01 0.12 0.28 0.16
C8 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.06 0.03 0.04 0.16 0.10
N1 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.28 0.16
N2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03 0.08 0.00 0.06 0.24 0.12
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.07 0.02 0.04 0.21 0.10
N7 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.10 0.23 0.15
N9 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.03 0.02 0.16 0.08
O2' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.05 0.10 0.03 0.11 0.04 0.02 0.07 0.09 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03 0.17 0.01 0.08
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.10 0.01 0.03 0.02 0.10 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.12 0.06 0.07
O4' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02
O5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.06 0.10 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.10 0.04 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.10 0.00 0.14 0.29 0.18
OP1 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08 0.12 0.04 0.11 0.06 0.04 0.10 0.02 0.17 0.12 0.07 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.25 0.09 0.03 0.21 0.02 0.25 0.00 0.28 0.16 0.28 0.24 0.21 0.23 0.16 0.01 0.06 0.03 0.02 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.13 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.02 0.16 0.10 0.16 0.12 0.10 0.15 0.08 0.08 0.07 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00