ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48553

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 13, 17, 14, 7, 7, 7, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.005, 0.032, 0.058, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.011, 0.101, 0.190, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.101 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.014, 0.110, 0.206, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.110 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.014, 0.142, 0.271, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.142 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.028, 0.162, 0.297, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.162 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.026, 0.181, 0.337, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.181 std_dev=0.155
P B 0, 0.137, 0.302, 0.466, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.302 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.158, 0.374, 0.590, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.374 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.040, 0.264, 0.488, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.264 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.146, 0.370, 0.595, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.370 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.039, 0.284, 0.528, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.284 std_dev=0.244
OP1 B 0, 0.120, 0.375, 0.630, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.375 std_dev=0.255
C5' B 0, 0.049, 0.499, 0.950, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.499 std_dev=0.451
O5' A 0, -0.056, 0.395, 0.846, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.395 std_dev=0.451
C4' B 0, 0.041, 0.637, 1.233, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.637 std_dev=0.596
C3' B 0, 0.046, 0.679, 1.312, 2.997 max_d=2.997 avg_d=0.679 std_dev=0.633
O4' B 0, -0.019, 0.653, 1.324, 2.979 max_d=2.979 avg_d=0.653 std_dev=0.672
C6 B 0, -0.026, 0.687, 1.400, 3.732 max_d=3.732 avg_d=0.687 std_dev=0.713
C5 B 0, -0.025, 0.728, 1.482, 3.981 max_d=3.981 avg_d=0.728 std_dev=0.753
N1 B 0, -0.054, 0.760, 1.574, 3.993 max_d=3.993 avg_d=0.760 std_dev=0.814
P A 0, -0.174, 0.680, 1.534, 2.888 max_d=2.888 avg_d=0.680 std_dev=0.854
C1' B 0, -0.068, 0.789, 1.647, 4.001 max_d=4.001 avg_d=0.789 std_dev=0.857
C4 B 0, -0.048, 0.842, 1.732, 4.547 max_d=4.547 avg_d=0.842 std_dev=0.890
O3' B 0, -0.047, 0.845, 1.737, 3.364 max_d=3.364 avg_d=0.845 std_dev=0.892
C2' B 0, -0.028, 0.877, 1.782, 4.213 max_d=4.213 avg_d=0.877 std_dev=0.905
C2 B 0, -0.069, 0.871, 1.812, 4.422 max_d=4.422 avg_d=0.871 std_dev=0.940
N3 B 0, -0.062, 0.901, 1.864, 4.671 max_d=4.671 avg_d=0.901 std_dev=0.963
OP1 A 0, -0.131, 0.833, 1.797, 3.232 max_d=3.232 avg_d=0.833 std_dev=0.964
O4 B 0, -0.060, 0.929, 1.918, 5.052 max_d=5.052 avg_d=0.929 std_dev=0.989
OP2 A 0, -0.215, 0.835, 1.885, 3.342 max_d=3.342 avg_d=0.835 std_dev=1.050
O2 B 0, -0.074, 0.981, 2.035, 4.682 max_d=4.682 avg_d=0.981 std_dev=1.054
O2' B 0, -0.133, 1.161, 2.455, 6.332 max_d=6.332 avg_d=1.161 std_dev=1.294

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.19 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.12 0.02 0.16 0.18 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.20 0.12 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.07 0.10 0.14 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.26 0.16 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.11 0.01 0.10 0.19 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.13 0.01 0.11 0.20 0.12
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.14 0.00 0.13 0.20 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.12 0.02 0.12 0.25 0.14
N1 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.14 0.01 0.15 0.19 0.13
N2 0.03 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.03 0.13 0.02 0.20 0.18 0.11
N3 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.10 0.01 0.14 0.17 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.13 0.02 0.13 0.23 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.08 0.20 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.12 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.22 0.10 0.05
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.10 0.09 0.13 0.18 0.12 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.13 0.10 0.38 0.26 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.02 0.09 0.25 0.17
O5' 0.06 0.12 0.05 0.08 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.12 0.14 0.13 0.10 0.13 0.09 0.05 0.13 0.10 0.00 0.14 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.02 0.14 0.00 0.15 0.21 0.15
OP1 0.08 0.16 0.20 0.26 0.10 0.14 0.11 0.11 0.13 0.12 0.15 0.20 0.14 0.13 0.08 0.22 0.38 0.09 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.18 0.12 0.16 0.19 0.09 0.20 0.04 0.20 0.25 0.19 0.18 0.17 0.23 0.20 0.10 0.26 0.25 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.11 0.06 0.13 0.10 0.03 0.12 0.01 0.13 0.14 0.13 0.11 0.09 0.14 0.11 0.05 0.21 0.17 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.28 0.51 0.47 0.19 0.45 0.20 0.41 0.22 0.28 0.21 0.35 0.56 0.63 0.19 0.38 0.21 0.14 0.18 0.12
C2 0.31 0.23 0.33 0.35 0.19 0.36 0.24 0.36 0.26 0.24 0.19 0.28 0.38 0.40 0.19 0.36 0.19 0.15 0.15 0.12
C2' 0.41 0.31 0.59 0.53 0.20 0.49 0.20 0.47 0.24 0.31 0.24 0.37 0.61 0.69 0.20 0.40 0.30 0.27 0.22 0.20
C3' 0.40 0.31 0.59 0.53 0.21 0.49 0.21 0.47 0.25 0.31 0.25 0.38 0.61 0.69 0.21 0.40 0.31 0.30 0.25 0.23
C4 0.35 0.26 0.41 0.41 0.18 0.41 0.22 0.39 0.24 0.26 0.20 0.32 0.47 0.50 0.19 0.38 0.20 0.15 0.17 0.12
C4' 0.38 0.28 0.54 0.48 0.19 0.45 0.20 0.41 0.22 0.28 0.22 0.35 0.59 0.65 0.20 0.37 0.23 0.18 0.20 0.15
C5 0.36 0.26 0.37 0.39 0.18 0.40 0.23 0.38 0.26 0.27 0.20 0.32 0.48 0.48 0.19 0.40 0.19 0.15 0.17 0.12
C5' 0.37 0.28 0.52 0.46 0.19 0.44 0.20 0.41 0.22 0.28 0.22 0.35 0.57 0.63 0.20 0.38 0.23 0.18 0.20 0.15
C6 0.36 0.25 0.33 0.37 0.19 0.38 0.25 0.36 0.28 0.28 0.20 0.31 0.47 0.43 0.19 0.40 0.19 0.14 0.16 0.12
C8 0.38 0.28 0.44 0.44 0.18 0.44 0.21 0.40 0.23 0.28 0.21 0.35 0.54 0.56 0.19 0.41 0.20 0.15 0.19 0.12
N1 0.33 0.24 0.31 0.35 0.19 0.36 0.26 0.35 0.29 0.27 0.19 0.29 0.42 0.40 0.20 0.38 0.19 0.14 0.15 0.12
N2 0.27 0.20 0.29 0.31 0.19 0.31 0.25 0.33 0.26 0.22 0.17 0.24 0.31 0.35 0.19 0.32 0.19 0.15 0.14 0.12
N3 0.32 0.24 0.39 0.39 0.18 0.39 0.22 0.38 0.23 0.25 0.19 0.30 0.43 0.47 0.19 0.36 0.20 0.15 0.16 0.12
N7 0.37 0.27 0.40 0.41 0.18 0.42 0.22 0.39 0.25 0.28 0.21 0.34 0.52 0.51 0.19 0.41 0.19 0.15 0.18 0.12
N9 0.36 0.27 0.45 0.44 0.18 0.44 0.21 0.40 0.23 0.27 0.21 0.34 0.52 0.56 0.19 0.39 0.20 0.15 0.18 0.12
O2' 0.43 0.33 0.65 0.57 0.22 0.50 0.22 0.46 0.26 0.33 0.26 0.39 0.69 0.75 0.22 0.39 0.30 0.25 0.21 0.19
O3' 0.44 0.35 0.66 0.57 0.25 0.51 0.25 0.49 0.29 0.35 0.29 0.40 0.68 0.74 0.25 0.41 0.36 0.37 0.30 0.29
O4' 0.37 0.28 0.50 0.45 0.19 0.43 0.20 0.39 0.21 0.27 0.21 0.35 0.56 0.62 0.20 0.37 0.18 0.12 0.19 0.11
O5' 0.36 0.28 0.46 0.43 0.20 0.43 0.21 0.42 0.23 0.28 0.23 0.34 0.50 0.59 0.21 0.39 0.24 0.21 0.23 0.18
O6 0.37 0.26 0.32 0.36 0.20 0.38 0.26 0.35 0.30 0.29 0.21 0.32 0.50 0.43 0.20 0.40 0.19 0.14 0.16 0.12
OP1 0.40 0.35 0.49 0.47 0.31 0.47 0.32 0.47 0.33 0.36 0.32 0.39 0.50 0.62 0.31 0.44 0.35 0.35 0.38 0.34
OP2 0.31 0.27 0.41 0.40 0.22 0.37 0.22 0.37 0.23 0.26 0.24 0.33 0.37 0.46 0.24 0.34 0.22 0.20 0.25 0.19
P 0.29 0.23 0.39 0.35 0.19 0.35 0.20 0.35 0.20 0.23 0.20 0.29 0.38 0.47 0.21 0.32 0.18 0.17 0.22 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.20 0.02 0.00 0.13 0.12 0.22 0.14
C2 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.01 0.12 0.14 0.14 0.21 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.13 0.12 0.03 0.11 0.23 0.00 0.01 0.06 0.01 0.32 0.32 0.41 0.35
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.27 0.00 0.29 0.01 0.25 0.16 0.22 0.11 0.02 0.01 0.29 0.02 0.10 0.14 0.07 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.27 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.00 0.03 0.19 0.19 0.21 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.18 0.06 0.04 0.13 0.22 0.02 0.11 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.17 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.21 0.01 0.10 0.24 0.21 0.22 0.21
C5' 0.05 0.10 0.13 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.16 0.06 0.09 0.17 0.09 0.13 0.14 0.01 0.01 0.12 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.25 0.01 0.18 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.15 0.02 0.13 0.20 0.17 0.18 0.16
N1 0.00 0.01 0.03 0.16 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01 0.01 0.12 0.13 0.19 0.13
N3 0.01 0.00 0.11 0.22 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.01 0.08 0.15 0.15 0.20 0.15
O2 0.04 0.00 0.23 0.11 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.25 0.02 0.21 0.17 0.17 0.23 0.19
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.24 0.22 0.32 0.09 0.30 0.13 0.12 0.18 0.00 0.03 0.25 0.14 0.22 0.22 0.43 0.27
O3' 0.20 0.12 0.01 0.01 0.15 0.02 0.21 0.13 0.15 0.06 0.08 0.25 0.03 0.00 0.18 0.13 0.15 0.28 0.25 0.20
O4 0.02 0.01 0.06 0.29 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.18 0.00 0.04 0.21 0.21 0.24 0.21
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.08 0.21 0.14 0.13 0.04 0.00 0.05 0.08 0.12 0.06
O5' 0.13 0.14 0.32 0.10 0.19 0.01 0.24 0.01 0.20 0.12 0.15 0.17 0.22 0.15 0.21 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.14 0.32 0.14 0.19 0.09 0.21 0.12 0.17 0.13 0.15 0.17 0.22 0.28 0.21 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.21 0.41 0.07 0.21 0.07 0.22 0.11 0.18 0.19 0.20 0.23 0.43 0.25 0.24 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.35 0.09 0.18 0.02 0.21 0.01 0.16 0.13 0.15 0.19 0.27 0.20 0.21 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00