ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48555

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 28, 17, 7, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.003, 0.010, 0.022, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O4' A 0, -0.001, 0.052, 0.104, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.052 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.015, 0.076, 0.136, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.076 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.130, 0.200, 0.270, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.200 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.037, 0.113, 0.189, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.113 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.080, 0.159, 0.239, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.159 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.153, 0.268, 0.383, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.268 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.035, 0.175, 0.315, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.175 std_dev=0.140
P B 0, 0.158, 0.298, 0.438, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.298 std_dev=0.140
OP2 B 0, 0.203, 0.345, 0.487, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.345 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.034, 0.190, 0.347, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.190 std_dev=0.156
P A 0, 0.078, 0.241, 0.404, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.241 std_dev=0.163
OP2 A 0, 0.145, 0.309, 0.473, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.309 std_dev=0.164
C1' B 0, 0.154, 0.342, 0.529, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.342 std_dev=0.188
O5' B 0, 0.174, 0.369, 0.565, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.369 std_dev=0.195
OP1 A 0, 0.154, 0.357, 0.561, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.357 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.115, 0.319, 0.523, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.319 std_dev=0.204
N1 B 0, -0.012, 0.400, 0.812, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.400 std_dev=0.412
C2' B 0, 0.029, 0.466, 0.903, 2.896 max_d=2.896 avg_d=0.466 std_dev=0.437
O4' B 0, -0.089, 0.352, 0.793, 2.980 max_d=2.980 avg_d=0.352 std_dev=0.441
O2 B 0, 0.004, 0.474, 0.944, 2.842 max_d=2.842 avg_d=0.474 std_dev=0.470
C5' B 0, -0.129, 0.413, 0.955, 3.609 max_d=3.609 avg_d=0.413 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 3.691 max_d=3.691 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C6 B 0, -0.153, 0.451, 1.056, 3.741 max_d=3.741 avg_d=0.451 std_dev=0.605
C4' B 0, -0.198, 0.411, 1.020, 3.937 max_d=3.937 avg_d=0.411 std_dev=0.609
C2 B 0, -0.146, 0.474, 1.094, 3.751 max_d=3.751 avg_d=0.474 std_dev=0.620
C3' B 0, -0.201, 0.469, 1.139, 4.074 max_d=4.074 avg_d=0.469 std_dev=0.670
C5 B 0, -0.457, 0.558, 1.573, 6.180 max_d=6.180 avg_d=0.558 std_dev=1.015
N3 B 0, -0.458, 0.581, 1.620, 6.248 max_d=6.248 avg_d=0.581 std_dev=1.039
O3' B 0, -0.496, 0.566, 1.628, 6.370 max_d=6.370 avg_d=0.566 std_dev=1.062
C4 B 0, -0.640, 0.624, 1.887, 7.583 max_d=7.583 avg_d=0.624 std_dev=1.263
O4 B 0, -0.921, 0.728, 2.377, 9.808 max_d=9.808 avg_d=0.728 std_dev=1.649

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.03 0.07 0.01 0.10 0.13 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.09 0.12 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.12 0.15 0.11
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.10 0.00 0.14 0.16 0.12
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.10 0.12 0.09
N1 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.08 0.01 0.12 0.15 0.11
N2 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.04 0.07 0.01 0.09 0.13 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.09 0.03 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.13 0.15 0.12
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.12 0.09 0.06 0.03 0.05 0.00 0.02 0.07 0.06 0.14 0.11 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06
O5' 0.03 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.11 0.07 0.03 0.07 0.05 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.11 0.00 0.16 0.18 0.14
OP1 0.04 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.12 0.05 0.14 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.07 0.08 0.14 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.13 0.07 0.08 0.12 0.03 0.15 0.02 0.16 0.12 0.15 0.13 0.11 0.15 0.10 0.06 0.11 0.08 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.04 0.08 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.07 0.17 0.09 0.14 0.15 0.14 0.17 0.09 0.08 0.10 0.08 0.15 0.22 0.19 0.18 0.07 0.17 0.12 0.06
C2 0.17 0.14 0.16 0.14 0.41 0.35 0.38 0.39 0.21 0.09 0.28 0.10 0.16 0.13 0.54 0.32 0.13 0.13 0.11 0.08
C2' 0.15 0.11 0.14 0.17 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.37 0.14 0.18 0.12 0.20 0.13 0.10
C3' 0.15 0.13 0.13 0.20 0.15 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.41 0.17 0.19 0.13 0.21 0.14 0.11
C4 0.16 0.09 0.17 0.12 0.31 0.28 0.28 0.31 0.15 0.07 0.21 0.08 0.16 0.14 0.41 0.27 0.10 0.15 0.10 0.07
C4' 0.13 0.10 0.13 0.13 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.34 0.13 0.15 0.08 0.19 0.13 0.07
C5 0.17 0.13 0.16 0.14 0.40 0.34 0.36 0.36 0.19 0.09 0.28 0.09 0.16 0.13 0.53 0.31 0.12 0.14 0.10 0.07
C5' 0.13 0.09 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.33 0.13 0.16 0.08 0.19 0.12 0.07
C6 0.18 0.18 0.16 0.16 0.51 0.39 0.45 0.42 0.25 0.12 0.36 0.12 0.16 0.15 0.67 0.35 0.14 0.13 0.10 0.08
C8 0.16 0.09 0.17 0.11 0.28 0.26 0.25 0.28 0.13 0.07 0.19 0.07 0.15 0.15 0.38 0.26 0.10 0.16 0.11 0.06
N1 0.18 0.18 0.16 0.16 0.52 0.40 0.47 0.43 0.26 0.12 0.37 0.13 0.16 0.16 0.68 0.36 0.15 0.13 0.11 0.09
N2 0.17 0.15 0.17 0.14 0.43 0.37 0.41 0.41 0.23 0.10 0.30 0.10 0.16 0.13 0.55 0.33 0.15 0.12 0.12 0.10
N3 0.16 0.09 0.17 0.11 0.30 0.28 0.28 0.31 0.14 0.07 0.20 0.08 0.16 0.14 0.39 0.27 0.10 0.14 0.10 0.07
N7 0.17 0.12 0.16 0.13 0.38 0.32 0.33 0.34 0.18 0.08 0.26 0.09 0.16 0.14 0.50 0.30 0.11 0.15 0.10 0.07
N9 0.15 0.07 0.17 0.10 0.24 0.23 0.21 0.26 0.11 0.07 0.15 0.07 0.16 0.16 0.32 0.24 0.09 0.16 0.11 0.06
O2' 0.14 0.16 0.14 0.19 0.20 0.11 0.19 0.12 0.17 0.16 0.18 0.15 0.13 0.41 0.23 0.15 0.12 0.19 0.17 0.10
O3' 0.18 0.20 0.16 0.28 0.27 0.16 0.26 0.16 0.22 0.20 0.24 0.19 0.18 0.53 0.31 0.21 0.17 0.22 0.18 0.15
O4' 0.13 0.07 0.17 0.08 0.13 0.13 0.13 0.15 0.08 0.08 0.09 0.08 0.16 0.23 0.18 0.15 0.07 0.18 0.12 0.07
O5' 0.16 0.09 0.16 0.13 0.12 0.16 0.12 0.18 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.28 0.16 0.21 0.10 0.18 0.12 0.08
O6 0.18 0.22 0.16 0.18 0.59 0.43 0.51 0.44 0.28 0.14 0.42 0.15 0.16 0.18 0.77 0.38 0.15 0.13 0.11 0.09
OP1 0.15 0.12 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.35 0.15 0.20 0.09 0.21 0.11 0.09
OP2 0.22 0.13 0.21 0.17 0.17 0.27 0.17 0.28 0.15 0.15 0.13 0.15 0.19 0.25 0.23 0.30 0.14 0.16 0.14 0.10
P 0.17 0.10 0.17 0.13 0.13 0.19 0.13 0.20 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.28 0.17 0.23 0.11 0.18 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.14 0.03 0.00 0.11 0.22 0.14 0.12
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.04 0.07 0.30 0.14 0.10
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06 0.03 0.07 0.10 0.00 0.02 0.08 0.01 0.19 0.27 0.12 0.19
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.16 0.10 0.12 0.06 0.02 0.01 0.18 0.01 0.08 0.15 0.16 0.08
C4 0.03 0.01 0.06 0.16 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.07 0.01 0.04 0.08 0.37 0.17 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.05 0.11 0.02 0.08 0.00 0.01 0.14 0.11 0.03
C5 0.03 0.01 0.06 0.18 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.02 0.06 0.09 0.37 0.17 0.11
C5' 0.03 0.03 0.09 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.09 0.04 0.05 0.05 0.04 0.09 0.09 0.01 0.01 0.17 0.16 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.02 0.07 0.08 0.33 0.15 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03 0.01 0.08 0.28 0.14 0.11
N3 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.06 0.02 0.03 0.07 0.34 0.15 0.10
O2 0.04 0.01 0.10 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.19 0.03 0.07 0.08 0.27 0.13 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.14 0.11 0.15 0.04 0.13 0.08 0.12 0.12 0.00 0.04 0.16 0.08 0.16 0.26 0.11 0.17
O3' 0.14 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.09 0.09 0.05 0.06 0.19 0.04 0.00 0.09 0.11 0.16 0.35 0.31 0.23
O4 0.03 0.02 0.08 0.18 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.03 0.16 0.09 0.00 0.05 0.10 0.40 0.19 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.07 0.08 0.11 0.05 0.00 0.08 0.13 0.18 0.09
O5' 0.11 0.07 0.19 0.08 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08 0.16 0.16 0.10 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.30 0.27 0.15 0.37 0.14 0.37 0.17 0.33 0.28 0.34 0.27 0.26 0.35 0.40 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.14 0.12 0.16 0.17 0.11 0.17 0.16 0.15 0.14 0.15 0.13 0.11 0.31 0.19 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.19 0.08 0.11 0.03 0.11 0.01 0.10 0.11 0.10 0.10 0.17 0.23 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00