ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48556

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 22, 15, 7, 6, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N2 A 0, -0.005, 0.022, 0.049, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.022 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.024, 0.052, 0.080, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.052 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.026, 0.059, 0.093, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.059 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.018, 0.054, 0.091, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.054 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.027, 0.075, 0.123, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.075 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.021, 0.085, 0.149, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.085 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.024, 0.096, 0.168, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.096 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.078, 0.159, 0.239, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.159 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.042, 0.132, 0.221, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.132 std_dev=0.090
P A 0, 0.109, 0.211, 0.312, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.211 std_dev=0.101
O3' A 0, 0.055, 0.163, 0.271, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.163 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.077, 0.188, 0.299, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.188 std_dev=0.111
P B 0, 0.085, 0.212, 0.339, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.212 std_dev=0.127
OP2 A 0, 0.140, 0.275, 0.410, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.275 std_dev=0.135
OP1 A 0, 0.110, 0.249, 0.388, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.249 std_dev=0.139
OP1 B 0, 0.127, 0.278, 0.430, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.278 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.095, 0.256, 0.416, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.256 std_dev=0.160
O5' B 0, 0.061, 0.228, 0.394, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.228 std_dev=0.167
C5' B 0, 0.030, 0.242, 0.454, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.242 std_dev=0.212
C4' B 0, -0.040, 0.268, 0.577, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.268 std_dev=0.309
C3' B 0, -0.045, 0.298, 0.641, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.298 std_dev=0.343
O4' B 0, -0.085, 0.258, 0.601, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.258 std_dev=0.343
C6 B 0, -0.016, 0.330, 0.676, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.330 std_dev=0.346
O3' B 0, -0.005, 0.365, 0.735, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.365 std_dev=0.370
C5 B 0, 0.025, 0.399, 0.773, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.399 std_dev=0.374
N1 B 0, -0.094, 0.313, 0.721, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.313 std_dev=0.408
C1' B 0, -0.115, 0.299, 0.712, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.299 std_dev=0.414
C2' B 0, -0.076, 0.347, 0.770, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.347 std_dev=0.423
C4 B 0, -0.022, 0.440, 0.901, 2.778 max_d=2.778 avg_d=0.440 std_dev=0.461
C2 B 0, -0.130, 0.357, 0.843, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.357 std_dev=0.487
O2' B 0, -0.073, 0.421, 0.915, 2.913 max_d=2.913 avg_d=0.421 std_dev=0.494
N3 B 0, -0.097, 0.409, 0.915, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.409 std_dev=0.506
O4 B 0, 0.011, 0.525, 1.040, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.525 std_dev=0.514
O2 B 0, -0.161, 0.384, 0.928, 3.184 max_d=3.184 avg_d=0.384 std_dev=0.545

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.09 0.13 0.09
N2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.02 0.10 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06
O5' 0.05 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.09 0.00 0.12 0.15 0.12
OP1 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.03 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.09 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.05 0.04 0.10 0.02 0.12 0.02 0.13 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.09 0.04 0.08 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.12 0.14 0.15 0.15 0.12 0.14 0.10 0.08 0.14 0.12 0.19 0.17 0.17 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08
C2 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.14 0.10 0.08 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10
C2' 0.08 0.15 0.12 0.15 0.17 0.15 0.14 0.16 0.10 0.10 0.18 0.17 0.19 0.20 0.20 0.08 0.11 0.12 0.08 0.09
C3' 0.08 0.16 0.14 0.17 0.19 0.17 0.14 0.17 0.10 0.10 0.20 0.18 0.22 0.24 0.22 0.09 0.12 0.13 0.08 0.09
C4 0.08 0.13 0.07 0.08 0.13 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.14 0.15 0.11 0.09 0.15 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09
C4' 0.11 0.12 0.17 0.18 0.17 0.18 0.13 0.16 0.09 0.08 0.17 0.13 0.26 0.24 0.22 0.11 0.11 0.10 0.07 0.08
C5 0.10 0.14 0.09 0.08 0.14 0.08 0.12 0.09 0.11 0.11 0.14 0.17 0.11 0.08 0.15 0.09 0.09 0.12 0.12 0.10
C5' 0.11 0.12 0.17 0.18 0.18 0.19 0.13 0.17 0.09 0.08 0.17 0.14 0.27 0.25 0.22 0.11 0.11 0.11 0.08 0.08
C6 0.12 0.15 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.12 0.14 0.17 0.13 0.09 0.14 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11
C8 0.09 0.14 0.09 0.10 0.15 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.15 0.16 0.14 0.12 0.17 0.08 0.09 0.11 0.10 0.09
N1 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.16 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11
N2 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11
N3 0.08 0.11 0.07 0.08 0.12 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.08 0.13 0.07 0.08 0.10 0.11 0.09
N7 0.10 0.14 0.09 0.08 0.14 0.08 0.13 0.10 0.11 0.11 0.15 0.17 0.12 0.09 0.16 0.09 0.09 0.12 0.11 0.10
N9 0.08 0.12 0.09 0.10 0.14 0.10 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.14 0.14 0.13 0.16 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09
O2' 0.09 0.14 0.15 0.17 0.18 0.19 0.14 0.17 0.10 0.09 0.18 0.15 0.22 0.23 0.21 0.10 0.11 0.11 0.07 0.08
O3' 0.10 0.20 0.15 0.19 0.23 0.19 0.17 0.18 0.12 0.13 0.24 0.22 0.24 0.27 0.26 0.10 0.13 0.15 0.09 0.11
O4' 0.12 0.10 0.16 0.16 0.15 0.17 0.13 0.15 0.10 0.08 0.14 0.11 0.24 0.20 0.19 0.12 0.10 0.10 0.09 0.08
O5' 0.09 0.12 0.14 0.16 0.16 0.16 0.13 0.16 0.10 0.08 0.16 0.15 0.21 0.21 0.20 0.09 0.12 0.13 0.10 0.10
O6 0.13 0.15 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.15 0.19 0.15 0.11 0.15 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12
OP1 0.09 0.15 0.15 0.18 0.19 0.18 0.14 0.18 0.10 0.09 0.20 0.17 0.24 0.25 0.24 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10
OP2 0.08 0.14 0.12 0.15 0.16 0.15 0.13 0.17 0.11 0.09 0.17 0.16 0.18 0.20 0.20 0.09 0.13 0.15 0.13 0.13
P 0.09 0.12 0.14 0.16 0.16 0.17 0.13 0.17 0.10 0.08 0.16 0.15 0.22 0.22 0.20 0.10 0.12 0.13 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.09 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
O2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.08 0.10 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.03 0.09 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.05 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00