ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48558

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 5, 9, 4, 3, 3, 1, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.020 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.005, 0.041, 0.077, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.041 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.034, 0.133, 0.232, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.133 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.026, 0.152, 0.279, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.152 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.106, 0.248, 0.391, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.248 std_dev=0.142
C4' A 0, 0.067, 0.237, 0.408, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.237 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.081, 0.254, 0.427, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.254 std_dev=0.173
O3' A 0, 0.168, 0.392, 0.617, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.392 std_dev=0.224
P B 0, 0.180, 0.422, 0.665, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.422 std_dev=0.243
OP1 B 0, 0.140, 0.424, 0.707, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.424 std_dev=0.284
C5' A 0, 0.091, 0.446, 0.802, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.446 std_dev=0.356
O5' B 0, 0.224, 0.613, 1.002, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.613 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.148, 0.544, 0.939, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.544 std_dev=0.395
O5' A 0, 0.151, 0.628, 1.105, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.628 std_dev=0.477
C5' B 0, 0.163, 0.775, 1.388, 2.791 max_d=2.791 avg_d=0.775 std_dev=0.613
C4' B 0, 0.196, 0.977, 1.759, 2.928 max_d=2.928 avg_d=0.977 std_dev=0.781
O4' B 0, 0.211, 1.037, 1.862, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.037 std_dev=0.825
P A 0, 0.206, 1.058, 1.910, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.058 std_dev=0.852
C3' B 0, 0.240, 1.151, 2.062, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.151 std_dev=0.911
N1 B 0, 0.284, 1.202, 2.120, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.202 std_dev=0.918
C5 B 0, 0.217, 1.140, 2.063, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.140 std_dev=0.923
C6 B 0, 0.224, 1.180, 2.137, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.180 std_dev=0.957
O3' B 0, 0.159, 1.128, 2.097, 3.786 max_d=3.786 avg_d=1.128 std_dev=0.969
C4 B 0, 0.242, 1.229, 2.217, 3.183 max_d=3.183 avg_d=1.229 std_dev=0.987
OP1 A 0, 0.181, 1.185, 2.189, 3.437 max_d=3.437 avg_d=1.185 std_dev=1.004
C1' B 0, 0.261, 1.281, 2.302, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.281 std_dev=1.020
O4 B 0, 0.216, 1.363, 2.509, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.363 std_dev=1.147
OP2 A 0, 0.232, 1.417, 2.601, 4.118 max_d=4.118 avg_d=1.417 std_dev=1.185
C2' B 0, 0.225, 1.453, 2.681, 3.515 max_d=3.515 avg_d=1.453 std_dev=1.228
C2 B 0, 0.206, 1.577, 2.947, 4.130 max_d=4.130 avg_d=1.577 std_dev=1.371
N3 B 0, 0.168, 1.588, 3.008, 4.262 max_d=4.262 avg_d=1.588 std_dev=1.420
O2' B 0, 0.149, 1.833, 3.516, 5.179 max_d=5.179 avg_d=1.833 std_dev=1.683
O2 B 0, 0.053, 2.020, 3.987, 5.911 max_d=5.911 avg_d=2.020 std_dev=1.967

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.14 0.04 0.06 0.31 0.12
C2 0.04 0.00 0.15 0.14 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.17 0.03 0.21 0.02 0.19 0.28 0.18
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.12 0.18 0.14 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.08 0.19 0.24 0.07
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.11 0.11 0.19 0.13 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.17 0.06 0.26 0.27 0.16
C4 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.06 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.21 0.02 0.17 0.29 0.18
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.04 0.11 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.39 0.14
C5 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.26 0.02 0.25 0.37 0.25
C5' 0.06 0.19 0.05 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.22 0.21 0.21 0.18 0.16 0.23 0.15 0.08 0.08 0.02 0.02 0.24 0.15 0.21 0.03
C6 0.03 0.01 0.08 0.07 0.02 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.08 0.02 0.26 0.01 0.27 0.39 0.27
C8 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.28 0.03 0.26 0.38 0.25
N1 0.04 0.01 0.12 0.11 0.02 0.08 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.13 0.03 0.24 0.01 0.23 0.34 0.23
N2 0.06 0.01 0.18 0.19 0.02 0.11 0.02 0.18 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.22 0.23 0.05 0.20 0.03 0.20 0.27 0.17
N3 0.04 0.01 0.14 0.13 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.15 0.03 0.18 0.02 0.15 0.27 0.15
N7 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.30 0.03 0.32 0.45 0.29
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.03 0.15 0.29 0.17
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.09 0.11 0.07 0.08 0.11 0.03 0.15 0.22 0.16 0.04 0.02 0.00 0.05 0.06 0.11 0.11 0.20 0.30 0.07
O3' 0.03 0.17 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.08 0.08 0.12 0.13 0.23 0.15 0.10 0.04 0.05 0.00 0.05 0.19 0.09 0.42 0.44 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.15 0.03 0.10 0.41 0.19
O5' 0.14 0.21 0.13 0.17 0.21 0.02 0.26 0.02 0.26 0.28 0.24 0.20 0.18 0.30 0.21 0.11 0.19 0.15 0.00 0.28 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.06 0.02 0.08 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.11 0.09 0.03 0.28 0.00 0.31 0.46 0.30
OP1 0.06 0.19 0.19 0.26 0.17 0.14 0.25 0.15 0.27 0.26 0.23 0.20 0.15 0.32 0.15 0.20 0.42 0.10 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.28 0.24 0.27 0.29 0.39 0.37 0.21 0.39 0.38 0.34 0.27 0.27 0.45 0.29 0.30 0.44 0.41 0.02 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.07 0.16 0.18 0.14 0.25 0.03 0.27 0.25 0.23 0.17 0.15 0.29 0.17 0.07 0.29 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 0.74 0.76 0.63 0.26 0.52 0.84 0.44 0.94 0.37 0.73 1.42 0.69 0.54 0.34 0.42 0.31 0.24 0.30 0.16
C2 0.43 0.50 0.57 0.53 0.32 0.49 0.86 0.47 0.94 0.36 0.51 1.06 0.54 0.49 0.35 0.42 0.27 0.20 0.28 0.14
C2' 0.54 0.91 0.85 0.65 0.33 0.53 0.79 0.47 0.90 0.41 0.90 1.61 0.78 0.52 0.44 0.43 0.40 0.40 0.40 0.29
C3' 0.55 0.94 0.86 0.65 0.35 0.52 0.78 0.46 0.90 0.42 0.94 1.64 0.80 0.51 0.48 0.43 0.41 0.42 0.44 0.32
C4 0.46 0.59 0.65 0.59 0.28 0.52 0.85 0.46 0.94 0.36 0.59 1.19 0.59 0.53 0.32 0.43 0.28 0.22 0.29 0.14
C4' 0.52 0.88 0.80 0.63 0.32 0.50 0.79 0.42 0.90 0.39 0.88 1.58 0.76 0.53 0.44 0.41 0.34 0.31 0.37 0.23
C5 0.49 0.52 0.64 0.61 0.31 0.55 0.85 0.49 0.94 0.40 0.53 1.07 0.64 0.58 0.34 0.47 0.29 0.21 0.29 0.14
C5' 0.51 0.85 0.79 0.62 0.29 0.48 0.79 0.40 0.90 0.37 0.86 1.54 0.74 0.49 0.43 0.39 0.33 0.29 0.41 0.24
C6 0.52 0.44 0.63 0.61 0.36 0.57 0.85 0.52 0.94 0.44 0.47 0.92 0.69 0.60 0.37 0.51 0.29 0.19 0.29 0.14
C8 0.50 0.62 0.70 0.64 0.27 0.55 0.84 0.47 0.94 0.38 0.62 1.22 0.65 0.59 0.32 0.45 0.29 0.22 0.30 0.15
N1 0.49 0.43 0.59 0.57 0.37 0.54 0.85 0.51 0.94 0.42 0.45 0.91 0.65 0.56 0.38 0.49 0.29 0.19 0.29 0.15
N2 0.38 0.49 0.52 0.47 0.34 0.44 0.86 0.45 0.94 0.35 0.49 1.04 0.48 0.44 0.36 0.39 0.26 0.20 0.29 0.16
N3 0.42 0.60 0.62 0.54 0.28 0.48 0.85 0.44 0.94 0.34 0.59 1.21 0.54 0.48 0.32 0.39 0.27 0.22 0.28 0.13
N7 0.51 0.54 0.67 0.64 0.30 0.57 0.84 0.49 0.94 0.40 0.55 1.10 0.66 0.61 0.33 0.48 0.29 0.21 0.30 0.14
N9 0.48 0.65 0.70 0.61 0.26 0.53 0.84 0.45 0.94 0.36 0.65 1.29 0.63 0.55 0.33 0.43 0.29 0.23 0.30 0.15
O2' 0.61 0.98 0.94 0.69 0.35 0.54 0.80 0.46 0.91 0.47 0.95 1.70 0.92 0.52 0.45 0.45 0.43 0.38 0.40 0.30
O3' 0.61 1.05 0.95 0.69 0.44 0.55 0.77 0.49 0.89 0.50 1.06 1.76 0.93 0.51 0.56 0.46 0.47 0.49 0.50 0.40
O4' 0.52 0.73 0.77 0.65 0.25 0.53 0.85 0.43 0.95 0.38 0.72 1.41 0.72 0.57 0.33 0.43 0.31 0.23 0.30 0.16
O5' 0.54 0.79 0.77 0.66 0.32 0.57 0.84 0.51 0.96 0.42 0.81 1.45 0.72 0.62 0.42 0.48 0.39 0.39 0.38 0.29
O6 0.57 0.40 0.66 0.64 0.40 0.61 0.86 0.54 0.95 0.49 0.43 0.81 0.79 0.65 0.40 0.56 0.31 0.19 0.30 0.15
OP1 0.51 0.83 0.75 0.60 0.33 0.52 0.80 0.46 0.93 0.39 0.87 1.49 0.70 0.55 0.46 0.43 0.38 0.39 0.53 0.35
OP2 0.65 0.50 0.84 0.76 0.31 0.73 0.99 0.65 1.13 0.51 0.56 1.10 0.90 0.83 0.33 0.61 0.42 0.36 0.38 0.29
P 0.52 0.66 0.73 0.64 0.24 0.58 0.87 0.51 1.00 0.39 0.70 1.31 0.73 0.67 0.34 0.48 0.33 0.31 0.35 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.28 0.02 0.01 0.15 0.14 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.16 0.42 0.02 0.40 0.02 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.31 0.03 0.33 0.73 0.73 0.81 0.76
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.12 0.18 0.17 0.02 0.12 0.28 0.00 0.02 0.05 0.02 0.42 0.44 0.51 0.46
C3' 0.02 0.42 0.00 0.00 0.33 0.00 0.43 0.02 0.46 0.19 0.38 0.74 0.02 0.01 0.35 0.02 0.14 0.15 0.11 0.13
C4 0.01 0.02 0.04 0.33 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.10 0.00 0.03 0.24 0.26 0.49 0.31
C4' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.13 0.00 0.37 0.01 0.45 0.07 0.30 0.80 0.27 0.03 0.15 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03
C5 0.01 0.02 0.12 0.43 0.01 0.37 0.00 0.57 0.00 0.02 0.01 0.03 0.41 0.34 0.02 0.22 0.74 0.84 1.09 0.89
C5' 0.07 0.57 0.18 0.02 0.14 0.01 0.57 0.00 0.66 0.07 0.45 1.16 0.09 0.17 0.16 0.02 0.01 0.10 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.46 0.01 0.45 0.00 0.66 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.37 0.02 0.32 0.83 0.87 1.07 0.93
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.10 0.02 0.02 0.12 0.12 0.28 0.17
N3 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.30 0.01 0.45 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.21 0.03 0.24 0.61 0.64 0.78 0.68
O2 0.06 0.00 0.28 0.74 0.03 0.80 0.03 1.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.27 0.66 0.04 0.60 1.44 1.47 1.56 1.50
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.33 0.27 0.41 0.09 0.38 0.19 0.23 0.27 0.00 0.05 0.35 0.19 0.30 0.34 0.54 0.37
O3' 0.28 0.31 0.02 0.01 0.10 0.03 0.34 0.17 0.37 0.10 0.21 0.66 0.05 0.00 0.13 0.19 0.20 0.30 0.27 0.23
O4 0.02 0.03 0.05 0.35 0.00 0.15 0.02 0.16 0.02 0.02 0.03 0.04 0.35 0.13 0.00 0.05 0.29 0.32 0.56 0.36
O4' 0.01 0.33 0.02 0.02 0.03 0.01 0.22 0.02 0.32 0.02 0.24 0.60 0.19 0.19 0.05 0.00 0.08 0.09 0.09 0.07
O5' 0.15 0.73 0.42 0.14 0.24 0.02 0.74 0.01 0.83 0.12 0.61 1.44 0.30 0.20 0.29 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.73 0.44 0.15 0.26 0.06 0.84 0.10 0.87 0.12 0.64 1.47 0.34 0.30 0.32 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.81 0.51 0.11 0.49 0.08 1.09 0.16 1.07 0.28 0.78 1.56 0.54 0.27 0.56 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.76 0.46 0.13 0.31 0.03 0.89 0.02 0.93 0.17 0.68 1.50 0.37 0.23 0.36 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00