ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48561

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.023
OP2 B 0, 0.189, 0.434, 0.678, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.434 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.278, 0.591, 0.904, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.591 std_dev=0.313
P B 0, 0.047, 0.398, 0.748, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.398 std_dev=0.350
O4' A 0, -0.175, 0.555, 1.286, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.555 std_dev=0.731
C2' A 0, -0.179, 0.580, 1.340, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.580 std_dev=0.759
C3' A 0, -0.134, 0.836, 1.805, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.836 std_dev=0.970
O3' A 0, -0.098, 0.965, 2.028, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.965 std_dev=1.063
C4' A 0, -0.180, 0.889, 1.958, 2.936 max_d=2.936 avg_d=0.889 std_dev=1.069
O2' A 0, -0.319, 0.852, 2.023, 3.058 max_d=3.058 avg_d=0.852 std_dev=1.171
O5' B 0, -0.322, 0.918, 2.159, 3.809 max_d=3.809 avg_d=0.918 std_dev=1.241
C5' A 0, -0.283, 1.385, 3.052, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.385 std_dev=1.668
C5' B 0, -0.282, 1.564, 3.410, 5.573 max_d=5.573 avg_d=1.564 std_dev=1.846
O5' A 0, -0.361, 1.754, 3.870, 5.198 max_d=5.198 avg_d=1.754 std_dev=2.116
C3' B 0, -0.666, 1.874, 4.413, 7.859 max_d=7.859 avg_d=1.874 std_dev=2.539
C4' B 0, -0.674, 1.916, 4.506, 7.921 max_d=7.921 avg_d=1.916 std_dev=2.590
P A 0, -0.567, 2.338, 5.244, 7.270 max_d=7.270 avg_d=2.338 std_dev=2.905
O4' B 0, -0.616, 2.323, 5.261, 8.975 max_d=8.975 avg_d=2.323 std_dev=2.939
O3' B 0, -0.662, 2.380, 5.422, 9.323 max_d=9.323 avg_d=2.380 std_dev=3.042
OP2 A 0, -0.561, 2.528, 5.617, 8.056 max_d=8.056 avg_d=2.528 std_dev=3.089
C2' B 0, -0.889, 2.231, 5.350, 9.515 max_d=9.515 avg_d=2.231 std_dev=3.119
C6 B 0, -0.412, 2.796, 6.004, 8.914 max_d=8.914 avg_d=2.796 std_dev=3.208
OP1 A 0, -0.577, 2.704, 5.985, 8.140 max_d=8.140 avg_d=2.704 std_dev=3.281
C1' B 0, -0.883, 2.557, 5.996, 10.395 max_d=10.395 avg_d=2.557 std_dev=3.439
N1 B 0, -0.711, 2.938, 6.587, 10.562 max_d=10.562 avg_d=2.938 std_dev=3.649
O2' B 0, -1.099, 2.654, 6.408, 11.463 max_d=11.463 avg_d=2.654 std_dev=3.754
C5 B 0, -0.367, 3.416, 7.199, 9.962 max_d=9.962 avg_d=3.416 std_dev=3.783
C2 B 0, -0.907, 3.628, 8.163, 12.937 max_d=12.937 avg_d=3.628 std_dev=4.535
C4 B 0, -0.600, 4.157, 8.914, 12.524 max_d=12.524 avg_d=4.157 std_dev=4.757
N3 B 0, -0.822, 4.168, 9.158, 13.653 max_d=13.653 avg_d=4.168 std_dev=4.990
O2 B 0, -1.163, 3.839, 8.840, 14.574 max_d=14.574 avg_d=3.839 std_dev=5.002
O4 B 0, -0.730, 4.780, 10.289, 14.023 max_d=14.023 avg_d=4.780 std_dev=5.510

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.18 0.03 0.22 0.33 0.19
C2 0.04 0.00 0.44 0.32 0.01 0.19 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.16 0.34 0.24 0.02 0.21 0.56 0.26
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.23 0.02 0.12 0.16 0.20 0.20 0.35 0.53 0.43 0.09 0.02 0.01 0.04 0.02 0.37 0.15 0.46 0.58 0.44
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.32 0.01 0.41 0.02 0.44 0.35 0.40 0.28 0.27 0.42 0.26 0.03 0.01 0.03 0.37 0.47 0.21 0.39 0.27
C4 0.02 0.01 0.23 0.32 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.16 0.28 0.02 0.24 0.64 0.36
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.13 0.34 0.12 0.29 0.19 0.31 0.13 0.33 0.02 0.01 0.02 0.17 0.24 0.04 0.06
C5 0.02 0.01 0.12 0.41 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.14 0.05 0.45 0.02 0.50 0.92 0.61
C5' 0.05 0.25 0.16 0.02 0.11 0.01 0.21 0.00 0.18 0.42 0.17 0.37 0.24 0.41 0.14 0.16 0.23 0.01 0.01 0.25 0.13 0.11 0.03
C6 0.03 0.01 0.20 0.44 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.16 0.12 0.43 0.01 0.52 0.97 0.61
C8 0.02 0.02 0.20 0.35 0.01 0.34 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.56 0.15 0.27 0.60 0.02 0.58 0.92 0.75
N1 0.03 0.01 0.35 0.40 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.12 0.25 0.30 0.02 0.33 0.77 0.42
N2 0.05 0.01 0.53 0.28 0.02 0.29 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.44 0.23 0.43 0.26 0.02 0.28 0.46 0.25
N3 0.04 0.01 0.43 0.27 0.01 0.19 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.19 0.34 0.23 0.03 0.21 0.47 0.23
N7 0.02 0.02 0.09 0.42 0.00 0.31 0.00 0.41 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.54 0.21 0.18 0.64 0.02 0.72 1.13 0.86
N9 0.01 0.02 0.02 0.26 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.25 0.09 0.04 0.31 0.02 0.23 0.59 0.38
O2' 0.02 0.27 0.01 0.03 0.12 0.33 0.30 0.16 0.23 0.56 0.13 0.44 0.28 0.54 0.25 0.00 0.08 0.21 0.38 0.32 0.40 0.67 0.45
O3' 0.30 0.16 0.04 0.01 0.10 0.02 0.14 0.23 0.16 0.15 0.12 0.23 0.19 0.21 0.09 0.08 0.00 0.17 0.50 0.21 0.27 0.49 0.40
O4' 0.01 0.34 0.02 0.03 0.16 0.01 0.05 0.01 0.12 0.27 0.25 0.43 0.34 0.18 0.04 0.21 0.17 0.00 0.10 0.07 0.19 0.13 0.09
O5' 0.18 0.24 0.37 0.37 0.28 0.02 0.45 0.01 0.43 0.60 0.30 0.26 0.23 0.64 0.31 0.38 0.50 0.10 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.47 0.02 0.17 0.02 0.25 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.32 0.21 0.07 0.52 0.00 0.69 1.15 0.77
OP1 0.22 0.21 0.46 0.21 0.24 0.24 0.50 0.13 0.52 0.58 0.33 0.28 0.21 0.72 0.23 0.40 0.27 0.19 0.02 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.56 0.58 0.39 0.64 0.04 0.92 0.11 0.97 0.92 0.77 0.46 0.47 1.13 0.59 0.67 0.49 0.13 0.02 1.15 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.26 0.44 0.27 0.36 0.06 0.61 0.03 0.61 0.75 0.42 0.25 0.23 0.86 0.38 0.45 0.40 0.09 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.47 2.39 2.04 1.84 2.03 1.97 1.87 1.44 2.01 2.32 2.24 2.55 2.41 1.83 1.98 2.43 1.23 0.21 0.18 0.35
C2 1.08 1.71 0.75 0.62 2.41 0.57 2.31 0.59 1.84 1.56 2.10 1.50 0.86 0.50 2.68 0.87 0.62 0.23 0.13 0.32
C2' 2.09 1.78 1.81 1.60 1.14 1.81 1.02 1.39 1.34 1.75 1.48 2.03 2.23 1.62 0.97 2.09 1.02 0.48 0.74 0.43
C3' 2.53 2.15 2.29 2.15 1.41 2.29 1.30 1.73 1.65 2.12 1.80 2.45 2.83 2.28 1.20 2.51 1.30 0.37 0.23 0.44
C4 1.94 2.33 1.49 1.25 2.56 1.25 2.39 0.91 2.18 2.18 2.50 2.28 1.72 1.13 2.72 1.75 0.96 0.21 0.10 0.33
C4' 3.17 2.90 2.84 2.65 2.18 2.72 2.01 1.99 2.29 2.79 2.58 3.22 3.41 2.78 2.01 3.05 1.61 0.83 0.42 0.81
C5 1.92 2.53 1.47 1.15 2.96 1.11 2.68 0.82 2.32 2.28 2.83 2.45 1.70 0.98 3.23 1.62 0.88 0.22 0.09 0.33
C5' 3.48 3.33 3.17 2.86 2.56 2.85 2.33 2.06 2.57 3.13 3.01 3.72 3.82 3.01 2.40 3.22 1.71 1.05 0.54 0.98
C6 1.53 2.35 1.13 0.81 3.12 0.75 2.81 0.66 2.25 2.07 2.83 2.17 1.29 0.62 3.52 1.18 0.70 0.25 0.12 0.33
C8 2.48 2.82 2.00 1.63 2.78 1.65 2.49 1.15 2.37 2.58 2.88 2.92 2.35 1.52 2.90 2.21 1.09 0.20 0.12 0.33
N1 1.13 1.97 0.80 0.57 2.86 0.55 2.63 0.63 2.03 1.73 2.49 1.72 0.91 0.43 3.26 0.83 0.57 0.25 0.15 0.32
N2 0.52 1.21 0.33 0.33 2.02 0.44 1.97 0.64 1.44 1.06 1.65 0.96 0.39 0.33 2.30 0.37 0.37 0.24 0.18 0.30
N3 1.53 1.88 1.13 1.00 2.23 0.98 2.14 0.77 1.92 1.80 2.08 1.78 1.30 0.91 2.37 1.39 0.87 0.21 0.10 0.33
N7 2.26 2.81 1.79 1.40 3.05 1.37 2.71 0.97 2.43 2.53 3.03 2.83 2.08 1.24 3.29 1.93 0.98 0.21 0.10 0.33
N9 2.35 2.54 1.88 1.60 2.46 1.65 2.26 1.18 2.21 2.40 2.55 2.61 2.19 1.52 2.53 2.18 1.11 0.20 0.14 0.33
O2' 1.82 1.43 1.63 1.42 0.76 1.72 0.76 1.48 1.15 1.48 1.10 1.64 1.94 1.39 0.51 1.92 1.13 1.01 0.99 0.86
O3' 2.56 2.05 2.40 2.46 1.25 2.61 1.22 2.17 1.65 2.09 1.65 2.33 2.91 2.68 0.97 2.64 1.67 0.74 0.34 0.91
O4' 3.22 3.16 2.75 2.49 2.67 2.53 2.47 1.81 2.61 3.03 2.96 3.38 3.18 2.52 2.58 3.06 1.60 0.80 0.46 0.82
O5' 3.81 3.73 3.60 3.15 2.89 3.00 2.60 2.11 2.82 3.45 3.39 4.19 4.30 3.28 2.74 3.37 1.78 0.94 0.39 0.94
O6 1.48 2.45 1.11 0.73 3.35 0.67 2.95 0.65 2.31 2.10 3.03 2.25 1.25 0.53 3.86 1.08 0.65 0.26 0.15 0.33
OP1 4.06 3.84 4.06 3.68 2.85 3.49 2.59 2.60 2.91 3.58 3.42 4.38 4.94 3.98 2.63 3.64 2.14 1.31 0.57 1.28
OP2 3.73 3.85 3.66 3.07 3.04 2.78 2.65 1.86 2.78 3.44 3.57 4.42 4.46 3.22 2.98 3.12 1.57 0.83 0.29 0.75
P 4.03 3.99 3.96 3.46 3.10 3.22 2.77 2.28 2.99 3.66 3.64 4.54 4.79 3.66 2.96 3.51 1.93 1.11 0.43 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.33 0.02 0.01 0.26 0.38 0.13 0.19
C2 0.02 0.00 0.22 0.30 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.02 0.10 0.14 0.54 0.22 0.11
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.23 0.19 0.02 0.17 0.38 0.00 0.02 0.05 0.02 0.48 0.60 0.31 0.47
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.43 0.01 0.39 0.02 0.32 0.25 0.39 0.24 0.02 0.01 0.46 0.03 0.10 0.28 0.17 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.43 0.00 0.16 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.21 0.01 0.03 0.10 0.70 0.52 0.13
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.16 0.00 0.19 0.01 0.17 0.09 0.11 0.03 0.35 0.03 0.17 0.01 0.01 0.24 0.23 0.03
C5 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.19 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.25 0.01 0.07 0.13 0.73 0.51 0.11
C5' 0.09 0.05 0.23 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.09 0.03 0.06 0.07 0.11 0.22 0.12 0.02 0.01 0.37 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.32 0.01 0.17 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.16 0.02 0.11 0.16 0.65 0.30 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.06 0.02 0.01 0.17 0.52 0.14 0.11
N3 0.01 0.00 0.17 0.39 0.01 0.11 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.08 0.01 0.08 0.10 0.62 0.39 0.11
O2 0.03 0.01 0.38 0.24 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.24 0.02 0.16 0.15 0.47 0.15 0.12
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.38 0.35 0.43 0.11 0.38 0.22 0.28 0.21 0.00 0.04 0.40 0.24 0.30 0.49 0.22 0.35
O3' 0.33 0.09 0.02 0.01 0.21 0.03 0.25 0.22 0.16 0.06 0.08 0.24 0.04 0.00 0.26 0.22 0.34 0.74 0.39 0.40
O4 0.02 0.02 0.05 0.46 0.01 0.17 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.40 0.26 0.00 0.04 0.11 0.73 0.63 0.16
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.11 0.01 0.08 0.16 0.24 0.22 0.04 0.00 0.15 0.11 0.23 0.08
O5' 0.26 0.14 0.48 0.10 0.10 0.01 0.13 0.01 0.16 0.17 0.10 0.15 0.30 0.34 0.11 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.38 0.54 0.60 0.28 0.70 0.24 0.73 0.37 0.65 0.52 0.62 0.47 0.49 0.74 0.73 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.22 0.31 0.17 0.52 0.23 0.51 0.39 0.30 0.14 0.39 0.15 0.22 0.39 0.63 0.23 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.11 0.47 0.09 0.13 0.03 0.11 0.01 0.08 0.11 0.11 0.12 0.35 0.40 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00