ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48562

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.026, 0.041, 0.057, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.041 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.022, 0.038, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.030, 0.048, 0.067, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.048 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.025, 0.046, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.046 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.044, 0.067, 0.090, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.067 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.031, 0.060, 0.090, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.060 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.014, 0.061, 0.109, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.061 std_dev=0.047
P B 0, 0.374, 0.599, 0.824, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.599 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.387, 0.707, 1.028, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.707 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.367, 0.708, 1.050, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.708 std_dev=0.341
O5' B 0, 0.264, 0.685, 1.107, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.685 std_dev=0.422
C5' B 0, 0.454, 0.943, 1.432, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.943 std_dev=0.489
C2' A 0, -0.027, 0.582, 1.191, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.582 std_dev=0.609
O4' A 0, -0.247, 0.398, 1.042, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.398 std_dev=0.645
O2' A 0, 0.696, 1.367, 2.038, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.367 std_dev=0.671
C3' A 0, 0.253, 1.117, 1.981, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.117 std_dev=0.864
C4' A 0, -0.183, 0.698, 1.578, 2.941 max_d=2.941 avg_d=0.698 std_dev=0.881
C4' B 0, 0.102, 1.073, 2.043, 3.567 max_d=3.567 avg_d=1.073 std_dev=0.971
O3' A 0, 0.987, 2.088, 3.189, 4.621 max_d=4.621 avg_d=2.088 std_dev=1.101
O4' B 0, 0.051, 1.205, 2.359, 4.321 max_d=4.321 avg_d=1.205 std_dev=1.154
C3' B 0, -0.139, 1.232, 2.604, 4.589 max_d=4.589 avg_d=1.232 std_dev=1.371
O3' B 0, -0.198, 1.351, 2.900, 5.038 max_d=5.038 avg_d=1.351 std_dev=1.549
C5' A 0, -0.518, 1.091, 2.700, 5.205 max_d=5.205 avg_d=1.091 std_dev=1.609
C1' B 0, -0.290, 1.335, 2.960, 5.597 max_d=5.597 avg_d=1.335 std_dev=1.625
C6 B 0, -0.366, 1.323, 3.011, 5.481 max_d=5.481 avg_d=1.323 std_dev=1.689
OP2 A 0, -0.361, 1.340, 3.041, 5.479 max_d=5.479 avg_d=1.340 std_dev=1.701
C2' B 0, -0.380, 1.352, 3.084, 5.730 max_d=5.730 avg_d=1.352 std_dev=1.732
C5 B 0, -0.246, 1.567, 3.380, 5.934 max_d=5.934 avg_d=1.567 std_dev=1.813
O5' A 0, 0.168, 1.990, 3.813, 6.118 max_d=6.118 avg_d=1.990 std_dev=1.822
N1 B 0, -0.496, 1.333, 3.163, 5.982 max_d=5.982 avg_d=1.333 std_dev=1.830
O2' B 0, -0.457, 1.494, 3.445, 6.561 max_d=6.561 avg_d=1.494 std_dev=1.951
C2 B 0, -0.352, 1.703, 3.759, 6.908 max_d=6.908 avg_d=1.703 std_dev=2.056
C4 B 0, -0.198, 1.859, 3.915, 6.864 max_d=6.864 avg_d=1.859 std_dev=2.056
O2 B 0, -0.210, 1.952, 4.113, 7.452 max_d=7.452 avg_d=1.952 std_dev=2.161
N3 B 0, -0.284, 1.892, 4.068, 7.255 max_d=7.255 avg_d=1.892 std_dev=2.176
O4 B 0, -0.026, 2.165, 4.356, 7.386 max_d=7.386 avg_d=2.165 std_dev=2.191
P A 0, -0.782, 1.652, 4.085, 7.384 max_d=7.384 avg_d=1.652 std_dev=2.433
OP1 A 0, -0.370, 2.549, 5.468, 9.168 max_d=9.168 avg_d=2.549 std_dev=2.919

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.09 0.04 0.77 0.26 0.20
C2 0.04 0.00 0.36 0.17 0.01 0.24 0.01 0.43 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.82 0.53 0.36 0.71 0.05 0.71 0.72 0.72
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.21 0.17 0.20 0.28 0.43 0.35 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.12 1.02 0.26 0.34
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.14 0.01 0.27 0.02 0.23 0.46 0.15 0.25 0.17 0.43 0.22 0.03 0.01 0.01 0.20 0.29 0.44 0.61 0.12
C4 0.02 0.01 0.19 0.14 0.00 0.18 0.01 0.29 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.52 0.25 0.19 0.46 0.04 0.73 0.56 0.47
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.18 0.00 0.20 0.01 0.24 0.13 0.25 0.25 0.21 0.17 0.11 0.25 0.03 0.00 0.02 0.25 0.30 0.29 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.20 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.45 0.06 0.11 0.45 0.02 0.76 0.60 0.50
C5' 0.06 0.43 0.21 0.02 0.29 0.01 0.32 0.00 0.40 0.16 0.45 0.47 0.36 0.24 0.14 0.06 0.17 0.02 0.01 0.42 0.16 0.28 0.02
C6 0.03 0.03 0.17 0.23 0.03 0.24 0.01 0.40 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.59 0.13 0.18 0.59 0.01 0.75 0.70 0.67
C8 0.02 0.02 0.20 0.46 0.01 0.13 0.01 0.16 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.30 0.17 0.20 0.04 0.89 0.29 0.22
N1 0.04 0.02 0.28 0.15 0.02 0.25 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.74 0.35 0.29 0.70 0.04 0.75 0.76 0.76
N2 0.06 0.01 0.43 0.25 0.02 0.25 0.02 0.47 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.90 0.69 0.43 0.78 0.07 0.70 0.76 0.79
N3 0.04 0.01 0.35 0.17 0.01 0.21 0.01 0.36 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.75 0.53 0.35 0.60 0.05 0.68 0.63 0.58
N7 0.02 0.01 0.11 0.43 0.01 0.17 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.25 0.08 0.25 0.03 0.81 0.44 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.08 0.02 0.21 0.04 0.80 0.37 0.24
O2' 0.02 0.82 0.01 0.03 0.52 0.25 0.45 0.06 0.59 0.14 0.74 0.90 0.75 0.24 0.20 0.00 0.05 0.21 0.11 0.55 0.97 0.26 0.26
O3' 0.29 0.53 0.02 0.01 0.25 0.03 0.06 0.17 0.13 0.30 0.35 0.69 0.53 0.25 0.08 0.05 0.00 0.21 0.26 0.06 0.38 0.73 0.29
O4' 0.01 0.36 0.02 0.01 0.19 0.00 0.11 0.02 0.18 0.17 0.29 0.43 0.35 0.08 0.02 0.21 0.21 0.00 0.08 0.15 0.51 0.21 0.18
O5' 0.09 0.71 0.19 0.20 0.46 0.02 0.45 0.01 0.59 0.20 0.70 0.78 0.60 0.25 0.21 0.11 0.26 0.08 0.00 0.57 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.05 0.12 0.29 0.04 0.25 0.02 0.42 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.55 0.06 0.15 0.57 0.00 0.75 0.71 0.68
OP1 0.77 0.71 1.02 0.44 0.73 0.30 0.76 0.16 0.75 0.89 0.75 0.70 0.68 0.81 0.80 0.97 0.38 0.51 0.02 0.75 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.72 0.26 0.61 0.56 0.29 0.60 0.28 0.70 0.29 0.76 0.76 0.63 0.44 0.37 0.26 0.73 0.21 0.02 0.71 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.72 0.34 0.12 0.47 0.05 0.50 0.02 0.67 0.22 0.76 0.79 0.58 0.30 0.24 0.26 0.29 0.18 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 0.54 0.83 0.87 0.41 0.65 0.17 0.53 0.22 0.42 0.55 0.69 0.80 1.00 0.52 0.51 0.29 0.24 0.26 0.11
C2 0.41 0.45 0.51 0.59 0.41 0.47 0.26 0.42 0.21 0.32 0.49 0.53 0.41 0.68 0.48 0.35 0.31 0.16 0.14 0.10
C2' 0.18 0.53 0.39 0.44 0.80 0.22 0.68 0.17 0.45 0.34 0.73 0.56 0.40 0.64 0.98 0.18 0.29 0.31 0.75 0.48
C3' 0.35 0.33 0.68 0.71 0.63 0.44 0.57 0.29 0.33 0.18 0.51 0.42 0.76 0.96 0.84 0.26 0.20 0.15 0.84 0.47
C4 0.54 0.51 0.72 0.80 0.40 0.61 0.22 0.50 0.22 0.39 0.51 0.63 0.66 0.95 0.47 0.45 0.31 0.15 0.20 0.10
C4' 1.13 0.92 1.46 1.47 0.56 1.15 0.44 0.94 0.64 0.87 0.78 1.10 1.50 1.67 0.54 0.97 0.60 0.56 0.28 0.35
C5 0.57 0.54 0.75 0.83 0.40 0.64 0.25 0.52 0.25 0.43 0.52 0.67 0.70 1.02 0.46 0.47 0.34 0.14 0.17 0.10
C5' 1.64 1.38 2.04 2.03 0.89 1.64 0.81 1.36 1.06 1.35 1.17 1.60 2.13 2.31 0.76 1.43 0.97 0.86 0.44 0.64
C6 0.52 0.52 0.66 0.75 0.40 0.59 0.27 0.48 0.26 0.41 0.50 0.63 0.59 0.93 0.44 0.43 0.35 0.15 0.13 0.10
C8 0.65 0.58 0.88 0.94 0.40 0.70 0.21 0.55 0.26 0.47 0.55 0.73 0.85 1.14 0.47 0.52 0.32 0.16 0.23 0.11
N1 0.45 0.48 0.55 0.64 0.41 0.51 0.29 0.44 0.25 0.37 0.49 0.56 0.46 0.77 0.45 0.38 0.34 0.17 0.12 0.11
N2 0.30 0.42 0.35 0.40 0.43 0.34 0.29 0.33 0.21 0.28 0.48 0.47 0.25 0.43 0.50 0.27 0.29 0.22 0.12 0.11
N3 0.46 0.46 0.61 0.67 0.40 0.52 0.22 0.45 0.18 0.33 0.49 0.56 0.52 0.77 0.49 0.39 0.28 0.15 0.20 0.10
N7 0.64 0.58 0.85 0.92 0.41 0.69 0.24 0.55 0.28 0.47 0.55 0.73 0.81 1.13 0.46 0.51 0.35 0.14 0.19 0.11
N9 0.60 0.54 0.81 0.87 0.40 0.65 0.19 0.53 0.22 0.42 0.53 0.68 0.77 1.03 0.49 0.49 0.30 0.18 0.24 0.11
O2' 0.53 0.86 0.28 0.26 1.18 0.46 1.11 0.56 0.92 0.76 1.07 0.80 0.36 0.29 1.34 0.64 0.76 0.61 1.14 0.92
O3' 0.42 0.69 0.39 0.44 1.18 0.41 1.17 0.52 0.93 0.66 0.95 0.53 0.46 0.62 1.39 0.52 0.85 0.74 1.52 1.12
O4' 1.30 1.12 1.57 1.58 0.78 1.31 0.69 1.14 0.88 1.08 1.00 1.28 1.54 1.72 0.72 1.17 0.86 0.78 0.37 0.60
O5' 2.12 1.88 2.50 2.50 1.36 2.10 1.25 1.78 1.51 1.82 1.66 2.11 2.59 2.79 1.20 1.88 1.40 1.16 0.71 0.98
O6 0.52 0.52 0.65 0.75 0.40 0.58 0.28 0.46 0.27 0.42 0.50 0.64 0.59 0.94 0.42 0.42 0.35 0.16 0.12 0.09
OP1 2.04 1.71 2.54 2.49 1.08 1.99 1.05 1.56 1.35 1.69 1.42 1.99 2.75 2.94 0.87 1.72 1.18 0.86 0.78 0.85
OP2 2.04 1.82 2.42 2.42 1.30 2.03 1.17 1.71 1.41 1.75 1.61 2.07 2.53 2.76 1.15 1.79 1.33 1.04 0.66 0.91
P 2.27 1.99 2.70 2.68 1.39 2.25 1.30 1.88 1.58 1.93 1.73 2.26 2.85 3.07 1.21 1.99 1.46 1.15 0.76 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.10 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.19 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.13 0.30 0.02 0.14 0.03 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.29 0.02 0.03 0.34 0.43 0.66 0.52
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.04 0.12 0.02 0.13 0.02 0.10 0.24 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.20 0.23 0.12
C3' 0.03 0.30 0.01 0.00 0.28 0.01 0.31 0.02 0.29 0.18 0.30 0.39 0.01 0.01 0.30 0.02 0.18 0.18 0.12 0.07
C4 0.03 0.02 0.07 0.28 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.33 0.01 0.05 0.24 0.45 0.56 0.49
C4' 0.01 0.14 0.04 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.16 0.09 0.16 0.17 0.16 0.03 0.15 0.01 0.01 0.13 0.12 0.04
C5 0.03 0.03 0.12 0.31 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.38 0.03 0.04 0.18 0.23 0.25 0.23
C5' 0.03 0.26 0.02 0.02 0.27 0.01 0.24 0.00 0.21 0.16 0.30 0.28 0.15 0.05 0.30 0.01 0.01 0.12 0.05 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.29 0.01 0.16 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.32 0.03 0.03 0.18 0.15 0.24 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.09 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.16 0.03 0.01 0.11 0.22 0.38 0.27
N3 0.03 0.01 0.10 0.30 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.32 0.02 0.04 0.37 0.53 0.75 0.61
O2 0.10 0.01 0.24 0.39 0.03 0.17 0.04 0.28 0.04 0.04 0.02 0.00 0.18 0.42 0.03 0.05 0.44 0.48 0.76 0.58
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.11 0.16 0.09 0.15 0.08 0.06 0.13 0.18 0.00 0.08 0.12 0.13 0.13 0.17 0.14 0.08
O3' 0.03 0.29 0.02 0.01 0.33 0.03 0.38 0.05 0.32 0.16 0.32 0.42 0.08 0.00 0.37 0.03 0.31 0.25 0.30 0.24
O4 0.03 0.02 0.07 0.30 0.01 0.15 0.03 0.30 0.03 0.03 0.02 0.03 0.12 0.37 0.00 0.06 0.28 0.52 0.62 0.54
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.13 0.03 0.06 0.00 0.21 0.21 0.34 0.22
O5' 0.10 0.34 0.09 0.18 0.24 0.01 0.18 0.01 0.18 0.11 0.37 0.44 0.13 0.31 0.28 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.43 0.20 0.18 0.45 0.13 0.23 0.12 0.15 0.22 0.53 0.48 0.17 0.25 0.52 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.32 0.66 0.23 0.12 0.56 0.12 0.25 0.05 0.24 0.38 0.75 0.76 0.14 0.30 0.62 0.34 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.19 0.52 0.12 0.07 0.49 0.04 0.23 0.02 0.12 0.27 0.61 0.58 0.08 0.24 0.54 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00