ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48564

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 1, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.039 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.014, 0.042, 0.071, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.042 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.046, 0.116, 0.185, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.116 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.026, 0.108, 0.191, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.108 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.076, 0.166, 0.257, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.166 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.059, 0.185, 0.310, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.185 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.025, 0.165, 0.304, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.165 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.084, 0.267, 0.450, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.267 std_dev=0.183
OP1 B 0, 0.201, 0.399, 0.596, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.399 std_dev=0.197
P B 0, 0.211, 0.433, 0.656, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.433 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.088, 0.318, 0.547, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.318 std_dev=0.230
OP2 B 0, 0.235, 0.465, 0.695, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.465 std_dev=0.230
C5' B 0, 0.230, 0.465, 0.700, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.465 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.242, 0.513, 0.784, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.513 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.126, 0.413, 0.700, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.413 std_dev=0.287
C4' B 0, 0.181, 0.476, 0.772, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.476 std_dev=0.296
O5' A 0, 0.244, 0.543, 0.841, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.543 std_dev=0.299
P A 0, 0.178, 0.479, 0.779, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.479 std_dev=0.301
C6 B 0, 0.202, 0.509, 0.816, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.509 std_dev=0.307
OP2 A 0, 0.102, 0.440, 0.778, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.440 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.167, 0.512, 0.856, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.512 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.163, 0.507, 0.852, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.507 std_dev=0.344
OP1 A 0, 0.210, 0.565, 0.919, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.565 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.221, 0.576, 0.931, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.576 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.237, 0.613, 0.989, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.613 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.223, 0.625, 1.027, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.625 std_dev=0.402
C4 B 0, 0.238, 0.663, 1.087, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.663 std_dev=0.425
C2 B 0, 0.191, 0.622, 1.053, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.622 std_dev=0.431
O3' B 0, 0.285, 0.717, 1.149, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.717 std_dev=0.432
N3 B 0, 0.230, 0.687, 1.144, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.687 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.253, 0.715, 1.176, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.715 std_dev=0.461
O4 B 0, 0.291, 0.775, 1.259, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.775 std_dev=0.484
O2 B 0, 0.233, 0.724, 1.215, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.724 std_dev=0.491

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.08 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.12 0.02 0.13 0.10 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.09 0.07 0.03
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.10 0.10 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.13 0.02 0.12 0.07 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.15 0.03 0.14 0.11 0.13
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.09 0.11 0.08 0.06 0.06 0.12 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.09 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.02 0.15 0.01 0.15 0.13 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.16 0.05 0.13 0.06 0.10
N1 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.03 0.14 0.02 0.14 0.12 0.12
N2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.04 0.11 0.03 0.12 0.09 0.09
N3 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.11 0.02 0.12 0.07 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.18 0.06 0.16 0.11 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.03 0.10 0.03 0.06
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.11 0.07 0.04
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.09 0.09 0.14 0.17 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.07 0.08 0.05
O5' 0.05 0.12 0.02 0.05 0.13 0.02 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.11 0.11 0.18 0.11 0.03 0.09 0.06 0.00 0.15 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.04 0.08 0.02 0.05 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.09 0.03 0.15 0.00 0.14 0.14 0.14
OP1 0.08 0.13 0.09 0.10 0.12 0.09 0.14 0.09 0.15 0.13 0.14 0.12 0.12 0.16 0.10 0.11 0.14 0.07 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.10 0.07 0.10 0.07 0.05 0.11 0.03 0.13 0.06 0.12 0.09 0.07 0.11 0.03 0.07 0.17 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.10 0.03 0.05 0.09 0.02 0.13 0.02 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.15 0.06 0.04 0.10 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.24 0.12 0.14 0.21 0.14 0.25 0.18 0.24 0.16 0.24 0.31 0.12 0.12 0.22 0.14 0.24 0.10 0.10 0.11
C2 0.20 0.21 0.23 0.25 0.12 0.25 0.10 0.26 0.11 0.15 0.19 0.26 0.26 0.28 0.12 0.20 0.18 0.12 0.09 0.10
C2' 0.17 0.29 0.14 0.13 0.28 0.13 0.28 0.15 0.26 0.21 0.31 0.35 0.13 0.10 0.29 0.17 0.24 0.12 0.13 0.13
C3' 0.20 0.35 0.16 0.14 0.36 0.13 0.35 0.14 0.31 0.26 0.38 0.40 0.13 0.09 0.39 0.19 0.24 0.12 0.13 0.13
C4 0.19 0.24 0.21 0.22 0.16 0.22 0.17 0.24 0.17 0.17 0.23 0.31 0.22 0.23 0.15 0.20 0.20 0.10 0.09 0.10
C4' 0.15 0.29 0.11 0.12 0.35 0.12 0.38 0.16 0.34 0.23 0.34 0.35 0.08 0.07 0.38 0.16 0.27 0.12 0.14 0.14
C5 0.21 0.25 0.23 0.24 0.16 0.24 0.16 0.25 0.16 0.18 0.23 0.32 0.26 0.26 0.15 0.21 0.19 0.11 0.09 0.10
C5' 0.17 0.32 0.13 0.13 0.38 0.12 0.40 0.16 0.35 0.25 0.38 0.37 0.10 0.07 0.42 0.17 0.26 0.11 0.13 0.13
C6 0.22 0.24 0.25 0.26 0.14 0.26 0.13 0.25 0.13 0.17 0.22 0.30 0.29 0.29 0.13 0.22 0.17 0.12 0.09 0.11
C8 0.18 0.26 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.22 0.21 0.18 0.25 0.34 0.20 0.19 0.19 0.19 0.21 0.10 0.09 0.10
N1 0.21 0.22 0.25 0.27 0.12 0.26 0.10 0.26 0.11 0.16 0.20 0.27 0.29 0.30 0.12 0.21 0.17 0.13 0.09 0.11
N2 0.19 0.18 0.23 0.26 0.11 0.25 0.08 0.26 0.08 0.14 0.16 0.21 0.26 0.30 0.12 0.19 0.17 0.12 0.09 0.10
N3 0.18 0.22 0.21 0.23 0.14 0.23 0.14 0.25 0.14 0.15 0.20 0.28 0.22 0.24 0.13 0.19 0.19 0.10 0.09 0.10
N7 0.20 0.26 0.22 0.23 0.17 0.23 0.18 0.23 0.19 0.18 0.25 0.34 0.24 0.24 0.17 0.21 0.20 0.11 0.09 0.10
N9 0.17 0.25 0.17 0.19 0.18 0.19 0.21 0.21 0.20 0.17 0.24 0.32 0.18 0.18 0.18 0.18 0.21 0.09 0.09 0.10
O2' 0.15 0.28 0.12 0.13 0.31 0.13 0.33 0.18 0.31 0.22 0.31 0.32 0.09 0.09 0.32 0.17 0.28 0.16 0.16 0.16
O3' 0.21 0.40 0.15 0.12 0.42 0.11 0.38 0.13 0.33 0.30 0.45 0.46 0.11 0.08 0.45 0.19 0.22 0.13 0.13 0.13
O4' 0.11 0.22 0.09 0.11 0.24 0.12 0.30 0.17 0.28 0.16 0.24 0.31 0.09 0.09 0.25 0.13 0.25 0.11 0.11 0.13
O5' 0.19 0.33 0.17 0.15 0.33 0.14 0.35 0.15 0.31 0.24 0.36 0.40 0.16 0.12 0.35 0.18 0.22 0.10 0.09 0.10
O6 0.23 0.24 0.26 0.27 0.14 0.26 0.12 0.25 0.13 0.18 0.22 0.31 0.31 0.30 0.14 0.22 0.16 0.13 0.10 0.10
OP1 0.18 0.28 0.15 0.13 0.35 0.13 0.38 0.13 0.35 0.24 0.33 0.32 0.15 0.09 0.38 0.17 0.24 0.12 0.10 0.12
OP2 0.20 0.30 0.17 0.15 0.32 0.15 0.33 0.14 0.30 0.24 0.34 0.36 0.19 0.10 0.34 0.19 0.21 0.08 0.09 0.09
P 0.19 0.32 0.16 0.15 0.35 0.14 0.35 0.15 0.32 0.25 0.36 0.38 0.16 0.10 0.38 0.18 0.23 0.08 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.05 0.10 0.06
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.03 0.11 0.07 0.10 0.06
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.17 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.08 0.16 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.10 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.11 0.06 0.12 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.02 0.10 0.04 0.12 0.05
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.10 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.12 0.01 0.03 0.12 0.05 0.13 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.10 0.05 0.10 0.06
N3 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.02 0.03 0.11 0.07 0.12 0.07
O2 0.06 0.01 0.17 0.16 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.18 0.02 0.05 0.13 0.09 0.10 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.14 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.11 0.07 0.05
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.12 0.04 0.09 0.18 0.04 0.00 0.09 0.03 0.11 0.15 0.10 0.08
O4 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.13 0.11 0.16 0.12
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.08 0.05 0.14 0.09
O5' 0.07 0.11 0.02 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.12 0.10 0.11 0.13 0.03 0.11 0.13 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.07 0.08 0.10 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.07 0.09 0.11 0.15 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.06 0.12 0.03 0.13 0.10 0.12 0.10 0.07 0.10 0.16 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00