ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48565

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C2' A 0, -0.004, 0.077, 0.159, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.077 std_dev=0.082
O4' A 0, -0.007, 0.107, 0.222, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.107 std_dev=0.115
N3 B 0, 0.092, 0.222, 0.352, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.222 std_dev=0.130
O2' A 0, -0.009, 0.130, 0.268, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.130 std_dev=0.139
C2 B 0, 0.092, 0.234, 0.377, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.234 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.102, 0.245, 0.388, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.245 std_dev=0.143
C3' A 0, 0.013, 0.159, 0.305, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.159 std_dev=0.146
O2 B 0, 0.113, 0.267, 0.420, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.267 std_dev=0.154
O4 B 0, 0.115, 0.270, 0.425, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.270 std_dev=0.155
C5 B 0, 0.131, 0.289, 0.448, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.289 std_dev=0.158
C3' B 0, 0.227, 0.392, 0.557, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.392 std_dev=0.165
C6 B 0, 0.120, 0.288, 0.456, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.288 std_dev=0.168
P B 0, 0.091, 0.259, 0.428, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.259 std_dev=0.168
C4' B 0, 0.157, 0.329, 0.500, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.329 std_dev=0.171
N1 B 0, 0.082, 0.254, 0.426, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.254 std_dev=0.172
OP1 B 0, 0.112, 0.289, 0.466, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.289 std_dev=0.177
C5' B 0, 0.175, 0.364, 0.553, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.364 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.001, 0.197, 0.393, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.197 std_dev=0.196
C1' B 0, 0.095, 0.299, 0.503, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.299 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.149, 0.376, 0.603, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.376 std_dev=0.227
O4' B 0, 0.095, 0.329, 0.563, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.329 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.127, 0.379, 0.630, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.379 std_dev=0.252
O5' A 0, 0.005, 0.261, 0.516, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.261 std_dev=0.256
C5' A 0, -0.006, 0.275, 0.555, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.275 std_dev=0.280
O3' A 0, -0.003, 0.281, 0.565, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.281 std_dev=0.284
P A 0, 0.022, 0.337, 0.652, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.337 std_dev=0.315
OP2 B 0, 0.018, 0.355, 0.692, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.355 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.022, 0.370, 0.717, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.370 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.238, 0.623, 1.008, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.623 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.347, 0.780, 1.214, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.780 std_dev=0.434
OP1 A 0, -0.065, 0.409, 0.883, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.409 std_dev=0.474

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.14 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.20 0.09 0.11 0.00 0.13 0.20 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.21 0.13 0.13
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.24 0.10 0.12
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.04 0.08 0.00 0.10 0.19 0.11
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.07 0.13 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.03 0.08 0.01 0.11 0.24 0.14
C5' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.13 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.09 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.08 0.00 0.12 0.26 0.15
C8 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.11 0.01 0.13 0.21 0.15
N1 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.18 0.07 0.09 0.00 0.10 0.23 0.12
N2 0.02 0.00 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.23 0.11 0.14 0.01 0.16 0.19 0.12
N3 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.19 0.09 0.11 0.00 0.14 0.18 0.11
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.11 0.01 0.16 0.26 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.17 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.25 0.17 0.15
O3' 0.10 0.20 0.04 0.00 0.14 0.02 0.12 0.03 0.14 0.06 0.18 0.23 0.19 0.08 0.10 0.06 0.00 0.07 0.08 0.13 0.25 0.10 0.13
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.10 0.15 0.09
O5' 0.06 0.11 0.05 0.06 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.11 0.09 0.14 0.11 0.11 0.06 0.05 0.08 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.04 0.10 0.00 0.15 0.29 0.17
OP1 0.14 0.13 0.21 0.24 0.10 0.13 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.16 0.14 0.16 0.10 0.25 0.25 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.20 0.13 0.10 0.19 0.03 0.24 0.04 0.26 0.21 0.23 0.19 0.18 0.26 0.17 0.17 0.10 0.15 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.13 0.12 0.11 0.02 0.14 0.01 0.15 0.15 0.12 0.12 0.11 0.17 0.10 0.15 0.13 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.09 0.15 0.16 0.13 0.16 0.13 0.21 0.13 0.11 0.11 0.08 0.31 0.46 0.14 0.23 0.26 0.14 0.22 0.16
C2 0.14 0.11 0.10 0.10 0.17 0.15 0.14 0.15 0.08 0.09 0.15 0.12 0.19 0.23 0.21 0.13 0.24 0.16 0.14 0.14
C2' 0.12 0.10 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.18 0.13 0.12 0.12 0.09 0.29 0.49 0.14 0.24 0.23 0.14 0.21 0.15
C3' 0.14 0.13 0.12 0.16 0.15 0.11 0.16 0.13 0.16 0.14 0.14 0.12 0.31 0.50 0.16 0.24 0.17 0.09 0.17 0.10
C4 0.10 0.06 0.12 0.13 0.13 0.15 0.11 0.19 0.08 0.05 0.11 0.07 0.24 0.36 0.15 0.14 0.27 0.16 0.18 0.16
C4' 0.16 0.15 0.11 0.16 0.17 0.12 0.18 0.13 0.18 0.16 0.15 0.13 0.31 0.51 0.17 0.27 0.17 0.09 0.18 0.11
C5 0.13 0.04 0.14 0.15 0.08 0.16 0.07 0.18 0.06 0.07 0.06 0.08 0.24 0.37 0.13 0.14 0.26 0.16 0.16 0.15
C5' 0.22 0.20 0.11 0.19 0.21 0.17 0.22 0.16 0.23 0.22 0.20 0.19 0.24 0.55 0.21 0.31 0.20 0.11 0.22 0.15
C6 0.14 0.08 0.13 0.13 0.08 0.16 0.06 0.16 0.07 0.09 0.07 0.10 0.22 0.31 0.13 0.13 0.24 0.17 0.14 0.14
C8 0.15 0.09 0.17 0.17 0.10 0.17 0.10 0.21 0.10 0.11 0.08 0.10 0.27 0.45 0.11 0.20 0.28 0.15 0.20 0.16
N1 0.15 0.10 0.11 0.11 0.14 0.15 0.09 0.15 0.07 0.10 0.12 0.11 0.20 0.25 0.19 0.15 0.23 0.17 0.14 0.14
N2 0.17 0.14 0.12 0.09 0.20 0.16 0.19 0.13 0.14 0.14 0.17 0.14 0.18 0.16 0.23 0.19 0.20 0.17 0.13 0.13
N3 0.10 0.10 0.10 0.11 0.17 0.13 0.15 0.17 0.10 0.07 0.14 0.10 0.21 0.29 0.19 0.09 0.27 0.16 0.17 0.15
N7 0.14 0.08 0.16 0.17 0.08 0.17 0.08 0.19 0.09 0.10 0.06 0.11 0.25 0.42 0.10 0.17 0.27 0.16 0.18 0.15
N9 0.13 0.08 0.15 0.16 0.12 0.16 0.11 0.21 0.11 0.09 0.10 0.07 0.28 0.43 0.14 0.20 0.27 0.15 0.20 0.16
O2' 0.14 0.08 0.16 0.18 0.10 0.18 0.10 0.25 0.11 0.10 0.09 0.08 0.31 0.47 0.12 0.23 0.28 0.22 0.27 0.21
O3' 0.08 0.11 0.09 0.18 0.15 0.10 0.15 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.31 0.47 0.17 0.18 0.12 0.17 0.11 0.11
O4' 0.12 0.12 0.13 0.15 0.15 0.13 0.16 0.17 0.16 0.13 0.13 0.10 0.32 0.47 0.15 0.26 0.22 0.09 0.21 0.13
O5' 0.12 0.07 0.11 0.20 0.08 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.08 0.06 0.23 0.58 0.09 0.21 0.15 0.12 0.15 0.10
O6 0.15 0.11 0.14 0.13 0.08 0.16 0.10 0.16 0.12 0.12 0.09 0.12 0.23 0.31 0.11 0.15 0.24 0.17 0.14 0.14
OP1 0.13 0.12 0.12 0.20 0.13 0.15 0.11 0.17 0.11 0.11 0.15 0.14 0.23 0.55 0.15 0.23 0.16 0.15 0.19 0.13
OP2 0.23 0.30 0.28 0.21 0.31 0.13 0.29 0.13 0.27 0.27 0.32 0.30 0.31 0.50 0.32 0.21 0.16 0.23 0.17 0.17
P 0.14 0.16 0.18 0.16 0.16 0.06 0.15 0.07 0.15 0.15 0.17 0.17 0.26 0.52 0.17 0.18 0.09 0.13 0.13 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.00 0.07 0.16 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.01 0.05 0.18 0.11 0.13 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04 0.04 0.01 0.08 0.10 0.18 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.14 0.01 0.20 0.03 0.20 0.08 0.07 0.08 0.02 0.01 0.15 0.02 0.10 0.07 0.25 0.11
C4 0.01 0.00 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.00 0.03 0.29 0.18 0.22 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.03 0.06 0.12 0.03 0.07 0.00 0.01 0.13 0.11 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.00 0.03 0.30 0.19 0.23 0.21
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.17 0.00 0.20 0.00 0.17 0.10 0.13 0.06 0.10 0.09 0.19 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.03 0.26 0.14 0.17 0.14
N1 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.01 0.17 0.11 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.01 0.04 0.23 0.14 0.17 0.14
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.34 0.01 0.08 0.14 0.11 0.11 0.07
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.13 0.12 0.10 0.10 0.07 0.08 0.15 0.20 0.00 0.09 0.14 0.07 0.05 0.15 0.18 0.05
O3' 0.14 0.20 0.04 0.01 0.06 0.03 0.11 0.09 0.11 0.09 0.15 0.34 0.09 0.00 0.06 0.08 0.17 0.09 0.41 0.19
O4 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.00 0.03 0.31 0.22 0.24 0.23
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.07 0.08 0.03 0.00 0.04 0.20 0.05 0.13
O5' 0.07 0.18 0.08 0.10 0.29 0.01 0.30 0.01 0.26 0.17 0.23 0.14 0.05 0.17 0.31 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.11 0.10 0.07 0.18 0.13 0.19 0.06 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.09 0.22 0.20 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.13 0.18 0.25 0.22 0.11 0.23 0.11 0.17 0.12 0.17 0.11 0.18 0.41 0.24 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.08 0.11 0.20 0.04 0.21 0.02 0.14 0.08 0.14 0.07 0.05 0.19 0.23 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00