ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48567

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.004, 0.027, 0.049, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.009, 0.039, 0.068, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.039 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.039 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.004, 0.044, 0.084, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.044 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.024, 0.082, 0.139, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.082 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.023, 0.131, 0.238, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.131 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.049, 0.156, 0.264, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.156 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.005, 0.152, 0.299, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.152 std_dev=0.147
P B 0, 0.150, 0.332, 0.515, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.332 std_dev=0.183
OP1 B 0, 0.151, 0.338, 0.524, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.338 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.161, 0.351, 0.541, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.351 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.099, 0.298, 0.497, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.298 std_dev=0.199
O2' A 0, 0.141, 0.345, 0.550, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.345 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.032, 0.258, 0.484, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.258 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.183, 0.428, 0.674, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.428 std_dev=0.245
O5' A 0, 0.105, 0.359, 0.612, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.359 std_dev=0.254
C5' B 0, 0.225, 0.483, 0.742, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.483 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.186, 0.452, 0.718, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.452 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.201, 0.468, 0.735, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.468 std_dev=0.267
O3' B 0, 0.183, 0.455, 0.727, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.455 std_dev=0.272
P A 0, 0.205, 0.478, 0.751, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.478 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.211, 0.544, 0.877, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.544 std_dev=0.333
OP2 A 0, 0.221, 0.564, 0.906, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.564 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.085, 0.433, 0.782, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.433 std_dev=0.348
O4' B 0, 0.194, 0.544, 0.894, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.544 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.253, 0.619, 0.985, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.619 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.052, 0.443, 0.834, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.443 std_dev=0.391
C1' B 0, 0.116, 0.517, 0.917, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.517 std_dev=0.400
C5 B 0, 0.267, 0.671, 1.075, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.671 std_dev=0.404
N1 B 0, 0.136, 0.559, 0.982, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.559 std_dev=0.423
C4 B 0, 0.163, 0.659, 1.154, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.659 std_dev=0.495
C2 B 0, 0.063, 0.605, 1.146, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.605 std_dev=0.541
O4 B 0, 0.159, 0.712, 1.266, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.712 std_dev=0.554
N3 B 0, 0.056, 0.632, 1.207, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.632 std_dev=0.576
O2 B 0, 0.107, 0.715, 1.324, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.715 std_dev=0.608

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.04 0.12 0.08
C2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.09 0.02 0.11 0.02 0.11 0.15 0.11
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.11 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.04 0.09 0.06 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01 0.13 0.01 0.12 0.16 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.03 0.21 0.01 0.20 0.21 0.18
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.09 0.04 0.03 0.18 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.17 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.05 0.03 0.21 0.00 0.22 0.23 0.19
C8 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.23 0.02 0.18 0.19 0.16
N1 0.03 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.05 0.03 0.17 0.02 0.17 0.20 0.15
N2 0.04 0.01 0.11 0.09 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.14 0.03 0.08 0.03 0.08 0.14 0.09
N3 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.02 0.09 0.02 0.08 0.14 0.09
N7 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.04 0.26 0.02 0.23 0.25 0.21
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.13 0.03 0.11 0.14 0.10
O2' 0.02 0.19 0.01 0.03 0.11 0.07 0.09 0.07 0.12 0.02 0.16 0.22 0.18 0.05 0.04 0.00 0.03 0.05 0.06 0.11 0.10 0.08 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.10 0.05 0.14 0.09 0.11 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.14 0.03 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.14 0.10
O5' 0.06 0.11 0.03 0.03 0.13 0.01 0.21 0.01 0.21 0.23 0.17 0.08 0.09 0.26 0.13 0.06 0.06 0.05 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.11 0.08 0.04 0.26 0.00 0.27 0.28 0.24
OP1 0.04 0.11 0.07 0.09 0.12 0.05 0.20 0.05 0.22 0.18 0.17 0.08 0.08 0.23 0.11 0.10 0.14 0.05 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.15 0.07 0.05 0.16 0.06 0.21 0.02 0.23 0.19 0.20 0.14 0.14 0.25 0.14 0.08 0.03 0.14 0.01 0.28 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.04 0.03 0.11 0.03 0.18 0.01 0.19 0.16 0.15 0.09 0.09 0.21 0.10 0.07 0.04 0.10 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.14 0.13 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.15 0.20 0.18 0.10 0.13 0.07 0.10 0.14 0.08
C2 0.19 0.20 0.20 0.21 0.18 0.20 0.18 0.19 0.17 0.19 0.19 0.23 0.23 0.25 0.18 0.19 0.14 0.08 0.11 0.11
C2' 0.09 0.09 0.10 0.12 0.17 0.09 0.19 0.10 0.15 0.10 0.12 0.08 0.13 0.16 0.20 0.11 0.10 0.15 0.22 0.16
C3' 0.10 0.09 0.11 0.12 0.18 0.11 0.20 0.10 0.16 0.11 0.13 0.09 0.16 0.17 0.22 0.12 0.11 0.16 0.25 0.17
C4 0.19 0.19 0.20 0.20 0.15 0.19 0.15 0.16 0.15 0.18 0.17 0.23 0.26 0.24 0.15 0.20 0.12 0.07 0.09 0.08
C4' 0.10 0.08 0.13 0.13 0.14 0.11 0.16 0.09 0.12 0.08 0.09 0.12 0.19 0.19 0.17 0.12 0.07 0.13 0.21 0.13
C5 0.25 0.25 0.25 0.25 0.21 0.24 0.20 0.21 0.21 0.24 0.23 0.29 0.29 0.28 0.21 0.25 0.15 0.08 0.10 0.10
C5' 0.13 0.10 0.15 0.13 0.12 0.14 0.14 0.10 0.11 0.09 0.08 0.16 0.23 0.19 0.15 0.15 0.07 0.13 0.21 0.13
C6 0.29 0.30 0.29 0.29 0.27 0.29 0.27 0.26 0.27 0.29 0.29 0.33 0.30 0.30 0.27 0.29 0.18 0.10 0.14 0.13
C8 0.22 0.22 0.23 0.21 0.16 0.22 0.15 0.16 0.16 0.20 0.19 0.27 0.29 0.25 0.15 0.22 0.12 0.07 0.09 0.07
N1 0.26 0.27 0.26 0.27 0.26 0.26 0.26 0.26 0.25 0.27 0.27 0.30 0.27 0.29 0.26 0.26 0.18 0.10 0.15 0.14
N2 0.15 0.17 0.16 0.19 0.16 0.16 0.17 0.17 0.15 0.16 0.16 0.20 0.20 0.22 0.17 0.16 0.13 0.10 0.13 0.12
N3 0.16 0.16 0.17 0.18 0.13 0.17 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14 0.20 0.23 0.23 0.13 0.17 0.11 0.07 0.09 0.07
N7 0.26 0.26 0.26 0.25 0.21 0.25 0.20 0.20 0.21 0.24 0.24 0.31 0.31 0.28 0.20 0.26 0.14 0.07 0.10 0.09
N9 0.17 0.17 0.19 0.18 0.12 0.17 0.12 0.13 0.12 0.15 0.14 0.21 0.25 0.22 0.12 0.18 0.10 0.08 0.10 0.07
O2' 0.16 0.19 0.18 0.20 0.27 0.14 0.28 0.15 0.24 0.19 0.23 0.16 0.12 0.22 0.30 0.14 0.17 0.22 0.29 0.24
O3' 0.12 0.16 0.15 0.17 0.28 0.12 0.28 0.12 0.23 0.16 0.21 0.12 0.12 0.20 0.32 0.13 0.16 0.20 0.32 0.23
O4' 0.14 0.13 0.16 0.14 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.18 0.24 0.19 0.10 0.15 0.07 0.10 0.15 0.08
O5' 0.20 0.16 0.19 0.15 0.11 0.19 0.13 0.16 0.13 0.15 0.12 0.22 0.30 0.18 0.12 0.22 0.11 0.12 0.18 0.12
O6 0.35 0.37 0.33 0.34 0.34 0.34 0.33 0.32 0.33 0.35 0.36 0.39 0.33 0.34 0.34 0.35 0.22 0.12 0.17 0.17
OP1 0.21 0.17 0.20 0.16 0.09 0.20 0.11 0.16 0.12 0.16 0.11 0.24 0.32 0.20 0.11 0.23 0.10 0.13 0.20 0.12
OP2 0.38 0.35 0.38 0.33 0.24 0.36 0.23 0.29 0.26 0.33 0.30 0.42 0.48 0.34 0.22 0.38 0.23 0.15 0.18 0.16
P 0.28 0.25 0.28 0.23 0.16 0.27 0.16 0.21 0.18 0.23 0.20 0.31 0.38 0.26 0.15 0.29 0.16 0.13 0.17 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.06 0.09 0.08 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.11 0.10 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.12 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.00 0.03 0.08 0.09 0.09 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.04 0.09 0.09 0.08 0.08
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.08 0.08 0.03 0.06 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01 0.04 0.09 0.09 0.06 0.07
N1 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.08 0.05 0.05
N3 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.01 0.03 0.07 0.09 0.09 0.07
O2 0.07 0.01 0.09 0.08 0.03 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.09 0.09 0.03 0.07 0.08 0.12 0.10 0.08
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.09 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.08 0.05 0.08 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.15 0.13 0.12
O4 0.03 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.11 0.00 0.03 0.09 0.09 0.11 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.11 0.11 0.07 0.09
O5' 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.06 0.07 0.08 0.05 0.15 0.09 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.09 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.12 0.07 0.15 0.09 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.03 0.08 0.10 0.10 0.09 0.03 0.08 0.02 0.06 0.05 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.06 0.09 0.08 0.02 0.08 0.02 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.12 0.09 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00