ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48568

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4' A 0, 0.028, 0.058, 0.089, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.058 std_dev=0.030
C2' A 0, -0.002, 0.031, 0.063, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.031 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.037, 0.070, 0.103, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.070 std_dev=0.033
O2' A 0, 0.035, 0.083, 0.130, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.083 std_dev=0.048
C5' A 0, 0.040, 0.108, 0.175, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.108 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.064, 0.131, 0.199, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.131 std_dev=0.068
O5' A 0, 0.090, 0.187, 0.284, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.187 std_dev=0.097
P A 0, 0.085, 0.185, 0.285, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.185 std_dev=0.100
OP2 A 0, 0.133, 0.273, 0.413, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.273 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.072, 0.213, 0.354, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.213 std_dev=0.141
OP2 B 0, 0.140, 0.323, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.323 std_dev=0.182
P B 0, 0.068, 0.275, 0.482, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.275 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.068, 0.291, 0.514, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.291 std_dev=0.223
O5' B 0, 0.094, 0.324, 0.554, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.324 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.200, 0.499, 0.798, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.499 std_dev=0.299
O4 B 0, 0.217, 0.558, 0.900, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.558 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.201, 0.568, 0.935, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.568 std_dev=0.367
C5' B 0, 0.176, 0.554, 0.931, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.554 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.131, 0.579, 1.028, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.579 std_dev=0.448
C2 B 0, 0.173, 0.634, 1.096, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.634 std_dev=0.462
N1 B 0, 0.265, 0.748, 1.232, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.748 std_dev=0.484
C4' B 0, 0.248, 0.744, 1.239, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.744 std_dev=0.496
C6 B 0, 0.204, 0.736, 1.268, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.736 std_dev=0.532
C3' B 0, 0.221, 0.759, 1.298, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.759 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.269, 0.872, 1.476, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.872 std_dev=0.603
O2 B 0, 0.073, 0.695, 1.318, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.695 std_dev=0.623
O3' B 0, 0.167, 0.822, 1.478, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.822 std_dev=0.655
C1' B 0, 0.278, 0.954, 1.630, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.954 std_dev=0.676
C2' B 0, 0.249, 0.977, 1.706, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.977 std_dev=0.728
O2' B 0, 0.241, 1.269, 2.297, 2.952 max_d=2.952 avg_d=1.269 std_dev=1.028

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.05 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.04 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.05 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.09 0.04 0.04
N2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.11 0.05 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.05
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.06 0.06
OP1 0.07 0.08 0.05 0.02 0.08 0.04 0.10 0.04 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.06 0.01 0.08 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.10 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.43 0.41 0.34 0.32 0.34 0.19 0.20 0.22 0.32 0.43 0.53 0.60 0.45 0.35 0.36 0.22 0.10 0.08 0.08
C2 0.40 0.31 0.32 0.28 0.24 0.39 0.25 0.43 0.31 0.34 0.27 0.34 0.34 0.20 0.21 0.45 0.25 0.13 0.12 0.13
C2' 0.36 0.46 0.41 0.35 0.35 0.29 0.21 0.16 0.21 0.33 0.46 0.57 0.62 0.51 0.38 0.32 0.20 0.14 0.09 0.09
C3' 0.37 0.49 0.46 0.38 0.37 0.29 0.19 0.14 0.19 0.32 0.50 0.62 0.70 0.55 0.41 0.28 0.19 0.13 0.09 0.08
C4 0.38 0.38 0.31 0.24 0.28 0.32 0.21 0.32 0.24 0.33 0.35 0.45 0.40 0.25 0.28 0.40 0.26 0.12 0.10 0.12
C4' 0.42 0.48 0.52 0.43 0.36 0.38 0.17 0.17 0.22 0.32 0.51 0.63 0.79 0.58 0.41 0.33 0.18 0.12 0.07 0.07
C5 0.38 0.38 0.31 0.24 0.27 0.32 0.21 0.34 0.25 0.33 0.35 0.45 0.38 0.21 0.26 0.41 0.26 0.13 0.11 0.13
C5' 0.43 0.48 0.54 0.44 0.36 0.38 0.16 0.17 0.23 0.32 0.51 0.64 0.81 0.58 0.42 0.33 0.18 0.10 0.07 0.07
C6 0.40 0.35 0.31 0.27 0.25 0.37 0.23 0.39 0.28 0.34 0.30 0.41 0.35 0.19 0.23 0.44 0.25 0.14 0.12 0.14
C8 0.38 0.43 0.35 0.27 0.30 0.30 0.19 0.25 0.22 0.33 0.41 0.53 0.50 0.32 0.32 0.36 0.25 0.11 0.09 0.11
N1 0.41 0.32 0.33 0.30 0.23 0.40 0.25 0.43 0.31 0.34 0.27 0.35 0.35 0.21 0.20 0.46 0.25 0.14 0.13 0.14
N2 0.42 0.27 0.36 0.34 0.21 0.43 0.28 0.46 0.35 0.34 0.21 0.27 0.37 0.26 0.18 0.47 0.23 0.14 0.14 0.14
N3 0.38 0.35 0.30 0.25 0.26 0.34 0.23 0.37 0.27 0.33 0.31 0.40 0.35 0.22 0.25 0.42 0.26 0.12 0.10 0.12
N7 0.38 0.41 0.32 0.24 0.29 0.30 0.20 0.29 0.23 0.33 0.38 0.50 0.43 0.25 0.29 0.38 0.25 0.13 0.10 0.12
N9 0.38 0.41 0.35 0.27 0.30 0.30 0.20 0.25 0.22 0.32 0.40 0.51 0.50 0.34 0.32 0.37 0.25 0.11 0.09 0.10
O2' 0.37 0.47 0.48 0.42 0.37 0.35 0.22 0.13 0.20 0.32 0.48 0.58 0.71 0.60 0.40 0.30 0.19 0.14 0.11 0.10
O3' 0.36 0.51 0.51 0.44 0.38 0.30 0.19 0.13 0.19 0.32 0.52 0.65 0.78 0.64 0.42 0.24 0.16 0.16 0.09 0.09
O4' 0.43 0.45 0.48 0.39 0.33 0.38 0.17 0.19 0.23 0.32 0.46 0.57 0.71 0.50 0.38 0.37 0.21 0.10 0.07 0.08
O5' 0.44 0.48 0.59 0.49 0.36 0.41 0.14 0.19 0.24 0.30 0.53 0.66 0.90 0.65 0.44 0.31 0.14 0.11 0.05 0.04
O6 0.41 0.35 0.33 0.28 0.24 0.38 0.23 0.41 0.29 0.35 0.30 0.41 0.36 0.20 0.22 0.45 0.25 0.15 0.13 0.14
OP1 0.46 0.54 0.56 0.44 0.43 0.40 0.15 0.18 0.25 0.32 0.61 0.72 0.87 0.57 0.55 0.35 0.21 0.06 0.13 0.10
OP2 0.49 0.56 0.61 0.49 0.43 0.44 0.15 0.22 0.27 0.33 0.63 0.75 0.93 0.62 0.54 0.36 0.17 0.06 0.11 0.06
P 0.47 0.53 0.60 0.48 0.41 0.42 0.14 0.20 0.25 0.32 0.60 0.72 0.92 0.63 0.52 0.34 0.17 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.12 0.17 0.08
C2 0.01 0.00 0.20 0.21 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.23 0.01 0.10 0.11 0.13 0.18 0.13
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.14 0.35 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.14 0.24 0.10
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.13 0.05 0.18 0.31 0.02 0.00 0.08 0.02 0.11 0.13 0.20 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.14 0.17 0.22 0.18
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.09 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.08 0.12 0.18 0.24 0.17
C5' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.18 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.15 0.10 0.06 0.05 0.20 0.01 0.01 0.11 0.01 0.03
C6 0.01 0.00 0.16 0.13 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.00 0.11 0.12 0.19 0.26 0.16
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.08 0.12 0.17 0.10
N3 0.01 0.00 0.14 0.18 0.00 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.21 0.01 0.07 0.14 0.17 0.22 0.18
O2 0.02 0.00 0.35 0.31 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.31 0.37 0.01 0.16 0.12 0.13 0.18 0.14
O2' 0.04 0.17 0.00 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06 0.10 0.04 0.13 0.31 0.00 0.09 0.05 0.07 0.07 0.10 0.22 0.05
O3' 0.02 0.23 0.03 0.00 0.08 0.02 0.10 0.05 0.15 0.04 0.21 0.37 0.09 0.00 0.10 0.03 0.20 0.11 0.16 0.08
O4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.01 0.15 0.20 0.25 0.21
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.07 0.16 0.07 0.03 0.01 0.00 0.13 0.15 0.14 0.12
O5' 0.06 0.11 0.04 0.11 0.14 0.02 0.12 0.01 0.12 0.08 0.14 0.12 0.07 0.20 0.15 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.13 0.14 0.13 0.17 0.10 0.18 0.11 0.19 0.12 0.17 0.13 0.10 0.11 0.20 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.18 0.24 0.20 0.22 0.10 0.24 0.01 0.26 0.17 0.22 0.18 0.22 0.16 0.25 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.10 0.08 0.18 0.02 0.17 0.03 0.16 0.10 0.18 0.14 0.05 0.08 0.21 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00