ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48569

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.007, 0.032, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C4 A 0, -0.002, 0.025, 0.052, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.008, 0.041, 0.074, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.041 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.010, 0.043, 0.076, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.004, 0.039, 0.075, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.039 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.012, 0.054, 0.096, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.054 std_dev=0.042
N3 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.043 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.002, 0.050, 0.099, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.050 std_dev=0.049
O6 A 0, -0.005, 0.072, 0.149, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.072 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.005, 0.170, 0.334, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.170 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.052, 0.225, 0.399, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.225 std_dev=0.174
C2' A 0, 0.002, 0.193, 0.384, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.193 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.025, 0.304, 0.582, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.304 std_dev=0.279
O2' A 0, 0.037, 0.324, 0.610, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.324 std_dev=0.286
P B 0, 0.054, 0.351, 0.647, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.351 std_dev=0.296
C5' A 0, 0.076, 0.458, 0.840, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.458 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.009, 0.412, 0.815, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.412 std_dev=0.403
OP2 B 0, -0.088, 0.425, 0.937, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.425 std_dev=0.512
O5' A 0, 0.146, 0.757, 1.368, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.757 std_dev=0.611
OP1 B 0, 0.182, 0.871, 1.559, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.871 std_dev=0.689
O5' B 0, 0.224, 0.948, 1.672, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.948 std_dev=0.724
P A 0, 0.118, 1.110, 2.103, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.110 std_dev=0.992
C5' B 0, 0.358, 1.533, 2.708, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.533 std_dev=1.175
OP1 A 0, 0.143, 1.487, 2.831, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.487 std_dev=1.344
C4' B 0, 0.456, 1.875, 3.294, 3.946 max_d=3.946 avg_d=1.875 std_dev=1.419
O4' B 0, 0.479, 1.963, 3.448, 4.072 max_d=4.072 avg_d=1.963 std_dev=1.484
C3' B 0, 0.343, 1.830, 3.318, 4.321 max_d=4.321 avg_d=1.830 std_dev=1.488
C6 B 0, 0.314, 1.853, 3.393, 4.436 max_d=4.436 avg_d=1.853 std_dev=1.539
O3' B 0, 0.406, 2.009, 3.612, 4.670 max_d=4.670 avg_d=2.009 std_dev=1.603
C5 B 0, 0.431, 2.062, 3.693, 4.642 max_d=4.642 avg_d=2.062 std_dev=1.631
N1 B 0, 0.413, 2.152, 3.892, 4.876 max_d=4.876 avg_d=2.152 std_dev=1.739
C1' B 0, 0.505, 2.246, 3.987, 4.808 max_d=4.808 avg_d=2.246 std_dev=1.741
C2' B 0, 0.412, 2.204, 3.996, 5.054 max_d=5.054 avg_d=2.204 std_dev=1.792
OP2 A 0, -0.354, 1.449, 3.252, 5.329 max_d=5.329 avg_d=1.449 std_dev=1.803
C4 B 0, 0.594, 2.522, 4.450, 5.270 max_d=5.270 avg_d=2.522 std_dev=1.928
C2 B 0, 0.512, 2.539, 4.565, 5.542 max_d=5.542 avg_d=2.539 std_dev=2.026
O2' B 0, 0.620, 2.649, 4.679, 5.628 max_d=5.628 avg_d=2.649 std_dev=2.030
N3 B 0, 0.578, 2.665, 4.751, 5.654 max_d=5.654 avg_d=2.665 std_dev=2.086
O4 B 0, 0.765, 2.864, 4.964, 5.541 max_d=5.541 avg_d=2.864 std_dev=2.100
O2 B 0, 0.600, 2.851, 5.102, 6.092 max_d=6.092 avg_d=2.851 std_dev=2.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.09 0.10 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.25 0.04 0.30 0.34 0.27
C2 0.09 0.00 0.06 0.09 0.02 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.10 0.08 0.32 0.03 0.95 0.61 0.50
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.21 0.13 0.07
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.10 0.16 0.10 0.11 0.08 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.12 0.30 0.11
C4 0.05 0.02 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.09 0.04 0.36 0.04 0.84 0.70 0.53
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.10 0.17 0.28 0.08
C5 0.03 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.13 0.05 0.41 0.03 1.04 0.99 0.67
C5' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.00 0.17 0.16 0.15 0.11 0.09 0.17 0.10 0.04 0.04 0.02 0.02 0.19 0.32 0.25 0.03
C6 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.13 0.05 0.42 0.01 1.19 1.04 0.72
C8 0.03 0.02 0.06 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.07 0.41 0.06 0.71 0.97 0.62
N1 0.07 0.01 0.07 0.10 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.09 0.11 0.06 0.38 0.03 1.13 0.84 0.62
N2 0.09 0.01 0.07 0.11 0.02 0.07 0.01 0.11 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.13 0.08 0.30 0.06 0.93 0.49 0.45
N3 0.10 0.01 0.06 0.08 0.00 0.07 0.02 0.09 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.08 0.08 0.30 0.05 0.79 0.50 0.43
N7 0.03 0.00 0.06 0.15 0.02 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.18 0.08 0.44 0.06 0.99 1.17 0.74
N9 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.03 0.35 0.05 0.63 0.64 0.47
O2' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.09 0.09 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.08 0.07 0.12 0.45 0.19
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.04 0.13 0.18 0.11 0.13 0.08 0.18 0.08 0.06 0.00 0.02 0.35 0.14 0.28 0.85 0.46
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.27 0.09 0.09 0.44 0.26
O5' 0.25 0.32 0.08 0.07 0.36 0.03 0.41 0.02 0.42 0.41 0.38 0.30 0.30 0.44 0.35 0.08 0.35 0.27 0.00 0.46 0.05 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.05 0.10 0.04 0.10 0.03 0.19 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.14 0.09 0.46 0.00 1.33 1.22 0.82
OP1 0.30 0.95 0.21 0.12 0.84 0.17 1.04 0.32 1.19 0.71 1.13 0.93 0.79 0.99 0.63 0.12 0.28 0.09 0.05 1.33 0.00 0.06 0.05
OP2 0.34 0.61 0.13 0.30 0.70 0.28 0.99 0.25 1.04 0.97 0.84 0.49 0.50 1.17 0.64 0.45 0.85 0.44 0.02 1.22 0.06 0.00 0.02
P 0.27 0.50 0.07 0.11 0.53 0.08 0.67 0.03 0.72 0.62 0.62 0.45 0.43 0.74 0.47 0.19 0.46 0.26 0.01 0.82 0.05 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.91 0.91 0.98 1.03 0.98 1.04 0.96 1.05 0.90 0.88 0.95 0.92 1.07 1.18 1.03 0.88 0.50 0.40 0.12 0.19
C2 0.70 0.63 0.74 0.82 0.67 0.77 0.70 0.84 0.69 0.65 0.63 0.64 0.72 0.94 0.69 0.71 0.34 0.35 0.24 0.09
C2' 1.11 1.13 1.20 1.26 1.15 1.23 1.13 1.23 1.10 1.10 1.14 1.14 1.24 1.41 1.18 1.06 0.68 0.56 0.22 0.35
C3' 1.18 1.19 1.33 1.39 1.18 1.32 1.13 1.28 1.10 1.14 1.20 1.25 1.44 1.60 1.21 1.09 0.73 0.60 0.25 0.38
C4 0.83 0.77 0.89 0.97 0.79 0.94 0.80 1.01 0.79 0.77 0.77 0.79 0.92 1.12 0.81 0.82 0.46 0.39 0.14 0.19
C4' 1.02 1.07 1.17 1.20 1.12 1.16 1.03 1.11 0.95 0.99 1.12 1.12 1.33 1.40 1.19 0.94 0.58 0.51 0.12 0.26
C5 0.83 0.75 0.90 0.97 0.74 0.94 0.75 0.99 0.75 0.75 0.73 0.79 0.95 1.13 0.75 0.83 0.44 0.37 0.18 0.17
C5' 1.01 1.05 1.20 1.23 1.09 1.18 0.99 1.14 0.90 0.96 1.10 1.13 1.39 1.48 1.17 0.92 0.60 0.52 0.14 0.28
C6 0.78 0.68 0.84 0.91 0.65 0.87 0.68 0.92 0.68 0.69 0.65 0.72 0.88 1.06 0.66 0.78 0.37 0.35 0.25 0.12
C8 0.91 0.85 0.99 1.05 0.86 1.04 0.85 1.07 0.82 0.83 0.85 0.90 1.08 1.22 0.90 0.89 0.51 0.40 0.12 0.22
N1 0.71 0.62 0.76 0.84 0.62 0.79 0.65 0.84 0.65 0.64 0.60 0.65 0.77 0.97 0.64 0.72 0.32 0.33 0.29 0.07
N2 0.63 0.57 0.66 0.75 0.63 0.68 0.67 0.75 0.64 0.59 0.58 0.57 0.63 0.84 0.66 0.65 0.30 0.35 0.29 0.04
N3 0.76 0.71 0.80 0.89 0.76 0.85 0.79 0.94 0.77 0.72 0.72 0.71 0.79 1.02 0.78 0.76 0.42 0.39 0.15 0.16
N7 0.88 0.80 0.96 1.03 0.79 1.00 0.78 1.04 0.78 0.80 0.79 0.86 1.04 1.20 0.81 0.87 0.47 0.38 0.15 0.20
N9 0.89 0.85 0.97 1.04 0.88 1.03 0.88 1.08 0.85 0.84 0.86 0.88 1.04 1.20 0.92 0.88 0.51 0.41 0.10 0.22
O2' 1.11 1.18 1.16 1.20 1.22 1.19 1.17 1.14 1.13 1.14 1.21 1.17 1.20 1.29 1.25 1.04 0.66 0.60 0.22 0.35
O3' 1.36 1.41 1.54 1.57 1.36 1.43 1.29 1.33 1.26 1.33 1.41 1.49 1.66 1.78 1.39 1.22 0.84 0.66 0.36 0.46
O4' 0.90 0.93 1.00 1.04 1.04 1.04 0.98 1.03 0.88 0.87 1.00 0.96 1.15 1.21 1.13 0.85 0.48 0.39 0.15 0.17
O5' 0.97 0.99 1.14 1.26 1.05 1.20 0.99 1.24 0.94 0.94 1.04 1.02 1.25 1.51 1.12 0.93 0.71 0.61 0.19 0.40
O6 0.77 0.66 0.83 0.90 0.61 0.87 0.63 0.90 0.65 0.66 0.61 0.71 0.89 1.06 0.61 0.77 0.35 0.33 0.29 0.11
OP1 0.90 0.97 1.11 1.34 1.04 1.27 0.95 1.43 0.89 0.88 1.05 1.02 1.22 1.69 1.13 0.89 0.92 1.06 0.50 0.73
OP2 0.75 0.76 0.83 1.00 0.90 1.00 0.91 1.13 0.86 0.77 0.83 0.69 0.83 1.17 0.95 0.82 0.55 0.44 0.16 0.31
P 0.81 0.83 0.99 1.17 0.95 1.12 0.90 1.22 0.83 0.80 0.91 0.84 1.08 1.45 1.03 0.82 0.68 0.66 0.22 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.07 0.26 0.11
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.25 0.23 0.59 0.35
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.20 0.07 0.32 0.18
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.03 0.10 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.29 0.13 0.31 0.25
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.04 0.38 0.52 0.89 0.61
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.03 0.15 0.04 0.02
C5 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.14 0.03 0.06 0.41 0.57 0.89 0.65
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.10 0.02 0.13 0.00 0.12 0.07 0.08 0.09 0.07 0.05 0.11 0.02 0.01 0.09 0.09 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.12 0.03 0.06 0.35 0.41 0.68 0.51
N1 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.02 0.23 0.21 0.51 0.32
N3 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.31 0.36 0.75 0.47
O2 0.07 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.09 0.04 0.05 0.03 0.00 0.07 0.05 0.04 0.08 0.22 0.16 0.52 0.28
O2' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.06 0.08 0.11 0.18 0.19 0.06
O3' 0.03 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.14 0.05 0.12 0.06 0.04 0.05 0.06 0.00 0.10 0.02 0.31 0.18 0.29 0.25
O4 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.03 0.11 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.10 0.00 0.05 0.42 0.62 1.01 0.70
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.08 0.02 0.05 0.00 0.08 0.15 0.08 0.04
O5' 0.09 0.25 0.20 0.29 0.38 0.03 0.41 0.01 0.35 0.23 0.31 0.22 0.11 0.31 0.42 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.23 0.07 0.13 0.52 0.15 0.57 0.09 0.41 0.21 0.36 0.16 0.18 0.18 0.62 0.15 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.59 0.32 0.31 0.89 0.04 0.89 0.09 0.68 0.51 0.75 0.52 0.19 0.29 1.01 0.08 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.11 0.35 0.18 0.25 0.61 0.02 0.65 0.02 0.51 0.32 0.47 0.28 0.06 0.25 0.70 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00