Doublet Group distance statistics: 48570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O6	A	0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C8	A	0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N2	A	0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.020
O4'	A	0, 0.019, 0.202, 0.386, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.202 std_dev=0.184
C5'	A	0, 0.063, 0.276, 0.490, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.276 std_dev=0.214
C2'	A	0, 0.006, 0.231, 0.456, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.231 std_dev=0.225
P	B	0, 0.093, 0.407, 0.722, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.407 std_dev=0.315
O5'	A	0, 0.099, 0.452, 0.805, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.452 std_dev=0.353
P	A	0, 0.108, 0.496, 0.884, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.496 std_dev=0.388
C4'	A	0, 0.010, 0.427, 0.844, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.427 std_dev=0.417
OP1	B	0, 0.116, 0.545, 0.973, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.545 std_dev=0.428
O5'	B	0, 0.124, 0.553, 0.982, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.553 std_dev=0.429
O2'	A	0, -0.015, 0.479, 0.972, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.479 std_dev=0.494
C5'	B	0, 0.186, 0.958, 1.730, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.958 std_dev=0.772
OP2	A	0, 0.118, 0.897, 1.676, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.897 std_dev=0.779
N1	B	0, 0.155, 0.943, 1.732, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.943 std_dev=0.788
OP2	B	0, 0.183, 0.976, 1.769, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.976 std_dev=0.793
C3'	A	0, -0.057, 0.739, 1.534, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.739 std_dev=0.796
N3	B	0, 0.291, 1.355, 2.419, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.355 std_dev=1.064
C4	B	0, -0.221, 0.874, 1.969, 3.002 max_d=3.002 avg_d=0.874 std_dev=1.095
O4'	B	0, 0.194, 1.324, 2.455, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.324 std_dev=1.130
C4'	B	0, 0.278, 1.450, 2.622, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.450 std_dev=1.172
OP1	A	0, 0.133, 1.314, 2.496, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.314 std_dev=1.182
C6	B	0, 0.303, 1.515, 2.726, 2.855 max_d=2.855 avg_d=1.515 std_dev=1.211
C1'	B	0, 0.237, 1.563, 2.889, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.563 std_dev=1.326
C2	B	0, 0.318, 1.672, 3.025, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.672 std_dev=1.354
C3'	B	0, 0.353, 1.743, 3.134, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.743 std_dev=1.390
O4	B	0, 0.050, 1.578, 3.106, 4.219 max_d=4.219 avg_d=1.578 std_dev=1.528
C5	B	0, 0.258, 1.790, 3.321, 4.006 max_d=4.006 avg_d=1.790 std_dev=1.532
O3'	A	0, -0.156, 1.381, 2.917, 3.274 max_d=3.274 avg_d=1.381 std_dev=1.536
O3'	B	0, 0.411, 2.033, 3.655, 3.400 max_d=3.400 avg_d=2.033 std_dev=1.622
C2'	B	0, 0.409, 2.136, 3.864, 3.870 max_d=3.870 avg_d=2.136 std_dev=1.727
O2'	B	0, 0.537, 2.819, 5.101, 5.094 max_d=5.094 avg_d=2.819 std_dev=2.282
O2	B	0, 0.570, 3.010, 5.450, 5.281 max_d=5.281 avg_d=3.010 std_dev=2.440

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.35	0.00	0.25	0.01	0.47	0.26	0.27
C2	0.02	0.00	0.21	0.26	0.01	0.07	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.23	0.14	0.06	0.14	0.01	0.82	0.21	0.25
C2'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.13	0.01	0.10	0.25	0.13	0.04	0.19	0.24	0.21	0.02	0.04	0.00	0.01	0.01	0.46	0.11	0.60	0.30	0.47
C3'	0.01	0.26	0.00	0.00	0.29	0.00	0.39	0.02	0.40	0.36	0.35	0.21	0.21	0.42	0.25	0.01	0.01	0.01	0.13	0.44	0.28	0.20	0.15
C4	0.01	0.01	0.13	0.29	0.00	0.08	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.21	0.06	0.05	0.13	0.00	0.77	0.16	0.24
C4'	0.00	0.07	0.01	0.00	0.08	0.00	0.10	0.01	0.10	0.10	0.10	0.06	0.06	0.11	0.07	0.30	0.02	0.00	0.02	0.11	0.26	0.24	0.02
C5	0.01	0.01	0.10	0.39	0.00	0.10	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.24	0.10	0.05	0.06	0.00	0.87	0.21	0.22
C5'	0.09	0.05	0.25	0.02	0.05	0.01	0.06	0.00	0.06	0.04	0.06	0.06	0.06	0.05	0.05	0.05	0.23	0.01	0.01	0.07	0.37	0.36	0.01
C6	0.01	0.01	0.13	0.40	0.00	0.10	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.27	0.11	0.05	0.05	0.00	0.93	0.27	0.21
C8	0.01	0.01	0.04	0.36	0.01	0.10	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.16	0.14	0.02	0.09	0.01	0.72	0.13	0.21
N1	0.02	0.01	0.19	0.35	0.01	0.10	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.26	0.03	0.05	0.09	0.01	0.90	0.26	0.23
N2	0.02	0.00	0.24	0.21	0.01	0.06	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.21	0.23	0.06	0.15	0.02	0.80	0.21	0.25
N3	0.01	0.00	0.21	0.21	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.20	0.21	0.05	0.16	0.01	0.74	0.17	0.25
N7	0.01	0.01	0.02	0.42	0.01	0.11	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.21	0.20	0.03	0.03	0.01	0.85	0.18	0.18
N9	0.01	0.01	0.04	0.25	0.00	0.07	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.15	0.07	0.03	0.16	0.00	0.67	0.16	0.25
O2'	0.02	0.23	0.00	0.01	0.21	0.30	0.24	0.05	0.27	0.16	0.26	0.21	0.20	0.21	0.15	0.00	0.01	0.22	0.32	0.28	0.51	0.23	0.36
O3'	0.35	0.14	0.01	0.01	0.06	0.02	0.10	0.23	0.11	0.14	0.03	0.23	0.21	0.20	0.07	0.01	0.00	0.29	0.39	0.18	0.83	0.45	0.50
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.05	0.06	0.05	0.03	0.03	0.22	0.29	0.00	0.10	0.06	0.14	0.33	0.09
O5'	0.25	0.14	0.46	0.13	0.13	0.02	0.06	0.01	0.05	0.09	0.09	0.15	0.16	0.03	0.16	0.32	0.39	0.10	0.00	0.03	0.02	0.01	0.01
O6	0.01	0.01	0.11	0.44	0.00	0.11	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.28	0.18	0.06	0.03	0.00	0.98	0.32	0.20
OP1	0.47	0.82	0.60	0.28	0.77	0.26	0.87	0.37	0.93	0.72	0.90	0.80	0.74	0.85	0.67	0.51	0.83	0.14	0.02	0.98	0.00	0.02	0.01
OP2	0.26	0.21	0.30	0.20	0.16	0.24	0.21	0.36	0.27	0.13	0.26	0.21	0.17	0.18	0.16	0.23	0.45	0.33	0.01	0.32	0.02	0.00	0.00
P	0.27	0.25	0.47	0.15	0.24	0.02	0.22	0.01	0.21	0.21	0.23	0.25	0.25	0.18	0.25	0.36	0.50	0.09	0.01	0.20	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.78	0.20	0.28	0.23	0.10	0.88	0.06	0.83	0.09	0.67	1.48	0.08	0.27	0.26	0.03	0.07	0.15	0.06	0.09
C2	0.28	0.47	0.31	0.23	0.04	0.30	0.64	0.25	0.75	0.18	0.49	0.94	0.57	0.31	0.16	0.29	0.10	0.19	0.14	0.09
C2'	0.25	0.96	0.39	0.46	0.36	0.27	0.81	0.25	0.75	0.27	0.89	1.66	0.20	0.45	0.41	0.16	0.29	0.44	0.28	0.25
C3'	0.04	0.71	0.12	0.15	0.21	0.02	1.01	0.05	0.95	0.10	0.60	1.45	0.13	0.16	0.18	0.11	0.08	0.05	0.24	0.16
C4	0.14	0.59	0.13	0.13	0.12	0.15	0.74	0.13	0.79	0.12	0.56	1.15	0.35	0.17	0.16	0.18	0.05	0.12	0.10	0.09
C4'	0.10	0.81	0.24	0.28	0.24	0.11	0.95	0.07	0.87	0.06	0.69	1.56	0.18	0.29	0.28	0.06	0.06	0.08	0.11	0.13
C5	0.23	0.50	0.25	0.20	0.08	0.24	0.68	0.19	0.76	0.16	0.52	1.01	0.50	0.27	0.16	0.24	0.09	0.11	0.11	0.10
C5'	0.05	0.75	0.20	0.25	0.24	0.07	0.98	0.04	0.90	0.06	0.64	1.50	0.15	0.27	0.26	0.09	0.04	0.05	0.12	0.14
C6	0.33	0.40	0.41	0.31	0.04	0.36	0.59	0.27	0.72	0.22	0.45	0.81	0.70	0.41	0.19	0.33	0.13	0.15	0.13	0.09
C8	0.10	0.62	0.09	0.15	0.16	0.10	0.79	0.08	0.80	0.11	0.59	1.23	0.26	0.17	0.19	0.14	0.04	0.08	0.08	0.10
N1	0.36	0.37	0.44	0.34	0.03	0.39	0.57	0.31	0.71	0.23	0.44	0.77	0.74	0.44	0.20	0.36	0.14	0.18	0.14	0.09
N2	0.32	0.42	0.37	0.29	0.02	0.37	0.61	0.31	0.74	0.21	0.46	0.86	0.64	0.38	0.17	0.34	0.13	0.25	0.16	0.08
N3	0.15	0.58	0.13	0.10	0.10	0.16	0.73	0.14	0.79	0.12	0.56	1.15	0.35	0.15	0.15	0.19	0.04	0.16	0.12	0.10
N7	0.19	0.54	0.20	0.17	0.11	0.19	0.72	0.15	0.77	0.14	0.54	1.07	0.44	0.24	0.16	0.21	0.07	0.09	0.10	0.10
N9	0.05	0.67	0.06	0.16	0.18	0.06	0.81	0.05	0.81	0.09	0.61	1.29	0.18	0.16	0.20	0.10	0.03	0.11	0.08	0.09
O2'	0.06	0.83	0.30	0.37	0.27	0.11	0.98	0.05	0.90	0.07	0.72	1.59	0.19	0.43	0.31	0.10	0.13	0.32	0.18	0.09
O3'	0.60	0.53	0.56	0.57	0.61	0.62	1.42	0.64	1.39	0.61	0.42	1.20	0.70	0.67	0.54	0.65	0.68	0.58	0.79	0.73
O4'	0.08	0.75	0.19	0.25	0.25	0.10	0.94	0.07	0.86	0.05	0.63	1.48	0.16	0.24	0.29	0.09	0.05	0.07	0.10	0.15
O5'	0.20	0.57	0.09	0.08	0.28	0.16	1.06	0.19	1.02	0.22	0.47	1.28	0.27	0.10	0.23	0.28	0.17	0.07	0.24	0.25
O6	0.40	0.33	0.50	0.39	0.05	0.42	0.53	0.31	0.68	0.25	0.42	0.69	0.83	0.50	0.23	0.37	0.15	0.15	0.13	0.09
OP1	0.73	0.57	0.57	0.43	0.53	0.67	1.30	0.68	1.33	0.67	0.47	1.16	0.81	0.39	0.40	0.84	0.56	0.39	0.47	0.58
OP2	0.24	0.55	0.19	0.16	0.25	0.25	0.95	0.24	0.96	0.24	0.53	1.18	0.36	0.17	0.22	0.28	0.17	0.17	0.14	0.15
P	0.28	0.51	0.13	0.02	0.30	0.23	1.09	0.26	1.07	0.29	0.43	1.19	0.34	0.02	0.23	0.37	0.21	0.12	0.24	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.02	0.02	0.03	0.00	0.11	0.10	0.15	0.13
C2	0.03	0.00	0.19	0.32	0.02	0.32	0.02	0.48	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.31	0.03	0.24	0.70	0.73	0.87	0.77
C2'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.07	0.06	0.22	0.02	0.26	0.04	0.11	0.40	0.01	0.03	0.07	0.02	0.08	0.11	0.19	0.10
C3'	0.04	0.32	0.00	0.00	0.27	0.00	0.59	0.02	0.63	0.18	0.19	0.78	0.03	0.01	0.27	0.02	0.03	0.13	0.09	0.05
C4	0.02	0.02	0.07	0.27	0.00	0.09	0.00	0.10	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.34	0.01	0.05	0.17	0.28	0.35	0.32
C4'	0.02	0.32	0.06	0.00	0.09	0.00	0.39	0.00	0.45	0.06	0.21	0.65	0.14	0.03	0.06	0.00	0.02	0.06	0.04	0.02
C5	0.02	0.02	0.22	0.59	0.00	0.39	0.00	0.55	0.00	0.02	0.01	0.03	0.12	0.65	0.01	0.16	0.73	0.81	0.99	0.86
C5'	0.01	0.48	0.02	0.02	0.10	0.00	0.55	0.00	0.62	0.06	0.36	0.95	0.15	0.06	0.07	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02
C6	0.01	0.01	0.26	0.63	0.01	0.45	0.00	0.62	0.00	0.01	0.01	0.02	0.14	0.64	0.01	0.24	0.77	0.79	0.92	0.85
N1	0.01	0.01	0.04	0.18	0.02	0.06	0.02	0.06	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.17	0.03	0.02	0.11	0.14	0.20	0.20
N3	0.02	0.01	0.11	0.19	0.01	0.21	0.01	0.36	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.20	0.03	0.19	0.54	0.61	0.75	0.66
O2	0.06	0.01	0.40	0.78	0.02	0.65	0.03	0.95	0.02	0.03	0.01	0.00	0.24	0.76	0.04	0.38	1.33	1.38	1.61	1.41
O2'	0.02	0.10	0.01	0.03	0.03	0.14	0.12	0.15	0.14	0.02	0.06	0.24	0.00	0.15	0.02	0.10	0.05	0.16	0.06	0.06
O3'	0.02	0.31	0.03	0.01	0.34	0.03	0.65	0.06	0.64	0.17	0.20	0.76	0.15	0.00	0.37	0.02	0.15	0.23	0.09	0.14
O4	0.03	0.03	0.07	0.27	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.03	0.03	0.04	0.02	0.37	0.00	0.08	0.15	0.29	0.36	0.34
O4'	0.00	0.24	0.02	0.02	0.05	0.00	0.16	0.01	0.24	0.02	0.19	0.38	0.10	0.02	0.08	0.00	0.09	0.09	0.08	0.08
O5'	0.11	0.70	0.08	0.03	0.17	0.02	0.73	0.01	0.77	0.11	0.54	1.33	0.05	0.15	0.15	0.09	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.10	0.73	0.11	0.13	0.28	0.06	0.81	0.04	0.79	0.14	0.61	1.38	0.16	0.23	0.29	0.09	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.15	0.87	0.19	0.09	0.35	0.04	0.99	0.02	0.92	0.20	0.75	1.61	0.06	0.09	0.36	0.08	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.77	0.10	0.05	0.32	0.02	0.86	0.02	0.85	0.20	0.66	1.41	0.06	0.14	0.34	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00