ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48571

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O2' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O5' A 0, 0.000, 0.237, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O3' A 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
P A 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP2 A 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
OP1 A 0, 0.000, 0.391, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.391 std_dev=0.391
OP2 B 0, 0.000, 0.476, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.000, 0.503, 1.005, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.503 std_dev=0.503
P B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C4' B 0, 0.000, 0.541, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O5' B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.554
O4' B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
OP1 B 0, 0.000, 0.603, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
C1' B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O3' B 0, 0.000, 0.691, 1.383, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.691 std_dev=0.691
N1 B 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710
C2' B 0, 0.000, 0.723, 1.446, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.723 std_dev=0.723
C6 B 0, 0.000, 0.726, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.726 std_dev=0.726
O2' B 0, 0.000, 0.738, 1.476, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.738 std_dev=0.738
O2 B 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
C2 B 0, 0.000, 0.746, 1.492, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.746 std_dev=0.746
C5 B 0, 0.000, 0.777, 1.555, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.777 std_dev=0.777
N3 B 0, 0.000, 0.795, 1.590, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.795 std_dev=0.795
C4 B 0, 0.000, 0.814, 1.627, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.814 std_dev=0.814
O4 B 0, 0.000, 0.872, 1.744, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.872 std_dev=0.872

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.08 0.10
C2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.09 0.02 0.14 0.01 0.15 0.18 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.14 0.01 0.15 0.17 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.15 0.01 0.18 0.20 0.19
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.15 0.00 0.18 0.22 0.19
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.17 0.17 0.18
N1 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.02 0.15 0.01 0.17 0.20 0.18
N2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.17 0.15
N3 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.13 0.01 0.14 0.16 0.15
N7 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.15 0.01 0.19 0.21 0.20
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.01 0.14 0.14 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.10 0.13 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.00 0.00
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.07 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.03 0.10 0.06 0.09
O5' 0.10 0.14 0.05 0.00 0.14 0.01 0.15 0.00 0.15 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.14 0.00 0.08 0.10 0.00 0.15 0.00 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.15 0.00 0.19 0.23 0.20
OP1 0.09 0.15 0.05 0.02 0.15 0.03 0.18 0.05 0.18 0.17 0.17 0.14 0.14 0.19 0.14 0.02 0.07 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.18 0.04 0.02 0.17 0.03 0.20 0.03 0.22 0.17 0.20 0.17 0.16 0.21 0.14 0.00 0.09 0.06 0.03 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.06 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.19 0.18 0.18 0.15 0.15 0.20 0.15 0.00 0.07 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.26 0.28 0.16 0.24 0.14 0.23 0.17 0.20 0.19 0.23 0.25 0.31 0.13 0.20 0.21 0.16 0.08 0.14
C2 0.15 0.14 0.18 0.19 0.04 0.18 0.01 0.16 0.05 0.12 0.10 0.19 0.17 0.21 0.01 0.15 0.07 0.07 0.06 0.03
C2' 0.20 0.20 0.25 0.27 0.15 0.22 0.14 0.22 0.16 0.19 0.18 0.22 0.23 0.30 0.12 0.19 0.20 0.20 0.08 0.15
C3' 0.20 0.19 0.25 0.27 0.14 0.22 0.13 0.22 0.16 0.19 0.17 0.21 0.24 0.31 0.11 0.19 0.20 0.20 0.07 0.14
C4 0.16 0.16 0.20 0.22 0.08 0.19 0.06 0.19 0.09 0.14 0.13 0.20 0.18 0.24 0.05 0.16 0.14 0.06 0.02 0.06
C4' 0.23 0.22 0.28 0.30 0.17 0.25 0.16 0.24 0.19 0.21 0.20 0.24 0.27 0.34 0.14 0.21 0.23 0.19 0.08 0.16
C5 0.11 0.12 0.15 0.17 0.04 0.15 0.02 0.15 0.05 0.10 0.09 0.16 0.13 0.19 0.01 0.12 0.09 0.02 0.01 0.03
C5' 0.21 0.19 0.27 0.29 0.14 0.24 0.14 0.22 0.16 0.19 0.17 0.21 0.26 0.34 0.12 0.19 0.21 0.18 0.07 0.14
C6 0.07 0.08 0.10 0.13 0.02 0.12 0.04 0.11 0.01 0.05 0.04 0.13 0.09 0.15 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.03
C8 0.15 0.15 0.19 0.22 0.09 0.19 0.08 0.19 0.10 0.14 0.13 0.19 0.16 0.24 0.06 0.15 0.15 0.10 0.05 0.09
N1 0.09 0.09 0.12 0.14 0.02 0.13 0.05 0.11 0.01 0.06 0.05 0.15 0.11 0.15 0.05 0.09 0.02 0.09 0.08 0.06
N2 0.17 0.16 0.20 0.20 0.04 0.20 0.01 0.17 0.05 0.13 0.11 0.21 0.20 0.22 0.00 0.17 0.05 0.17 0.12 0.09
N3 0.18 0.18 0.22 0.24 0.09 0.21 0.07 0.20 0.11 0.16 0.14 0.21 0.21 0.26 0.06 0.18 0.14 0.03 0.00 0.05
N7 0.11 0.12 0.15 0.18 0.05 0.16 0.03 0.16 0.06 0.10 0.09 0.16 0.12 0.20 0.02 0.12 0.11 0.06 0.02 0.05
N9 0.18 0.18 0.22 0.24 0.12 0.21 0.10 0.21 0.13 0.17 0.15 0.21 0.20 0.27 0.09 0.18 0.17 0.11 0.05 0.11
O2' 0.18 0.17 0.24 0.26 0.12 0.20 0.12 0.19 0.14 0.17 0.15 0.19 0.23 0.30 0.10 0.16 0.18 0.17 0.03 0.11
O3' 0.18 0.17 0.24 0.26 0.12 0.20 0.12 0.19 0.14 0.17 0.15 0.19 0.22 0.30 0.09 0.16 0.18 0.20 0.05 0.13
O4' 0.23 0.22 0.28 0.30 0.17 0.26 0.16 0.24 0.18 0.21 0.20 0.24 0.27 0.34 0.14 0.22 0.23 0.17 0.08 0.15
O5' 0.09 0.08 0.14 0.18 0.05 0.12 0.04 0.12 0.06 0.08 0.07 0.10 0.12 0.21 0.02 0.07 0.11 0.10 0.01 0.06
O6 0.03 0.04 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.01 0.00 0.10 0.04 0.11 0.09 0.04 0.00 0.06 0.07 0.05
OP1 0.10 0.10 0.17 0.20 0.06 0.14 0.06 0.13 0.08 0.09 0.08 0.11 0.14 0.25 0.04 0.08 0.13 0.14 0.03 0.08
OP2 0.00 0.00 0.06 0.11 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.15 0.06 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01
P 0.06 0.05 0.12 0.16 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.05 0.04 0.07 0.09 0.20 0.01 0.04 0.09 0.09 0.01 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.09 0.01
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00
C5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.03
O2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.05
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.03
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08
O4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01
O5' 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.04 0.07 0.01 0.08 0.10 0.11 0.12 0.09 0.09 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00