ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48572

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O4' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
P B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C5' A 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O5' A 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
OP2 A 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
P A 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
O5' B 0, 0.000, 0.590, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.590 std_dev=0.590
C5' B 0, 0.000, 0.651, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.651 std_dev=0.651
C6 B 0, 0.000, 0.664, 1.327, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.664 std_dev=0.664
OP1 A 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C4' B 0, 0.000, 0.680, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.000, 0.701, 1.403, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.701 std_dev=0.701
O4' B 0, 0.000, 0.703, 1.405, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.703 std_dev=0.703
C3' B 0, 0.000, 0.711, 1.421, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.711 std_dev=0.711
C5 B 0, 0.000, 0.714, 1.427, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.714 std_dev=0.714
C1' B 0, 0.000, 0.792, 1.585, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.792 std_dev=0.792
C2' B 0, 0.000, 0.823, 1.647, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.823 std_dev=0.823
N1 B 0, 0.000, 0.843, 1.686, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.843 std_dev=0.843
O2' B 0, 0.000, 0.898, 1.796, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.898 std_dev=0.898
C4 B 0, 0.000, 0.974, 1.947, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.974 std_dev=0.974
O4 B 0, 0.000, 0.982, 1.965, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.982 std_dev=0.982
C2 B 0, 0.000, 1.128, 2.256, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.128 std_dev=1.128
N3 B 0, 0.000, 1.181, 2.363, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.181 std_dev=1.181
O2 B 0, 0.000, 1.340, 2.681, 2.681 max_d=2.681 avg_d=1.340 std_dev=1.340

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.04
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.04 0.05
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.05 0.06
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.05 0.06
N2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.09 0.03 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.04
N7 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03
O3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.07 0.07
OP1 0.00 0.09 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.03 0.10 0.03 0.10 0.09 0.07 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.07 0.07 0.05 0.10 0.16 0.11 0.18 0.12 0.10 0.08 0.05 0.11 0.01 0.11 0.19 0.06 0.05 0.26 0.12
C2 0.08 0.13 0.15 0.15 0.09 0.03 0.07 0.03 0.08 0.10 0.11 0.15 0.13 0.18 0.06 0.00 0.05 0.25 0.24 0.06
C2' 0.16 0.12 0.10 0.08 0.12 0.19 0.12 0.23 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.04 0.13 0.21 0.11 0.06 0.28 0.13
C3' 0.20 0.16 0.14 0.12 0.15 0.24 0.13 0.26 0.14 0.17 0.16 0.17 0.18 0.09 0.14 0.25 0.13 0.10 0.28 0.13
C4 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.18 0.26 0.09
C4' 0.22 0.17 0.16 0.13 0.16 0.24 0.16 0.24 0.18 0.19 0.16 0.16 0.21 0.09 0.17 0.27 0.11 0.07 0.25 0.12
C5 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.20 0.25 0.08
C5' 0.24 0.18 0.18 0.14 0.16 0.26 0.16 0.25 0.17 0.19 0.17 0.18 0.23 0.11 0.16 0.28 0.11 0.07 0.27 0.12
C6 0.04 0.09 0.10 0.09 0.08 0.03 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.11 0.07 0.11 0.07 0.04 0.00 0.23 0.23 0.06
C8 0.10 0.04 0.05 0.04 0.05 0.15 0.06 0.18 0.07 0.07 0.04 0.03 0.09 0.03 0.06 0.16 0.07 0.12 0.26 0.09
N1 0.08 0.14 0.15 0.14 0.11 0.02 0.10 0.05 0.10 0.11 0.13 0.15 0.12 0.16 0.09 0.00 0.03 0.25 0.22 0.05
N2 0.13 0.18 0.21 0.21 0.13 0.09 0.11 0.03 0.12 0.15 0.16 0.20 0.18 0.23 0.09 0.06 0.10 0.26 0.20 0.04
N3 0.02 0.07 0.09 0.10 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07 0.14 0.00 0.05 0.02 0.21 0.27 0.09
N7 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.13 0.06 0.16 0.25 0.08
N9 0.09 0.03 0.03 0.02 0.05 0.13 0.06 0.16 0.07 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.15 0.06 0.12 0.26 0.10
O2' 0.20 0.17 0.14 0.11 0.20 0.22 0.20 0.26 0.19 0.19 0.18 0.15 0.15 0.05 0.21 0.25 0.15 0.10 0.20 0.09
O3' 0.21 0.20 0.17 0.14 0.17 0.25 0.14 0.27 0.14 0.18 0.19 0.21 0.21 0.11 0.16 0.26 0.13 0.21 0.28 0.15
O4' 0.17 0.10 0.11 0.08 0.12 0.19 0.14 0.19 0.14 0.13 0.10 0.08 0.15 0.04 0.13 0.22 0.07 0.01 0.25 0.12
O5' 0.18 0.13 0.12 0.09 0.11 0.22 0.10 0.24 0.11 0.14 0.12 0.14 0.17 0.06 0.10 0.24 0.10 0.05 0.30 0.13
O6 0.05 0.11 0.11 0.09 0.11 0.02 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.08 0.11 0.10 0.03 0.00 0.23 0.22 0.05
OP1 0.19 0.15 0.13 0.10 0.10 0.23 0.07 0.24 0.09 0.14 0.13 0.17 0.19 0.07 0.08 0.25 0.09 0.11 0.33 0.16
OP2 0.19 0.13 0.13 0.12 0.09 0.24 0.08 0.26 0.10 0.14 0.12 0.15 0.19 0.10 0.09 0.25 0.13 0.02 0.28 0.10
P 0.19 0.13 0.12 0.10 0.10 0.22 0.09 0.24 0.10 0.14 0.12 0.14 0.18 0.07 0.09 0.24 0.10 0.05 0.30 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.07
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.15 0.10
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.04 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.22 0.10 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.15 0.28 0.22
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.06 0.10 0.16 0.28 0.24
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.07 0.07 0.09 0.20 0.19
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.05 0.03 0.07 0.22 0.15
O2 0.03 0.00 0.17 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.17 0.00 0.14 0.04 0.06 0.10 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.05 0.15 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.21 0.06 0.04
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.12 0.17 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.33 0.19 0.16
O4 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.10 0.19 0.32 0.25
O4' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.05 0.00 0.17 0.22 0.15 0.11 0.16 0.05 0.09 0.01 0.07 0.06 0.21 0.33 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.04 0.10 0.28 0.02 0.28 0.02 0.20 0.14 0.22 0.10 0.06 0.19 0.32 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.03 0.08 0.22 0.01 0.24 0.01 0.19 0.12 0.15 0.04 0.04 0.16 0.25 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00