ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48574

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N2 A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.000, 0.087, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.000, 0.146, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.146 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C4 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O4 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O5' A 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
P B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
O2 B 0, 0.000, 0.308, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.308 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
P A 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
OP1 A 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O4' B 0, 0.000, 0.372, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
O5' B 0, 0.000, 0.407, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
OP2 A 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
O3' B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
O2' B 0, 0.000, 0.571, 1.141, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.571 std_dev=0.571

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.06
C2 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.08 0.00 0.18 0.07 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.17 0.07 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.18 0.09 0.13
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.18 0.10 0.13
C8 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.00 0.17 0.09 0.12
N1 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.18 0.08 0.12
N2 0.07 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.06 0.06 0.10 0.02 0.19 0.08 0.14
N3 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.17 0.06 0.12
N7 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.04 0.00 0.17 0.10 0.12
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.16 0.07 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.11 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.05
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04 0.15 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.02 0.07
O5' 0.05 0.08 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.07 0.05 0.11 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.18 0.11 0.13
OP1 0.09 0.18 0.05 0.02 0.17 0.02 0.18 0.06 0.18 0.17 0.18 0.19 0.17 0.17 0.16 0.01 0.04 0.07 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.01 0.10 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.07 0.14 0.15 0.02 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.01 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.05 0.08 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.05 0.12 0.13 0.03 0.13 0.05 0.11 0.08 0.08 0.03 0.05 0.14 0.17 0.01 0.06 0.14 0.05 0.05 0.07
C2 0.16 0.10 0.15 0.11 0.07 0.17 0.10 0.09 0.13 0.13 0.07 0.11 0.21 0.11 0.06 0.17 0.27 0.15 0.14 0.19
C2' 0.07 0.05 0.09 0.11 0.04 0.11 0.06 0.10 0.08 0.07 0.04 0.05 0.12 0.15 0.03 0.05 0.12 0.06 0.06 0.07
C3' 0.03 0.00 0.08 0.10 0.02 0.09 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.16 0.04 0.01 0.10 0.06 0.01 0.04
C4 0.18 0.11 0.20 0.19 0.07 0.22 0.11 0.17 0.15 0.15 0.08 0.12 0.25 0.23 0.05 0.18 0.28 0.16 0.15 0.19
C4' 0.00 0.04 0.06 0.09 0.07 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.15 0.09 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00
C5 0.21 0.13 0.24 0.22 0.08 0.24 0.11 0.17 0.17 0.18 0.09 0.14 0.30 0.27 0.05 0.20 0.29 0.17 0.15 0.20
C5' 0.01 0.06 0.06 0.10 0.12 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.10 0.05 0.10 0.18 0.15 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01
C6 0.21 0.13 0.23 0.19 0.08 0.22 0.11 0.14 0.16 0.17 0.09 0.15 0.31 0.22 0.05 0.21 0.28 0.16 0.14 0.20
C8 0.19 0.12 0.23 0.23 0.06 0.23 0.10 0.18 0.15 0.16 0.07 0.13 0.28 0.29 0.03 0.17 0.25 0.14 0.13 0.17
N1 0.19 0.12 0.19 0.14 0.08 0.19 0.11 0.11 0.15 0.15 0.08 0.13 0.26 0.15 0.06 0.19 0.27 0.15 0.14 0.19
N2 0.11 0.06 0.09 0.03 0.05 0.09 0.07 0.01 0.09 0.09 0.05 0.08 0.14 0.01 0.04 0.12 0.21 0.09 0.09 0.15
N3 0.16 0.09 0.15 0.13 0.07 0.19 0.10 0.14 0.14 0.13 0.07 0.10 0.20 0.14 0.06 0.16 0.28 0.16 0.15 0.20
N7 0.23 0.14 0.27 0.26 0.08 0.26 0.12 0.19 0.18 0.19 0.10 0.16 0.33 0.32 0.05 0.21 0.29 0.17 0.15 0.20
N9 0.16 0.09 0.18 0.19 0.05 0.20 0.08 0.16 0.13 0.13 0.06 0.10 0.23 0.24 0.02 0.14 0.23 0.13 0.12 0.15
O2' 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.08 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
O3' 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.14 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01
O4' 0.04 0.01 0.08 0.11 0.05 0.09 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.12 0.17 0.07 0.01 0.09 0.04 0.00 0.03
O5' 0.12 0.18 0.07 0.02 0.21 0.03 0.17 0.00 0.13 0.14 0.21 0.18 0.04 0.04 0.24 0.12 0.00 0.02 0.05 0.02
O6 0.23 0.14 0.25 0.20 0.08 0.23 0.11 0.14 0.17 0.18 0.09 0.16 0.33 0.23 0.05 0.22 0.29 0.17 0.15 0.20
OP1 0.05 0.09 0.02 0.00 0.11 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05 0.12 0.10 0.00 0.04 0.13 0.07 0.00 0.04 0.05 0.04
OP2 0.03 0.08 0.01 0.03 0.10 0.04 0.04 0.08 0.01 0.03 0.11 0.10 0.00 0.07 0.12 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06
P 0.07 0.12 0.03 0.00 0.14 0.00 0.10 0.01 0.07 0.08 0.14 0.13 0.01 0.05 0.16 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
O2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03
O5' 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00