ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48576

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2' A 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
O2' A 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C4' A 0, 0.000, 0.482, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.482 std_dev=0.482
P B 0, 0.000, 0.487, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C3' A 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
OP2 B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549
O5' A 0, 0.000, 0.734, 1.468, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.734 std_dev=0.734
C5' B 0, 0.000, 0.762, 1.524, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.762 std_dev=0.762
C5' A 0, 0.000, 0.773, 1.547, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.773 std_dev=0.773
OP1 B 0, 0.000, 0.817, 1.635, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.817 std_dev=0.817
P A 0, 0.000, 0.817, 1.635, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.817 std_dev=0.817
OP1 A 0, 0.000, 0.829, 1.657, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.829 std_dev=0.829
O3' A 0, 0.000, 0.841, 1.683, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.841 std_dev=0.841
OP2 A 0, 0.000, 0.868, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.868 std_dev=0.868
C6 B 0, 0.000, 1.072, 2.144, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.072 std_dev=1.072
C4' B 0, 0.000, 1.079, 2.158, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.079 std_dev=1.079
O4' B 0, 0.000, 1.113, 2.227, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.113 std_dev=1.113
C5 B 0, 0.000, 1.153, 2.307, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.153 std_dev=1.153
C2' B 0, 0.000, 1.206, 2.411, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.206 std_dev=1.206
C1' B 0, 0.000, 1.219, 2.438, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.219 std_dev=1.219
N1 B 0, 0.000, 1.228, 2.456, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.228 std_dev=1.228
C3' B 0, 0.000, 1.249, 2.499, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.249 std_dev=1.249
C4 B 0, 0.000, 1.422, 2.844, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.422 std_dev=1.422
O2' B 0, 0.000, 1.438, 2.876, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.438 std_dev=1.438
C2 B 0, 0.000, 1.446, 2.891, 2.891 max_d=2.891 avg_d=1.446 std_dev=1.446
N3 B 0, 0.000, 1.530, 3.060, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.530 std_dev=1.530
O2 B 0, 0.000, 1.567, 3.133, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.567 std_dev=1.567
O4 B 0, 0.000, 1.686, 3.373, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.686 std_dev=1.686
O3' B 0, 0.000, 1.983, 3.967, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.983 std_dev=1.983

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.12 0.07
C2 0.05 0.00 0.23 0.25 0.01 0.11 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.35 0.01 0.17 0.01 0.14 0.29 0.22
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.13 0.00 0.08 0.00 0.12 0.05 0.19 0.28 0.22 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.15 0.02 0.02
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.14 0.00 0.09 0.01 0.14 0.06 0.21 0.30 0.23 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.18 0.04 0.08
C4 0.02 0.01 0.13 0.14 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.19 0.01 0.12 0.01 0.08 0.24 0.17
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.15 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.02 0.09 0.01 0.09 0.24 0.17
C5' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.13 0.09 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.20 0.01 0.11 0.00 0.12 0.27 0.19
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.11
N1 0.04 0.00 0.19 0.21 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.20 0.30 0.00 0.15 0.00 0.14 0.29 0.22
N2 0.07 0.01 0.28 0.30 0.02 0.15 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.31 0.43 0.03 0.21 0.00 0.16 0.31 0.24
N3 0.04 0.01 0.22 0.23 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.32 0.00 0.16 0.01 0.11 0.26 0.20
N7 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.20 0.13
N9 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.03 0.18 0.13
O2' 0.00 0.25 0.01 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.14 0.03 0.20 0.31 0.22 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.12 0.21 0.02 0.07
O3' 0.04 0.35 0.05 0.01 0.19 0.01 0.14 0.02 0.20 0.05 0.30 0.43 0.32 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.09 0.17 0.34 0.16 0.20
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.13 0.10
O5' 0.05 0.17 0.00 0.03 0.12 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.15 0.21 0.16 0.03 0.07 0.02 0.09 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.01 0.09 0.00 0.12 0.26 0.18
OP1 0.03 0.14 0.15 0.18 0.08 0.08 0.09 0.01 0.12 0.02 0.14 0.16 0.11 0.06 0.03 0.21 0.34 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.29 0.02 0.04 0.24 0.00 0.24 0.02 0.27 0.16 0.29 0.31 0.26 0.20 0.18 0.02 0.16 0.13 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.22 0.02 0.08 0.17 0.02 0.17 0.01 0.19 0.11 0.22 0.24 0.20 0.13 0.13 0.07 0.20 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.12 0.09 0.16 0.16 0.04 0.10 0.06 0.07 0.08 0.15 0.12 0.07 0.39 0.23 0.03 0.06 0.09 0.01 0.00
C2 0.17 0.17 0.25 0.10 0.16 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.18 0.17 0.21 0.04 0.22 0.15 0.10 0.29 0.29 0.20
C2' 0.09 0.01 0.05 0.31 0.04 0.19 0.03 0.22 0.07 0.06 0.03 0.02 0.05 0.49 0.13 0.12 0.28 0.06 0.27 0.20
C3' 0.12 0.06 0.07 0.32 0.03 0.20 0.09 0.23 0.12 0.10 0.03 0.06 0.07 0.48 0.06 0.14 0.29 0.09 0.29 0.21
C4 0.14 0.18 0.19 0.00 0.20 0.08 0.15 0.07 0.12 0.15 0.20 0.18 0.15 0.19 0.27 0.12 0.05 0.22 0.19 0.13
C4' 0.03 0.01 0.01 0.23 0.02 0.11 0.03 0.13 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.45 0.09 0.06 0.15 0.03 0.17 0.10
C5 0.15 0.20 0.21 0.04 0.21 0.11 0.15 0.10 0.13 0.16 0.22 0.20 0.14 0.14 0.29 0.14 0.07 0.24 0.23 0.15
C5' 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.07 0.03 0.09 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.41 0.08 0.03 0.11 0.02 0.13 0.07
C6 0.17 0.20 0.23 0.11 0.21 0.16 0.15 0.15 0.13 0.17 0.22 0.21 0.16 0.03 0.28 0.16 0.10 0.27 0.29 0.18
C8 0.12 0.19 0.16 0.05 0.22 0.05 0.16 0.04 0.12 0.14 0.22 0.19 0.10 0.27 0.30 0.10 0.03 0.17 0.14 0.09
N1 0.18 0.19 0.26 0.14 0.18 0.18 0.13 0.17 0.12 0.16 0.19 0.19 0.19 0.02 0.24 0.17 0.11 0.29 0.31 0.20
N2 0.18 0.15 0.29 0.15 0.13 0.19 0.09 0.19 0.11 0.15 0.14 0.16 0.24 0.04 0.17 0.16 0.11 0.31 0.33 0.22
N3 0.14 0.16 0.22 0.02 0.17 0.09 0.13 0.08 0.12 0.14 0.18 0.16 0.18 0.16 0.23 0.12 0.06 0.25 0.20 0.15
N7 0.14 0.20 0.18 0.01 0.23 0.09 0.17 0.08 0.13 0.16 0.24 0.21 0.12 0.19 0.31 0.13 0.06 0.21 0.20 0.13
N9 0.11 0.17 0.15 0.07 0.20 0.03 0.14 0.02 0.11 0.13 0.20 0.17 0.11 0.29 0.28 0.09 0.01 0.17 0.11 0.08
O2' 0.17 0.09 0.14 0.42 0.02 0.29 0.09 0.32 0.14 0.13 0.04 0.09 0.12 0.59 0.06 0.20 0.38 0.16 0.42 0.31
O3' 0.26 0.22 0.22 0.47 0.18 0.34 0.24 0.38 0.28 0.25 0.18 0.21 0.20 0.60 0.09 0.29 0.47 0.25 0.49 0.38
O4' 0.08 0.12 0.12 0.12 0.14 0.01 0.09 0.01 0.07 0.09 0.14 0.12 0.10 0.37 0.20 0.05 0.00 0.09 0.01 0.04
O5' 0.04 0.00 0.02 0.21 0.03 0.10 0.03 0.12 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.41 0.11 0.06 0.16 0.02 0.14 0.10
O6 0.18 0.21 0.24 0.14 0.21 0.17 0.15 0.16 0.13 0.17 0.23 0.22 0.15 0.01 0.29 0.17 0.11 0.27 0.30 0.19
OP1 0.06 0.12 0.10 0.14 0.16 0.03 0.10 0.06 0.06 0.08 0.16 0.12 0.10 0.34 0.26 0.03 0.10 0.08 0.09 0.03
OP2 0.09 0.03 0.04 0.26 0.01 0.16 0.06 0.18 0.10 0.08 0.01 0.03 0.08 0.45 0.11 0.12 0.22 0.04 0.16 0.14
P 0.05 0.01 0.00 0.23 0.05 0.12 0.01 0.14 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.44 0.14 0.07 0.17 0.01 0.15 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.22 0.03 0.00 0.07 0.10 0.10 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.27 0.01 0.02 0.18 0.09 0.01 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.08 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.05 0.10 0.02 0.14 0.11 0.19 0.11
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.04 0.15 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.16 0.01 0.00 0.17 0.02 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.00 0.01 0.27 0.04 0.11 0.11
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.09 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.01 0.05 0.29 0.03 0.15 0.13
C5' 0.01 0.03 0.08 0.04 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.05 0.04 0.00 0.03 0.12 0.07 0.03 0.00 0.03 0.16 0.00
C6 0.02 0.01 0.00 0.15 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.01 0.06 0.25 0.07 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.02 0.01 0.18 0.09 0.01 0.04
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.21 0.01 0.02 0.23 0.07 0.05 0.07
O2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.01 0.04 0.14 0.10 0.05 0.02
O2' 0.03 0.04 0.00 0.01 0.07 0.04 0.11 0.03 0.13 0.09 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.16 0.14 0.19 0.13
O3' 0.22 0.27 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.17 0.21 0.40 0.05 0.00 0.05 0.16 0.07 0.30 0.08 0.26
O4 0.03 0.01 0.10 0.16 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.28 0.02 0.11 0.12
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.14 0.09 0.10 0.01
O5' 0.07 0.18 0.14 0.00 0.27 0.02 0.29 0.00 0.25 0.18 0.23 0.14 0.16 0.07 0.28 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.10 0.09 0.11 0.17 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.09 0.07 0.10 0.14 0.30 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.01 0.19 0.02 0.11 0.14 0.15 0.16 0.09 0.01 0.05 0.05 0.19 0.08 0.11 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.11 0.12 0.11 0.01 0.13 0.00 0.09 0.04 0.07 0.02 0.13 0.26 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00