ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48582

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 10, 3, 13, 7, 7, 4, 6, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.031 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.045 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.079, 0.173, 0.426, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.173 std_dev=0.253
C2' A 0, -0.084, 0.186, 0.457, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.186 std_dev=0.271
P B 0, 0.158, 0.447, 0.735, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.447 std_dev=0.289
O5' A 0, 0.014, 0.303, 0.593, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.303 std_dev=0.289
OP2 B 0, 0.140, 0.448, 0.756, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.448 std_dev=0.308
OP1 B 0, 0.188, 0.543, 0.898, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.543 std_dev=0.355
O3' B 0, 0.051, 0.486, 0.922, 2.345 max_d=2.345 avg_d=0.486 std_dev=0.435
C5' A 0, -0.098, 0.349, 0.796, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.349 std_dev=0.447
C4' A 0, -0.167, 0.287, 0.741, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.287 std_dev=0.454
P A 0, 0.005, 0.471, 0.938, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.471 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.109, 0.590, 1.071, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.590 std_dev=0.481
O2' A 0, -0.171, 0.331, 0.833, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.331 std_dev=0.502
O2' B 0, 0.072, 0.606, 1.139, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.606 std_dev=0.533
C3' A 0, -0.246, 0.329, 0.905, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.329 std_dev=0.575
C3' B 0, 0.005, 0.581, 1.157, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.581 std_dev=0.576
OP1 A 0, -0.086, 0.586, 1.258, 2.647 max_d=2.647 avg_d=0.586 std_dev=0.672
C2' B 0, -0.048, 0.698, 1.445, 3.415 max_d=3.415 avg_d=0.698 std_dev=0.747
OP2 A 0, -0.086, 0.666, 1.418, 3.117 max_d=3.117 avg_d=0.666 std_dev=0.752
C5' B 0, -0.082, 0.843, 1.767, 4.115 max_d=4.115 avg_d=0.843 std_dev=0.925
C4' B 0, -0.128, 0.820, 1.769, 4.587 max_d=4.587 avg_d=0.820 std_dev=0.949
O3' A 0, -0.502, 0.524, 1.549, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.524 std_dev=1.026
C1' B 0, -0.244, 0.947, 2.139, 5.626 max_d=5.626 avg_d=0.947 std_dev=1.192
O4' B 0, -0.246, 0.994, 2.235, 5.894 max_d=5.894 avg_d=0.994 std_dev=1.241
N9 B 0, -0.367, 1.146, 2.659, 6.810 max_d=6.810 avg_d=1.146 std_dev=1.513
C8 B 0, -0.369, 1.275, 2.919, 6.761 max_d=6.761 avg_d=1.275 std_dev=1.644
C4 B 0, -0.602, 1.380, 3.361, 8.686 max_d=8.686 avg_d=1.380 std_dev=1.982
N7 B 0, -0.562, 1.477, 3.515, 8.517 max_d=8.517 avg_d=1.477 std_dev=2.038
C5 B 0, -0.728, 1.529, 3.786, 9.817 max_d=9.817 avg_d=1.529 std_dev=2.257
N3 B 0, -0.712, 1.559, 3.830, 9.373 max_d=9.373 avg_d=1.559 std_dev=2.271
C6 B 0, -1.008, 1.821, 4.650, 12.124 max_d=12.124 avg_d=1.821 std_dev=2.829
C2 B 0, -0.971, 1.872, 4.714, 11.409 max_d=11.409 avg_d=1.872 std_dev=2.843
N1 B 0, -1.102, 1.977, 5.056, 12.775 max_d=12.775 avg_d=1.977 std_dev=3.079
O6 B 0, -1.171, 2.007, 5.185, 13.578 max_d=13.578 avg_d=2.007 std_dev=3.178
N2 B 0, -1.177, 2.144, 5.464, 12.364 max_d=12.364 avg_d=2.144 std_dev=3.320

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.26 0.01 0.00 0.12 0.19 0.17 0.12
C2 0.01 0.00 0.12 0.18 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.13 0.01 0.06 0.06 0.08 0.13 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.16 0.09 0.01 0.10 0.21 0.00 0.02 0.05 0.01 0.37 0.51 0.58 0.46
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.30 0.00 0.29 0.02 0.24 0.18 0.25 0.12 0.02 0.01 0.32 0.02 0.04 0.27 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.00 0.02 0.13 0.22 0.33 0.24
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.02 0.24 0.01 0.09 0.00 0.01 0.12 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.29 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.16 0.00 0.03 0.15 0.24 0.35 0.26
C5' 0.06 0.04 0.16 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.08 0.18 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.24 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.10 0.01 0.05 0.10 0.14 0.21 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.18 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.08 0.01 0.01 0.05 0.08 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.10 0.25 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.04 0.01 0.05 0.09 0.13 0.22 0.16
O2 0.02 0.00 0.21 0.12 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.27 0.01 0.08 0.06 0.12 0.12 0.09
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.27 0.24 0.28 0.08 0.24 0.17 0.22 0.12 0.00 0.04 0.28 0.15 0.27 0.45 0.68 0.42
O3' 0.26 0.13 0.02 0.01 0.10 0.01 0.16 0.18 0.10 0.08 0.04 0.27 0.04 0.00 0.14 0.18 0.19 0.17 0.13 0.15
O4 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.00 0.03 0.16 0.28 0.41 0.28
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.15 0.18 0.03 0.00 0.05 0.07 0.11 0.12
O5' 0.12 0.06 0.37 0.04 0.13 0.01 0.15 0.01 0.10 0.05 0.09 0.06 0.27 0.19 0.16 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 0.08 0.51 0.27 0.22 0.12 0.24 0.04 0.14 0.08 0.13 0.12 0.45 0.17 0.28 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.13 0.58 0.15 0.33 0.04 0.35 0.01 0.21 0.11 0.22 0.12 0.68 0.13 0.41 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.46 0.13 0.24 0.03 0.26 0.01 0.17 0.09 0.16 0.09 0.42 0.15 0.28 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.63 1.88 0.48 0.25 1.37 0.25 1.44 0.19 1.71 0.93 1.90 2.06 1.60 1.18 0.97 0.23 0.18 0.48 0.20 1.73 0.16 0.24 0.11
C2 0.77 2.30 0.48 0.29 1.68 0.30 1.88 0.21 2.26 1.25 2.43 2.51 1.90 1.60 1.21 0.24 0.23 0.61 0.26 2.35 0.13 0.20 0.13
C2' 0.36 1.55 0.27 0.23 1.06 0.27 1.21 0.31 1.51 0.76 1.66 1.73 1.23 1.01 0.70 0.18 0.26 0.26 0.22 1.59 0.13 0.38 0.27
C3' 0.28 1.16 0.28 0.12 0.86 0.11 0.99 0.17 1.19 0.64 1.26 1.24 0.94 0.85 0.59 0.13 0.06 0.20 0.26 1.27 0.46 0.16 0.19
C4 0.68 1.97 0.36 0.27 1.50 0.27 1.76 0.18 2.04 1.31 2.09 2.20 1.65 1.65 1.12 0.24 0.25 0.57 0.28 2.17 0.13 0.18 0.15
C4' 0.28 0.96 0.29 0.17 0.71 0.17 0.76 0.19 0.90 0.50 0.99 1.04 0.82 0.64 0.50 0.13 0.14 0.23 0.18 0.93 0.32 0.17 0.08
C5 0.58 1.66 0.31 0.24 1.28 0.23 1.46 0.17 1.64 1.15 1.71 1.87 1.42 1.39 0.97 0.23 0.25 0.48 0.26 1.70 0.13 0.21 0.14
C5' 0.11 0.42 0.11 0.07 0.31 0.08 0.37 0.12 0.45 0.26 0.47 0.45 0.33 0.34 0.21 0.23 0.07 0.07 0.14 0.48 0.32 0.22 0.10
C6 0.57 1.65 0.36 0.25 1.28 0.23 1.39 0.18 1.57 1.03 1.68 1.82 1.44 1.25 0.95 0.19 0.23 0.46 0.23 1.60 0.14 0.23 0.12
N1 0.68 1.98 0.45 0.27 1.48 0.27 1.61 0.19 1.88 1.09 2.04 2.16 1.69 1.37 1.07 0.21 0.22 0.53 0.23 1.91 0.14 0.22 0.12
N3 0.77 2.26 0.43 0.29 1.68 0.30 1.94 0.20 2.32 1.34 2.43 2.48 1.87 1.72 1.22 0.24 0.24 0.63 0.28 2.47 0.13 0.18 0.14
O2 0.82 2.47 0.53 0.30 1.76 0.32 1.95 0.22 2.40 1.26 2.64 2.73 2.01 1.63 1.25 0.26 0.22 0.64 0.26 2.52 0.14 0.19 0.12
O2' 0.47 1.88 0.39 0.16 1.26 0.23 1.38 0.32 1.73 0.79 1.96 2.13 1.51 1.08 0.83 0.26 0.16 0.29 0.24 1.81 0.23 0.54 0.37
O3' 0.29 1.07 0.30 0.20 0.79 0.21 0.90 0.24 1.10 0.58 1.17 1.16 0.87 0.78 0.55 0.14 0.22 0.25 0.31 1.18 0.56 0.17 0.23
O4 0.67 1.94 0.33 0.26 1.46 0.27 1.75 0.18 2.04 1.36 2.07 2.20 1.61 1.71 1.11 0.27 0.26 0.58 0.29 2.23 0.16 0.17 0.16
O4' 0.59 1.45 0.51 0.35 1.10 0.36 1.10 0.30 1.26 0.74 1.41 1.58 1.30 0.90 0.81 0.24 0.31 0.50 0.22 1.24 0.25 0.20 0.08
O5' 0.10 0.50 0.11 0.06 0.38 0.07 0.49 0.10 0.57 0.37 0.57 0.53 0.40 0.47 0.27 0.22 0.02 0.07 0.20 0.62 0.45 0.16 0.15
OP1 0.22 0.29 0.05 0.01 0.17 0.07 0.17 0.24 0.21 0.12 0.25 0.38 0.28 0.18 0.11 0.12 0.02 0.15 0.35 0.24 0.87 0.31 0.47
OP2 0.06 0.42 0.06 0.04 0.36 0.13 0.50 0.24 0.57 0.43 0.51 0.44 0.34 0.54 0.27 0.06 0.02 0.11 0.57 0.65 1.00 0.50 0.69
P 0.11 0.19 0.04 0.01 0.18 0.07 0.29 0.18 0.33 0.25 0.28 0.17 0.12 0.33 0.13 0.11 0.00 0.08 0.33 0.39 0.73 0.26 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.27 0.02 0.23 0.28 0.25
C2 0.02 0.00 0.32 0.35 0.00 0.31 0.01 0.67 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.15 0.42 0.01 0.34 0.75 0.49
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.15 0.02 0.05 0.13 0.11 0.19 0.23 0.39 0.32 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.40 0.08 0.32 0.44 0.43
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.22 0.00 0.21 0.02 0.25 0.21 0.31 0.42 0.33 0.21 0.13 0.02 0.01 0.01 0.12 0.25 0.15 0.21 0.11
C4 0.02 0.00 0.15 0.22 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06 0.08 0.15 0.01 0.18 0.41 0.14
C4' 0.01 0.31 0.02 0.00 0.15 0.00 0.09 0.00 0.14 0.18 0.24 0.40 0.30 0.13 0.05 0.17 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.09 0.03 0.35 0.01 0.45 0.63 0.40
C5' 0.05 0.67 0.13 0.02 0.31 0.00 0.15 0.00 0.29 0.30 0.52 0.86 0.62 0.20 0.04 0.04 0.12 0.01 0.01 0.22 0.10 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.25 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.10 0.06 0.24 0.00 0.32 0.64 0.28
C8 0.01 0.01 0.19 0.21 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.10 0.09 0.79 0.01 0.88 0.93 0.88
N1 0.02 0.00 0.23 0.31 0.01 0.24 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.08 0.11 0.24 0.01 0.14 0.66 0.28
N2 0.03 0.00 0.39 0.42 0.01 0.40 0.01 0.86 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.18 0.68 0.01 0.63 1.07 0.82
N3 0.02 0.00 0.32 0.33 0.00 0.30 0.00 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.15 0.36 0.01 0.30 0.60 0.40
N7 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.12 0.06 0.71 0.01 0.86 0.95 0.82
N9 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.39 0.01 0.41 0.47 0.40
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.13 0.17 0.20 0.04 0.21 0.21 0.16 0.11 0.09 0.24 0.13 0.00 0.04 0.13 0.35 0.24 0.26 0.50 0.44
O3' 0.18 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.12 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.12 0.08 0.04 0.00 0.13 0.15 0.12 0.42 0.13 0.18
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.11 0.18 0.15 0.06 0.01 0.13 0.13 0.00 0.20 0.04 0.14 0.23 0.14
O5' 0.27 0.42 0.40 0.12 0.15 0.01 0.35 0.01 0.24 0.79 0.24 0.68 0.36 0.71 0.39 0.35 0.15 0.20 0.00 0.34 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.12 0.04 0.34 0.00 0.48 0.76 0.41
OP1 0.23 0.34 0.32 0.15 0.18 0.11 0.45 0.10 0.32 0.88 0.14 0.63 0.30 0.86 0.41 0.26 0.42 0.14 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.75 0.44 0.21 0.41 0.15 0.63 0.19 0.64 0.93 0.66 1.07 0.60 0.95 0.47 0.50 0.13 0.23 0.02 0.76 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.49 0.43 0.11 0.14 0.04 0.40 0.01 0.28 0.88 0.28 0.82 0.40 0.82 0.40 0.44 0.18 0.14 0.00 0.41 0.01 0.00 0.00