ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48583

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 9, 7, 7, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.007, 0.053, 0.100, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.053 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.021, 0.070, 0.120, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.070 std_dev=0.049
O4 A 0, -0.002, 0.055, 0.112, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.055 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.023, 0.091, 0.159, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.091 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.036, 0.108, 0.180, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.108 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.010, 0.099, 0.188, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.099 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.026, 0.129, 0.231, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.129 std_dev=0.102
P A 0, 0.091, 0.225, 0.358, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.225 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.078, 0.222, 0.367, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.222 std_dev=0.144
OP1 B 0, 0.114, 0.266, 0.419, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.266 std_dev=0.153
P B 0, 0.086, 0.239, 0.392, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.239 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.135, 0.289, 0.444, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.289 std_dev=0.154
OP2 B 0, 0.095, 0.254, 0.413, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.254 std_dev=0.159
C5' B 0, 0.098, 0.265, 0.432, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.265 std_dev=0.167
O5' B 0, 0.090, 0.262, 0.433, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.262 std_dev=0.171
C5' A 0, -0.019, 0.157, 0.332, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.157 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.095, 0.286, 0.476, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.286 std_dev=0.191
OP2 A 0, 0.088, 0.287, 0.486, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.287 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.105, 0.311, 0.516, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.311 std_dev=0.205
C3' B 0, 0.104, 0.317, 0.530, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.317 std_dev=0.213
C8 B 0, 0.112, 0.327, 0.541, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.327 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.127, 0.345, 0.563, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.345 std_dev=0.218
N7 B 0, 0.114, 0.338, 0.562, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.338 std_dev=0.224
N9 B 0, 0.111, 0.343, 0.574, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.343 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.107, 0.342, 0.577, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.342 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.098, 0.339, 0.581, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.339 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.116, 0.361, 0.606, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.361 std_dev=0.245
O2' B 0, 0.112, 0.364, 0.615, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.364 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.118, 0.370, 0.621, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.370 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.123, 0.393, 0.664, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.393 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.131, 0.409, 0.686, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.409 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.133, 0.420, 0.706, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.420 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.141, 0.428, 0.714, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.428 std_dev=0.287
O6 B 0, 0.129, 0.416, 0.704, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.416 std_dev=0.288
N2 B 0, 0.163, 0.468, 0.774, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.468 std_dev=0.305

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.11 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.10 0.12 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.12 0.12 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.13 0.08 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.12 0.14 0.08 0.09
C5' 0.04 0.07 0.06 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.13 0.08 0.09 0.05 0.05 0.03 0.13 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.13 0.08 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.12 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.13 0.08 0.08
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.10 0.12 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.05 0.07 0.01 0.12 0.12 0.14 0.11
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.09 0.10 0.06
O4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.11 0.13 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.10 0.07 0.05
O5' 0.09 0.10 0.12 0.07 0.11 0.01 0.12 0.01 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.05 0.11 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.12 0.12 0.09 0.13 0.08 0.14 0.08 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.09 0.13 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.14 0.10 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.09 0.06 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.07 0.11 0.07 0.13 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.14 0.08 0.07 0.14 0.07 0.09 0.07
C2 0.09 0.14 0.10 0.11 0.12 0.08 0.13 0.08 0.15 0.11 0.15 0.14 0.12 0.13 0.10 0.13 0.16 0.09 0.08 0.17 0.08 0.10 0.07
C2' 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.15 0.15 0.09 0.10 0.16 0.09 0.12 0.10
C3' 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.15 0.15 0.09 0.09 0.15 0.10 0.12 0.10
C4 0.11 0.15 0.12 0.13 0.13 0.10 0.14 0.10 0.16 0.11 0.16 0.16 0.14 0.13 0.11 0.14 0.18 0.10 0.09 0.17 0.10 0.09 0.08
C4' 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.14 0.08 0.09 0.14 0.09 0.11 0.09
C5 0.09 0.13 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.08 0.13 0.10 0.13 0.13 0.11 0.11 0.10 0.13 0.16 0.09 0.07 0.14 0.09 0.08 0.06
C5' 0.15 0.17 0.15 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.15 0.16 0.18 0.17 0.18 0.17
C6 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.15 0.08 0.06 0.13 0.07 0.08 0.06
N1 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.08 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.15 0.08 0.07 0.15 0.07 0.09 0.07
N3 0.10 0.15 0.12 0.13 0.13 0.10 0.14 0.09 0.16 0.11 0.16 0.16 0.14 0.13 0.11 0.14 0.17 0.10 0.09 0.18 0.09 0.10 0.08
O2 0.09 0.14 0.10 0.12 0.12 0.09 0.14 0.08 0.16 0.11 0.16 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.16 0.09 0.08 0.18 0.08 0.10 0.08
O2' 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.15 0.17 0.14 0.18 0.18 0.14 0.14 0.19 0.12 0.16 0.14
O3' 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.15 0.15 0.09 0.09 0.16 0.09 0.12 0.10
O4 0.13 0.18 0.14 0.15 0.16 0.13 0.16 0.12 0.18 0.14 0.19 0.19 0.17 0.15 0.14 0.16 0.19 0.13 0.12 0.19 0.12 0.12 0.11
O4' 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.07 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.15 0.08 0.07 0.13 0.07 0.09 0.07
O5' 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.16 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.15 0.18 0.15 0.14 0.13 0.17 0.14 0.14 0.14
OP1 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.17 0.14 0.10 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11
OP2 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.08 0.07 0.12 0.08 0.12 0.10 0.07 0.07 0.12 0.09 0.09 0.08
P 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.16 0.12 0.09 0.08 0.13 0.10 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.08 0.06
N2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.07 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.09 0.11 0.08 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.10 0.06 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.12 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.08 0.00 0.09 0.10 0.09
OP1 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.10 0.12 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.08 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00