ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48585

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 6, 2, 6, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.028, 0.052, 0.075, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.052 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.016, 0.052, 0.087, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.052 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.069, 0.170, 0.271, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.170 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.030, 0.134, 0.237, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.134 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.023, 0.128, 0.233, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.128 std_dev=0.105
OP2 B 0, 0.277, 0.446, 0.615, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.446 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.014, 0.188, 0.361, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.188 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.016, 0.194, 0.373, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.194 std_dev=0.178
P B 0, 0.213, 0.412, 0.610, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.412 std_dev=0.199
O5' B 0, 0.272, 0.524, 0.776, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.524 std_dev=0.252
O3' A 0, 0.029, 0.293, 0.556, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.293 std_dev=0.263
O5' A 0, 0.099, 0.365, 0.630, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.365 std_dev=0.265
C5' A 0, 0.036, 0.322, 0.607, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.322 std_dev=0.285
OP1 B 0, 0.283, 0.599, 0.915, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.599 std_dev=0.316
C3' B 0, 0.187, 0.513, 0.840, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.513 std_dev=0.326
P A 0, 0.130, 0.463, 0.796, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.463 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.178, 0.537, 0.895, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.537 std_dev=0.359
C5' B 0, 0.143, 0.625, 1.107, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.625 std_dev=0.482
C4' B 0, 0.161, 0.688, 1.214, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.688 std_dev=0.527
C2' B 0, 0.111, 0.640, 1.168, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.640 std_dev=0.528
OP2 A 0, -0.047, 0.602, 1.252, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.602 std_dev=0.649
O2' B 0, 0.076, 0.737, 1.399, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.737 std_dev=0.662
OP1 A 0, 0.006, 0.817, 1.629, 3.025 max_d=3.025 avg_d=0.817 std_dev=0.812
O4' B 0, 0.030, 0.926, 1.823, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.926 std_dev=0.897
C1' B 0, -0.071, 0.945, 1.962, 3.022 max_d=3.022 avg_d=0.945 std_dev=1.017
N9 B 0, -0.398, 1.126, 2.650, 4.741 max_d=4.741 avg_d=1.126 std_dev=1.524
N3 B 0, -0.345, 1.342, 3.030, 4.998 max_d=4.998 avg_d=1.342 std_dev=1.687
C4 B 0, -0.473, 1.282, 3.037, 5.100 max_d=5.100 avg_d=1.282 std_dev=1.755
C2 B 0, -0.478, 1.686, 3.850, 6.240 max_d=6.240 avg_d=1.686 std_dev=2.164
C8 B 0, -0.792, 1.387, 3.566, 6.937 max_d=6.937 avg_d=1.387 std_dev=2.179
C5 B 0, -0.820, 1.579, 3.977, 7.304 max_d=7.304 avg_d=1.579 std_dev=2.398
N2 B 0, -0.485, 1.957, 4.399, 7.505 max_d=7.505 avg_d=1.957 std_dev=2.442
N1 B 0, -0.674, 1.929, 4.533, 7.189 max_d=7.189 avg_d=1.929 std_dev=2.604
N7 B 0, -1.055, 1.632, 4.320, 8.455 max_d=8.455 avg_d=1.632 std_dev=2.688
C6 B 0, -0.894, 1.915, 4.724, 8.355 max_d=8.355 avg_d=1.915 std_dev=2.809
O6 B 0, -1.153, 2.257, 5.667, 10.345 max_d=10.345 avg_d=2.257 std_dev=3.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.11 0.18 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.03 0.11 0.35 0.39 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.09 0.11 0.04
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.06 0.06 0.11 0.13 0.02 0.01 0.10 0.01 0.06 0.11 0.09 0.04
C4 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.04 0.16 0.56 0.60 0.18
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.00 0.02 0.16 0.14 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.04 0.15 0.53 0.59 0.17
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09 0.07 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.25 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.13 0.38 0.45 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.09 0.28 0.35 0.10
N3 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.13 0.02 0.03 0.14 0.47 0.51 0.16
O2 0.03 0.01 0.10 0.13 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.14 0.03 0.03 0.11 0.30 0.33 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.12 0.10 0.03
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.09 0.02 0.07 0.06 0.13 0.14 0.06 0.00 0.13 0.02 0.10 0.24 0.21 0.08
O4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.13 0.00 0.04 0.17 0.63 0.66 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.08 0.07 0.13 0.08
O5' 0.05 0.11 0.04 0.06 0.16 0.02 0.15 0.01 0.13 0.09 0.14 0.11 0.03 0.10 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.35 0.09 0.11 0.56 0.16 0.53 0.25 0.38 0.28 0.47 0.30 0.12 0.24 0.63 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.39 0.11 0.09 0.60 0.14 0.59 0.23 0.45 0.35 0.51 0.33 0.10 0.21 0.66 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.04 0.04 0.18 0.02 0.17 0.01 0.13 0.10 0.16 0.11 0.03 0.08 0.19 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.75 1.81 0.51 0.24 1.52 0.24 1.80 0.14 2.05 1.43 2.03 1.80 1.52 1.74 1.21 0.45 0.13 0.55 0.15 2.17 0.26 0.16 0.16
C2 0.90 1.81 0.54 0.27 1.74 0.27 2.29 0.13 2.58 1.94 2.29 1.68 1.51 2.38 1.49 0.44 0.14 0.70 0.16 2.90 0.30 0.18 0.19
C2' 0.66 1.82 0.49 0.23 1.45 0.21 1.74 0.15 2.04 1.34 2.06 1.88 1.48 1.67 1.12 0.44 0.11 0.48 0.16 2.21 0.30 0.16 0.17
C3' 0.52 1.57 0.44 0.20 1.22 0.16 1.45 0.17 1.69 1.10 1.73 1.66 1.29 1.37 0.91 0.40 0.09 0.35 0.15 1.82 0.28 0.18 0.16
C4 0.86 1.25 0.48 0.28 1.52 0.26 2.16 0.13 2.23 2.14 1.71 1.15 1.09 2.55 1.48 0.36 0.18 0.71 0.19 2.60 0.33 0.20 0.22
C4' 0.48 1.46 0.43 0.17 1.09 0.16 1.20 0.13 1.40 0.88 1.50 1.57 1.24 1.09 0.79 0.43 0.09 0.33 0.13 1.45 0.23 0.13 0.13
C5 0.77 1.06 0.45 0.27 1.34 0.24 1.87 0.14 1.86 1.94 1.42 0.99 0.95 2.23 1.35 0.32 0.17 0.64 0.17 2.10 0.30 0.17 0.19
C5' 0.31 1.07 0.34 0.13 0.77 0.11 0.83 0.13 0.98 0.60 1.07 1.19 0.92 0.74 0.53 0.37 0.08 0.20 0.13 1.01 0.22 0.13 0.11
C6 0.76 1.26 0.48 0.25 1.40 0.23 1.81 0.14 1.85 1.73 1.56 1.14 1.12 2.00 1.29 0.35 0.15 0.59 0.16 2.02 0.27 0.16 0.17
N1 0.82 1.66 0.52 0.26 1.60 0.25 2.03 0.13 2.22 1.73 2.01 1.54 1.42 2.08 1.37 0.42 0.14 0.62 0.16 2.40 0.27 0.16 0.17
N3 0.93 1.60 0.53 0.29 1.70 0.28 2.35 0.13 2.57 2.12 2.12 1.45 1.35 2.59 1.55 0.41 0.16 0.74 0.18 2.98 0.33 0.20 0.21
O2 0.92 2.02 0.55 0.27 1.80 0.28 2.33 0.13 2.72 1.89 2.52 1.94 1.64 2.35 1.49 0.47 0.14 0.71 0.16 3.08 0.30 0.18 0.19
O2' 0.64 1.93 0.46 0.20 1.43 0.20 1.68 0.15 2.03 1.22 2.14 2.09 1.55 1.55 1.06 0.42 0.11 0.46 0.15 2.19 0.28 0.16 0.17
O3' 0.43 1.60 0.40 0.17 1.15 0.13 1.34 0.20 1.63 0.94 1.73 1.76 1.28 1.22 0.80 0.39 0.09 0.27 0.16 1.77 0.28 0.20 0.16
O4 0.86 1.11 0.45 0.28 1.43 0.26 2.12 0.14 2.17 2.21 1.58 1.08 0.97 2.62 1.46 0.34 0.19 0.72 0.20 2.61 0.37 0.22 0.24
O4' 0.66 1.57 0.49 0.22 1.30 0.23 1.43 0.14 1.59 1.13 1.64 1.60 1.38 1.35 1.01 0.46 0.14 0.48 0.15 1.63 0.23 0.15 0.15
O5' 0.26 0.86 0.30 0.12 0.69 0.08 0.85 0.15 0.95 0.74 0.93 0.93 0.73 0.88 0.53 0.31 0.01 0.15 0.15 1.03 0.21 0.16 0.10
OP1 0.26 0.63 0.17 0.24 0.45 0.30 0.56 0.53 0.66 0.48 0.67 0.71 0.51 0.58 0.34 0.18 0.03 0.33 0.60 0.74 0.76 0.71 0.69
OP2 0.24 0.51 0.12 0.24 0.46 0.39 0.69 0.58 0.72 0.80 0.60 0.61 0.43 0.89 0.45 0.13 0.03 0.37 0.66 0.86 0.73 0.80 0.73
P 0.08 0.56 0.13 0.03 0.38 0.10 0.51 0.21 0.60 0.46 0.59 0.64 0.46 0.56 0.25 0.14 0.01 0.09 0.15 0.68 0.27 0.24 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.03 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.15 0.01 0.25 0.02 0.14 0.39 0.24
C2 0.06 0.00 0.24 0.30 0.01 0.37 0.01 0.85 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.34 0.25 0.43 0.03 0.50 0.40 0.51
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.16 0.11 0.13 0.19 0.30 0.24 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.09 0.11 0.09 0.04
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.17 0.01 0.26 0.02 0.25 0.41 0.23 0.41 0.29 0.40 0.20 0.02 0.01 0.02 0.08 0.30 0.17 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.14 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.19 0.13 0.26 0.01 0.23 0.54 0.28
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.14 0.00 0.09 0.01 0.11 0.31 0.25 0.50 0.37 0.26 0.08 0.21 0.02 0.00 0.01 0.13 0.16 0.05 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.26 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.06 0.61 0.02 0.57 1.08 0.68
C5' 0.10 0.85 0.16 0.02 0.39 0.01 0.19 0.00 0.33 0.42 0.63 1.09 0.80 0.33 0.09 0.06 0.15 0.01 0.01 0.26 0.16 0.10 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.11 0.01 0.33 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.27 0.10 0.47 0.01 0.51 0.94 0.54
C8 0.03 0.01 0.13 0.41 0.01 0.31 0.01 0.42 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.21 0.16 1.12 0.06 0.95 1.59 1.19
N1 0.04 0.01 0.19 0.23 0.01 0.25 0.01 0.63 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.31 0.19 0.23 0.03 0.34 0.42 0.29
N2 0.07 0.01 0.30 0.41 0.01 0.50 0.01 1.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.42 0.31 0.77 0.05 0.84 0.86 0.92
N3 0.06 0.01 0.24 0.29 0.00 0.37 0.01 0.80 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.30 0.25 0.38 0.02 0.45 0.33 0.44
N7 0.03 0.01 0.09 0.40 0.01 0.26 0.01 0.33 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.24 0.11 1.08 0.06 1.01 1.71 1.22
N9 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.02 0.54 0.03 0.39 0.82 0.54
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.14 0.21 0.19 0.06 0.21 0.21 0.22 0.28 0.20 0.22 0.12 0.00 0.05 0.14 0.08 0.23 0.13 0.08 0.08
O3' 0.15 0.34 0.03 0.01 0.19 0.02 0.22 0.15 0.27 0.21 0.31 0.42 0.30 0.24 0.07 0.05 0.00 0.12 0.12 0.30 0.26 0.16 0.15
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.01 0.10 0.16 0.19 0.31 0.25 0.11 0.02 0.14 0.12 0.00 0.28 0.10 0.18 0.37 0.26
O5' 0.25 0.43 0.04 0.08 0.26 0.01 0.61 0.01 0.47 1.12 0.23 0.77 0.38 1.08 0.54 0.08 0.12 0.28 0.00 0.65 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.03 0.09 0.30 0.01 0.13 0.02 0.26 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.23 0.30 0.10 0.65 0.00 0.74 1.25 0.78
OP1 0.14 0.50 0.11 0.17 0.23 0.16 0.57 0.16 0.51 0.95 0.34 0.84 0.45 1.01 0.39 0.13 0.26 0.18 0.02 0.74 0.00 0.03 0.02
OP2 0.39 0.40 0.09 0.11 0.54 0.05 1.08 0.10 0.94 1.59 0.42 0.86 0.33 1.71 0.82 0.08 0.16 0.37 0.03 1.25 0.03 0.00 0.01
P 0.24 0.51 0.04 0.09 0.28 0.06 0.68 0.03 0.54 1.19 0.29 0.92 0.44 1.22 0.54 0.08 0.15 0.26 0.01 0.78 0.02 0.01 0.00