ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48587

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.033, 0.085, 0.136, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.085 std_dev=0.052
O5' B 0, 0.283, 0.482, 0.680, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.482 std_dev=0.199
O4' A 0, -0.081, 0.196, 0.472, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.196 std_dev=0.277
C2' A 0, -0.064, 0.233, 0.531, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.233 std_dev=0.298
P B 0, 0.311, 0.649, 0.988, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.649 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.307, 0.652, 0.997, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.652 std_dev=0.345
P A 0, 0.179, 0.530, 0.881, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.530 std_dev=0.351
O5' A 0, -0.004, 0.358, 0.721, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.358 std_dev=0.363
OP2 A 0, 0.316, 0.700, 1.084, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.700 std_dev=0.384
O3' B 0, 0.220, 0.609, 0.999, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.609 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.273, 0.685, 1.096, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.685 std_dev=0.411
C4' A 0, -0.099, 0.348, 0.796, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.348 std_dev=0.448
C5' B 0, 0.226, 0.688, 1.149, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.688 std_dev=0.461
C5' A 0, -0.038, 0.460, 0.959, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.460 std_dev=0.498
OP1 B 0, 0.376, 0.878, 1.380, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.878 std_dev=0.502
C3' A 0, -0.112, 0.393, 0.898, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.393 std_dev=0.505
C2' B 0, 0.494, 1.005, 1.515, 1.571 max_d=1.571 avg_d=1.005 std_dev=0.510
O2' A 0, -0.116, 0.402, 0.919, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.402 std_dev=0.518
OP1 A 0, 0.247, 0.791, 1.335, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.791 std_dev=0.544
C4' B 0, 0.270, 0.851, 1.432, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.851 std_dev=0.581
O2' B 0, 0.512, 1.111, 1.709, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.111 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.399, 1.210, 2.021, 2.814 max_d=2.814 avg_d=1.210 std_dev=0.811
C1' B 0, 0.507, 1.337, 2.167, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.337 std_dev=0.830
O3' A 0, -0.186, 0.657, 1.500, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.657 std_dev=0.843
N9 B 0, 0.370, 1.642, 2.914, 4.476 max_d=4.476 avg_d=1.642 std_dev=1.272
C8 B 0, 0.201, 1.535, 2.870, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.535 std_dev=1.335
C4 B 0, 0.375, 2.268, 4.161, 6.373 max_d=6.373 avg_d=2.268 std_dev=1.893
N7 B 0, 0.070, 2.015, 3.961, 6.687 max_d=6.687 avg_d=2.015 std_dev=1.946
N3 B 0, 0.532, 2.655, 4.777, 6.858 max_d=6.858 avg_d=2.655 std_dev=2.123
C5 B 0, 0.186, 2.482, 4.778, 7.712 max_d=7.712 avg_d=2.482 std_dev=2.296
C2 B 0, 0.504, 3.284, 6.064, 8.791 max_d=8.791 avg_d=3.284 std_dev=2.780
C6 B 0, 0.164, 3.176, 6.188, 9.873 max_d=9.873 avg_d=3.176 std_dev=3.012
N2 B 0, 0.646, 3.758, 6.869, 9.510 max_d=9.510 avg_d=3.758 std_dev=3.111
N1 B 0, 0.338, 3.536, 6.735, 10.233 max_d=10.233 avg_d=3.536 std_dev=3.199
O6 B 0, 0.031, 3.509, 6.987, 11.397 max_d=11.397 avg_d=3.509 std_dev=3.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.02 0.00 0.16 0.26 0.21 0.17
C2 0.01 0.00 0.13 0.22 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.09 0.01 0.08 0.10 0.12 0.09 0.06
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.17 0.14 0.03 0.10 0.24 0.00 0.03 0.05 0.01 0.36 0.59 0.60 0.49
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.30 0.00 0.28 0.01 0.23 0.18 0.27 0.17 0.02 0.01 0.32 0.01 0.05 0.35 0.19 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.20 0.00 0.03 0.11 0.15 0.20 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.02 0.23 0.04 0.10 0.00 0.01 0.16 0.05 0.05
C5 0.01 0.01 0.11 0.28 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.23 0.01 0.05 0.12 0.14 0.19 0.12
C5' 0.08 0.08 0.17 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.17 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.23 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.16 0.01 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.18 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.07 0.01 0.02 0.11 0.13 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.10 0.27 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.13 0.01 0.06 0.10 0.11 0.12 0.06
O2 0.01 0.01 0.24 0.17 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.02 0.11 0.11 0.17 0.10 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.25 0.23 0.29 0.06 0.25 0.15 0.17 0.07 0.00 0.06 0.27 0.16 0.26 0.53 0.69 0.45
O3' 0.20 0.09 0.03 0.01 0.20 0.04 0.23 0.17 0.16 0.07 0.13 0.15 0.06 0.00 0.24 0.16 0.19 0.27 0.18 0.17
O4 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.24 0.00 0.04 0.13 0.21 0.27 0.15
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.11 0.16 0.16 0.04 0.00 0.06 0.13 0.14 0.15
O5' 0.16 0.10 0.36 0.05 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.11 0.10 0.11 0.26 0.19 0.13 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.26 0.12 0.59 0.35 0.15 0.16 0.14 0.06 0.07 0.13 0.11 0.17 0.53 0.27 0.21 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.09 0.60 0.19 0.20 0.05 0.19 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10 0.69 0.18 0.27 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.06 0.49 0.17 0.11 0.05 0.12 0.01 0.07 0.08 0.06 0.08 0.45 0.17 0.15 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.97 2.39 0.80 0.43 1.87 0.45 1.99 0.24 2.32 1.32 2.49 2.47 2.08 1.68 1.36 0.78 0.27 0.78 0.27 2.37 0.26 0.16 0.13
C2 1.07 2.53 0.77 0.43 2.10 0.45 2.42 0.20 2.83 1.59 2.83 2.53 2.17 2.10 1.56 0.78 0.24 0.90 0.26 3.00 0.24 0.16 0.14
C2' 0.71 2.24 0.64 0.32 1.58 0.32 1.74 0.20 2.15 1.01 2.36 2.42 1.85 1.41 1.05 0.77 0.29 0.51 0.11 2.26 0.16 0.29 0.16
C3' 0.55 1.80 0.54 0.23 1.27 0.18 1.39 0.19 1.69 0.91 1.86 1.98 1.51 1.20 0.86 0.60 0.05 0.40 0.30 1.78 0.51 0.07 0.22
C4 0.85 1.85 0.59 0.33 1.64 0.32 1.97 0.11 2.21 1.43 2.11 1.82 1.61 1.89 1.29 0.62 0.17 0.75 0.21 2.39 0.23 0.16 0.12
C4' 0.54 1.59 0.55 0.28 1.11 0.28 1.12 0.22 1.35 0.74 1.55 1.77 1.38 0.94 0.75 0.62 0.19 0.43 0.22 1.36 0.35 0.10 0.09
C5 0.71 1.55 0.51 0.29 1.39 0.26 1.63 0.10 1.79 1.23 1.73 1.52 1.36 1.57 1.10 0.54 0.15 0.62 0.23 1.91 0.25 0.17 0.10
C5' 0.28 1.02 0.31 0.11 0.61 0.09 0.58 0.14 0.74 0.40 0.93 1.21 0.88 0.49 0.34 0.54 0.08 0.17 0.11 0.74 0.31 0.20 0.06
C6 0.78 1.72 0.60 0.35 1.51 0.32 1.70 0.15 1.88 1.23 1.87 1.71 1.53 1.56 1.18 0.59 0.19 0.66 0.26 1.96 0.27 0.16 0.11
N1 0.97 2.25 0.74 0.41 1.88 0.42 2.09 0.20 2.39 1.41 2.43 2.25 1.97 1.82 1.41 0.73 0.24 0.80 0.27 2.47 0.25 0.16 0.13
N3 1.01 2.30 0.70 0.39 1.97 0.41 2.34 0.16 2.70 1.60 2.61 2.28 1.97 2.14 1.51 0.73 0.21 0.87 0.23 2.93 0.23 0.16 0.14
O2 1.15 2.86 0.82 0.45 2.25 0.50 2.58 0.23 3.14 1.64 3.21 2.91 2.39 2.18 1.65 0.84 0.26 0.95 0.27 3.37 0.24 0.17 0.15
O2' 0.83 2.62 0.71 0.30 1.81 0.33 1.96 0.22 2.45 1.16 2.74 2.89 2.14 1.59 1.22 0.76 0.21 0.59 0.12 2.56 0.14 0.42 0.23
O3' 0.51 1.82 0.51 0.26 1.22 0.23 1.32 0.30 1.65 0.85 1.86 2.06 1.49 1.12 0.81 0.51 0.19 0.38 0.34 1.74 0.60 0.09 0.24
O4 0.80 1.73 0.55 0.30 1.54 0.29 1.87 0.10 2.10 1.38 1.99 1.69 1.49 1.84 1.22 0.59 0.15 0.71 0.18 2.32 0.22 0.17 0.13
O4' 0.89 1.93 0.80 0.51 1.53 0.53 1.54 0.37 1.74 1.09 1.91 2.03 1.76 1.32 1.16 0.74 0.40 0.76 0.32 1.74 0.32 0.13 0.15
O5' 0.25 0.92 0.30 0.12 0.60 0.05 0.64 0.15 0.78 0.46 0.89 1.06 0.79 0.59 0.35 0.47 0.02 0.13 0.17 0.82 0.40 0.15 0.09
OP1 0.27 0.72 0.11 0.03 0.35 0.10 0.26 0.35 0.39 0.24 0.59 0.93 0.64 0.26 0.14 0.18 0.02 0.16 0.38 0.38 0.73 0.13 0.38
OP2 0.06 0.50 0.07 0.05 0.39 0.20 0.57 0.46 0.63 0.60 0.57 0.57 0.40 0.70 0.32 0.09 0.02 0.15 0.60 0.74 0.88 0.25 0.57
P 0.15 0.59 0.12 0.04 0.33 0.08 0.38 0.29 0.46 0.38 0.54 0.73 0.51 0.44 0.16 0.19 0.01 0.07 0.35 0.52 0.62 0.08 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.22 0.00 0.13 0.02 0.23 0.23 0.12
C2 0.04 0.00 0.32 0.29 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.35 0.41 0.11 0.11 0.01 0.23 0.51 0.22
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.09 0.15 0.16 0.13 0.26 0.39 0.31 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.35 0.13 0.34 0.38 0.36
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.27 0.30 0.28 0.33 0.26 0.30 0.17 0.02 0.02 0.03 0.05 0.29 0.14 0.22 0.08
C4 0.02 0.01 0.17 0.21 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.19 0.06 0.16 0.01 0.25 0.50 0.20
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.15 0.05 0.12 0.08 0.14 0.06 0.25 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.16 0.05
C5 0.01 0.00 0.09 0.25 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.14 0.03 0.24 0.01 0.26 0.68 0.26
C5' 0.07 0.06 0.15 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.19 0.08 0.07 0.06 0.20 0.10 0.10 0.17 0.01 0.01 0.16 0.18 0.16 0.02
C6 0.02 0.00 0.16 0.27 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.19 0.06 0.24 0.00 0.25 0.76 0.30
C8 0.01 0.01 0.13 0.30 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.22 0.07 0.29 0.01 0.28 0.58 0.19
N1 0.03 0.00 0.26 0.28 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.31 0.09 0.17 0.01 0.24 0.66 0.27
N2 0.04 0.00 0.39 0.33 0.01 0.12 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.41 0.53 0.13 0.08 0.01 0.22 0.46 0.21
N3 0.03 0.01 0.31 0.26 0.00 0.08 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.39 0.11 0.10 0.01 0.23 0.42 0.19
N7 0.00 0.00 0.06 0.30 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.21 0.03 0.32 0.01 0.28 0.76 0.27
N9 0.00 0.02 0.02 0.17 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.08 0.01 0.17 0.01 0.25 0.41 0.15
O2' 0.03 0.35 0.00 0.02 0.23 0.25 0.26 0.10 0.30 0.24 0.33 0.41 0.31 0.27 0.16 0.00 0.03 0.18 0.25 0.31 0.24 0.41 0.30
O3' 0.22 0.41 0.02 0.02 0.19 0.02 0.14 0.17 0.19 0.22 0.31 0.53 0.39 0.21 0.08 0.03 0.00 0.15 0.18 0.19 0.35 0.15 0.17
O4' 0.00 0.11 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.13 0.11 0.03 0.01 0.18 0.15 0.00 0.05 0.05 0.18 0.33 0.19
O5' 0.13 0.11 0.35 0.05 0.16 0.01 0.24 0.01 0.24 0.29 0.17 0.08 0.10 0.32 0.17 0.25 0.18 0.05 0.00 0.28 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.29 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.05 0.28 0.00 0.26 0.87 0.34
OP1 0.23 0.23 0.34 0.14 0.25 0.15 0.26 0.18 0.25 0.28 0.24 0.22 0.23 0.28 0.25 0.24 0.35 0.18 0.02 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.51 0.38 0.22 0.50 0.16 0.68 0.16 0.76 0.58 0.66 0.46 0.42 0.76 0.41 0.41 0.15 0.33 0.03 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.36 0.08 0.20 0.05 0.26 0.02 0.30 0.19 0.27 0.21 0.19 0.27 0.15 0.30 0.17 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00