ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48591

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C4 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.009
O2 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C3' A 0, 0.028, 0.072, 0.115, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.072 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.003, 0.046, 0.095, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.046 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.022, 0.073, 0.123, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.073 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.024, 0.080, 0.136, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.080 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.020, 0.078, 0.136, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.078 std_dev=0.058
O4 A 0, -0.020, 0.047, 0.114, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.047 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.026, 0.121, 0.216, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.121 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.032, 0.144, 0.255, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.144 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.010, 0.142, 0.274, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.142 std_dev=0.132
OP1 A 0, 0.020, 0.185, 0.349, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.185 std_dev=0.164
P A 0, 0.023, 0.208, 0.393, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.208 std_dev=0.185
OP2 A 0, 0.046, 0.266, 0.486, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.266 std_dev=0.220
O3' B 0, -0.005, 0.248, 0.501, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.248 std_dev=0.253
O2' B 0, -0.008, 0.275, 0.558, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.275 std_dev=0.283
C3' B 0, 0.002, 0.294, 0.586, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.294 std_dev=0.292
C2' B 0, -0.002, 0.313, 0.627, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.313 std_dev=0.314
OP2 B 0, 0.023, 0.360, 0.696, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.360 std_dev=0.337
P B 0, 0.002, 0.398, 0.794, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.398 std_dev=0.396
C4' B 0, -0.002, 0.414, 0.830, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.414 std_dev=0.416
O5' B 0, 0.013, 0.432, 0.852, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.432 std_dev=0.420
C1' B 0, -0.021, 0.421, 0.863, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.421 std_dev=0.442
OP1 B 0, -0.019, 0.450, 0.918, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.450 std_dev=0.468
C5' B 0, -0.005, 0.467, 0.939, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.467 std_dev=0.472
O4' B 0, -0.025, 0.466, 0.956, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.466 std_dev=0.491
N9 B 0, -0.025, 0.498, 1.022, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.498 std_dev=0.524
N3 B 0, 0.021, 0.557, 1.092, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.557 std_dev=0.536
C4 B 0, -0.008, 0.556, 1.120, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.556 std_dev=0.564
C8 B 0, -0.048, 0.533, 1.113, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.533 std_dev=0.580
N2 B 0, 0.048, 0.651, 1.254, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.651 std_dev=0.603
C2 B 0, 0.023, 0.630, 1.236, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.630 std_dev=0.606
C5 B 0, -0.026, 0.619, 1.263, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.619 std_dev=0.644
N7 B 0, -0.046, 0.603, 1.252, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.603 std_dev=0.649
N1 B 0, 0.001, 0.693, 1.385, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.693 std_dev=0.692
C6 B 0, -0.023, 0.691, 1.406, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.691 std_dev=0.714
O6 B 0, -0.040, 0.750, 1.540, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.750 std_dev=0.790

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.08 0.03 0.04 0.13 0.02 0.04 0.04 0.04
C2 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.13 0.05 0.18 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.20 0.06 0.10 0.08 0.11
C2' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.12 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.04 0.09 0.03 0.05 0.14 0.03 0.06 0.05 0.05
C3' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.09 0.02 0.03 0.11 0.08 0.04 0.06 0.03
C4 0.12 0.15 0.10 0.12 0.14 0.17 0.15 0.22 0.16 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.14 0.06 0.09 0.16 0.25 0.17 0.13 0.16 0.17
C4' 0.06 0.09 0.04 0.02 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.01 0.02 0.08 0.09 0.02 0.09 0.02
C5 0.13 0.16 0.11 0.12 0.16 0.16 0.17 0.20 0.18 0.15 0.17 0.16 0.15 0.16 0.15 0.06 0.09 0.16 0.24 0.18 0.10 0.09 0.13
C5' 0.06 0.08 0.05 0.02 0.08 0.03 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.01 0.03 0.06 0.08 0.03 0.11 0.04
C6 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.13 0.11 0.16 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.06 0.07 0.12 0.20 0.12 0.06 0.03 0.08
N1 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.05 0.16 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.18 0.06 0.07 0.03 0.08
N3 0.09 0.09 0.07 0.11 0.10 0.16 0.10 0.21 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.06 0.08 0.14 0.23 0.12 0.12 0.14 0.15
O2 0.04 0.02 0.04 0.08 0.03 0.12 0.02 0.18 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.09 0.20 0.04 0.10 0.09 0.11
O2' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.14 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.04 0.09 0.03 0.05 0.15 0.02 0.07 0.05 0.07
O3' 0.06 0.11 0.04 0.04 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.07 0.11 0.11 0.10 0.09 0.07 0.09 0.02 0.03 0.10 0.11 0.03 0.06 0.01
O4 0.14 0.17 0.11 0.13 0.16 0.18 0.18 0.24 0.19 0.17 0.18 0.16 0.16 0.18 0.16 0.07 0.10 0.18 0.27 0.20 0.16 0.21 0.20
O4' 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.01 0.02 0.09 0.05 0.01 0.08 0.02
O5' 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.08 0.01 0.02 0.07 0.05 0.02 0.12 0.03
OP1 0.03 0.08 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.12 0.03
OP2 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.03 0.05 0.11 0.03
P 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.13 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.08 0.04 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.04 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.01 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.10 0.02 0.04
N2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.08 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.07 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.02 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.06 0.02
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.17 0.08
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.06 0.02
O5' 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.03 0.06
OP1 0.05 0.08 0.02 0.01 0.09 0.04 0.11 0.03 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.08 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.04 0.13 0.13 0.04 0.07 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.06 0.17 0.13 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00