ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48592

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.023
P B 0, 0.066, 0.230, 0.395, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.230 std_dev=0.165
OP1 B 0, 0.121, 0.517, 0.913, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.517 std_dev=0.396
O4' A 0, 0.008, 0.409, 0.810, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.409 std_dev=0.401
C2' A 0, 0.038, 0.482, 0.927, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.482 std_dev=0.444
C4' A 0, 0.087, 0.749, 1.410, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.749 std_dev=0.662
C3' A 0, 0.010, 0.714, 1.418, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.714 std_dev=0.704
O2' A 0, 0.040, 0.783, 1.526, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.783 std_dev=0.743
O5' A 0, 0.172, 0.930, 1.688, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.930 std_dev=0.758
OP2 B 0, -0.022, 0.804, 1.630, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.804 std_dev=0.826
C5' A 0, 0.224, 1.054, 1.885, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.054 std_dev=0.831
O5' B 0, -0.079, 0.864, 1.807, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.864 std_dev=0.943
O3' A 0, -0.169, 0.869, 1.907, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.869 std_dev=1.038
OP2 A 0, -0.058, 1.050, 2.157, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.050 std_dev=1.108
C5' B 0, -0.165, 1.010, 2.185, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.010 std_dev=1.175
C3' B 0, -0.153, 1.031, 2.214, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.031 std_dev=1.183
P A 0, -0.133, 1.058, 2.248, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.058 std_dev=1.190
O3' B 0, -0.264, 1.139, 2.542, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.139 std_dev=1.403
C4' B 0, -0.296, 1.301, 2.898, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.301 std_dev=1.597
C2' B 0, -0.188, 1.412, 3.012, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.412 std_dev=1.600
OP1 A 0, -0.325, 1.293, 2.911, 3.575 max_d=3.575 avg_d=1.293 std_dev=1.618
O2' B 0, -0.204, 1.626, 3.456, 4.183 max_d=4.183 avg_d=1.626 std_dev=1.830
O4' B 0, -0.424, 1.742, 3.909, 4.796 max_d=4.796 avg_d=1.742 std_dev=2.167
C1' B 0, -0.450, 2.029, 4.508, 5.520 max_d=5.520 avg_d=2.029 std_dev=2.479
C8 B 0, -0.489, 2.346, 5.180, 6.333 max_d=6.333 avg_d=2.346 std_dev=2.834
N9 B 0, -0.533, 2.419, 5.371, 6.575 max_d=6.575 avg_d=2.419 std_dev=2.952
N7 B 0, -0.651, 3.041, 6.733, 8.238 max_d=8.238 avg_d=3.041 std_dev=3.692
C4 B 0, -0.666, 3.314, 7.293, 8.910 max_d=8.910 avg_d=3.314 std_dev=3.980
C5 B 0, -0.806, 3.574, 7.953, 9.742 max_d=9.742 avg_d=3.574 std_dev=4.380
N3 B 0, -0.653, 3.983, 8.619, 10.484 max_d=10.484 avg_d=3.983 std_dev=4.636
C6 B 0, -1.013, 4.514, 10.041, 12.298 max_d=12.298 avg_d=4.514 std_dev=5.527
C2 B 0, -0.823, 4.851, 10.526, 12.813 max_d=12.813 avg_d=4.851 std_dev=5.674
N1 B 0, -1.011, 5.071, 11.153, 13.623 max_d=13.623 avg_d=5.071 std_dev=6.082
O6 B 0, -1.163, 4.970, 11.103, 13.611 max_d=13.611 avg_d=4.970 std_dev=6.133
N2 B 0, -0.829, 5.680, 12.189, 14.794 max_d=14.794 avg_d=5.680 std_dev=6.509

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.00 0.11 0.09 0.42 0.19
C2 0.01 0.00 0.13 0.20 0.00 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.35 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.26 0.14 0.03 0.09 0.24 0.00 0.01 0.06 0.01 0.25 0.15 0.46 0.25
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.26 0.01 0.22 0.06 0.17 0.16 0.25 0.17 0.01 0.02 0.27 0.02 0.31 0.30 0.13 0.23
C4 0.01 0.00 0.05 0.26 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.11 0.00 0.01 0.10 0.12 0.33 0.16
C4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.05 0.06 0.02 0.23 0.04 0.08 0.01 0.04 0.05 0.31 0.04
C5 0.01 0.01 0.12 0.22 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.00 0.05 0.09 0.18 0.41 0.20
C5' 0.13 0.14 0.26 0.06 0.16 0.02 0.17 0.00 0.17 0.15 0.15 0.12 0.05 0.16 0.15 0.03 0.02 0.05 0.39 0.03
C6 0.00 0.00 0.14 0.17 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.06 0.01 0.07 0.08 0.18 0.47 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.00 0.05 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.00 0.00 0.08 0.10 0.41 0.19
N3 0.01 0.00 0.09 0.25 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.05 0.01 0.04 0.09 0.07 0.32 0.15
O2 0.01 0.00 0.24 0.17 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.01 0.10 0.07 0.03 0.33 0.14
O2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.29 0.23 0.29 0.05 0.25 0.17 0.24 0.12 0.00 0.01 0.31 0.15 0.26 0.20 0.43 0.19
O3' 0.21 0.04 0.01 0.02 0.11 0.04 0.12 0.16 0.06 0.05 0.05 0.11 0.01 0.00 0.14 0.18 0.37 0.64 0.32 0.44
O4 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.14 0.00 0.01 0.12 0.12 0.28 0.15
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.04 0.10 0.15 0.18 0.01 0.00 0.13 0.08 0.39 0.17
O5' 0.11 0.08 0.25 0.31 0.10 0.04 0.09 0.02 0.08 0.08 0.09 0.07 0.26 0.37 0.12 0.13 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.09 0.06 0.15 0.30 0.12 0.05 0.18 0.05 0.18 0.10 0.07 0.03 0.20 0.64 0.12 0.08 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.42 0.35 0.46 0.13 0.33 0.31 0.41 0.39 0.47 0.41 0.32 0.33 0.43 0.32 0.28 0.39 0.05 0.03 0.00 0.00
P 0.19 0.16 0.25 0.23 0.16 0.04 0.20 0.03 0.23 0.19 0.15 0.14 0.19 0.44 0.15 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.84 2.78 0.65 0.07 2.08 0.23 2.28 0.74 2.76 1.26 2.96 2.93 2.33 1.79 1.41 0.55 0.11 0.33 0.10 2.87 0.23 0.37 0.10
C2 1.18 3.14 0.86 0.28 2.59 0.10 3.03 0.68 3.54 1.98 3.53 3.14 2.65 2.67 1.92 0.74 0.23 0.60 0.10 3.79 0.23 0.32 0.10
C2' 0.74 2.59 0.64 0.13 1.93 0.26 2.17 0.63 2.66 1.23 2.82 2.75 2.13 1.76 1.30 0.53 0.16 0.28 0.08 2.84 0.14 0.07 0.27
C3' 0.36 2.17 0.35 0.31 1.47 0.57 1.66 0.90 2.13 0.78 2.33 2.38 1.73 1.26 0.87 0.34 0.30 0.14 0.32 2.27 0.35 0.34 0.12
C4 0.95 2.13 0.69 0.32 2.01 0.17 2.49 0.67 2.74 1.99 2.51 2.00 1.83 2.54 1.64 0.59 0.26 0.45 0.09 3.00 0.20 0.22 0.09
C4' 0.45 2.09 0.42 0.18 1.42 0.34 1.49 0.67 1.88 0.65 2.14 2.32 1.74 1.05 0.85 0.40 0.11 0.09 0.14 1.93 0.23 0.29 0.15
C5 0.67 1.60 0.52 0.21 1.53 0.33 1.88 0.81 2.04 1.53 1.88 1.50 1.38 1.91 1.25 0.43 0.22 0.21 0.16 2.22 0.21 0.23 0.11
C5' 0.17 1.25 0.20 0.35 0.79 0.46 0.88 0.57 1.15 0.31 1.30 1.40 1.01 0.61 0.39 0.32 0.28 0.26 0.12 1.23 0.20 0.14 0.28
C6 0.66 1.86 0.54 0.13 1.62 0.35 1.89 0.84 2.12 1.33 2.09 1.83 1.60 1.74 1.23 0.43 0.17 0.18 0.14 2.25 0.22 0.29 0.11
N1 0.93 2.64 0.72 0.17 2.16 0.22 2.46 0.76 2.85 1.57 2.90 2.66 2.25 2.12 1.57 0.60 0.17 0.39 0.10 3.00 0.23 0.33 0.10
N3 1.17 2.85 0.84 0.34 2.49 0.09 3.02 0.65 3.45 2.16 3.29 2.77 2.42 2.86 1.93 0.73 0.26 0.61 0.10 3.77 0.22 0.27 0.10
O2 1.31 3.65 0.94 0.30 2.87 0.04 3.32 0.64 4.01 2.05 4.10 3.73 3.02 2.81 2.07 0.83 0.23 0.70 0.13 4.32 0.23 0.34 0.11
O2' 0.67 2.79 0.48 0.12 1.99 0.30 2.29 0.66 2.89 1.21 3.08 2.99 2.23 1.82 1.28 0.32 0.14 0.24 0.11 3.13 0.18 0.08 0.32
O3' 0.43 2.51 0.38 0.33 1.67 0.53 1.89 0.84 2.44 0.88 2.70 2.79 1.98 1.41 0.99 0.32 0.42 0.06 0.30 2.61 0.30 0.33 0.13
O4 0.93 1.91 0.66 0.36 1.88 0.14 2.41 0.58 2.62 2.04 2.32 1.74 1.65 2.58 1.60 0.59 0.28 0.46 0.07 2.94 0.17 0.16 0.07
O4' 0.73 2.45 0.59 0.04 1.79 0.23 1.84 0.70 2.23 0.92 2.50 2.63 2.10 1.34 1.17 0.53 0.06 0.27 0.10 2.25 0.24 0.42 0.09
O5' 0.28 1.15 0.46 0.13 0.88 0.35 0.98 0.48 1.17 0.59 1.24 1.20 0.96 0.81 0.60 0.47 0.11 0.14 0.17 1.23 0.12 0.08 0.25
OP1 0.19 0.20 0.13 0.03 0.12 0.11 0.26 0.11 0.33 0.20 0.27 0.24 0.15 0.31 0.04 0.10 0.01 0.24 0.28 0.42 0.44 0.67 0.69
OP2 0.15 0.15 0.21 0.05 0.26 0.45 0.56 0.18 0.59 0.60 0.37 0.17 0.10 0.75 0.26 0.16 0.03 0.42 0.12 0.76 0.46 0.63 0.65
P 0.09 0.35 0.22 0.02 0.30 0.26 0.47 0.10 0.55 0.38 0.47 0.33 0.25 0.51 0.21 0.19 0.04 0.25 0.21 0.65 0.35 0.47 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.00 0.16 0.01 0.20 0.68 0.10
C2 0.01 0.00 0.41 0.23 0.00 0.21 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.14 0.38 0.31 0.00 0.14 1.62 0.76
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.21 0.01 0.10 0.17 0.20 0.21 0.33 0.49 0.39 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.11 0.53 0.03
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.21 0.00 0.26 0.01 0.29 0.22 0.27 0.21 0.19 0.26 0.17 0.01 0.00 0.02 0.37 0.31 0.30 0.07 0.39
C4 0.01 0.00 0.21 0.21 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.21 0.04 0.01 0.23 1.30 0.38
C4' 0.00 0.21 0.01 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.08 0.16 0.16 0.27 0.19 0.10 0.03 0.25 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.15 0.03
C5 0.00 0.00 0.10 0.26 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.12 0.20 0.01 0.45 1.33 0.26
C5' 0.07 0.38 0.17 0.01 0.22 0.00 0.17 0.00 0.24 0.09 0.34 0.44 0.33 0.02 0.07 0.07 0.20 0.00 0.01 0.21 0.24 0.07 0.00
C6 0.01 0.00 0.20 0.29 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.20 0.06 0.00 0.33 1.53 0.44
C8 0.00 0.00 0.21 0.22 0.00 0.16 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.45 0.10 0.18 0.68 0.01 0.82 0.73 0.28
N1 0.01 0.00 0.33 0.27 0.00 0.16 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 0.32 0.18 0.00 0.12 1.67 0.67
N2 0.01 0.00 0.49 0.21 0.00 0.27 0.00 0.44 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.58 0.20 0.45 0.48 0.00 0.30 1.69 0.92
N3 0.01 0.00 0.39 0.19 0.00 0.19 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.17 0.36 0.25 0.00 0.11 1.43 0.64
N7 0.00 0.00 0.10 0.26 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.13 0.06 0.55 0.01 0.81 1.00 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.02 0.29 0.01 0.40 0.94 0.10
O2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.09 0.25 0.10 0.07 0.04 0.45 0.24 0.58 0.40 0.37 0.15 0.00 0.01 0.17 0.30 0.07 0.16 0.36 0.15
O3' 0.24 0.14 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.20 0.08 0.10 0.07 0.20 0.17 0.13 0.07 0.01 0.00 0.19 0.37 0.13 0.40 0.40 0.57
O4' 0.00 0.38 0.01 0.02 0.21 0.00 0.12 0.00 0.20 0.18 0.32 0.45 0.36 0.06 0.02 0.17 0.19 0.00 0.04 0.16 0.07 0.57 0.21
O5' 0.16 0.31 0.19 0.37 0.04 0.00 0.20 0.01 0.06 0.68 0.18 0.48 0.25 0.55 0.29 0.30 0.37 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.15 0.31 0.01 0.05 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.16 0.14 0.00 0.45 1.52 0.37
OP1 0.20 0.14 0.11 0.30 0.23 0.09 0.45 0.24 0.33 0.82 0.12 0.30 0.11 0.81 0.40 0.16 0.40 0.07 0.01 0.45 0.00 0.00 0.00
OP2 0.68 1.62 0.53 0.07 1.30 0.15 1.33 0.07 1.53 0.73 1.67 1.69 1.43 1.00 0.94 0.36 0.40 0.57 0.00 1.52 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.76 0.03 0.39 0.38 0.03 0.26 0.00 0.44 0.28 0.67 0.92 0.64 0.14 0.10 0.15 0.57 0.21 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00