Doublet Group distance statistics: 48593

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1	A	0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O4	A	0, 0.019, 0.079, 0.139, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.079 std_dev=0.060
C2'	A	0, 0.116, 0.412, 0.708, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.412 std_dev=0.296
O4'	A	0, 0.129, 0.447, 0.766, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.447 std_dev=0.318
O2'	A	0, 0.160, 0.559, 0.959, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.559 std_dev=0.399
P	B	0, 0.141, 0.551, 0.961, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.551 std_dev=0.410
OP1	B	0, 0.196, 0.692, 1.188, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.692 std_dev=0.496
C3'	A	0, 0.231, 0.793, 1.354, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.793 std_dev=0.561
C4'	A	0, 0.241, 0.826, 1.411, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.826 std_dev=0.585
OP2	B	0, 0.225, 0.853, 1.482, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.853 std_dev=0.629
O3'	A	0, 0.304, 1.039, 1.774, 1.565 max_d=1.565 avg_d=1.039 std_dev=0.735
C5'	A	0, 0.373, 1.282, 2.191, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.282 std_dev=0.909
O5'	A	0, 0.397, 1.372, 2.348, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.372 std_dev=0.975
OP2	A	0, 0.547, 1.915, 3.282, 3.106 max_d=3.106 avg_d=1.915 std_dev=1.367
P	A	0, 0.577, 1.988, 3.400, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.988 std_dev=1.412
O5'	B	0, 0.594, 2.034, 3.474, 3.136 max_d=3.136 avg_d=2.034 std_dev=1.440
OP1	A	0, 0.624, 2.135, 3.646, 3.280 max_d=3.280 avg_d=2.135 std_dev=1.511
O3'	B	0, 0.911, 3.122, 5.334, 4.839 max_d=4.839 avg_d=3.122 std_dev=2.211
C5'	B	0, 0.954, 3.260, 5.566, 4.980 max_d=4.980 avg_d=3.260 std_dev=2.306
C3'	B	0, 1.050, 3.592, 6.133, 5.511 max_d=5.511 avg_d=3.592 std_dev=2.542
C4'	B	0, 1.266, 4.328, 7.390, 6.599 max_d=6.599 avg_d=4.328 std_dev=3.062
C2'	B	0, 1.520, 5.197, 8.873, 7.932 max_d=7.932 avg_d=5.197 std_dev=3.676
O2'	B	0, 1.581, 5.413, 9.245, 8.335 max_d=8.335 avg_d=5.413 std_dev=3.832
O4'	B	0, 1.784, 6.096, 10.407, 9.256 max_d=9.256 avg_d=6.096 std_dev=4.311
C1'	B	0, 1.953, 6.674, 11.394, 10.141 max_d=10.141 avg_d=6.674 std_dev=4.720
N9	B	0, 2.271, 7.756, 13.241, 11.724 max_d=11.724 avg_d=7.756 std_dev=5.485
N3	B	0, 2.395, 8.180, 13.966, 12.410 max_d=12.410 avg_d=8.180 std_dev=5.786
C4	B	0, 2.459, 8.397, 14.335, 12.689 max_d=12.689 avg_d=8.397 std_dev=5.938
C8	B	0, 2.543, 8.682, 14.822, 13.075 max_d=13.075 avg_d=8.682 std_dev=6.139
C2	B	0, 2.669, 9.116, 15.563, 13.812 max_d=13.812 avg_d=9.116 std_dev=6.447
N2	B	0, 2.723, 9.303, 15.883, 14.141 max_d=14.141 avg_d=9.303 std_dev=6.580
C5	B	0, 2.816, 9.614, 16.412, 14.472 max_d=14.472 avg_d=9.614 std_dev=6.798
N7	B	0, 2.885, 9.849, 16.814, 14.802 max_d=14.802 avg_d=9.849 std_dev=6.964
N1	B	0, 2.987, 10.200, 17.412, 15.392 max_d=15.392 avg_d=10.200 std_dev=7.213
C6	B	0, 3.109, 10.615, 18.121, 15.975 max_d=15.975 avg_d=10.615 std_dev=7.506
O6	B	0, 3.483, 11.891, 20.299, 17.865 max_d=17.865 avg_d=11.891 std_dev=8.408

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.08	0.03
C2	0.01	0.00	0.07	0.11	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.05	0.00	0.05	0.04	0.13	0.10	0.04
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.05	0.12	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.06	0.05	0.02
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.14	0.00	0.13	0.00	0.10	0.09	0.14	0.10	0.01	0.01	0.16	0.01	0.04	0.08	0.10	0.06
C4	0.00	0.00	0.02	0.14	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.13	0.00	0.02	0.12	0.32	0.16	0.13
C4'	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.09	0.03	0.03	0.04	0.09	0.01	0.07	0.00	0.00	0.08	0.11	0.01
C5	0.01	0.00	0.04	0.13	0.00	0.09	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.13	0.00	0.03	0.15	0.35	0.19	0.14
C5'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.10	0.00	0.13	0.00	0.12	0.05	0.05	0.03	0.08	0.07	0.10	0.01	0.00	0.10	0.16	0.00
C6	0.01	0.00	0.06	0.10	0.00	0.09	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.09	0.00	0.04	0.11	0.27	0.17	0.10
N1	0.00	0.00	0.01	0.09	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.04	0.00	0.01	0.05	0.14	0.11	0.04
N3	0.01	0.00	0.05	0.14	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.09	0.00	0.04	0.08	0.22	0.13	0.08
O2	0.01	0.00	0.12	0.10	0.01	0.04	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.04	0.01	0.07	0.01	0.06	0.07	0.01
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.08	0.09	0.09	0.08	0.08	0.05	0.07	0.05	0.00	0.07	0.08	0.08	0.03	0.02	0.06	0.04
O3'	0.04	0.05	0.02	0.01	0.13	0.01	0.13	0.07	0.09	0.04	0.09	0.04	0.07	0.00	0.15	0.01	0.13	0.04	0.34	0.19
O4	0.00	0.00	0.03	0.16	0.00	0.07	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.15	0.00	0.02	0.14	0.36	0.17	0.15
O4'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.07	0.08	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.05	0.06
O5'	0.03	0.04	0.03	0.04	0.12	0.00	0.15	0.00	0.11	0.05	0.08	0.01	0.03	0.13	0.14	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.01	0.13	0.06	0.08	0.32	0.08	0.35	0.10	0.27	0.14	0.22	0.06	0.02	0.04	0.36	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.08	0.10	0.05	0.10	0.16	0.11	0.19	0.16	0.17	0.11	0.13	0.07	0.06	0.34	0.17	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.04	0.02	0.06	0.13	0.01	0.14	0.00	0.10	0.04	0.08	0.01	0.04	0.19	0.15	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.70	1.99	0.64	0.37	1.76	0.16	2.18	0.25	2.53	1.58	2.40	1.85	1.63	2.05	1.35	0.36	0.02	0.45	0.25	2.77	0.12	0.09	0.10
C2	0.59	2.37	0.47	0.25	1.80	0.04	2.22	0.17	2.77	1.38	2.83	2.36	1.83	1.92	1.25	0.28	0.06	0.35	0.35	3.04	0.13	0.13	0.13
C2'	0.42	1.50	0.47	0.23	1.35	0.05	1.78	0.13	2.09	1.31	1.93	1.35	1.17	1.74	1.02	0.19	0.09	0.18	0.25	2.37	0.09	0.12	0.10
C3'	0.26	1.04	0.37	0.12	1.02	0.13	1.42	0.04	1.62	1.11	1.41	0.86	0.80	1.46	0.80	0.09	0.19	0.04	0.30	1.86	0.08	0.07	0.06
C4	0.15	2.10	0.09	0.05	1.27	0.24	1.50	0.07	2.02	0.64	2.32	2.37	1.53	1.09	0.67	0.06	0.18	0.02	0.48	2.16	0.09	0.16	0.15
C4'	0.66	1.39	0.67	0.36	1.42	0.18	1.79	0.22	1.93	1.51	1.73	1.20	1.19	1.84	1.22	0.35	0.01	0.43	0.18	2.13	0.09	0.07	0.08
C5	0.05	1.81	0.04	0.09	1.09	0.29	1.26	0.11	1.70	0.49	1.95	2.02	1.34	0.89	0.53	0.11	0.20	0.10	0.50	1.79	0.09	0.12	0.12
C5'	0.59	1.05	0.65	0.34	1.13	0.20	1.38	0.21	1.45	1.24	1.29	0.89	0.93	1.44	1.01	0.34	0.06	0.40	0.11	1.58	0.06	0.06	0.06
C6	0.25	1.82	0.21	0.08	1.29	0.13	1.52	0.06	1.91	0.82	2.04	1.89	1.41	1.22	0.79	0.06	0.13	0.09	0.39	2.03	0.11	0.10	0.11
N1	0.53	2.11	0.45	0.24	1.65	0.04	2.01	0.16	2.44	1.28	2.47	2.06	1.66	1.75	1.15	0.23	0.06	0.31	0.33	2.63	0.12	0.10	0.11
N3	0.41	2.37	0.30	0.14	1.61	0.09	1.95	0.07	2.53	1.07	2.75	2.50	1.76	1.58	1.01	0.17	0.12	0.20	0.41	2.76	0.12	0.16	0.15
O2	0.74	2.47	0.61	0.34	1.99	0.12	2.51	0.23	3.10	1.67	3.04	2.40	1.93	2.27	1.45	0.39	0.02	0.48	0.32	3.48	0.14	0.13	0.13
O2'	0.49	1.60	0.51	0.24	1.46	0.04	1.97	0.16	2.32	1.48	2.10	1.42	1.24	1.97	1.14	0.20	0.11	0.24	0.25	2.68	0.10	0.12	0.10
O3'	0.13	0.74	0.26	0.01	0.82	0.23	1.27	0.09	1.45	1.07	1.17	0.50	0.52	1.41	0.67	0.06	0.33	0.09	0.35	1.75	0.09	0.05	0.07
O4	0.04	2.01	0.07	0.12	1.10	0.32	1.28	0.16	1.82	0.40	2.18	2.40	1.42	0.84	0.49	0.10	0.21	0.14	0.50	1.94	0.08	0.20	0.17
O4'	0.89	1.93	0.80	0.50	1.83	0.33	2.18	0.36	2.40	1.70	2.26	1.76	1.67	2.10	1.50	0.49	0.14	0.65	0.15	2.56	0.11	0.09	0.10
O5'	0.24	0.83	0.35	0.18	0.78	0.03	0.95	0.10	1.06	0.73	0.99	0.75	0.69	0.92	0.61	0.11	0.02	0.13	0.12	1.14	0.06	0.09	0.08
OP1	0.02	0.20	0.06	0.13	0.18	0.09	0.24	0.19	0.27	0.17	0.25	0.18	0.16	0.23	0.13	0.04	0.01	0.05	0.26	0.30	0.25	0.26	0.26
OP2	0.35	0.07	0.16	0.03	0.11	0.02	0.04	0.19	0.06	0.11	0.03	0.09	0.15	0.06	0.18	0.43	0.01	0.21	0.31	0.12	0.54	0.66	0.59
P	0.09	0.27	0.05	0.00	0.22	0.03	0.31	0.04	0.37	0.18	0.35	0.25	0.19	0.28	0.12	0.13	0.00	0.07	0.02	0.42	0.16	0.19	0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.19	0.00	0.03	0.01	0.22	0.33	0.03
C2	0.01	0.00	0.10	0.54	0.00	0.58	0.00	1.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.22	0.33	1.04	0.00	1.84	0.89	1.30
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.11	0.04	0.06	0.08	0.12	0.10	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.03	0.07	0.38	0.13
C3'	0.00	0.54	0.00	0.00	0.36	0.00	0.32	0.01	0.41	0.05	0.50	0.59	0.49	0.16	0.16	0.01	0.00	0.01	0.06	0.39	0.14	0.17	0.01
C4	0.01	0.00	0.06	0.36	0.00	0.31	0.00	0.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.11	0.16	0.46	0.01	0.99	0.12	0.56
C4'	0.01	0.58	0.01	0.00	0.31	0.00	0.21	0.00	0.32	0.12	0.48	0.69	0.54	0.03	0.07	0.20	0.03	0.00	0.00	0.28	0.15	0.16	0.02
C5	0.01	0.00	0.03	0.32	0.00	0.21	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.13	0.07	0.33	0.01	0.91	0.09	0.43
C5'	0.03	1.02	0.11	0.01	0.47	0.00	0.32	0.00	0.53	0.25	0.83	1.28	0.90	0.08	0.07	0.07	0.09	0.00	0.00	0.45	0.23	0.26	0.00
C6	0.01	0.00	0.04	0.41	0.00	0.32	0.00	0.53	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.31	0.20	0.14	0.56	0.00	1.28	0.21	0.73
C8	0.00	0.00	0.06	0.05	0.00	0.12	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.03	0.15	0.23	0.01	0.14	0.76	0.27
N1	0.01	0.00	0.08	0.50	0.00	0.48	0.00	0.83	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.31	0.24	0.25	0.88	0.00	1.70	0.66	1.13
N2	0.01	0.00	0.12	0.59	0.00	0.69	0.00	1.28	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.26	0.40	1.34	0.01	2.29	1.34	1.70
N3	0.01	0.00	0.10	0.49	0.00	0.54	0.00	0.90	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.15	0.33	0.87	0.00	1.49	0.65	1.04
N7	0.00	0.00	0.03	0.16	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.06	0.08	0.06	0.01	0.41	0.59	0.07
N9	0.00	0.00	0.01	0.16	0.00	0.07	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.02	0.00	0.07	0.01	0.45	0.33	0.09
O2'	0.01	0.27	0.00	0.01	0.23	0.20	0.27	0.07	0.31	0.17	0.31	0.26	0.23	0.23	0.15	0.00	0.03	0.15	0.11	0.33	0.17	0.13	0.03
O3'	0.19	0.22	0.01	0.00	0.11	0.03	0.13	0.09	0.20	0.03	0.24	0.26	0.15	0.06	0.02	0.03	0.00	0.14	0.14	0.22	0.27	0.25	0.28
O4'	0.00	0.33	0.01	0.01	0.16	0.00	0.07	0.00	0.14	0.15	0.25	0.40	0.33	0.08	0.00	0.15	0.14	0.00	0.01	0.10	0.24	0.27	0.01
O5'	0.03	1.04	0.10	0.06	0.46	0.00	0.33	0.00	0.56	0.23	0.88	1.34	0.87	0.06	0.07	0.11	0.14	0.01	0.00	0.49	0.01	0.00	0.00
O6	0.01	0.00	0.03	0.39	0.01	0.28	0.01	0.45	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.33	0.22	0.10	0.49	0.00	1.23	0.12	0.66
OP1	0.22	1.84	0.07	0.14	0.99	0.15	0.91	0.23	1.28	0.14	1.70	2.29	1.49	0.41	0.45	0.17	0.27	0.24	0.01	1.23	0.00	0.00	0.00
OP2	0.33	0.89	0.38	0.17	0.12	0.16	0.09	0.26	0.21	0.76	0.66	1.34	0.65	0.59	0.33	0.13	0.25	0.27	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00
P	0.03	1.30	0.13	0.01	0.56	0.02	0.43	0.00	0.73	0.27	1.13	1.70	1.04	0.07	0.09	0.03	0.28	0.01	0.00	0.66	0.00	0.00	0.00